利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究

应用ABEEM／MM浮动电荷模型（原子一键电负性均衡方法融合进分子力场）对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明：我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。     

生物膜集团电负性模型研究

本文通过对膜脂、氨基酸等生物膜组成件分子片集团电负性的计算、分析，提出了脂双层结构生物膜集团电负性模型设想，并就膜蛋白构象作了较符合实验事实的推定。     

润滑油膜防护性能与润滑添加剂分子间相互作用能的关系研究

从吸附分子间侧向相互作用出发，基于Ｔｅｍｋｉｎ吸附等温式，运用统计热力学方法，提出了摩尔吸附分子间相互作用能的概念及求解方法，分析了吸附分子相互作用对油膜极化电阻（或油膜防护性能）的影响，并通过实验和理论计算考察了常用润滑添加剂的最大油膜极化电阻和摩尔吸附分子间相互作用能．研究表明：添加剂摩尔吸附分子间相互作用能越小，则含该添加剂油膜的油膜极化电阻越大，油膜对金属腐蚀的防护性能越好．图２，表１，参８．     

有机金属化合物中二级化学键的理论研究（Ⅵ）：——二级化学键生 …

应用半径经验分子轨道（ＭＯＰＡＣ７．０软件包中ＡＭ１和ＰＭ３）方法，对一些有机金属汞化合物进行了探讨和研究。通过总能量和生成熟的比较可知，由于分子内的二级化学链的生成，分子ｃｉｓ－ＨｌＨｇＣＨＣＨＣｌ和ｏ－Ｃ６Ｈ４ＨｇＣｌ２的能量较低，更稳定。对于含Ｐｈ－和ＣＮ－基团的一系列有机汞化合物，通过计算机其内旋转能垒中的初始构象和能谷构象可知，由于Ｈｇ与Ｐｈ－和－ＣＮ－之间的二级化学键的生成，其初始构象     

有机气体麻醉活性的构效关系研究

应用量子化学HF/6 31G**从头算法得到了18种有机气体的优势构象，在此基础上结合分子图形学技术，获得相应优化构象的电子结构参数和几何结构参数，并将这些参数与有机气体的麻醉活性参数相关联. 结果表明:有机气体的麻醉活性与分子范德华体积、辛醇／水分配系数和分子最高占用轨道能的相关性较好，成功地建立了18种有机气体的构效关系式.     

轧制润滑过程与润滑剂表面化学(Ⅱ)──轧制润滑添加剂分子结构与性能关系

从分子间作用的范德华力、键合的电负性、氢键等方面讨论了铝材轧制润滑剂中添加剂的分子结构与性能关系，并分析了添加剂分子的非极性基（包括烃链长度、不饱和键、支链的形式等因素）对性能的影响。     

血红蛋白分子氧合过程的构象变化特性

在分析血红蛋白分子与氧分子结合的相互作用特点的基础上，将氧分子与血红蛋白分子结合的过程看作为协同可逆吸附过程．根据协同吸附过程的特点，利用吸附动力学方法，得到了反映血红蛋白分子氧合过程的氧饱合分数与氧分压之间的关系式．从上述关系式得到了与之自洽的推论，在一定的氧分压条件下，血红蛋白分子处于确定的部分氧合构象态．当氧分压的值从小到大变化时，血红蛋白分子将从脱氧构象态经历一系列中间构象态到达完全氧合构象态．这表明s型的氧合曲线实际显示了单个血红蛋白分子的别构效应．     

HMX分子构象转变机理的理论研究

本工作采用密度泛函理论(DFT)方法研究了5种环四亚甲基四硝胺(HMX)稳定分子构象的转变机理,在B3LYP/cc-pVDZ水平下优化了两种转变路径(Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ→Ⅴ和Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ→Ⅴ)势能面上各驻点(稳定构象、过渡态)的几何构型,采用极化连续介质模型(PCM)探究了两条转变路径的溶剂化效应.结果表明,第一步转变(Ⅰ→Ⅲ和Ⅱ→Ⅲ)在气相和溶剂中均是决速步骤,溶剂效应使Ⅰ→Ⅴ的转变能垒升高,Ⅱ→Ⅴ的转变能垒有所降低.     

Aharonov—Bohm磁通对一维分子环中局域极化子的影响

本文研究了存在Ａｈａｒｏｎｏ－Ｂｏｈｍ磁通时，一维分子环中局域极化的概率振幅的非线性一方程，并出方程的极化子解，以及其束缚能和相应的电子自陷阱。     

电介质极化微观过程中的功能转换

研究了电介质在外电场中极化微观过程中的功能转换关系。对于无极 分子电介质，外电场对介质位移极化时所作的功等于原电场能量的增加；对于有极分子电介质，外电场使电偶极矩取向极化所做的功等于介质中电场能的增加。     

Aharonov－Bohm磁通对—维分子环中局域极化子的影响

本文研究了存在Ａｈａｒｏｎｏｖ—Ｂｏｈｍ磁通时，一维分子环中局域极化子的概率振幅所满足的非线性方程，并求出方程的极化子解，以及其束缚能和相应的电子自陷阱．     

分子伴侣的研究进展

文章综述了分子伴侣特别是HSP70分子伴侣系统的结构、功能、作用机理及应用方面的研究进展。分子伴侣能结合和稳定另一种蛋白质的不稳定构象，促进新生多肽链的正确折叠，因而在辅助蛋白质复性以及免疫保护等方面有很重要的作用。HSP70分子伴侣能够帮助细胞内新生蛋白的折叠和跨膜运输、蛋白质多聚体结构的装配和解装配，并能在胁迫下维持蛋白质的特殊构象，防止未折叠的蛋白质变性和使聚集的蛋白质溶解复性。     

尼克酰胺核苷构象稳定性的理论研究

采用从头算(HF与MP2)和密度泛函理论(DFT)方法,在3-21G 和6-31+G?水平上研究了尼克酰胺核苷(NR)的构象.分别探讨了在气相及液相(水和氯仿)中 NR 分子和一水合物异构体的相对稳定性,分析了溶剂分子的参与对NR异构体的相对稳定性和几何结构参数的影响.结果表明：孤立的NR分子在气相中存在36种稳定构象,其中最稳定的为南式构象NR-S,而最稳定的北式构象为NR-K’,能量比前者高出10.6 kJ/mol (ΔG298K).NR 分子中酰胺基团优势构象为反式,ω,P 或γ参数的改变可以为 NR 分子提供大约8.4~23.7 kJ/mol(ΔG298K )稳定化能.不管是南式还是北式褶皱,最稳定 NR 分子构象中都存在多根分子内氢键,且5’-OH 基团都为顺式构象(γ≈-63°).溶剂效应使一部分NR分子构象相对稳定性降低,而一部分则升高,改变了NR分子各构象的相对稳定性顺序.水分子的加入与酰胺基团结合形成氢键,对NR分子的构型影响较大,而与糖环上羟基结合形成氢键,则影响较小.     

第四级铵碱Hofmann消除反应的研究Ⅲ：关于Hofmann…

本文合成了１２种含环戊基或环己基的第四级铵碱，使之发生Ｈｏｆｍａｎｎ消除反应。利用气相色谱法分析其产物，以检验构象规则对含脂环基的第四级铵碱消除反应的适应性，并确定了环戊基和环己基在Ｈｏｆｍａｎｎ消除反应的构象规则中消除易度序列的位置。结果表明：含环戊基和环己基四级铵碱所发生的Ｈｏｆｍａｎｎ消除反应能很好地符合构象规则。环戊基和环己基在该消除易度序列中属于“其它第二级烷基”一类，在大多数的例子吕，     

ABEEMσπ-GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场，在298 K ，NVT 系综下对5种构象的A la四肽水溶液进行了动力学模拟。计算了动力学平衡态下A la四肽中非氢原子的均方根偏差。结合广义玻恩模型（GB）计算了溶剂化自由能的极性部分，使用SA 方法计算了溶剂化自由能的非极性部分。溶剂化自由能的结果表明，A la四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在。使用类似方法分别对Gly ，Leu ，Val ，Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究，计算了这5种四肽的溶剂化自由能。结果表明，A sp和A sn四肽亲水性较强，Leu、Val和Ala四肽疏水性较强，Gly 四肽居中，此结论与实际相符。该类研究为ABEEMσπ浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定了很好的基础。     

基于改进的克隆选择算法的分子对接设计与实现

详述了分子对接方法的基本原理,讨论分子对接过程中两个要素:评分函数和构象搜索算法.利用经验结合自由能的评价函数,对分子对接软件Auto Dock原有模型进行了改进.通过对评分函数的改进,用改进的克隆选择算法作为分子对接过程中的构象搜索算法.经实验效果对比,此方法寻优能力较好.     

基于粒子群算法的骨性关节炎药物分子对接方法应用研究

通过改进分子对接软件AutoDock的构象搜索算法对治疗骨性关节炎的中药分子进行对接研究.简要分析分子对接方法的基本原理,建立分子对接数学模型,介绍AutoDock半经验结合自由能评分函数;将粒子群算法与自适应局部搜索策略相结合改进了分子对接构象搜索过程;以福建中医大学提供的治疗骨性关节炎的中药分子实验数据为基础,完成了此算法与拉马克遗传算法、遗传算法以及本课题组使用的蚁群算法在最低能量值、对接精度以及对接耗时上的比较实验.实验结果验证了粒子群算法应用在对接构象搜索上的有效性.     

3-乙基戊烷分子振动与构象分析

通过正交坐标计算与红外和拉曼光谱的对比分析，确定3—乙基戊烷分子可以很多种空间构象存在，其中存在量最大的是3种空间构象：Cs，C1，C3，并通过分子力学和量子力学半经验方法的计算，得到这3种稳定构象的相对能量。     

有机金属化合物中二级化学键的理论研究(Ⅵ)--二级化学键生成的半经验分子轨道(MOPAC)方法的研究

应用半经验分子轨道(MOPAC7.0软件包中的AM1和PM3)方法,对一些有机金属汞化合物进行了探讨和研究.通过总能量和生成热的比较可知,由于分子内的二级化学键的生成,分子cis-ClHgCHCHCl和o-C6H4HgCl2的能量较低,更稳定.对于含Ph和CN基团的一系列有机汞化合物,通过计算其内旋转能垒中的初始构象和能谷构象可知,由于Hg与Ph和CN之间的二级化学键的生成,其初始构象更趋稳定.     

磷酸二酯酶4B专一性抑制剂设计中的构象分析（英文）

为研究磷酸二酯酶4(PDE4)抑制剂Y3、Y8及A33的结构与活性之间的关系,寻找Y3和Y8抑制活性偏低的原因.采用分子对接、构象搜索、量子力学计算、分子动力学以及分子力学-广义波恩及表面积连续介质模型进行了计算.结果表明：Y3、Y8及A33与PDE4亚型PDE4B和PDE4D的结合模式类似,亲和能相近.但Y3与Y8与PDE4B/PDE4D的结合构象以及A33与PDE4D的结合构象均为高能构象,而A33与PDE4B的结合构象为低能构象.故结合构象内能过高是这些配体抑制活性降低的主要原因,构象分析对药物分子设计至关重要.