四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

青岛海域固氮细菌的系统发育多样性研究

采用严格人工无氮海水培养基富集、分离培养方法及用3对固氮基因(nifH)引物进行PCR检测,从青岛近海沉积物和海水中分离到16株异养型可培养海洋固氮细菌,经16S rDNA全序列测定分析了它们的系统发育多样性。结果显示,16株菌分布于Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Flavobacteria的3个纲中,分别代表着6个属、10个种,其中有50%归于Pseudoalteromonas属;海底沉积物中固氮菌的多样性要远高于海水,并在其中发现2个潜在新种。研究表明,青岛近海海域的固氮菌具有一定程度的多样性,它们大部分在系统发育关系上与分离自韩国、南极洲、新喀里多尼岛等海水的标准菌高度同源,但也存在少量潜在新物种。结果可为其他不同海域异养固氮菌的多样性及其生态功能研究提供有益参考。     

杭州西溪湿地沉积物中不同培养基分离的细菌种群多样性

以西溪湿地沉积物的细菌群落为对象,对4种不同培养基(M1、R2A、NB和DNB)分离细菌的能力及分离物的种群多样性进行了比较研究.共分离得到191株菌株,经16SrRNA基因测序和系统发育分析,可归于13个不同的属,其中R2A培养基分离的细菌种类最多,共有11个不同的属,其次是NB培养基,分离得到8个属,M1和DNB培养基均分离得到7个属.优势种属为根瘤菌属(Rhizobium),占总数的39.27%.研究结果表明,R2A培养基分离的培养物种群多样性更为丰富.     

产胞外多糖海洋细菌的筛选及鉴定

对青岛近海及威海近海海水和海洋沉积物中的细菌进行了分离和纯化.通过苯酚硫酸法对分离得到的海洋细菌在液体培养条件下的产胞外多糖能力进行了初步的测定,筛选获得了13株生产胞外多糖能力较高的海洋细菌.其中菌株0417胞外多糖产量最高,可达144.212μg/ml.观察细菌的菌落形态特点,并且利用PCR技术对其中的7株进行16S rRNA基因的克隆,将获得序列进行分子鉴定.经序列比对鉴定出这些细菌分属于Bacillus,Alteromonas,Pseudoalteromonas三个属,由此构建系统发育树.     

海南文昌海草床沉积物硫氧化细菌的多样性

以热带海草床沉积物土著硫氧化微生物资源的开发为目的,首先选择培养基并对海南文昌海草床沉积物中可培养硫氧化细菌进行了富集培养和分离纯化,进而利用16S rRNA测序方法获得了硫氧化细菌的分类信息并建立了系统发育树,最后对其硫氧化性质进行检测,共分离鉴定出38株具有硫氧化功能的菌株,它们均来源于变形菌门（Proteobacteria）中的γ-变形菌纲（Gamma-Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）.其中弧菌属（Vibrio）、芽孢杆菌属（Bacillus）和产微球茎菌属（Microbulbifer）为优势属,同时获得了嗜盐单胞菌属（Halomonas）、海杆菌属（Marinobacter）和深海海旋菌属（Thalassospira）中常见的硫化物氧化细菌.测序分析结果表明,海南文昌海草床环境样品中硫氧化细菌的多样性丰富,且不同站位之间受沉积物间隙水硫化物浓度的影响也存在差异.本研究获得了海南文昌海草床不同类型的硫氧化细菌菌株,丰富了海南海草床土著硫氧化细菌的菌种资源,为海草床沉积物硫化物微生物治理技术的开发奠定了基础.     

北海竹林盐场极端嗜盐真菌的多样性及其抑菌活性研究

为探讨北海竹林盐场极端嗜盐真菌的物种多样性及其抑菌活性,采用高盐培养基分离盐场饱和盐度采样点的可培养真菌,并基于ITS基因序列进行菌株鉴定;使用耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis,SE)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,SA)和海豚链球菌(Strepstococcus iniae,SI)作为指示菌,利用96孔板法评价真菌发酵提取物的抑菌活性。本研究分离得到可培养极端嗜盐真菌16株,鉴定为6科6属12种,其中枝孢菌属(Cladosporium,3种)、黑孢霉属(Nigrospora,3种)和镰刀菌属(Fusarium,3种)是优势属。菌株F.incarnatum GXIMD00527和F.chlamydosporum GXIMD00541的发酵产物对4种指示菌有较强的抑菌活性[90%Minimal Inhibitory Concentration (MIC₉₀)<6.25μg...     

深海沉积物中产淀粉酶细菌的rep-PCR基因指纹分析

利用淀粉酶筛选培养基平板从27个深海沉积物样品中筛选得到30个具有胞外淀粉酶活性的菌株.其中革兰氏阴性细菌有22株,阳性细菌有8株.对这些细菌的基因组DNA进行ERICPCR和BOXPCR扩增,指纹图谱显示大部分菌株均存在数目不等的各自独特的带型,各特异性扩增的主带型能重复稳定出现.比较两种引物的指纹图谱,显示ERICPCR比BOXPCR具有较丰富的图谱多态性.对产生的指纹图谱进行聚类学分析,30株细菌可分为10组,其中5株细菌分别独立成组,最多的第Ⅱ组包含有8株细菌,而在同一聚类组内的细菌可能是处于进化上亲缘关系较近的位置.研究显示,30株菌具有丰富的种属多样性,揭示了深海微生物资源的丰富和潜力.ERICPCR和BOXPCR技术可用于对深海微生物群落组成和多样性的研究.     

黄河故道湿地可培养细菌多样性及产木聚糖酶菌株筛选

研究黄河故道湿地可培养细菌的多样性及其产木聚糖酶的应用潜力.采用稀释平板涂布法从湿地样品中获得119株菌株,形态去重复后对93株进行16SrRNA基因系统发育分析以及利用刚果红染色法进行木聚糖酶活性筛选.结果表明,分离得到的菌株分属于4个门的18个科、21个属,其中优势类群为变形菌门(Proteobacteria)(41株,44%).该地区可培养细菌的Shannon-Wienner多样性指数H′=3.66,Simpson指数D=0.97;Margalef物种丰富度指数dMa=10.59;Shannon物种均匀度指数E=0.94,且样点青龙湖多样性指数高于样点刘寨.93株代表性菌株的木聚糖酶筛选结果显示,11.82%具有木聚糖酶活性,链霉菌和芽孢杆菌在木聚糖酶活性菌株中比例最高.以上结果表明豫北黄河故道湿地蕴含丰富的细菌资源,可为木聚糖酶的研发提供良好的菌种来源.     

天漠嗜盐和耐盐细菌产淀粉酶活性及菌株多样性

采用平板水解圈法对分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐细菌（含放线菌）进行淀粉酶活性筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对活菌株进行系统发育多样性分析.结果表明,76个受试菌株中,有34株淀粉水解酶活性呈阳性（44.7%）,其中有6株具有较强的淀粉水解酶活性;系统发育分析显示34个阳性菌株类群多样性和物种多样性较高,可以归为18个物种,分属于细菌域（Bacteria）的2门（Actinobacteria,Firmicutes）2科（Streptomycetaceae,Bacillaceae）8属（Streptomyces,Bacillus,Gracilibacillus,Halobacillus,Oceanobacillus,Piscibacillus,Thalassobacillus,Virgibacillus）;产淀粉酶活性较强的6株菌均属于厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌科（Bacillaceae）,分属于该科的3个属.其中菌株JSM 1684012,JSM 1684041和JSM 1685098属于芽孢杆菌属（Bacillus）;JSM 1684067和JSM 1685082属于纤长芽孢杆菌属（Gracilibacillus）;JSM 1685081属于喜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）.以上结果说明分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性.     

文昌红树林海草床产蛋白酶菌的多样性

为了探究海南红树林/海草床沉积物中产蛋白酶细菌的多样性及产胞外酶的特性,以海南文昌红树林-海草床复合生态系统表层沉积物中的可培养产蛋白酶细菌为研究对象,通过16S rRNA测序和蛋白酶抑制剂实验进行探究.结果表明,在10个采样点共分离出111株产蛋白酶细菌,分别隶属于厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共9属,其中弧菌属菌株占总数的75.7%,为优势属.选择61株产蛋白酶活性较高的菌株,通过抑制剂实验结果显示,蛋白酶类型主要有金属蛋白酶和丝氨酸蛋白酶,占比分别为91.8%和86.9%.本研究初步探明了文昌红树林/海草床沉积物中产蛋白酶细菌的丰度及蛋白酶种类的多样性,初步探索了养殖尾水的排放对微生物群落结构的影响,这为后续开展应用性的研究奠定了基础.     

斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌分离鉴定及活性研究

【目的】研究广西斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌多样性及其代谢产物的生物活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析细菌多样性,利用滤纸片琼脂扩散法和卤虫致死法研究其生物活性。【结果】从海泥中分离获得相关可培养细菌53株,这些菌株代表27个物种,其中20株菌属于厚壁菌门(74%),7株菌为变形菌门(26%)。活性研究发现,X-15(Erythrobacter citreus)的抑菌活性和生物毒活性都较强,具有开发新型食品防腐剂和抗肿瘤药物的潜力。【结论】广西斜阳岛海泥中的细菌多样性较为丰富。     

广西北部湾海域表层海水细菌多样性及其潜在生物合成基因研究

本研究选取广西北部湾3处近海海域,以其表层海水作为研究对象进行细菌多样性分析,旨在挖掘潜在抗生素生物合成的菌株.选用传统稀释涂布法和基于16S rRNA基因序列的系统发育树分析海水中可培养细菌多样性,并对其基因组DNA进行抗生素生物合成基因聚酮合酶(PKS)基因、非核糖体肽合成酶(NRPS)基因及卤化酶(Halo)基因...     

林下连作种植参根际土壤可培养微生物区系及细菌群落对酚酸类化感物质的响应

为探究酚酸类成分对林下连作参根际土壤中微生物区系及可培养细菌群落的影响,以未栽培人参(Panax ginseng C.A.Meyer)林地土壤(1#样品)、连作未发病土壤(2#样品)和连作发病土壤(3#样品)为研究对象,探究根际土壤中微生物区系及可培养细菌群落结构、多样性的变化。同时,通过高效液相色谱(High Performance Liquid Chromatography, HPLC)分析方法对土壤样品中的酚酸进行定性和定量分析。结果表明,2#样品和3#样品土壤可培养微生物总数量与1#样品相比分别下降61.37%和68.24%;可培养细菌分别下降61.36%和68.18%;可培养放线菌分别下降72.97%和75.68%;可培养真菌分别为1#样品的1.40倍和0.47倍。3种样品共分离到193株细菌,分属于4门6纲13目19科39属96种。3种样品中最优势菌纲均为芽孢杆菌纲Bacilli(相对分离频率分别为51.67%、64.00%、48.28%),1#样品、2#样品最优势菌属为芽孢杆菌属Bacillus(相对分离频率分别为15.00%、21.33%),3#样品最优势菌属为链霉菌属...     

白虎头红树林区海泥可培养细菌分离鉴定及其活性研究

【目的】研究北海白虎头红树林区海泥可培养细菌多样性及其代谢产物的生物活性。【方法】采用纯培养法和分子生物学方法对样品中细菌多样性进行研究,利用滤纸片法和卤虫致死法测试其生物活性。【结果】从海泥中分离获得相关可培养细菌17株,选取9个代表性菌株采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,其中5株菌属于Firmicutes门,其余4株菌为Proteobacteria门。5株细菌的代谢产物有较好的抑菌活性,2株菌的代谢产物对卤虫致死活性明显,其中1株菌兼具两种活性。【结论】北海白虎头红树林区海泥中的细菌多样性较为丰富,并且部分细菌具有一定的生物活性。     

柳珊瑚Anthogorgia caerulea相关可培养共生放线菌多样性及其生物毒活性研究

【目的】研究斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caerulea可培养共生放线菌多样性及其发酵液代谢产物的生物毒活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对从广西斜阳岛附近海域采集的柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea可培养共生放线菌多样性进行研究,利用卤虫致死法测试其生物毒活性。【结果】从柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中分离获得相关可培养放线菌23株,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌株属于2个亚纲9个科9个属23种。绝大部分菌株都具有一定的生物毒活性,其中10株菌株有较强生物毒活性,l株有显著毒活性。【结论】广西斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中存在较为丰富的放线菌多样性,部分菌株具有较强的生物毒活性。     

仁扇舟蛾幼虫肠道可培养细菌群落结构分析

[目的]了解仁扇舟蛾(Clostera restitura)肠道共生细菌的主要类群及其群落结构特征,明确仁扇舟蛾幼虫前、中和后肠可培养细菌的种类及群落结构组成,为进一步研究特异功能细菌的生理生化特征和功能提供基础.[方法]选取仁扇舟蛾5龄幼虫进行肠道解剖,分离前、中和后肠不同肠段,研磨稀释10-1～10-6,分别涂布于...     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

牛大力内生细菌的多样性及其促生特性研究

为研究牛大力Callerya speciose内生细菌多样性组成及其促生特性,从经表面消毒处理的牛大力根茎组织中分离内生细菌,采用16SrDNA序列分析法对内生细菌的多样性进行系统发育分析,并以固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA能力等为指标,对内生细菌进行促生特性检测。从牛大力根和茎中共分离到59株内生细菌,包括16属20种,芽孢杆菌属是牛大力的优势菌群;在20种分离菌株中,分别有11,17,7株具有潜在的固氮、溶磷性、产铁载体能力,有13株菌可以合成IAA。其中RH17-2、RH17-5、GR2-1 3株菌同时具备固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA 4种促生特性。从牛大力中分离得到的内生细菌具有丰富的物种多样性和促生特性,在未来的农业生产上具有潜在的应用价值。     

海芒果可培养细菌的分离鉴定及其抑制海洋鱼类致病菌活性研究

【目的】研究红树植物海芒果Cerbera manghas L.及其根际土壤可培养细菌多样性及其代谢产物抑制鱼类致病菌的生物活性。【方法】采用纯培养法分离并基于16SrRNA基因序列的系统发育分析法对分离得到的细菌进行多样性研究,采用滤纸片法研究其抑制海洋鱼类致病菌的生物活性。【结果】从海芒果及其根际土壤中共分离得到15株可培养细菌,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌分属于2个大的细菌发育类群:厚壁菌门(Firmicutes,占比为53%)和放线菌门(Actinobacteria,占比为47%),其中4株为芽孢杆菌属,6株为链霉菌属。活性研究发现,所有测试菌株对3种海洋鱼类致病弧菌均有一定的抑制作用,其中VT86(Kitasatospora paranensis),V139-2(Streptomyces luteireticuli),V140-2(Streptomyces jiujiangensis),VT19(Streptomyces orinoci),VT113(Streptomyces niveiscabiei)这5株菌的抑菌效果较好,以VT86(K.paranensis)抑菌活性最好。【结论】红树植物海芒果及其根际土壤中的细菌丰富多样,部分细菌具有抑制海洋鱼类致病菌生长的生物活性,具有开发成新型抑制鱼类致病菌药物的潜力。