灵长类等TATA框折叠结构特征比较

通过对灵长类，啮齿类，无脊椎类三个物种各40个基因部分启动子系列的折叠结构进行分析研究，结果表明不同物种基因的TATA框在折叠结构模型中所表现的茎环结构特征的分布频率存在明显差异．     

不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用

对195个编码不同折叠类型蛋白（50种全α结构蛋白，66种全β结构蛋白，37种α β结构蛋白，42种α/β结构蛋白）基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明，不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别，特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式，这一结果表明，在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中，编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准。     

无蹼壁虎EMC3基因cDNA全长克隆与进化分析

为了探究无蹼壁虎(Gekko swinhonis)EMC3基因(命名为GsEMC3)的序列特征，了解GsEMC3蛋白的结构和功能，探讨GsEMC3蛋白与其他物种EMC3蛋白的进化关系，采用SMART RACE技术克隆获得了GsEMC3的全长cDNA序列，通过信息学分析阐明了GsEMC3基因的序列特征以及GsEMC3蛋白的结构和功能，系统发育和选择压力分析研究了GsEMC3的进化特征. GsEMC3基因的cDNA全长为1 023 bp，包含1个786 bp的开放阅读框，基因编码1个含261个氨基酸的多肽. GsEMC3蛋白的相对分子质量约为30.074×10³，理论等电点为5.57.生物信息学分析表明，无蹼壁虎GsEMC3为疏水性非分泌型蛋白，有2个跨膜区，可能是一个动态定位的蛋白，无信号肽，直接在细胞内发挥作用.其分子量与已知的其他物种的EMC3蛋白相近. GsEMC3蛋白含有1个DUF106结构域，二级结构包含12个α-螺旋、1个β-折叠、13个无规则卷曲.系统发育分析表明，无蹼壁虎GsEMC3蛋白序列与美国短吻鳄(Alligator mississippien...     

QIAquick Gel Extraction Kit提取和纯化PCR产物用于AML中GATA-2基因突变的分析

转录因子ＧＡＴＡ家族是１９８９年首次发现的锌指结构家族转录因子。其中ＧＡＴＡ２在造血干细胞的增殖和分化中起重要作用［１］。绝大多数急性髓细胞白血病（ＡＭＬ）细胞表达ＧＡＴＡ－２基因［２］。在分析ＧＡＴＡ－２基因表达中，发现ＧＡＴＡ－２突变的现象［...     

从物种社会体系对基因的选择看人类的起源

狮子是一种群居动物。在一个狮群里面，只有狮王拥有交配权，这是一个社会体系的社会成员关系。这种社会成员关系导致狮子整个种群的基因都保持强壮的躯体。因此可以认为，物种的社会成员关系对物种的基因具有选择的作用。所以一个物种除了生存自然环境和生存技能对基因具有选择以外，还存在着物种社会成员关系对基因的选择。因此，关于一个物种演化的原因，必须把该物种的生存自然环境、生存技能和社会成员关系这三个因素进行一起研究。本文把物种的这三个因素统称为“社会体系”。在一个物种的社会体系内，生存自然环境、生存技能和社会成员关系三个因素是一种相互作用、相互影响、相互因果的关系。这种关系使得物种的基因处在一种被选择的状态中。因而使得物种的基因朝着符合社会体系的方向去演化。猿人演化成现代人的过程，其实就是猿人的社会体系内三个因素作用的结构。生存自然环境的变化引起猿人生存技能和社会成员关系的变化，三者的变化都对猿人的基因产生了选择的作用。从而使得猿人的基因往复杂智能的方向去演化，直到他们成为了我们现代人。     

TAI系列I冰草染色体间易位的酯酶同工酶研究

分析小冰麦异附加系列Ｉ（ＴＡＩ系列Ｉ）的叶片酯酶（ＥＳＴＬ）、胚乳酯酶（ＥＳＴＥ）和胚芽鞘酯酶（ＥＳＴＣ）的酶谱表型，根据同工酶结构基因Ｅｓｔｃ－Ａ＾ｉｇ１和Ｅｓｔｌ－Ａ＾ｉｇ２在异附加系ＴＡＩ－１２，基因Ｅｓｔｅ－Ａ＾ｉｇ４在ＴＡＩ－１５中冰草染色体上的定位，推知ＴＡＩ－１２和ＴＡＩ－１５中的冰草色染色体分别属于第３和６同祖群。由于此二冰草染色体上还分别存在小麦第６和３同祖群染色体部分同源的基因     

远海梭子蟹Sox9基因序列测序验证与进化分析

采用全长转录组文库结合三代高通量测序的方法得到远海梭子蟹Sox9基因的全长序列，通过引物设计及PCR产物直接测序验证三代测序结果，最终准确地获得Sox9基因序列。对Sox9基因全长序列进行生物信息学及基因进化分析。结果表明该基因CDS基因序列全长1461bp，蛋白质的无规则卷曲、α-螺旋、β-折叠区域分别占58.64%、25.93%、0%。进化树分析结果表明，远海梭子蟹Sox9与三疣梭子蟹的Sox10基因同源性较高，其核酸序列和氨基酸序列的相似性分别为96.24%和98.77%。远海梭子蟹的Sox9基因鉴定和蛋白质结构预测与功能分析，将为该物种遗传资源挖掘与利用分析奠定重要基础。     

灯盏花matK基因序列分析及分子鉴定

药用植物灯盏花在使用中会与飞蓬属或紫菀属植物混淆,对灯盏花mat K基因生物信息学分析及灯盏花植物形态的研究,实现灯盏花与混淆植物的鉴定.采用PCR方法扩增并克隆了灯盏花mat K基因,对该基因进行生物信息学分析,结果显示,灯盏花mat K基因总长为1 317 bp,编码438个氨基酸,无信号肽,无跨膜结构,表现为亲水性,二级结构以α螺旋、β折叠为主,亚细胞定位预测mat K基因位于真核生物的叶绿体中,有8个蛋白结合区和3个多核苷酸结合区,用植物形态、氨基酸序列变异和系统进化树相结合,可以达到鉴别灯盏花与混淆物种作用.     

水稻基因组中U2snRNA基因的结构分析

对水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ）Ｕ２ｓｎＲＮＡ基因的结构分析结果表明单子植物水稻的Ｕ２ｓｎＲＮＡ基因以多基因家族的形式存在,且Ｕ２ｓｎＲＮＡ基因中存在连锁现象。３个新的水稻Ｕ２ｓｎＲＮＡ基因和已报道的ＦＤＲＧＵ２－３一样,编码区上游除含有植物ＵｓｎＲＮＡ基因共有的ＵＳＥ和ＴＡＴＡ元件外,还含有单子叶植物ＵｓｎＲＮＡ所特有的ＭＳＰ元件,且具有保守的四茎环二级结构,基因成员间的同源性最低为８５．１＾     

hNDR2、mNDR2基因及其蛋白质结构分析研究

基于Internet服务器上的工具软件包对hNDR2和mNDR2两个基因结构进行了分析 ,并对其蛋白质结构进行了预测。结果表明 :hNDR2和mNDR2氨基酸序列具有 91.9%的相似性 ,hNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 11个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;mNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 12个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;两者都有一个跨膜螺旋结构     

反义多聚TAR对人免疫缺陷病毒I型TAT蛋白…

以ＨＩＶ－１ＴＡＲ的ＰＣＲ引物为自身模板，用ＰＣＲ法直接扩增得到多拷贝的ＴＡＲＤＮＡ同向串连体；构建了以ＨＩＶ－１ＬＴＲ片段为启动子，含有４．８和１５个拷贝的ＴＡＲＤＮＡ反主表达质粒；以荧光素酶基因为报告基因，检测了瞬时共转染体系中不同拷贝数的反义ＴＡＲＤＮＡ转录产和对Ｔａｔ反式激活作用的抑制作用，结果表明，反义多聚ＴＡＲＲＮＡ对Ｔａｔ自古以来生具有很强的抑制作用，其抑制程度与反义ＴＡＲ中联体的     

eglinC基因的化学合成与克隆

采用固相亚磷酰胺法合成了ｅｇｌｉｎＣ全基因，该基因全长２２１ｂｐ，包括其结构基因，５’－端起始密码子ＡＴＧ和３－端终止密码子ＴＡＧ，并在基因的５－和３－分别装上ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ位点。共分１２个片段，采取分段合成，酶促连接成完整的ｅｇｌｉｎｇＣ基因。合成的基因克隆于Ｍ１３载体，经杂交，检测，筛选出含ｅｇｌｉｎＣ基因的克隆。用双脱氧链终止法测其序列，结果与设计的一致。     

构建及表达小麦高分子量谷蛋白基因5′端调控序列缺…

通过定点突变，在小麦高分子量（ＨＭＷ）谷蛋白基因５′上游调控序列的ＴＡＴＡｂｏｘ与基因翻译起始密码子ＡＴＧ之间，改变三个碱基，产生新的ＢａｍＨⅠ内切酶位点。在调控序列中，选择四个合适的内切酶，对上游序列进行缺失，分离到四个大小分别为２４００、６１０、４４０和１１０ｂｐ的含有不同调控元件的ＨＭＷ谷蛋白基因启动子，与质粒ｐＨＩ１０１．１的报告基因ＧＵＳ重组，构建了四个嵌合质粒ｐＷＧ２４００、ｐＷＧ６０     

赛黑桦matK基因生物信息学分析

matK基因广泛应用于植物亲缘关系和物种鉴定研究.利用生物信息学对赛黑桦matK基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸二级结构,利用同源建模构建赛黑桦成熟酶K的三维结构及12种桦木属植物的系统进化树.结果表明:赛黑桦matK基因序列长度为2 524 bp,有13个开放阅读框; matK基因编码的成熟酶K含20种氨基酸,由17. 86%的α螺旋、9.52%的β折叠和72. 62%的无规则卷曲组成,为亲水性蛋白,具有10个蛋白结合区和1个多核苷酸结合区;赛黑桦与白桦、真桦、沼桦、甸生桦、绒毛桦和垂枝桦的亲缘关系较近.研究结果可为赛黑桦苗期的分子鉴定提供参考.     

马铃薯天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因5′上游调控区的分离和序列分析

利用单一特异引物聚合酶链反应技术，将马铃薯ＤＮＡ中天冬氨酸蛋白酶抑制剂家族一成员的５′上游区分离，并克隆进ｐＵＣ１８质粒ＳｍａＩ位点中．用３２Ｐ中标记的单一特异引物──ＰｒｉｍｅｒＡ为探针，经斑点杂交得一阳性克隆．ＤＮＡ测序获得含有马铃薯天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因５′上游区的插入物的核苷酸序列．从这序列结构中见到ＴＡ富含区，并发现典型的调控序列ＴＡＴＡ和ＣＡＡＴ．此上游序列与国外所得到的天冬氨酸蛋白酶抑制剂的上游区相比较在序列和ＴＡＴＡ及ＣＡＡＴ盒的位置上有着很大的不同．     

构建及表达小麦高分子量容蛋白基因5′端调控序列缺失突变体嵌合质粒

通过定点突变，在小麦高分子量（ＨＭＷ）谷蛋白基因５′上游调控序列的ＴＡＴＡｂｏｘ与基因翻译起始密码子ＡＴＧ之间，改变三个碱基，产生新的ＢａｍＨⅠ内切酶位点．在调控序列中，选择四个合适的内切酶，对上游序列进行缺失，分离到四个大小分别为２４００、６１０、４４０和１１０ｂｐ的含有不同调控元件的ＨＭＷ谷蛋白基因启动子，与质粒ｐＢＩ１０１．１的报告基因ＧＵＳ重组，构建了四个嵌合质粒ｐＷＧ２４００、ｐＷＧ６００、ｐＷＧ４４０和ｐＷＧ１００．经基因枪、微束激光和ＰＥＧ等方法将ｐＷＧ２４００转化玉米胚乳悬浮细胞，ＧＵＳ基因获得表达．这为进一步研究ＨＭＷ谷蛋白基因的调控机理奠定了基础．     

4种竹子木质素合成酶PAL的基因克隆和序列分析

苯丙氨酸解氨酶（Phenylalanine Ammonia—Lyase,PAL;EC4．3。1．5）是木质素生物合成过程的关键酶和限速酶。应用RACE（Rapid—Amplification of cDNA Ends）方法,获得了白哺鸡竹（Phyllostachys dulcis）、高节竹（Phyllostachys prominens）、龙鳞竹（Phyllostachys pubescens heterocycla）、丽水苦竹（Fveioblastus maculosoides Wen）等4种竹子PAL基因的全长序列,并进行了生物信息学分析。结果表明,PAL基因的开放读码框长度为2136bp,共编码712个氨基酸,具有2个外显子和1个内含子。其中高节竹、龙鳞竹、丽水苦竹PAL基因内含子长度为121bp,白哺鸡竹朋L基因内含子长度为84bp。推测其氨基酸序列,并分析PAL蛋白单体的三维结构,结果显示PAL蛋白均含有大量的α螺旋和β折叠结构。基于邻接法的进化树对31个物种的PAL基因的氨基酸序列分析表明。竹类植物PAL基因的保守性较高,与禾本科植物玉米、甘蔗的亲缘关系较近,与双子叶植物辣椒等的亲缘关系较远。     

大肠杆菌的同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响

考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性,选取大肠杆菌的54条核蛋白为研究对象,将每条核蛋白按二级结构截取出α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲(α-β混合)片段,然后找到每个片段相关的核酸序列信息,计算其同义密码子使用度和相应肽链的折叠速率.在此基础上,分析了同义密码子使用偏性和相应肽链折叠速率之间的相关性,发现对于不同二级结构类的肽链片段,都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关.因此,在蛋白质折叠中,同义密码子的使用偏性起着重要作用.     

马铃薯天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因5‘上游调控区的分…

利用单一特异引物聚合酶链反应技术，将马铃薯ＤＮＡ中天冬氨酸蛋白酶抑制剂家族一员的５＇上游区分离，并克隆进ｐＵＣ１８质粒ＳｍａＩ位点中。用＾３２Ｐ标记的单一特异引物－Ｐｒｉｍｅｒ Ａ为探针，经斑点杂交得一阳性克隆。ＤＮＡ测序获得含有马铃薯天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因５＇上游区的插入物的核苷酸序列。从这序列结构中见到ＴＡ富含区，并发现典型的调控序列ＴＡＴＡ和ＣＡＡＴ。此上游序列与国外所得到的天冬氨酸蛋白酶     

新的最少元件多功能有源OTA—C滤波器

本文提出了一个新的有源ＯＴＡ－Ｃ双二次滤波器，该滤波器能实现所有标准的二阶响应并能在单一结构中同时提供三滤波输出，这种实现只使用了三个ＯＴＡ元件和两个电容器，是最少数目的元件。