异柠檬酸裂解酶肽类抑制剂结构的修饰

利用Fmoc固相多肽合成法, 按已知异柠檬酸裂解酶抑制剂的直链肽氨基酸序列合成首尾相连的环肽抑制剂. 经色谱纯化和质谱鉴定, 其相对分子质量的实测值与理论值相符. 抑制率实验结果表明, 合成的环肽对异柠檬酸裂解酶有明显抑制作用, 抑制率大于50%. 采用高效液相色谱法分别检测直链肽和环肽在血浆中的半衰期, 实验
结果表明, 环肽在血浆中的半衰期为11 min, 比直链肽的半衰期延长175%.     

结核分枝杆菌H37Rv异柠檬酸裂解酶基因的克隆表达及活性

以结核分枝杆菌H₃₇Rv基因为模板, PCR反应扩增该菌株的异柠檬酸裂解酶基因（ICL）, 将其克隆入原核表达载体pET28b中, 并将pET28b I
CL转化入大肠杆菌BL21(DE3)中进行诱导表达. 结果表明, ICL蛋白的最佳诱导表达条件为: 温度20 ℃, IPTG终浓度为025 mmol/L, 诱导表达4 h, 在此条件下 ICL实现了高效表达, 以镍离子螯合型琼脂糖凝胶亲和层析柱纯化ICL蛋白, 纯化程度较高. 酶学性质鉴定表明, 实验获得了具有生物学活性的重组蛋白, 重组ICL的比活力为24 μmol/(mg·min).     

利用噬菌体肽库筛选小肽免疫抑制剂

利用MT-2细胞系特异性表达白细胞介素2受体α(IL-2R α)在细胞表面,作为靶蛋白在噬菌体六肽库中筛选,经过4轮筛选得到能特异性结合IL-2R α的配体,挑选出与IL-2R α亲和性高的21个噬菌体克隆,经过DNA测序,得到3组肽序列,其中2组序列分别与白细胞介素2(IL-2)的N端17-24(LLLDLQMI)序列和C端114-121(IVEFLNRW)序列相似,另外一组与IL-2R β和γ有共同的保守序列(WSXWS)相似.因此推测这些筛选到的序列可能模拟IL-2与受体α相互作用的位点和IL-2R β,γ与α结合的位点.根据筛选结果,进一步合成了一个九肽AIVEFLNRW,以ConA诱导的淋巴细胞转化实验为模型,观察到这个肽在终浓度≥31.3μg/mL时抑制效果明显.     

尿激酶短肽抑制剂的初步研究

以尿激酶为目标蛋白, 在噬菌体表面展示六肽库中对尿激酶的短肽类抑制剂进行了三轮特异性筛选. 提高噬菌体与尿激酶的比例及缩短作用时间从而提高筛选压力后, 与尿激酶亲和结合的噬菌体得到富集. 通过对第三轮筛选到的重组噬菌体的DNA序列分析, 获得一组相对保守的肽序列. 相应的合成短肽 NEPKAN 和VSPKVL 对尿激酶的抑制常数分别为32.5 μmol/L和88.6 μmol/L.     

基于集成机器学习和分子对接方法筛选新型的BTK抑制剂

布鲁顿酪氨酸激酶（Bruton’s tyrosine kinase, BTK）在B细胞恶性肿瘤和自身免疫性疾病等多种生物学过程中发挥重要作用,因此,抑制BTK是治疗多种疾病的一种有效策略。本研究旨在开发一种基于机器学习虚拟筛选方法,以识别潜在的BTK抑制剂。首先,通过收集了一个由3 499个活性BTK抑制剂和7 927个非活性化合物组成的数据集,并使用三种分子描述符和六个机器学习算法构建了18个分类模型和2种集成分类模型。模型性能评估显示,基于直径为4的扩展连接指纹（extended-connectivity fingerprint with diameter 4,ECFP4）描述符和深度神经网络（deep neural network, DNN）、随机森林（random forest, RF）、支持向量机（support vector machine, SVM）算法构建的集成模型更加准确可靠（MCC=0.9349;F1=0.9550,AUC=0.9929）。接着,利用最佳集成模型从ZINC数据库中的5×106个分子中筛选出93个潜在的新型的BTK抑制剂,通过分子对接进一步分析它们与BTK蛋白晶体的结合模式。最终筛选出6个具有高亲和力的BTK抑制剂,它们能与活性口袋中的关键的氨基酸残基Thr474、Glu475、Met477、Cys481和Asp539等形成稳定的氢键相互作用。预测的吸收、分布、代谢、排泄和毒性（absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity, ADMET）参数表明这些候选化合物具有良好的药代动力学参数和安全性。分子动力学模拟进一步说明了这些化合物能与BTK蛋白稳定结合,有望成为开发新型BTK抑制剂的先导化合物。     

角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选

以SQS抑制剂CP 320473为先导物, 在60%结构相似性的基础上, 先通过AutoDock Vina软件进行分子对接, 再选取结合能量最低的新化合物进行分
子对接研究. 结果表明： zinc_8442249比先导化合物CP 320473的抑制效果更好; SQS活性位点的Lys52通过与氢键与抑制剂结合, 在抑制过程中具有重要作用.     

红芪组织培养中次生代谢产物的研究Ⅰ.红芪愈伤组织异柠檬酸裂解酶活性的变化

在红芪不同生长状态的愈伤组织中,异柠檬酸裂解酶（ＩＣＬ）活性差异很大,其中以分化愈伤组织中活性最高．与此相平行在红芪不同培养时期的愈伤组织中,不饱和脂肪酸含量降低,多糖含量升高．由此可以肯定异柠檬酸裂解酶为红芪次生代谢产生多糖过程中的一个重要酶．同时在无菌苗中异柠檬酸裂解酶活性也很高,而多糖没有检测到,说明异柠檬酸裂解酶也参加了植物细胞的初级代谢．我们认为初级和次级代谢过程中某些重要的甚至关键的酶是相同的,只是随着细胞的发育过程其活性发生了变化．     

基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗SARS-CoV-2活性肽研究

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测。选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性。结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score 分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro 水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93。研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARS-CoV-2能力。本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路。     

硫酸软骨素裂解酶ABC产生菌的筛选及酶学性质的初步研究

从成都市井研县生猪屠宰厂等地采集的样品中筛选出一株高产、稳定的硫酸软骨素裂解酶ABC产生菌株GT38，初步鉴定为彭氏变形杆菌(P．penneri)，其酶活力单位高达112U／L．酶学性质经初步研究表明：该酶的最适反应pH值为7．0，最适反应温度为30℃，在pH值6～8之间较稳定，温度在30℃～45℃较稳定，金属离子对酶活力影响不大．     

基于中药数据库的α7型尼古丁乙酰胆碱受体抑制剂的虚拟筛选

研究了DMXB-A与α7型尼古丁乙酰胆碱受体(α7 nAchR,这里指α7二聚体)的结合模型,并以DMXBA为模板化合物,采用相似性搜索从中药数据库中筛选出19个中药分子,运用分子对接技术,研究了19个中药分子与α7型尼古丁乙酰胆碱受体的结合模式,最终筛选出一个最佳的分子Mol7235,并进一步研究了该分子与α7二聚体的活性口袋的非键作用和分子表面匹配情况.     

噬菌体展示肽库技术及其在分子病原细菌学研究中的应用

从噬菌体展示技术的基本原理、肽库的构建、噬菌体肽库的分类、噬菌体肽库的筛选方法等方面,综述了噬菌体展示肽库技术;从抗原表位研究、免疫诊断研究、基因疫苗研究、抗菌药物的靶向投递等方面,阐述了噬菌体展示肽库技术在分子病原细菌学中的应用;并对今后的研究方向进行了展望.     

油田采油阻垢剂筛选研究

为了筛选出适合某油田使用的阻垢剂,通过分析油田水质及垢样的 XRD,发现垢样成分主要为碳酸钙和硫酸钙. 在测定了 11 种阻垢剂钙容忍度的基础上,采用静态实验法和模拟油田水体法,测定了各种阻垢剂的阻垢率,对比后,筛选出了适合油田水质特点和垢体类型的 POCA 阻垢剂,在 80 ℃油田水质环境下,其添加质量浓度为 20 mg/L 时,阻垢率为 81.27%,钙容忍度高于 20 000.     

乙酰胆碱酯酶抑制剂的筛选与合理优化设计

利用相似性搜索和分子对接技术,从中药数据库中筛选出分子3935,得到3935与乙酰胆碱酯酶的最佳复合物结构.依据生物电子等排体原理和改变同系物系差的方法,设计了21个新分子,得到了最佳设计方案.根据计算结果,分析该中药分子的改造规律,以上信息将有助于设计新的或优化已有的乙酰胆碱酯酶抑制剂.     

利用噬菌体展示筛选结合水稻条叶枯病毒S蛋白的短肽

利用噬菌体展示技术在随机7肽库中筛选到结合水稻条叶枯病毒（rice stripe virus ,RSV）病害特异蛋白（stripe disease-specific protein,S蛋白）的6个短肽,并进行了序列测定,ELISA结果表明,6个短肽和S蛋白具有一定的亲和能力,筛选到的短肽对今后S蛋白功能分析、转基因抗RSV和水稻条叶枯病的诊断提供了条件。     

重组降血压肽多肽序列的设计及表达系统构建

通过分析降血压肽结构与功能的关系,设计并合成5条降血压肽序列,通过活性测定以及体外消化试验,确定P3（六肽）为理想降血压肽,为实现该小肽在大肠杆菌中的表达,经特定酶切位点将其串联为6拷贝的融合多肽,将相应的基因序列克隆至表达载体pGEX-4T-2并转化至宿主茵Escherichia coli BL21中,双酶切、PCR以及测序结果均表明成功构建了重组质粒pGEX-4T-2-ACEIP。     

ICAM-1特异结合肽的淘选与性质研究

利用噬菌体展示载体pCANTAB5G8构建了随机十五肽库,根据转化率计算库容量为1.36×108.用PCR-SSCP检验了库的异质性.以固相包被亲和淘选的方法,经过4轮淘选和ELISA分析,得到了5个可与重组人细胞间粘附分子1(ICAM-1)特异结合的噬菌体克隆,对所展示的十五肽进行了序列分析.其中活性较高的噬菌体展示十五肽与ICAM-1的亲和常数约为7.87 ×107.