红斑丹毒丝菌C43065株spaA基因的克隆和表达

通过PCR从红斑丹毒丝菌C43065株基因组DNA中扩增出编码信号肽除外的成熟SpaA蛋白基因spaA,将其克隆到表达载体pET32a的BamHⅠ和Hind Ⅲ位点上,构建重组表达质粒pET-spaA,转化大肠杆菌BL21,在IPTG诱导下表达N端带有Trx标签的融合蛋白rSpaA,SDS-PAGE检测表达蛋白.DNA测序结果表明,spaA基因大小为1794 bp,编码由597个氨基酸残基组成的成熟SpaA蛋白,SDS-PAGE结果显示在大肠杆菌BL21中成功表达了分子量约为86 kDa的重组rSpaA,为进一步开展SpaA保护区域的研究奠定基础.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

白蚁肠道木质素分解菌PY12的分离鉴定及lip基因的克隆

利用苯胺蓝平板法从白蚁肠道中分离到一株木质素分解高效菌株PY 12,经形态观察、生化鉴定和16 SrRNA鉴定为肠杆菌属的霍氏肠杆菌(Enterobacterhormaechei).根据已报道的lip(木质素过氧化物酶,Lignin Peroxidase)基因序列设计特异性引物,克隆该菌的lip基因,将其克隆入pMD19-T载体,获得的核苷酸序列为918 bp,并与GenBank中已知的lip序列进行同源性对比,同源性不高,但该核苷酸翻译后的氨基酸序列比对结果发现,其与假单胞杆菌Pseudomonas sp.编码蛋白质的氨基酸序列同源性为88.5%.     

网箱养殖患病草鱼细菌分离鉴定与回复感染研究

利用常用细菌分离纯化方法从患病草鱼中分离出7株菌株,分别编号为Ⅰ～Ⅶ;对7株菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到长约600bp的片段;将扩增结果进行测序,测序结果输入到美国国立生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),用BLAST工具对序列进行同源性比对分析.结果表明:Ⅰ为沙雷氏菌,同源性达95%;II为腐生葡萄球菌,同源性达99%;III为荧光假单孢菌,同源性达97%;IV为产碱普罗威登斯菌,同源性达99%;V为嗜水气单孢菌,同源性达99%;VI为杀鲑气单孢菌,同源性达97%;VII为不动菌属,同源性达97%.将Ⅰ～Ⅶ号菌株回复感染健康草鱼,结果沙雷氏菌、腐生葡萄球菌、荧光假单孢菌、产碱普罗威登斯菌和嗜水气单孢菌对草鱼的危害较大,而杀鲑气单孢菌和不动菌属的感染症状不明显.     

水稻内生优势菌--成团肠杆菌的鉴定及其系统发育学分析

从水稻越富品种中分离到一株代表性的内生菌株YS19,经形态、生理生化特征鉴定为成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans).YS19菌株DNA的G+C含量为55.1%,与成团泛菌(Pantoea agglomerans)模式菌JCM1236(ATCC27155)的DNA同源性为90.1%,因此将YS19菌株归为成团泛菌.而以16SrDNA基因序列为基础的系统发育分析表明,YS19与JCM1236的16SrDNA基因的同源性仅为93.9%,并且处在两个不同的进化分支,说明两者具有不同的起源,即成因泛菌具有很大的异源性.     

基于ActA基因的单核细胞增多性李斯特菌的序列分型研究

根据单核细胞增多性李斯特菌ActA基因序列保守区设计一对引物，对21个菌株进行PCR扩增，得到长度为820bp的片段。PCR产物经过纯化后直接测序，并对其中的506bp进行同源性分析。结果表明单核细胞增多性李斯特菌分离株具有5个明显不同的克隆谱系，每个谱系的同源性均在95％～100％。16个单核细胞增多性李斯特菌奶相关和环境分离株可被分成4个谱系，其中2个谱系（C、D）均为奶相关分离株和成品奶分离株；加工厂地面污水分离株为独立的一个谱系。初步表明，成品奶中污染的单核细胞增多性李斯特菌来自于奶牛场，而非加工环境。     

产灵菌红素菌株的分离鉴定

以从糖化车间中采集的样品为试验材料,分离得到一种菌株,该菌株可产一种红色素,红色素经过红外光谱分析证明为灵菌红素.对菌株形态和菌落特征、生理生化特性、全细胞脂肪酸组分进行研究,并通过测定其16SrRNA基因序列的方法来鉴定此菌株.结果表明:16SrRNA基因序列与粘质沙雷氏菌种的亲缘关系最接近,16SrRNA基因测序BLAST结果表明此菌株为粘质沙雷氏菌Serratia marcescens.     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6，对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树，其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.     

16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

德夯嗜盐耐盐菌抗菌活性筛选和系统发育

以8个敏感菌株作为指示菌,采用琼脂扩散法,对分离自湖南省德夯峡谷(28°15′~28°43′ N,109°30′~109°45′ E)普通非盐环境土壤样品中的294株嗜盐及耐盐细菌进行抗菌活性筛选,并对其中具有较强抗菌活性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.受试菌株中有109株的发酵产物具有抗菌活性（阳性率37.1%）,其中5个菌株具有较强抗菌活性（JSM 102030,JSM 102052,JSM 102054,JSM 102066,JSM 102082）.基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这5个菌株分别属于细菌域(Eubacteria)的3个门(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)中的3个科(Bacillaceae,Halomonadaceae,Nocardiopsaceae)的4个属,菌株JSM 102030属于Halobacillus属,与该属已知种Halobacillus trueperi DSM 10404T的系统发育关系最为密切（序列相似性为99.1%）,JSM 102052和JSM 102054属于Halomonas属,与Halomonas alkaliphila 18bAGT的系统发育关系最为密切(序列相似性为98.3%),JSM 102066属于Nocardiopsis属,与其系统发育关系最为密切的是Nocardiopsis prasina DSM43845T (序列相似性为99.3%),JSM 102082与Oceanobacillus属的Oceanobacillus kimchii X50T以99.6%的16S rRNA基因序列相似性聚在一起.研究结果表明,分离自湖南省德夯峡谷普通非盐环境土样的嗜盐及耐盐细菌中存在较高比例的抗菌活性菌株,且这些细菌具有较为丰富的系统发育多样性.     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

锦鲤弗氏柠檬酸杆菌的鉴定

对从病死锦鲤（cyprinuscarpioL．）肝组织中分离的2株菌（编号：HC050630B-1,HC050630B-2）进行了形态特征、主要理化特性、对健康鲤鱼的致病作用、药物敏感性等方面的检验;同时测定了HCOS0630B-1株菌的16SrRNA基因序列,构建了系统发育树。结果表明,2株被检菌为弗氏柠檬酸杆菌（C...     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

泡桐内生枯草芽孢杆菌JDB-1草菌素的抑菌活性及其spaS基因的克隆

用硫酸铵沉淀法从泡桐内生枯草芽孢杆菌JDB-1发酵液中粗提枯草菌素,采用纸片扩散法和琼脂糖扩散法分别检测枯草菌素对细菌和真菌的抑菌活性,采用PCR从菌株JDB-1基因组DNA中扩增出枯草菌素基因spaS,并克隆到pMD18-T载体,测定spaS基因的核苷酸序列.结果表明硫酸铵粗提的枯草菌素对大肠杆菌K12、恶臭假单胞杆...     

广西北部湾海域表层海水细菌多样性及其潜在生物合成基因研究

本研究选取广西北部湾3处近海海域,以其表层海水作为研究对象进行细菌多样性分析,旨在挖掘潜在抗生素生物合成的菌株.选用传统稀释涂布法和基于16S rRNA基因序列的系统发育树分析海水中可培养细菌多样性,并对其基因组DNA进行抗生素生物合成基因聚酮合酶(PKS)基因、非核糖体肽合成酶(NRPS)基因及卤化酶(Halo)基因...     

16S rRNA序列分析在多杀巴斯德氏菌鉴定中的应用

目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较,BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99%。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感,而对青霉素G已产生耐药性。结论16s rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。     

柳珊瑚Anthogorgia caerulea相关可培养共生放线菌多样性及其生物毒活性研究

【目的】研究斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caerulea可培养共生放线菌多样性及其发酵液代谢产物的生物毒活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对从广西斜阳岛附近海域采集的柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea可培养共生放线菌多样性进行研究,利用卤虫致死法测试其生物毒活性。【结果】从柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中分离获得相关可培养放线菌23株,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌株属于2个亚纲9个科9个属23种。绝大部分菌株都具有一定的生物毒活性,其中10株菌株有较强生物毒活性,l株有显著毒活性。【结论】广西斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中存在较为丰富的放线菌多样性,部分菌株具有较强的生物毒活性。     

木霉属中国新记录种Trichoderma paratroviride

从山东保护地土壤中分离得到木霉菌Y15,结合ITS、tef1 α和形态学特征进行鉴定。 结果发现Y15菌株为近深绿木霉（Trichoderma paratroviride）。该菌株在PDA上菌落稠密,老熟后毡状,灰绿色;分生孢子梗主轴长,着生短的二次分枝,再次分枝少,分枝成对或轮生。瓶梗通常2~4个轮状排列,烧瓶形或锥形,直或弯曲;分生孢子亚球形至卵圆形,绿色,光滑。tef1 α序列与近深绿木霉模式菌株S489和S385序列同源性高达99%,在系统进化树中与其亲缘关系也最近。该种在国内首次报道和描述,为木霉属中国新记录种。