线粒体密码表的进化关系

提出一个理论模型,由此推导出标准密码表与10个物种线粒体非标准密码表之间的进化关系,得到这些表的进化关系和真核总界中物种的三界分类正相吻合,同时发现氨基酸与终止密码间的无义突变和其逆过程是重建进化树的关键因素.     

生命密码的突变危险性理论

目的梳理迄今为止多种主体密码起源及进化假说,研究突变危险性理论的本质内容、理论特点和优势并作相应评述。方法文献考证与概念分析。结果揭示了突变危险性理论的本质内容及理论特色。结论生命密码的突变危险性理论有其自身理论体系的简明性和逻辑性,继承了Crick的摆动假说和冻结偶然性理论,并将标准码和反常码的研究纳入了一个统一的理论框架之下。     

羚牛线粒体DNA和系统进化研究

用8种限制酶分析了5种牛科动物，羚牛、黄牛、水牛、绵羊和山羊的线粒体DNA的多态性。依据数学模型计算这5种动物间的遗传距离，在此基础上构建了UPG和NJ两种分子系统进化树。结果表明：羚牛与牛和羊的分化时间分别为4．02Ma和3．72Ma，因此将羚牛归入羊亚科较为合理。     

线粒体病的分子生物学机制

线粒体病是一种少见的能量代谢病,病情复杂多样,从单一组织损伤或无明显临床症状到多系统发病乃致患者早期死亡,在临床上容易误诊或漏诊,甚至延误治疗.由于线粒体的结构与功能受核基闪组(nDNA)与线粒体基冈组(mtDNA)双重调控,其中大多数线粒体酶、结构蛋白和各种蛋白因子由nDNA编码,因而多数原发性线粒体病是nDNA突变...     

线粒体与衰老研究进展

目的：研究线粒体与衰老的关系。方法：通过查阅大量的国内外相关文献综述。结果：线粒体数量的变化。结构功能的退化，氧自由基对线粒体的损伤以及mtDNA的突变对衰老有着重要的影响。结论：线粒体影响衰老的机制复杂，从多方面影响衰老。     

细胞核密码表进化树的重建

提出距离幅定义规则,重建了标准表与各个细胞核非标准密码表的进化树,说明密码反常不是随机的,现存的非标准密码表都在标准表进化的路径上,密码进化总是倾向于无意义密码子减少的方向.     

雉科四种鸟类线粒体DNAR的分子进化

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法分析了4种雉科(Phasianidae)鸟类的线粒体DNA(mtDNA)控制区基因(D-loop)415bp基因序列。4种鸟类遗传距离在5.90％--23．67％．变异位点数为116个，大石鸡和石鸡的遗传距离为5．90％，二者分歧时间大约是290万年．斑翅山鹑与环颈雉遗传距离为21．06％，分歧时间为1000万年，山鹑属与雉属的遗传距离为21．06％，与石鸡属的遗传距离为22．41％；雉属与石鸡属的遗传距离为22．85％．三者分歧时间在1000—1150万年间，与化石材料相符．在系统树中斑翅山鹑与环颈雉属同一枝，说明1)在雉科系统发生中，雉属与山鹑属是近缘属或2)环颈雉与斑翅山鹑的分化较晚，关系密切，也与Randi得出的斑翅山鹑称为小雉的结论相吻合。     

线粒体非标准密码表的进化稳定性

根据突变危险性极小化的方法,导出各物种线粒体非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,体现了分子进化遵循稳定性原理,并受冻结偶然性制约.     

线粒体和叶绿体的起源与进化

本文主要综述了线粒体、叶绿体的内共生假说和分化假说。     

对一个密码算法的注记

计算群元素的整数倍是一切密码算法的基础，通常是采用整数的二进制表示，孙琦等人最近提出了标准二进制，从而对著名的“平方－和－乘法”算法进行了改进，节约时间的1／4，作者证明了这种标准二进制方法已无法再改进。     

分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则

定义了分子序列（碱基序更和对应的氨基酸序列）的突变危险性函数，通过危险性函数的极小化可以导出遗传密码的简并规则，终止密码子在密码表上的位置及亲－水畴排布，氨基酸在密码表上的定位接近标准密码表，各个生物类别的突变危险性函数值差别不超过５％，可看作守恒量，Ｒａｓ家庭癌基因产物具有较大的突变危险性函数值，这提示分子序列的突变危险性函数可能有重要的应用价值和理论意义。     

中段密码子序列对目的蛋白在大肠杆菌中表达的影响

通过调整表达翻译肽链中段Asp—Pro—Pro三个氨基酸的密码子的序列,观察其对目的蛋白在大肠杆菌中表达的影响。用PCR方法分别在rhBMP4-m基因的5’端加上编码Asp-Pro—Pro酸水解肽的不同简并码序列,克隆入原核融合表达载体pRSET中进行诱导表达,SDS—PAGE分析,观察融合蛋白的表达效果。成功构建9个不同简并码序列的融合表达载体;经诱导表达分析,只有在两个脯氨酸的密码子均为CCG时,融合蛋白才能正常表达,说明改变表达肽链中段氨基酸密码子的碱基序列可以影响融合蛋白的表达效果。     

基于最大秩距离码的两种公钥密码系统

基于最大秩距离码,提出了两种新的McEliece公钥密码系统,明文x加密成xE+z,其中E=SGP,G为最大秩距离码C的生成矩阵,S为非奇异矩阵,在方案1中,P为置换矩阵,在方案2中,P为非奇异矩阵,z取自一给定的向量集合Z,公钥为Z和E.对方案1而言,解密过程约需O(k3)次运算,而需k×n×N·lnq/ln2比特存储空间;而对方案2而言,解密过程约需O(k3)+O(n3)次运算,需k×n×N·lnq/ln2比特存储空间.由于可取较小的k,n,所以这两个方案是可行的.攻击方案1和方案2的工作因子近似为k3·qt(k+n)-t2,n通过参数的选取,此数比攻击McEliece公钥密码系统的工作因子βk3k大得多.k/n-t所以这两个方案比基于纠错码构造的McEliece公钥密码系统更安全.     

卷积码的有限响应输入序列及其码距特性

研究了卷积码的有限响应输入序列的特性和卷积码的误比特率的实用特性，提出了汉明距的一种解析求解法．利用这些特性和解析求解法，能够完全取代编码器设计中现有的计算机模拟方法，在搜索好码和计算误比特率方面具有明显的优越性，并可应用于Ｔｕｒｂｏ码中交织器的设计     

需氧恶性杆菌和海栖热袍菌基因组中第一ATG规则的检验

将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作了相应的统计分析,结果表明:非ATG起始的ORF中,L-Ter到第一ATG之间的平均距离是以ATG起始的4至5倍,很可能是非ATG起始的ORF的一个重要序列特征;分析了两种细菌终止密码子在L-Ter和Ter中的使用频率,发现在Ter中终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter中大.