融合单残基信息的U-RF算法识别SO42-和PO43-配体结合位点

SO₄^2-和PO₄^3-配体与蛋白质相结合在生命活动中起着重要的作用,因此,准确预测蛋白质-酸根离子配体结合残基具有重要意义。前人对酸根离子配体结合位点的研究多数是在片段水平上进行的,而极少考虑单残基水平,这可能导致信息的缺失。因此,在片段和单残基水平两个方面提取特征,可以避免信息丢失。在片段水平上使用前人对氨基酸、二级结构、相对溶剂可及性和亲疏水提取的组分信息和位点保守信息作为基础特征,在此基础上引入了单残基水平上的氨基酸、氨基酸的酸碱极性、能量及亲疏水的倾向性因子;结合残基左右残基对信息和9个正交因子为新的特征,使用欠采样和随机森林相融合的算法(U-RF)进行五交叉检验和独立检验,得到了好于前人的预测结果。     

一种运用灰色预测模型预测蛋白质一级结构的方法

将氨基酸残基的疏水值与氨基酸残基一一对应，得到代表氨基酸残基序列的疏水值序列，再对此疏水值序列运用灰色预测模型预测未知的氨基酸残基疏水值，从而达到间接预测氨基酸残基的目的。     

鲫葡萄糖调节蛋白78基因部分序列的克隆、鉴定及功能预测

【目的】分析和预测鲫(Carassius auratus)葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78,GRP78)的功能,为研究GRP78在鱼类受细胞外刺激过程中的作用机制奠定基础。【方法】通过分子克隆技术获得鲫GRP78基因的部分序列,并利用生物信息学方法分析了该基因片段编码的蛋白质序列的二级结构、亲水性、可塑性、表面可及性和抗原表位。【结果】获得了长度为617bp的鲫GRP78基因片段序列,共编码113个氨基酸。这些氨基酸所构成序列的相对分子质量约为1.3kDa,等电点为5.82,无信号肽;可塑性区域位于第7～10位、第18～21位、第28～42位、第51～62位、第68～78位和第94～109位氨基酸残基;表面可及性区域位于第29～30位、第38～43位、第50～65位、第68～79位、第82～86位、第97～99位、第102～104位和第106～111位氨基酸残基;有1个B细胞抗原表位区域,位于第28～45位氨基酸残基。【结论】所获的鲫GRP78序列中含有ATPase保守结构域区段,该区段定位于内质网,具有较强亲水性。     

含有氨基酸基团的聚(ε-己内酯)合成与表征

采用氨基酸钠游离的氨基引发ε-己内酯单体开环得到酯肽齐聚物,并以六亚甲基二异氰酸酯为扩链剂,将这些齐聚物扩链合成4种聚酯酰胺.将4种天然氨基酸(L-丙氨酸、L-亮氨酸、L-谷氨酸、L-赖氨酸)引入到聚(ε-己内酯)(poly(ε-caprolactone),PCL)中,合成和表征了4种含有氨基酸残基的聚合物.通过1H-NMR、FT-IR、水接触角、水吸收率和降解实验对该聚酯酰胺进行了表征.实验结果表明:经氨基酸改性PCL的亲水性和降解性得到了改善,其中含有L-赖氨酸残基的聚酯酰胺因亲水性最高,降解速率最快.     

二维相关红外光谱方法研究肌红蛋白酸变性过程

1前言 肌红蛋白(Myoglobin,简称Mb)是肌肉中与呼吸作用有关的蛋白质.它由一条肽链构成,含153个氨基酸残基,整个分子为球状.肌红蛋白的肽链可以分成8段长度为7～24个氨基酸残基组成的α螺旋区,转折处有1～8个氨基酸残基结构松散,没有形成α-螺旋.具有极性基团侧链的氨基酸残基几乎全部分布于分子表面,而非极性氨基酸残基则被埋在分子内部肌红蛋白的二级结构主要由α-螺旋组成(约占77%,包括310螺旋),另外还有一些无规卷曲(约占13%)和β-转角(约占10%)结构.它是一种重要的模型蛋白.     

多肽链二级结构的氢键定义及氨基酸残基间的氢键分布

蛋白质的生物功能往往决定于它的三维结构，而二级结构是蛋白质的氨基酸顺序和三维构象之间的桥梁，决定了蛋白质折迭的框架，氢键是稳定二级结构的主要作用力。通过Kab—sch—Sander的二级结构的氢键定义，由氢键识别模式对二级结构及其氨基酸残基问的氢键作了统计分析，发现二级结构中的氨基酸残基的丰度与其提供氢键的能力没有统计关联，但氨基酸残基(除ser外)的CO基团形成氢键的能力越强，其NH基团形成氢键的能力越弱，反之亦然I同时给出了各种残基对在*螺旋中形成氢键能力的比较。     

蚯蚓纤溶酶的分离及其生物学特性

经过分离纯化，从人工养殖的赤子爱胜蚓中提取出两种既有纤维蛋白溶酶原激活因子活性又能直接溶解纤维蛋白的组分。ＰＡＧＥ检测各为一条区带，证明已达电泳纯。对这两组分的生物学性质进行了研究，包括分子量、酶活力，Ｎ－末端氨基酸残基，氨基酸组成，温度的稳定性及对苯甲酸精氨酸乙酯（ＢＡＥＥ）的酶促反应动力学特性。还分析了其中一个组分（ＢⅡ）从Ｎ末端开始的 ２５个氨基酸残基序列。     

SH2域与磷酸化多肽相互作用的连续溶剂模型研究

使用连续溶剂模型方法研究了SH2结构域与磷酸化多肽pYXXX(X为20种常见氨基酸残基中的任意一种)之间的相互作用.首先计算了已知的SH2域-磷酸化酪氨酸多肽复合物之间的结合能,理论计算的结果与实验测得的亲合能之间的相关系数为0.91,验证了理论模型的正确性.然后,用该模型方法计算了SH2域与pYXXX之间的结合能,分析了磷酸化酪氨酸多肽pYXXX中 1, 2, 3位置上残基对结合能的影响.结果表明 2, 3位置上残基的变化对结合能影响较大, 2位置上带负电的残基和 3位置上的疏水性残基有利于SH2域与pYXXX之间的相互作用,这与实验结果一致.     

受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场

修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基酸残基间的堆积作用.选取4种受损腺嘌呤与4种芳香族氨基酸残基堆积二聚体作为模型分子.以从头算...     

人类乙型肝炎样病毒核心蛋白中第7位疏水性氨基酸重复肚段区域的突变可以抑制病毒核衣壳的组装

人类乙型肝炎病毒的核衣壳由核心蛋白的二聚体所组成．但是,核心蛋白亚单位与亚单位之间相互作用的机制至今尚不清楚．研究发现,在人类乙型肝炎样病毒──土拨鼠肝炎病毒（WHV）核心蛋白的氨基端,存在着4个保守的疏水氨基酸残基（氨基酸位置101～102）．它们分别是亮氨酸101,亮氨酸108,缬氨酸115和苯丙氨酸122．这4个疏水氨基酸残基以每隔6个氨基酸残基而重复出现1次．它们被称为“第7位疏水性氨基酸重复肽段（hhr）”．由于蛋白质中的疏水键往往在蛋白质的相互作用中起重要作用,因此就在培养细胞系统中研究WHV核心蛋白的hhr区域在…     

基于改进贝叶斯优化算法预测蛋白质残基可溶性

蛋白质的残基相对可溶性表征蛋白质残基在三级结构中与溶剂接触的程度,它反映蛋白质三级结构及功能位点的主要特征。文章通过引入免疫算法中的亲和度和浓度概念,提出了一种改进贝叶斯优化算法,形成了贝叶斯优化算法选择局部残基相对可溶性优化依据。利用改进贝叶斯优化算法对2148条蛋白链进行分类实验,分析了窗宽对结果的影响,计算了三组数据在最佳参数状态下平均预测精度为79.7%。与其它方法相比,从结果来看,改进贝叶斯优化算法具有更好分类预测性能。     

服务老年群体的社区医院可达性分析——以合肥市包河区为例

针对服务老年群体的社区医院可达性的研究成果较少且研究方法比较单一等问题,提出问卷调研与地理信息系统结合的方法,以夜光遥感数据估算包河区老年人口并运用Ga2SFCA计算可达性值,分析社区医院对老年人的可达状况.结果表明:包河区各街道社区医院的空间分布不均衡,可达性存在较大差异;可达性与地理位置、人口密度及医疗机构等级相关,老年人口密集会导致可达性降低,医疗机构等级高会提升可达性;增大供需比是提高社区医院可达性的有效途径.     

基于老年人出行选择概率的公园绿地可达性评价—以重庆市渝北区为例

老年人公园绿地可达性的评价,能够有效衡量老年人出行需求与公园绿地供给之间的关系,提高城市公共设施服务水平并增大老年人生活的幸福指数。以老年人出行方式选择行为和公园绿地固有属性确定的出行选择概率,得到基于选择概率的两步移动搜索法（Two-step floating catchment area method based on selection probability,SP2SFCA）,用于评估老年人公园绿地的可达性。以重庆市渝北区为例,用ArcGIS进行插值分析与叠加分析,确定公园绿地可达性的分布差异与重点改善区域,计算老年人公园绿地的空间可达性。结果表明：与两步移动搜索法相比,SP2SFCA更具合理性与适配性,尤其是在评价高可达性区域内部差异和边界区域的可达性计算中具有更高的敏感性。由SP2SFCA计算得到的可达性,增长率最高达到3 127.17%,降低率最高达到97.03%;可达性极差的区域由0.48%提高至6.27%,极好的区域由48.92%降低至35.42%;低人口密度高可达性区域占比约14%,高人口密度低可达性区域占比约21%。SP2SFCA能够分析城市公园绿地资源的供给分布,为保障老年人生活与城市公园绿地分布格局提供了优化建议。     

城市对外交通枢纽可达性测算模型

为研究可行的城市对外交通枢纽可达性测算方法,在分析总结现有研究成果和存在问题的基础上,对城市对外交通枢纽可达性进行了定义. 提出通过快捷程度、经济程度和舒适程度描述枢纽可达性,并选取相对应的时间、费用和疲劳成本作为量化基础. 针对现有枢纽可达性测算模型的不足,建立了改进的基于有量纲法和非集计模型的可达性测算模型体系和测算方法,结合具体案例进行了分析,测算结果验证了模型的正确性和可行性.     

基于Logistic模型与成本加权距离方法的济南城市公园综合可达性分析

城市公园是城市绿色基础设施的重要组成部分,具有重要的社会、经济和生态文化功能,其空间布局合理与否直接影响到城市公园的可达性与公平性．以济南市为例,采用2009年ALOS遥感影像数据,基于RS和GIS软件平台,解译获取了研究区土地利用现状图、道路交通和城市公园等空间数据,构建了城市公园吸引力综合指数,并基于道路网络,采用成本加权距离分析方法计算研究区城市公园的空间可达性,最后基于logistic模型计算了城市公园的综合可达性,以表征城市公园自身属性特征（吸引力）和交通可达性的综合影响．研究结果表明：1）济南城市公园空间可达性和综合可达性总体水平均较好,20min内可达区域约占研究区的80％,但空间分布不均衡,中心高外围低,南部受地形影响可达性普遍较低;2）吸引力比较强的公园周边可达性水平明显提升,说明城市公园吸引力对可达性的影响较为显著．研究结果丰富了可达性研究的内涵,可为城市规划者和决策者进行城市绿地空间布局和城市绿地景观设计提供一定的科学依据与参考．     

北京市公共服务设施可达性及其对住房价格的影响

为研究北京市公共服务设施的空间分布规律及公平程度,基于高斯两步移动搜索法测算北京市五环内各街道教育、医疗、商业、交通和文化休闲5个维度公共服务设施的可达性,加权得到综合可达性指数.基于特征价格模型,分析公共服务设施可达性对住房价格的影响.结果表明,北京市五环内公共服务设施可达性的空间差异较大,资源高度集中在部分区域;医...     

山东省综合交通可达性与星级酒店水平测度及空间格局研究

城市综合交通可达性与星级酒店布局具有密切关系。本文从城市内连通度及城市外可达性两个空间尺度量化山东省17城市综合交通可达性指数,从星级酒店规模、结构及发展情况构建星级酒店水平指标体系对其进行量化,在此基础上分析了两者的空间组合关系和空间格局。研究发现,山东省17城市综合交通可达性指数介于2.8~6.7之间,变异系数为0.26,星级酒店水平指数介于0.092~0.850之间,变异系数为0.708,城市间差异较大;山东省综合交通可达性与星级酒店水平之间存在明显的非线性相关性,综合交通可达性可以促进星级酒店水平的提高; 17城市综合交通可达性与星级酒店的组合类型分为9类,表现为3种关系,即综合交通可达性与星级酒店处于相同等级的有8个城市,优先于星级酒店水平的有6个城市,滞后于星级酒店水平的有3个城市。针对以上问题本文提出了合理化建议。     

顾及自身吸引力的公园时空可达性与变化强度分析

针对城市公园可达性受多种环境因素影响,以及在时间上存在动态变化特征的问题,通过建立公园吸引力评价模型和引入时间序列实时导航数据,提出了一种顾及公园自身吸引力的城市公园时空可达性研究方法(Spatial-Temporal Accessibility of Attraction-Oriented Urban Parks,STAAOP):首先,基于众源地理信息数据,采用熵权法从多种角度构建公园吸引力评价模型;然后,基于吸引力评价结果与时间序列实时导航数据,运用两步移动搜索法构建可达性度量模型;最后,计算可达性变化结果的标准差,并运用局部空间自相关分析法识别可达性变化的聚类区域和异常区域,从整体和典型区域的角度分析可达性变化强度. 以济南市为例,采用STAAOP方法进行实验,结果表明:STAAOP方法及其所包含的模型可以更好地捕捉城市公园可达性的时间动态变化特征,在整体和区域上都能取得较好的实验结果,该方法为更准确、真实评价城市公园可达性提供了一种新的思路和参考.     

基于i2SFCA的新乡市主城区公园绿地空间步行可达性分析

【目的】分析城市公园绿地空间的可达性,以有效衡量城市居民需求与公园绿地供给的关系,提高城市公共服务水平。【方法】以两步移动搜索法(two-step floating catchment area method,2SFCA)为基础,引入Huff模型,提出改进的两步移动搜索法(improved two-step floating catchment area method,i2SFCA),以河南新乡市主城区为研究区域,对比两种方法计算城市公园绿地步行条件下的空间可达性,并用GIS进行分析。【结果】i2SFCA比2SFCA方法更具适应性和灵活性,尤其是在边界区域的绿地可达性计算中表现更为明显;新乡市主城区中公园绿地分布不够均衡,各片区之间空间可达性分布差距较大,呈西低东高的格局;主城区人口与公园绿地可达性的空间分布不够协调,亟须改善高人口密度而低可达性片区。未来城市公园绿地建设中,应进一步平衡绿地的分布格局,增加小型街头绿地,完善带状绿地,提高绿地的服务质量。【结论】通过两种计算空间可达性方法的实验对比得出,i2SFCA方法更有优势,可明确城市中公园绿地资源缺乏区域,为提高城市社会服务水平提供数据基础。     

穗港走廊通达性及其空间格局分析

以通达性为切入点,以G IS工具为技术手段,用最短时间距离以及加权平均出行时间两种指标,其中后者以人口数为其加权因子,根据区域之间的道路通车情况,建立网络模型,对广州至香港之间的廊道状区域的陆路交通网络通达性现状及其空间格局进行计算分析。分析得出,穗港走廊内部的陆路网络通达性呈现出同心环状态分布的空间格局,并且其通达性水平以环心为最优,逐渐往外层递减。把两种指标的计算结果换算成通达性系数,进行对比,发现利用人口数作为加权因子之后,走廊南部在整个网络的通达性地位得到了提升,但同时走廊北部的通达性地位却受到了削弱。