利用PCR-DGGE分析胆固醇结石中细菌群落结构

本研究运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法对来自8名胆石病人的8份胆固醇结石和4份胆汁样品中细菌群落结构进行分析和比较研究。DGGE结果显示,胆固醇结石中细菌含有Enterococcus,Pseudomonas等13个属细菌,其中Pseudomonas检出率最高,Klebsiella和Bacillus两个属细菌含量较多;胆固醇结石中6个属细菌在胆汁中也检测到。不同病人之间胆固醇结石细菌群落结构高度相似,但胆汁相似度较低;胆固醇结石中细菌群落结构与胆汁细菌群落结构最高相似度仅为38%,胆汁中细菌种类虽与胆固醇结石有同源性,但细菌群落结构差异较大。因此,导致胆固醇结石形成的细菌种类有一定偏好性,不因人而异,临床上对这些细菌的控制将有利于抑制结石的生成。     

肝内胆管结石和胆汁中细菌多样性分析

运用培养法和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对6个病人肝内胆管结石和胆汁中的细菌群落进行了分析.胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)培养法结果显示,从6个胆石和5个胆汁样品中分别分离到15株和12株细菌,均属于Escherichia和Enterococcus两个属,而同一病人胆石及胆汁中细菌种类并不完全相同,其中一份胆汁样在两种方法检测中皆为阴性;PCR-DGGE结果表明,胆石及胆汁样品中除培养法中发现的两个属外,还包含Pseudomonas、Morganella、Citrobacter、Baterioides、Serratia、Clostridiales和Aeromonas共7个属的细菌.在5组PCR阳性的胆石和胆汁的DGGE指纹图谱相似性分析中,每组内胆石和胆汁间细菌群落结构的最高相似性仅为32.3%.两种检测方法的结果表明,Escherichia coli在胆石和胆汁中的检出率最高,胆石和胆汁中细菌多样性存在差异,PCRDGGE技术比培养法能更好检测到胆石和胆汁中的细菌多样性.     

太湖梅梁湾不同深度沉积物中细菌群落结构组成

为研究湖泊沉积物不同深度处的细菌群落结构组成和多样性,选取太湖梅梁湾作为采样点,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术比较湖泊不同深度沉积物样品中细菌群落的结构组成及其多样性。结果表明:太湖沉积物中细菌具有丰富的多样性,细菌种类和相对丰度与当前已有的可培养细菌研究结果一致。细菌群落结构随着沉积物深度的增加呈现一定的变化规律,相邻近的沉积物分层中细菌群落结构的相似度较高;随着沉积物深度的增加,沉积物中优势菌属发生了一定的变化;表层沉积物与底层沉积物的细菌群落结构相差较大。鉴于氧含量随着沉积物深度的增加而逐渐减少,可以推断氧含量的变化是造成湖泊沉积物中细菌群落结构与多样性差异的主要原因。另外,表层沉积物中的生物扰动也是可能的原因。     

基于固定样地的黄山不同海拔森林群落物种多样性分析

【目的】对黄山植被进行多样性研究,了解不同海拔群落物种组成及结构特征,完善森林植被的多样性研究,以便为该地区的生物多样性保护及资源可持续利用提供客观依据。【方法】采用样地调查法对黄山3个不同海拔和生境的植物群落进行大样地调查,分析其种类组成、区系特征和物种多样性,并结合Jaccard群落相似性原理评价了3个群落间的相似度。【结果】样地内维管植物有39科76属124种;区系特征显著,同时具有亚热带和温带成分,且后者更明显;乔木层优势度最高,丰富度和多样性变化趋势一致,均表现为灌木层乔木层草本层,3个群落的物种多样性和丰富度总体表现为群落Ⅰ群落Ⅲ群落Ⅱ;群落结构为中等不相似,Ⅰ与Ⅱ的相似度Ⅰ与Ⅲ的相似度Ⅱ与Ⅲ的相似度。【结论】整体来看,黄山植物沿海拔有显著更替特征,乔木层优势种明显,种类单一,占据顶层空间;灌木层植物种类丰富,均匀分布,是群落的主要结构组成;草本层占据较少的空间。3个群落植物多样性较低,相似性水平低,不同海拔的分布种不同,与植被退化及更替都有关联。根据黄山植被群落实际情况,建议适当开窗疏林,并对风景区进行间断保护,促进林下苗木和灌丛的生长及均匀分布,完成森林的更新演替,使之向稳定群落发展。     

利用PCR-DGGE分析茂名油页岩矿区土壤细菌群落组成

为了了解油页岩矿区土壤环境中细菌群落的物种组成结构,以野外多点采集广东茂名油页岩矿区土壤样品作为研究对象,采用改进的SDS高盐提取法提取微生物总DNA,并利用PCR-DGGE技术分析细菌群落菌属种类。结果表明:DGGE指纹图谱中共包含13个操作分类单元(OTUs),它们涉及变形菌门(α-,β-,γ-)、厚壁菌门和绿湾菌门3个细菌门类,其中,α-变形菌有3个OTUs,分别属于Altererythrobacter,Chelativorans和Sphingomonas菌属;β-变形菌有3个OTUs,它们属于Hydrogenophaga和Thiobacillus菌属;γ-变形菌有4个OTUs,它们属于Acinetobacter和Pseudomonas菌属;厚壁菌门有2个OTUs,分别属于Faecalibacterium和Bacillus菌属;绿湾菌门有暂时无法确定菌属的1个OTU。     

河北驼梁风景区蜘蛛群落结构多样性

2007年7月对河北驼梁风景区蜘蛛种类和群落结构进行了调查,运用样方与随机扫网相结合的方法,共采集蜘蛛标本983头,隶属22科60属84种.运用群落多样性指数对其进行分析,研究结果表明:驼梁风景区蜘蛛物种多样性丰富,不同生境中蜘蛛群落的种类和结构差别较小.灌木丛中的蜘蛛种类最多,个体密度最高,群落结构相对稳定;落叶层中的蜘蛛均匀度最高,结构比较稳定;而滩涂中的蜘蛛种类少,个体密度较低,优势度明显.运用Fisher对数级数分布模型对驼梁风景区蜘蛛群落物种和多度关系进行拟合,得到结果:S=34.38 ln(1+N/34.38)(经卡方检验:χ2=7.11＜χ6,0.05=12.59,P＞0.05).     

子午岭森林凋落叶对土壤细菌群落结构的影响

为了深入认识森林凋落物与土壤微生物群落结构间的关系,通过小盆模拟凋落叶覆盖实验,运用PCR-DGGE技术,研究了黄土高原子午岭主要树种凋落叶覆盖对土壤细菌群落结构的影响.多样性分析结果显示,单一种类凋落叶处理后的细菌群落其Shannon-Wiener指数的变化趋势为辽东栎(3.54)油松(3.49)白桦(3.30);不同凋落叶混合处理后,细菌群落多样性增高或降低,以油松-辽东栎-白桦凋落叶混合处理的Shannon-Wiener指数最高;聚类分析结果显示,8种处理土样可分为4个类群,分别代表了凋落叶混合处理土壤(S2、S5、S3和S4),单一种类凋落叶处理土壤(S7和S8),单一种类凋落叶处理土壤(S6)和无凋落叶处理的土壤对照(S1).研究表明:凋落叶覆盖处理可使细菌群落结构发生明显改变,凋落叶单独处理和混合处理所造成的细菌群落结构的变化不同,这些变化与凋落叶种类及其交互作用方式有关.     

英那河细菌群落结构及其与环境因子的相关性研究

利用高通量测序技术分析比较了英那河2018年5月、7月和9月的三个国控断面细菌群落结构及其与环境的相关性.序列比对结果显示,除分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,英那河共发现细菌39门95纲173目311科583属,在门水平上,变形菌门(PROTEOBACTERIA),蓝菌门(CYANOBACTERIA),放线菌门(ACTINOBACTERIA),拟杆菌门(BACTEROIDETES)是优势菌门,在属水平上,HGCL-CLADE、鞘脂杆属(SPHINGOBIUM)、METHYLOVERSATILIS是优势菌属.细菌群落多样性指数(SHANNON WIENER指数)平均值为3. 74,细菌群落多样性从月份角度排序为9月 5月 7月.通过共有独有分析发现相邻的两个月份细菌群落结构相似,地理距离较近的两个断面群落结构相似.冗余分析(RDA)结果表明溶解氧(DO)、高锰酸盐指数(COD_(MN))、氨氮(NH_3-N)、化学需氧量(COD)和总磷(TP)对细菌的群落结构有影响.     

特殊竹林土壤细菌群落结构及多样性研究

为对活竹酒生产区这种特殊环境中的竹林土壤细菌群落进行分析,研究其土壤微生物结构及其多样性,通过16S rDNA测序技术在IonS5TMXL测序平台上完成土壤细菌的高通量测序,对位于竹酒酿造区域的竹林核心区J1、非竹林区J2及竹林边缘区J3土壤进行了细菌群落结构分析。结果表明:样本细菌种类主要集中在酸杆菌门（Acidobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、芽单胞菌门（Gemmatinonadetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）。其中,竹林核心区J1土壤细菌以放线菌门OTUs数占比最高,但其优势菌群为酸杆菌门酸栖热菌属（Acidothermus）;非竹林区J2以酸杆菌门占比最高,优势菌群为其下苔藓菌属（Bryobacter）;竹林边缘区J3处于竹林生境和非竹林生境的交汇地带, 生境不稳定,土壤细菌以变形菌门占比最高,优势菌属主要包括变形菌门鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、酸杆菌门苔藓菌属（Bryobacter）、芽单胞菌门金雀花属（Gemmatimonas）等,群落内物种较为复杂,但其细菌群落结构仍与竹林核心区J1相似。可见,随着样本从非竹林区逐渐接近竹林核心区,1）细菌群落多样性总体呈现先增加后降低的趋势,可能与竹林单一生境有关;2）个别细菌菌群数理和结构发生了较大变化,活竹酒酿造环境使得竹林土壤放线菌门而非变形菌门数量最多,或与当地独特的竹酒酿造环境相关。     

关中北部塬区林地啮齿动物群落多样性变化研究

通过聚类分析和主成分分析 ,将关中北部塬区林地啮齿动物群落分为 3种类型 .退耕林地啮齿动物群落初期保持了原农田群落的特点 ,1a后种群密度有一个上升的过程 ,群落密度增高 ,并逐渐向周围林地扩散 .从灌木疏林 农林交错分布的荒坡林地 农田 退耕林地啮齿动物群落呈现规律演替 ,表现为密度依次增加 ,危害逐渐加重 .灌木疏林地啮齿动物群落类型与荒坡林地啮齿动物群落类型的相似度较高 ,与退耕林地啮齿动物群落类型的相似度麟游群落的相似度低 ,而永寿的相似度高 ;荒坡林地啮齿动物群落类型与退耕林地啮齿动物群落类型的相似度较高 .农林交错分布的荒坡林地啮齿动物群落是退耕林地向灌木疏林地群落的过渡群落 ,种类相对较少 ,密度相对较大 ,属灌木疏林地的次生啮齿动物群落 .     

陕西子午岭国家级自然保护区蝶类昆虫多样性分析

对陕西子午岭国家级自然保护区鳞翅目昆虫蝶类资源调查,共记录蝴蝶1 926只,隶属于6科34属47种,蛱蝶科种类最多,有13属18种,其次为粉蝶科6属11种,弄蝶科种类最少,有2属3种。在选取的林地、灌丛、湿地、草地和农田5种生境中,林地蝶类物种数量、多样性指数、均匀度及丰富度指数均最高,原因为林地植被类型多,人为干扰小,故恢复植被是提升蝶类资源丰富度的重要手段;蝶类群落结构及多样性随季节的变化而变化,各月份蝶类多样性指数和丰富度指数变化基本一致,从5月份到7月份逐渐递增,到8月份开始下降,9月份达到最低,蝶类种类和数量最多集中在6月、7月和8月。     

贵州施秉榧树群落结构与物种多样性研究

为了解贵州榧树群落结构与物种多样性状况,以期为榧树种质资源的保护与利用提供部分依据,我们采用样方法对6个榧树群落面积为5 m×5 m样地内的物种组成、群落结构进行调查分析,结果表明:榧树在群落中可实现正常更新,表现为增长型.榧树群落中有维管植物47科68属78种,就其生活型而言,群落中木本植物41种,其中常绿树种30种.群落垂直结构可分为灌木层、乔木层和草本层,层间层则种类较少;而物种多样性指数较高的为灌木层,其次为草本层,物种均匀度指数以草本层最高,乔木层次之,也即草本层的优势度更为明显,这说明群落次生性较强.尽管榧树可以自我更新,但我们仍建议适度进行抚育以促进其幼树生长.     

大庆油田聚驱后油藏细菌群落演替规律研究

应用分子生态学方法,研究了大庆油田聚驱后油藏微生物调剖过程中细菌群落结构变化规律。从大庆油田聚驱油藏样品中提取总DNA,扩增其16S rDNA片段,PCR-DGGE实验,通过切胶测序分析研究了细菌群落结构演替规律。微生物调剖试验结果显示,日产液下降3吨,日产油量提高11吨,含水量下降4吨。PCR-DGGE结果显示,北-2-4-P49主要的优势种群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、梭菌属(Clostridia bacterium)、热微菌属(Thermomicrobium sp.)、厚壁菌属(Firmicutes bacterium)和一些未知菌属。细菌多样性丰富,群落结构变化较大。对微生物调剖前后细菌群落结构的研究可以为微生物采油过程提供技术指导和实际参考。     

连续火干扰对攀枝花干热河谷地表蚂蚁群落的影响

为了弄清攀枝花干热河谷连续火干扰林地地表蚂蚁多样性及其指示作用,在攀枝花市境内3种类型样地采用陷阱法对地表蚂蚁群落和植被群落进行调查.结果表明:攀枝花干热河谷3种类型样地表蚂蚁群落由4亚科16属21种组成,共1 878头;3种类型样地中,攀枝花公园蚂蚁多度和多样性水平最高;在3种类型的样地中,蚂蚁群落结构有差异,但同德林场火干扰样点与未火干扰样点群落结构较相似;同德林场短期未被火干扰栖境无指示物种,攀枝花公园和同德林场连续4 a火干扰样地均存在指示物种.研究表明具有连续火干扰的“计划烧除”可以在预防大面积火灾的前提下,在一定程度上保持蚂蚁群落较高的多度和较稳定的物种多样性水平,对提高区域生物多样性具有积极作用.     

3个杂交水稻亲本成熟期种子内生细菌多样性研究

通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本“深08S”、“和620S”及“16A007”种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。“深08S”种子内生细菌含40个分类操作单元(operational taxonomic units, OTU),分属Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria及Bacteroidetes类群,其中,第一优势菌属为Rhizobium,丰度为15.83%,第二优势菌属为Bacillus,第三优势菌属为Sphingomonas和Curtobacterium。“和620S”种子内生细菌含20个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Curtobacterium,丰度为25.33%,第二和第三优势菌属分别为Microbacterium和Pantoea。“16A007”种子内生细菌含24个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Pantoea,丰度为35.00%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Micrococcus和Pseudomonas。相比处于灌浆期的水稻种子内生细菌,成熟期的水稻种子内生细菌更丰富,种类更多。由研究可见,种子内生细菌的种类随种子成熟度而变化,成熟期的水稻种子具有丰富的内生菌资源,可为开发新的植物益生菌剂奠定基础,且水稻种子内生细菌的组成与水稻品种有一定的关系。     

延安黄土丘陵沟壑区不同年限人工恢复林地中的蝗虫群落结构

为探讨蝗虫群落结构与植被环境变化间的关系,给蝗虫生态治理和黄土高原生态恢复提供理论依据,在抽样调查蝗虫群落组成基础上,运用群落多样性指数、相似性分析方法比较分析了延安黄土丘陵沟壑区4个不同年限的人工恢复林地中蝗虫群落的结构特征,结果表明:共采集蝗虫标本753头,隶属于6科9属17种,蝗虫科、属、种的数量随恢复年限的增长而递增,Shannon-Weiner多样性指数和物种丰富度指数在恢复11年的人工林地中最高,优势度指数在恢复5年的人工林地中最高,说明随着生态恢复时间的延长,人工恢复林地中植物种类及林草覆盖度日趋增高,蝗虫群落组成也愈加丰富,生态群落越趋于稳定;白纹雏蝗(Chorthippus albonernus)大量存在于不同恢复年限的人工林地,说明白纹雏蝗是人工恢复林地的群落优势种;相似性分析表明,不同年限的人工恢复林地中蝗虫群落均为中等相似,说明经多年恢复的人工林地中,植物种类变化不大,群落结构还较简单,持续实施封山禁牧、退耕还林还草战略,将自然恢复与人工恢复措施相结合,才是延安黄土丘陵沟壑区生态环境建设的有效途径。     

杭州不同城市生境杂草群落分布格局及其成因

在杭州城市化进程下,调查了8种城市生境类型中杂草群落的种类组成与结构.通过测定光照强度、土壤pH值、土壤电导率、土壤紧实度、土壤总氮、土壤总磷、土壤有机质及干扰类型等生境因子,分析了杂草群落物种组成与生境因子的关系.结果表明:调查的1 665个杂草样方中,森林空隙和草坪是最为常见的生境类型,涵盖的群落类型数量分别占总数的20.1%和16.3%;除树池外的7种生境,其群落优势种均以矮生长型的一年生杂草为主;在8种生境中均有分布的杂草物种共有30种;不同生境的环境因子存在差异,森林空隙的光照强度最小,灌草丛空隙的土壤电导率值最高,土壤型废弃地的光照强度和土壤紧实度均最高.     

星斗山植物群落结构及物种多样性

通过对星斗山自然保护区的木本植物群落结构、物种组成、物种丰富度和多样性进行了研究,结果表明:1星斗山的木本植物种类组成丰富,优势种明显;2星斗山植物群落区系组成泛热带和北温带分布类型最丰富;3星斗山两个群落类型物种丰富度高,群落Ⅰ各层Shannon-Weiner指数与Simpson指数呈正相关,乔木层生物多样性指数和优势度指数值最高.群落Ⅱ各个层次的Pielou均匀度指数与Shannon-Wiener多样性指数成正相关,与Simpson优势度指数呈负相关,乔木层物种丰富度、优势度最高,均匀度和多样性指数较低.     

丹河国家湿地公园鸟类多样性研究

为了调查丹河国家湿地公园的鸟类资源现状,2019年10月至2021年8月,对该公园鸟类的种类、数量、栖息地等进行了详细的调查研究.共记录鸟类18目50科99属160种,其中留鸟72种,冬候鸟42种,夏候鸟27种,旅鸟19种.国家I级保护鸟类3种,国家II级保护鸟类27种,中国特有种3种,优势鸟种21种.冬季鸟类多样性指数和优势度指数最高,春季与秋季的鸟类群落相似性最高,夏季与冬季的鸟类群落相似性最低.在4种生境中,湿地水域鸟类的多样性指数和优势度指数最高,湿地水域与沟谷灌丛的鸟类群落相似性最高,村庄农田与水库鸟类群落相似性最低.生境选择相似或同科鸟类的生态位重叠值较高.     

亚热带3个地点青钱柳群落特征比较

【目的】以亚热带3个区域青钱柳天然群落为研究对象,通过调查其物种组成、结构特征、种群结构以及更新状况,探究影响青钱柳种群更新的主要原因,为青钱柳野生资源的保护和可持续利用提供科学依据和技术支撑。【方法】采用典型样方调查的方法,对3个青钱柳群落[四川沐川(群落M)、广西金钟山(群落J)和湖北鹤峰(群落H)]进行样方调查,分析其物种组成、物种多样性特征和区系特征,并评价群落间的相似性。以径级代替年龄的方式分析种群结构和更新情况。【结果】四川沐川群落(群落M)、广西金钟山群落(群落J)和湖北鹤峰群落(群落H)分别有维管植物32科50属70种、50科79属96种和59科100属126种;3个群落区系特征差异不显著,均以亚热带和温带成分为主;物种多样性和物种丰富度变化趋势较为一致,表现为乔木层>灌木层>草本层。3个群落的物种多样性和丰富度总体表现为群落H>群落J>群落M;群落结构为中等不相似,相似度表现为群落M与群落J的较高,群落M与群落H的次之,群落J与群落H的较小。【结论】整体来看,不同地理分布的青钱柳群落物种组成差异明显,相似性水平低,但其结构特征具有一定的相似性;乔木层树种优势显著,导致林分郁闭,林下光照减少,影响种群更新;灌木层植物种类较多,分布较为均匀;草本层占据较少空间,以蕨类植物为主;青钱柳种群天然更新在径级结构上出现不同程度的残缺现象,导致更新不连续。从天然更新的角度看,适当开辟林窗,有利于促进林下青钱柳幼苗幼树的生长及均匀分布,完成种群更新,使群落向着长久稳定的方向发展。