后基因组时代的病毒研究

从2003年1月31日在广州一家医院内首次爆发SARS^[1]到我国科学家在美国《科学》周刊上发表关于SARS的研究文章^[2]，时间正好过去了1年．也许是一个巧合，这篇研究论文的主题也正是围绕着时间展开的：“SARS冠状病毒在中国SARS流行过程中的分子进化”．作者通过流行病学的研究界定了SRAS     

鸡减蛋综合征病毒(EDSV)的基因组特点

在完成鸡减蛋综合征病毒中国株ＡＡ２全基因组核苷酸序列测定的基础上,对其基因组的结构特点进行了分析,结果表明：ＡＡ２株基因组具有腺病毒科成员的某些结构特点,尽管核苷酸及氨基酸序列的同源性较低但是位于Ｅ２区中编码与病毒繁殖和基因具有复制相关的一些酶类或调节蛋白,以及组装病毒颗粒所需的结构蛋白等与其他腺病毒相似。     

终于找到“世纪杀手”艾滋病病毒的致命弱点

据报道,科学家通过一项研究,终于发现艾滋病病毒的一个致命的弱点,即位于这种病毒上的一段氨基酸序列。他们将其作为重点研究对象,希望以此为突破口最终攻克这个“世纪杀手”。     

Allexivirus属的一个新成员——大蒜病毒E的基因组全序列测定和系统树分析

测定了一个从浙江余杭大蒜中分离到的Allexivirus属成员的基因组全序列,单链正性病毒基因组含8451个核苷酸,6个ORF,与其他Allexivirus属成员的基因组全序列的核苷酸同源性仅为62.8%～64.8%;ORF1～ORF6编码蛋白的氨基酸同源性分别为67.6%～78.5%,55.4～66.2%,56.7%～66.4%,40.3%～55.6%,66.3%～79.9%和52.2%～68.8%,进一步分析显示,此病毒与其他病毒的差异和该属中远缘病毒间的差异相似,外壳蛋白核心区域氨基酸序列同源性仅为63.9%～79.8%,远低于该属不同病毒的国际分类标准,应归类为Allexivirus属的新成员,命名为大蒜病毒E,病毒不同编码蛋白序列的进化树分析也进一步证明了该病毒与其他病毒的亲缘关系。     

猪瘟病毒石门株全基因组cDNA文库构建、序列测定及分析

根据已发表的猪瘟病毒序列 ,设计并合成了 1 8对覆盖全长基因组的引物 .应用RT PCR技术从猪瘟病毒石门株感染的猪血中扩增出各相应的cDNA片段 ,分别克隆 ,构建了石门株全基因组的cDNA文库并完成了序列测定 .石门株基因组全长 1 2 2 98nt,其中 5′端和 3′端非编码区长度分别为 373和 2 31nt,中间一个大的开放阅读框长 1 1 6 97nt,翻译成一个包含3898个氨基酸残基的多聚蛋白 .还对石门株序列与其他猪瘟病毒序列进行了分析比较     

个人遗传学:新时代的大问题

距离科学家首次粗略测定人类基因组序列已经十年过去了。如今,像23andMe这样的公司已能直接为顾客测定部分基因组序列,顾客只需支付99美元。专家组费用一落千丈、获取途径变广的DNA测序技术正开创个体化遗传医学的新前景,同时它们也推     

走进“犯罪人”的心理世界

"仇恨"是一切犯罪心理的源泉人性中固有的破坏性冲动不能施之于外界,其结果就是转而施之于自己。"自虐"是人对抗自己的一种常见的方式,通过自虐,毁坏了自己,却使灵魂得到了片刻的喘息和安宁……这是"犯罪人"最初的心理恶魔症结。日本著名心理学家小田野畸曾专程去东京一座监狱,走进"犯罪人"的内心世界,想从"犯罪人"心灵最深处揭秘这些"囚犯"的犯罪根源。他咨询了一个名叫松本山太的杀人犯。松本山太线条僵硬的脸上,有着故作潇洒的玩世之态,     

病毒“发电”

病毒总是跟疾病或死亡连在一起．但如果现在告诉你病毒也能用来发电．你是不是会觉得不可思议呢？没错．科学家最近首次成功研制出了“病毒电池”．有望在不久的将来正式投入市场。     

大猩猩DNA揭开我们自身的秘密

多亏这只名叫卡米拉的大猩猩,最后一种大型类人猿有了它完整的基因组序列。实验结果表明了人类与大猩猩之间的关键相似之处——它们是继黑猩猩后第二种与人类最为相似的近亲。英国剑桥大学桑格学院的理查德？德宾带领着他的国际研究团队,通过几种不同的测序技术,将西部低地大猩猩的基因组拼凑了起来。这个基因组包含了超过30亿对DNA＂字母＂,几乎与人类的相同,并且还包含了大约21000个基因。早些的分析表明,大猩猩这个分支是大约1000万年前从其他大型类人猿分离出来的,这比黑猩猩与人类分离的时间还要早大约300万年。所以,黑猩猩与人类有更多的共同之处就并不奇怪了——在已发现的70％的大型类人猿的遗传物质序列中,黑猩猩与人类这两个物种的联系比大猩猩与黑猩猩、大猩猩与人类都要更为紧密。     

基因组测序永无止境的根本原因

1869年瑞士青年学者米歇尔（Johann F.Miescher．1844—1895年）在莱茵河鳟鱼的精子里发现了脱氧核糖核酸分子,即现在大家熟知的DNA。他虽然也曾猜想过DNA可能与遗传有关,但还是倾毕生精力去研究鱼精蛋白。毕竟蛋白质与生命过程的关系已经是当时科学研究的热门。以致1878年恩格斯在《反杜林论》中就写下了至今还基本正确的语句：“生命是蛋白质的存在方式,这种存在方式本质上就在于这些蛋白质的化学组成部分的不断的自我更新。”     

判“死刑”的病毒又复活了

非常有名的病毒学家曾断言病毒是死物，你相信吗？本文在讨论这个问题的基础上，述评了病毒的起源、演化以及病毒与人们的关系。     

迷雾茫茫的“费城实验”

超级大国对新武器的研究开发不论战时还是平时永远不会停止，尤其是在战时竞争更趋激烈。回顾第二次世界大战爆发后的1943年，美同海军曾进行一次有关新武器的绝密试验。这就是日后泄密于世的著名的“费城实验”。     

人类与病毒的“交锋”

很多人知道迈克尔·克莱顿(Michel Crichton)是因为他的"侏罗纪公园"(Jurassic Park)系列,那套影片也确实叫座.其实这位后来因写作科幻而位列全球首富名单前茅的作家,曾孜孜不倦地苦写了多年,以笔名发表过多篇作品,却一直默默无闻,直到<安德洛墨达危机>(The Adromeda Strain,1969)问世才使他声名大噪.1971年,这部作品被拍成了电影,再次引起轰动.     

构建猪瘟病毒致细胞病变的PK-15细胞模型

猪瘟病毒在离体细胞培养条件下不引起宿主细胞病变, 病毒与宿主细胞之间相互作用的研究一直没有合适的模型. 以猪瘟病毒中国标准强毒石门株为材料, 通过基因工程的手段, 在构建全基因组感染性克隆的基础上, 对全基因组进行部分缺失, 获得了7.5 kb的亚基因组, 以携带野生型猪瘟病毒的PK-15细胞为宿主, 用亚基因组进行转染, 得到了能够诱导PK-15细胞产生CPE的亚基因组病毒, 检测显示产生CPE的细胞培养物中野生型基因组和亚基因组共同存在. 猪瘟病毒致细胞病变模型的构建, 为进一步研究其致病的分子机制开辟了新的方向.     

《科学》:2014年值得关注的研究领域

<正>临床基因组2014年,越来越多的研究人员——甚至包括一些医生——将要求知晓病人完整的基因组序列或被称为外显子的蛋白编码DNA。其结果可能有助于诊断罕见疾病和确认癌症疗法。有不少研究将探讨测序是否应成为新生儿筛查的一部分,甚至用来指导对健康人群的医疗服务。迄今最雄心勃勃的临床测序项目中,英国将启动为期4年对10万名病人(大多患有癌症和罕见疾病)的基因组测序计划,便于指导对他们的治疗。如果测序得到"易发病"的结果是否该告知病人,目前正在争论中。     

“非典”时期话病毒

SARS,这场突如其来的瘟疫,让国人初次相识了冠状病毒,也对病毒倍加关注起来。说起病毒,其实每个人都不陌生,除了在人类流行的病毒引发的疾病外,小麦的丛矮病和黄矮病、烟草花叶病、猪瘟、鸡瘟等等也都是病毒在造孽。事实上,人类的传染病有75％是由病毒引起的。     

艾滋病病毒发现的“幕后新闻”

被称为“超级癌症”的艾滋病，是“获得性免疫缺损综合症”英文简名（AIDS）的音译。所谓“获得性”。是指这种“免疫缺损”既非遗传，也不是先天性因素造成。现在已经查明，健康人如果受到一种特殊病毒的袭击，就会产生“获得性”，并被摧毁其免疫系统。这种特殊病毒就是艾滋病病毒。值得关注的是：艾滋病病毒的发现过程，     

“垃圾DNA的前世今生”——我们身体里有多少“垃圾DNA”

人类基因组的绝大部分区域,都是看似毫无用处的“垃圾DNA”。它们究竟是外星人编制的多余程序,还是生物进化过程中淘汰下来的无用之物？从1953年詹姆斯·沃森和弗朗西斯·克里克发现DNA双螺旋结构算起,DNA向人类展露其本来面目已经有59年了,然而分子生物学依然是一门年轻的学科。人类已经绘制出包括自身在内的许多物种的全基因组（即整套遗传信息、生命之书）图谱,DNA测序似乎已经成为技术难度不太大的机械化操作。     

志贺氏菌属各亚群菌株基因组“共有骨架”组成的分析

不同原核生物在基因组组成上的差异是其生物学性状差异的基础. 然而，进化中亲缘关系较近的菌群, 其基因组除了含有群或株特异的基因外, 还含有反映它们起源和进化痕迹的“共有骨架”结构, 而这些“共有骨架”恰恰是它们基本生存能力和共有生物学性状的基础. 志贺氏菌在起源和进化上与大肠杆菌极为密切, 目前倾向于将二者划为同一个种. 利用大肠杆菌K-12全基因组及Sf301特异性ORFs的芯片研究了志贺氏菌4个群间的基因组组成. 结果显示, 分别有16%~22% K-12的ORFs序列没有在志贺氏菌的基因组中被检测出, 而志贺氏菌的基因组中包含至少2800个保守的ORFs, 组成了其共有的“共有骨架”. 进一步分析提示, 这些“共有骨架”是维持肠道细菌正常生命生理活动所必需的基本组成. 此外, 只有20%的Sf301特异性ORFs同时存在于其他3个菌株中, 揭示了各菌株间基因组的异质性和菌属内的遗传多样性.     

带有REV-LTR片段的MDV野毒株GX0101 BAC克隆的构建及拯救病毒的致病性分析

将整合有禽网状内皮组织增生症病毒(reticuloendotheliosis, REV)长末端重复序列(LTR)的马立克氏病病毒(命名为GX0101)全基因组作为细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome, BAC)克隆进大肠杆菌. BAC载体通过同源重组插入MDV基因组的US2区, 含BAC载体的MDV DNA电转化大肠杆菌菌株DH10B, 鉴定含MDV全基因组的BAC克隆(MDV BAC), 提取BAC DNA, 转染原代鸡胚成纤维细胞(CEF), 成功拯救出了重组病毒, 命名为bac-GX0101. 将此病毒腹腔接种1日龄鸡, 在攻毒后62 d开始检测到内脏肿瘤, 动物实验结果表明, bac-GX0101毒株与亲本GX0101毒株对机体的致病性等方面的影响没有差异, bac-GX0101毒株仍然保留着很好的免疫抑制功能及致肿瘤能力. 该感染性克隆bac-GX0101为研究该重组野毒株中REV-LTR插入片段及其他基因的生物学功能提供了有用的技术平台.