芯片检测家禽繁殖和适应性特征候选基因的选择特征（英文）

家禽是非常重要的农业资源,对妇女和青年占较高人口比例的发展中国家的农村贫困人口具有重要意义。然而,家禽养殖业正受到全球气候变化引起的低产量、低繁殖和致命的疾病暴发和热应激条件的威胁。基于公共数据库中的候选基因序列,及开源的BLASTp软件和程序可用于物种间的同源染色体基因选择比较分析。MUSCLE软件的FastMe命令可以执行多个序列比对之前的系统发育史重建。为探测候选基因的特征,采用PAML包的嵌套密码替换模型,通过似然比检验(LRTs)和贝叶斯(BEB)后验概率来计算非同义的替换率。该计算方法检测了蛋白质激酶(PKR)、2',5'-寡腺苷酸合成酶(OAS)、toll样受体7(TLR7)和toll样受体3(TLR3)免疫基因的适应和纯化选择的特征。热休克蛋白70(HSP70)、热休克蛋白90(HSP90)和小热休克蛋白(sH SP)基因中也检测到了纯化选择。在vipr1和生长激素受体中,所有的品系均证明发生了催乳素中的纯化选择,而品系导致家禽和其他鸟类物种受到积极的正选择。对于生长激素基因,在偶蹄类中检测到正向选择。胰岛素生长因子I受体基因在位于受体L域的460位置处的异亮氨酸上具有正选择。这些结果为后续的体外和体内研究的统计检测和实验验证奠定了基础,对发展中国家家禽养殖业的分子标记和品种的遗传改良的深入研究非常重要。