杂交水稻三个基因位点的遗传研究

研究了野败型杂交稻（Oryza SativaL.)两个籼稻（Indica)组成三对性状的遗传特性及其基因位点间的相互关系。本研究中酯酶同工酶E12A的存在对缺如，芽鞘的紫色对绿色和柱头的紫色对绿色分别是显性。三对性状分别受三个基因位点的三对等位基因控制，表现出典型的孟德尔遗传特征。三个基因位点间存在着明显的连锁关系，其排列顺序是紫色芽鞘基因位点（Pc)－紫色柱头基因点（Ps)－酯酶同工酶基因位点03（Est－3）。     

鳜鱼Siniperca chuatsi红肌sMyHC1基因cDNA的克隆及其表达分析

本研究采用同源克隆技术克隆鳜鱼红肌肌球蛋白重链1(sMyHC1)基因cDNA序列,其总长为5 940 bp。经生物信息学分析表明,鳜鱼sMyHC1基因cDNA编码区全长5 823 bp,总共编码1940个氨基酸。序列分析表明,鳜鱼MyHC1基因cDNA存在3个ATP结合位点、3个actin结合位点、1个ELC结合位点、1个RLC结合位点和2个Loop环。对鳜鱼sMyHC1基因进行成鱼红、白肌表达分析表明,其在红肌和心肌中的表达量显著高于白肌。研究结果为深入研究鳜鱼肌纤维分型及鳜鱼肉质研究提供可靠的实验数据和理论基础。     

精神分裂症相关基因的预测——基于大规模数据的整合分析

精神分裂症(Schizophrenia)是一种遗传性复杂、多基因相关的疾病,对其相关基因的研究一直都是疾病基因研究的热点和前沿,也是遗传学领域的难题.随着目前各种组学数据(Omics Data)的产生,全基因组关联研究(GWAS)中和精神分裂症相关的单核苷酸多态位点(SNP)越来越多的公布于学界,整合这些大规模数据并利用生物信息学模型预测精神分裂症相关基因能为进一步翔实探究致病或相关基因提供基因库的富集和优选.本文首先运用已被证明预测表现优秀的随机森林模型(Random Forests)预测精神分裂症的相关基因,然后用全基因组关联研究得到的相关基因的SNP位点进行验证及进一步筛选候选基因.结果随机森林预测模型得到33个精神分裂症候选基因,其中10个基因具有58个SNP位点是精神分裂症GWAS中的显著性SNP位点,因而这10个基因为优选的精神分裂症候选基因,文献查询结果表明这10个优选相关基因与精神分裂症有密切联系.     

水稻淀粉合成酶基因来源与稻米蒸煮和食味品质的相关性分析

为研究水稻淀粉合成酶基因对稻米蒸煮和食味品质性状的影响,利用根据籼粳基因组序列差异设计的Wx、SssⅠ、SssⅡa基因的分子标记检测来自“南京11”和“Balilla”的DH群体共130个株系,结果表明,Wx基因位点决定AAC的变异,并在控制GC变异时起主要作用;SssⅡa基因位点是决定GT变异的主要因素。3个基因位点的分子标记可为稻米蒸煮和食味品质的筛选和改良提供便捷的工具。     

载脂蛋白E和SHCP66的基因单核苷酸多态性及其与长寿性状的相关研究

研究载脂蛋白E（Apolipoprotein E,APOE)和SHCP66（Src homology-domain cotaining protein,66ku)的基因在一个中国隔离人群中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP)，以及它们与长寿性状的相关性，应用多聚酶链式反应结合测序技术对2个基因的外显子区域进行小样本（40个随机个体）的单碱基多态位点（SNP）检测，并对其中apoe的2个侯选位点在大样本中进行基因分型，结果在apoe基因中发现3个SNP位点，其中一个在调控区内的位点是首次报道，shcp66发现3个SNP位点和一个缺失突变，均为首次报告.apoe的2个候选位点在隔离人群中的长寿个体及对照组中基因频率的卡方测验显示无显著差别（P＞5％），因此，在该长寿人群中，该基因的多态现象与长寿性状无显著的关联。     

真核基因剪接位点二级结构特征

利用RNA二级结构的预测程序,通过对148个人类基因由EST验证的发生剪接的784个供体位点和受体位点以及101个人类基因由EST验证的发生选择性剪接的418个供体位点和受体位点附近的二级结构的预测,寻找真核基因剪接位点及选择性剪接位点的二级结构特征。通过详细研究剪接位点及选择性剪接位点在RNA二级结构中的结构分布,获得了一些剪接位点及选择性剪接位点在RNA二级结构中结构分布的规律性。结果表明,在RNA剪接及选择性剪接过程中,顺式作用元件具有结构特定性。这种结构特定性可以从结构上对真核基因剪接及选择性剪接机制进行一些合理的解释,有利于对真核基因剪接位点的识别及其表达调控机理的进一步理解。     

云南哈尼族糜蛋白酶基因标签SNPs与原发性高血压的相关性研究

采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,对692例哈尼族人(高血压患者346例,正常对照个体346例)糜蛋白酶基因(chymase,CMA1)4个tag SNPs (rs1956921、rs1800876、rs5244和rs1885108)的多态性进行检测,并运用遗传模型研究CMA1基因tag SNPs与原发性高血压发生的相关性.结果显示,CMA1基因4个tag SNPs位点在混合人群和女性人群中均未显示出与原发性高血压的相关性;男性人群中,rs1800876位点基因型频率在对照组和高血压间的分布具有统计学意义(P=0.015),Logistic回归分析发现rs1800876位点TC和CC基因型携带者的患病风险显著降低(OR=0.59,95% CI为0.38~0.92,P=0.021),提示CMA1基因rs1800876位点与云南哈尼族男性原发性高血压发生相关.     

四川兽类新纪录——秦岭鼢鼠线粒体Cyt b基因的克隆及其比较研究

为揭示2003年在王朗采集的鼢鼠标本王03001号是否为秦岭鼢鼠四川兽类新纪录,以鼢鼠标本王0300号的肌肉组织为研究材料,运用PCR技术对其线粒体Cyt b基因进行克隆和测序．结果表明该基因的长度为1140bp,编码380个氨基酸的蛋白质,所编码的蛋白质含有2个N-糖基化位点,1个蛋白激酶C磷酸化位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,6个N-豆蔻化位点．再以已研究的鼢鼠6个种18个体Cyt b基因序列及氨基酸序列为基础数据,把中华竹鼠（Rhizomys sinensis）作为外群,结合本研究的结果构建系统发育树,所得结果不支持王03001号标本为秦岭鼢鼠．     

平面细胞极性通路核心基因与神经管畸形的相关性

对平面细胞极性(planar cell polarity,PCP)信号通路中6种核心蛋白质(Frizzled、Flamingo、Vangl、Dishevelled、Prickle及Diego)的基本结构、在神经管畸形发生过程中的作用以及在人类神经管畸形患者中发现的相关突变位点的研究现状进行了综述.研究表明,接受Wnt信号通路刺激后这6个蛋白结合形成不对称性分布的膜复合物,经下游Rho/Rac信号通路来共同决定神经元的平面细胞极性及神经管的闭合.目前已在Frizzled、Vangl、Flamingo及Prickle 4个基因中发现了多个特异性错义突变,在Dishevelled基因中发现有SNP位点改变,Diego基因在神经管畸形中的突变不明.未来研究应在阐明核心基因与环境因素如何互作、核心基因SNP位点或突变如何影响其蛋白功能,从而参与神经管畸形发生方面进行突破.     

舟山带鱼线粒体COI基因SNP位点分析

为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI基因片段不同位点突变可能存在关联性。     

阅读疗法书方治疗档案分析 ——以抑郁症群体为例

联合国调查结果显示全球抑郁症患者人数高达3. 5亿,每年死于此病的患者达100万左右,抑郁症已经成为威胁人类心理健康的第一杀手,结合实证分析,筛选出利用阅读疗法治愈不同群体抑郁症的有效书方集结成档案形式,以期为众多抑郁症患者和研究者提供参考。     

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU-VNTR位点稳定性评价

摘要: 本文收集四川省2009-2013年184株结核分枝杆菌菌株，用标准12 MIRU-VNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究，评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性，确定四川地区保守位点组合及主要MIT型。184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型，12个基因型成簇。本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h > 0.55）。MIRU02, MIRU20, MIRU23, MIRU24为多态性最低的4个位点（0 ≤ h < 0.4），保守位点组的主要MIT型为“2251”。四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定，目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠，本研究首次确定了四川地区保守位点组及主要MIT型，为下一步结核分枝杆菌进化研究奠定了基础。     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

肝癌染色体高频缺失区肿瘤相关基因cSNP在HBV患者和正常人群中的多态分布研究

从定位于肝癌高频缺失区的肿瘤相关基因入手,查询单核苷酸多态性(SNP)数据库信息,获得编码区SNP(cSNP)序列,设计引物,根据SNP位点设计寡核苷酸探针,构建SNP芯片．分别从正常人和HBV患者血样中提取基因组DNA,PCR扩增标记含SNP位点的序列,将地高辛标记的PCR产物与SNP芯片杂交．结果表明,正常人基因组与HBV患者基因组肿瘤相关基因SNP之间存在差异,检测到EGFL3(rs947 345),Gas- pase9(rs2 308 950),E2F2(rs3 218 171)三个cSNP位点的基因频率在两组人群中差异显著．HBV患者中存在的高频多态位点可能与其肝癌易感性相关．     

家蚕中一未知基因的生物信息学分析

对家蚕中一未知基因进行生物信息学分析,结果显示：该基因开放阅读框大小为858bp,编码285个氨基酸,预测分子量为31．1kD,等电点为4．75;该基因编码蛋白含有TPR（Tetratrico Peptide Repeat）结构域,具有个蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶II磷酸化位点、肉豆蔻酰基化位点、糖基化位点及cAMP和cGMP依赖蛋白激酶磷酸化功能位点。     

用基因扫描技术对新疆维吾尔族4个STR位点遗传多态性的分析

研究了新疆维吾尔族群体4个STR基因位点D5S18、D13S317、D7S820和D16S539的基因及基因型分布,获得4个基因库的群体贵传学数据。采用PCR扩增技术和基因扫描技术进行群体样本STR遗传结构分析,并与其他种族、人群的等位基因频率进行比较。结果表明,4个基因位点在新疆维吾尔族人群中均具有遗传多态性,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）,不同人群基因频率分布存在一定的差异。     

恒河猴植入位点差异基因筛选及蛋白激酶H11的克隆

采用cap-finder全长cDNA扩增技术和抑制消减杂交(SSH)相结合的方法研究了恒河猴胚胎植入初始时期子宫内膜植入位点与非植入位点的基因表达差异情况.在准确获取妊娠9.5 d恒河猴植入位点和非植入位点子宫内膜后,用SSH建立了植入位点消减cDNA文库,从中随机挑选了1440个克隆,通过点杂交获得了179个在植入位点高表达的克隆,经测序和与基因库(Gen-Bank/EMBL)比对分析,证实其中102个克隆对应于人或恒河猴的52个同源基因,75个克隆对应于人的58个EST,另外2个克隆没有找到对应的同源基因,推测为新的基因.对其中最高频率出现的差异表达基因-蛋白激酶H11,通过cDNA末端快速扩增(RACE)法克隆得到了它的全长cDNA序列.与人的蛋白激酶H11相比,cDNA序列同源性达到94%,所编码的蛋白质序列同源性为83%     

扩增引进限制性酶切位点技术检测CYP2C9基因的多态性

建立了一种简便、快速、准确的检测CYP2C9基因Arg144Cys位点和Ile359Leu位点多态性的新方法.该方法采用与模板具有1个碱基错配的引物通过PCR在扩增产物中引进限制性酶切位点,即扩增引进限制性酶切位点(amp lification-created restriction sites,ACRS),其中通过上游引物在扩增Arg144Cys位点的片断中引入AvaⅡ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*2的PCR产物中分别含有2个和1个AvaⅡ切点;通过下游引物在扩增Ile359Leu位点的片断中引入MvaⅠ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*3的PCR产物中分别含有1个和2个MvaⅠ切点.将来自Arg144Cys位点和Ile359Leu位点的PCR产物各取一份测序,表明错配碱基成功引入PCR产物中.将包含Arg144Cys位点的PCR产物用AvaⅡ消化,将包含Ile359Leu位点的PCR产物用MvaⅠ消化,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染进行基因分型.由于野生型基因和突变型基因的PCR产物中都至少含有1个酶切位点,能完全避免因限制性核酸内切酶失活或酶切不完全而导致的基因分型错误.     

杉木遗传多态性与多基因位点遗传结构

在分析杉木16个群体的自由授粉种子胚乳蛋白质24个同功酶基因位点遗传多态性的基础上,进一步估计了遗传多态性与多基因位点之间的关系。研究结果表明:平均多态性位点占88.00％,每个位点平均有3个等位基因,期望杂合率为0.394;遗传多态性呈随机分布,但有7个位点等位基因频率与地理、气候因子相关;遗传多态性的6％归因于群体间的分化,94％属于群体内变异;16个群体中有15个存在双位点配子不平衡,大多数群体中明显存在高阶(两个基因位点以上)配子不平衡现象;配子不平衡与地理、气候因子之间相关呈随机分布。奠基者效应、群体的再分化、分布区内环境多样性以及2000多年人工栽培历史,均是产生和保持杉木群体遗传多样性及结构的重要因素。     

抑癌基因与原癌基因在正常细胞与癌细胞中的表达水平与甲基化比较

选取抑癌基因和癌基因转录起始位点和转录终止位点上下2000bp,研究它们在癌细胞和正常细胞中甲基化分布差别,结果表明抑癌基因在癌细胞比正常细胞甲基化分布高,并且抑癌基因甲基化分布集中于转录起始位点前后1000bp,而原癌基因的甲基化分布要比抑癌基因的分布广.然后又对每个抑癌基因和原癌基因转录起始位点和转录终止位点的甲基化水平进行了研究,找出了在所选的癌细胞比正常细胞甲基化高的抑癌基因RUNX3,WT1,发现它们都是转录因子且生物学功能相似.