用相似性方法研究三叶草家族蛋白质序列-结构关系

Anfisen因提出蛋白质的氨基酸序列包含有足够的信息去决定它的空间结构的假说而获诺贝尔奖,这使得蛋白质的三级结构唯一地由其氨基酸序列决定的说法广为人所接受的。然而,很多具有规则三级结构的蛋白质其氨基酸序列接近随机,这使得人们感到很困惑。本文将以三叶草家族蛋白质为例,根据相似性方法把序列中的隐含对称性显示出来。结果表明氨基酸序列中的隐含对称性与三级结构的三重准对称性一致。     

由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究

本文在工作[1][2]的基础上进一步研究了蛋白质二级结构的经验预测,着重讨论了如何制定预测规则的问题,并将预测工作计算机化.在蛋白质资料库中随机选取了21个蛋白质(3296残基)进行预测,正确率对α螺旋和β折迭分别为84.4%和81.9%.     

蛋白质二级结构由氨基酸和mRNA序列编码

据氨基酸序列,密码子序列和蛋白质二级结构序列的比较,指出约18％的两肽的密切子具有反常的蛋白质结构偏好性,并且这种以常不能用随机涨落解释,因而关于蛋白质折迭的Anfinsen原理可能需要作适当修正。     

从序列预测蛋白质折叠速率

基于序列预测二级结构的蛋白质折叠速率的成功预测暗示着折叠速率能够单独从序列中预测出来.为了追踪这一问题,提出了从序列预测折叠速率的一种方法,而不需要任何二级结构和拓扑的信息.残基对折叠速率的影响与氨基酸的性质有密切的关系.对双态和多态蛋白质实验测定的折叠速率的相关性达到了82.9%,这意味着蛋白质的氨基酸序列是决定折叠速率和机理的重要因素.     

遗传算法在蛋白质结构预测中的应用

蛋白质结构预测在生物信息学研究中占有重要地位,此文对遗传算法（GAs)在蛋白质结构预测中的应用作一评述,首先,简要地介绍了遗传算法和一般的蛋白质构象搜索问题,然后对近年来用遗传算法解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析了算法的效果和特点,最后,展望了用遗传算法解决蛋白质结构预测问题的前景。     

蛋白质二级结构预测的结构表达方法研究

蛋白质二级结构预测时,描述窗口内氨基酸残基序列的各种物理化学和分子结构参数的数量非常大,而且不能很好地直接体现氨基酸的连接顺序,这样就造成二级结构预测工作既费时效果又低下,因此,对这些数据预处理是非常必要的.研究发现,这些初始数据对应的变换矩阵的本征值谱与氨基酸残基序列情况无关,只与氨基酸的类别、数量性质有关,而其本征函数数据能够直接反映氨基酸残基的序列情况,利用有显著大小的本征值对应的本征函数作为描述参数,在进行蛋白质二级结构预测时,不但能够显著减少描述参数的个数,而且它体现了氨基酸顺序的变化,这将有效提高蛋白质二级结构预测研究效果.     

氨基酸分类与蛋白质二级结构相关性

从氨基酸序列和蛋白质二级结构相关性出发 ,定义信息剩余度 ,通过信息剩余度极大化 ,推导出从 2 0组到 2组的氨基酸分类结果 ,同时也得到了信息剩余度极大值 (RMAX)与约化次数的关系     

蛋白质结构类预测的新方法：基于蛋白质二级结构序列的预测方法

提出了由蛋白质二级结构序列预测蛋白质结构类的新方法，并给出了预测蛋白质结构类的简明预测规则。     

蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

一种改进的Bayesian网络模型用于蛋白质二级结构预测

分析了蛋白质二级结构预测问题的Bayesian模型,给出了基于这种模型的神经网络,并提出了一种改进的网络模型,通过实验表明这一新模型能较好地处理蛋白质二级结构预测问题.     

A symmetry-related sequence-structure relation of proteins

Proteins have regular tertiary structures but irregular amino acid sequences. This made it very difficult to decode the structural information in the protein sequences. Here we demonstrate that many small α protein domains have hidden sequence symmetries characteristic of their pseudo-symmetric tertiary structures. We also present a modified method of recurrent plot to reveal this kind of the hidden sequence symmetry. The results may enable us to understand part of the relations between protein sequences and their tertiary structures.     

Banach空间中有限簇广义集值拟变分包含

推广了Banach空间中广义拟变分包含概念,研究了有限簇集值拟变分包含的解的存在性及其迭代逼近方式,给出了变分包含解的一般条件和结论,改进和推广了一些最新的成果.     

四维空间可视化综述

对四维空间可视化的几种模拟显示方法进行介绍与评述，并着重阐述了四维正等轴测投影模拟显示手段的由来，发展及应用。     

Banach空间中有限族渐近非扩张映象的新隐迭代程序

本文在Banach空间中引入了一种新的隐迭代程序并研究了其强收敛于有限族渐近非扩张映象的公共不动点问题,从而推广了最新的相关结果。     

4种大枣的营养成分分析

对沾化冬枣、乐陵小枣、新疆大枣、"泉城红"4种大枣的常规营养成分、氨基酸、矿物质、总三萜、环磷酸腺苷及黄酮类化合物进行了分析研究。结果表明,4个枣品种均含有17种氨基酸及7种人体必需氨基酸,含有丰富的钙、钠、镁、钾、铁、锌、硒、锶、铜等矿物质,新疆大枣的可溶性固形物含量为质量分数36.50%、水溶性多糖含量为质量分数31.49%、维生素C含量为1 018.00 mg/100 g、环磷酸腺苷的含量为26.17 mg/100 g,均高于其他3种大枣;"泉城红"大枣的总三萜含量最高,为74.26 mg/100 g;乐陵金丝小枣的粗纤维含量最高,为2.85 g/100 g;沾化冬枣的总黄酮含量最高,为404.28 mg/100 g。不同枣品种的不同营养成分含量不同,显示其在药用价值和商品化生产中具有不同的发展潜力。     

胰岛素样人参肽的氨基酸序列测定

用DABITC/PITC双偶合微量手工液相顺序方法测定了胰岛素样人参肽的氨基酸序列为Glu-Thr-Val-Glu-Ile-Ile-Asp-Ser-Glu-Gly-Gly-Gly-Asp-Ala,与氨基酸组成分析相符。     

一簇新的低相关二元序列

低相关二元序列的应用领域非常广泛,在扩频通信、码分多址通信、全球定位系统和密码学中都有重要应用.应用m序列和其采样序列,构造了周期为2n-1的一簇新的二元序列,其中n为偶数.新的二元序列集的最大相关值为-1+2n/2+2n/2+1,并且它包含的二元序列的个数为2n/2+23n+2.该序列集包含了2个具有最优相关性的序列子集,其中之一为小集合的Kasami序列.提出的具有较多序列数目的低相关二元序列集可以用于码分多址通信系统.     

蛋白质亚细胞定位的序列分析

对SWISSPROT(2002年)数据库中经过筛选得到的12类亚细胞序列的氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率进行统计和比较,结果表明,除个别类之间氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率比较接近外,在大多数类之间氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率是有明显区别的.     

狗小肠新生物活性肽的分离纯化及结构测定

研究了一种新的胃肠肽的分离纯化及其部分氨基酸序列测定．沸水处理后的狗小肠经醋酸提取、海藻酸吸附、盐酸洗脱、氯化钠盐析和乙醇沉淀，再经Sephadex G-25（fine）层析和两次RP-HPLC分离，从中纯化出一个热稳定多肽．用Tris-Tricine-SDS-PAGE鉴定其相对分子质量约为4 kD．该肽经胰酶水解，产物片断经RP-HPLC分离后，取其中之一主峰经CapLC-ESI-MS-MS（Q-TOF2）质谱仪测定氨基酸顺序为：T-E-Y-T-A-L-N-V-L-A-T-T-E-E-N-G．蛋白质数据库（Gen Bank和SWISS-PROT）查寻证明：此肽为首次发现的新多肽，正在进一步研究其生物学功能．