利用PCR-DGGE分析胆固醇结石中细菌群落结构

本研究运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法对来自8名胆石病人的8份胆固醇结石和4份胆汁样品中细菌群落结构进行分析和比较研究。DGGE结果显示,胆固醇结石中细菌含有Enterococcus,Pseudomonas等13个属细菌,其中Pseudomonas检出率最高,Klebsiella和Bacillus两个属细菌含量较多;胆固醇结石中6个属细菌在胆汁中也检测到。不同病人之间胆固醇结石细菌群落结构高度相似,但胆汁相似度较低;胆固醇结石中细菌群落结构与胆汁细菌群落结构最高相似度仅为38%,胆汁中细菌种类虽与胆固醇结石有同源性,但细菌群落结构差异较大。因此,导致胆固醇结石形成的细菌种类有一定偏好性,不因人而异,临床上对这些细菌的控制将有利于抑制结石的生成。     

利用PCR-DGGE技术分析猪粪堆肥细菌群落结构

采用PCR-DGGE技术对猪粪堆肥升温期、高温期和降温期上、中、下3层共9个堆肥样品的细菌群落结构演替及其多样性进行了分析.结果表明,不同时期、不同高度层堆肥样品中有着比较丰富的细菌多样性,同时存在着明显的优势种群结构变化.因此,不同时期不同高度层堆肥微生物所表现出的多样性,直接为我们提供了梯度效应存在的生物学证据,为诠释和控制梯度效应提供了理论依据.     

PCR-DGGE法分析细菌群落结构及多样性

采用PCR-DGGE方法研究活性污泥和土壤中微生物种群结构的变化.提取样品总DNA作为模板,采用细菌通用引物GC-338F和518R进行PCR扩增.最后对DGGE图谱中优势条带进行回收、测序.结果显示,变形菌门和拟杆菌门是构成土壤和污泥微生物群落的主要种群,且变形菌门所占比例最大,在各样品中均占40%以上,是该研究样品中的优势细菌类群;土壤的细菌群落中检测到放线菌门,而活性污泥中未检出.     

利用PCR-DGGE分析茂名油页岩矿区土壤细菌群落组成

为了了解油页岩矿区土壤环境中细菌群落的物种组成结构,以野外多点采集广东茂名油页岩矿区土壤样品作为研究对象,采用改进的SDS高盐提取法提取微生物总DNA,并利用PCR-DGGE技术分析细菌群落菌属种类。结果表明:DGGE指纹图谱中共包含13个操作分类单元(OTUs),它们涉及变形菌门(α-,β-,γ-)、厚壁菌门和绿湾菌门3个细菌门类,其中,α-变形菌有3个OTUs,分别属于Altererythrobacter,Chelativorans和Sphingomonas菌属;β-变形菌有3个OTUs,它们属于Hydrogenophaga和Thiobacillus菌属;γ-变形菌有4个OTUs,它们属于Acinetobacter和Pseudomonas菌属;厚壁菌门有2个OTUs,分别属于Faecalibacterium和Bacillus菌属;绿湾菌门有暂时无法确定菌属的1个OTU。     

肝内胆管结石和胆汁中细菌多样性分析

运用培养法和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对6个病人肝内胆管结石和胆汁中的细菌群落进行了分析.胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)培养法结果显示,从6个胆石和5个胆汁样品中分别分离到15株和12株细菌,均属于Escherichia和Enterococcus两个属,而同一病人胆石及胆汁中细菌种类并不完全相同,其中一份胆汁样在两种方法检测中皆为阴性;PCR-DGGE结果表明,胆石及胆汁样品中除培养法中发现的两个属外,还包含Pseudomonas、Morganella、Citrobacter、Baterioides、Serratia、Clostridiales和Aeromonas共7个属的细菌.在5组PCR阳性的胆石和胆汁的DGGE指纹图谱相似性分析中,每组内胆石和胆汁间细菌群落结构的最高相似性仅为32.3%.两种检测方法的结果表明,Escherichia coli在胆石和胆汁中的检出率最高,胆石和胆汁中细菌多样性存在差异,PCRDGGE技术比培养法能更好检测到胆石和胆汁中的细菌多样性.     

利用PCR-DGGE技术分析硫化镍矿浸矿体系中的细菌群落演替

 浸矿体系中的菌群结构及其演替规律与浸出率具有密切的关系,为了解硫化镍矿浸矿体系中的这种关系以提高浸出率,利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术结合16S rRNA基因序列对体系的细菌种群结构进行分析.研究表明,在硫化镍矿浸矿体系中,菌群组成菌属为嗜酸氧化亚铁硫杆菌属(Acidithiobacillus),并在浸矿体系中具有明显的演替现象,浸矿体系中的菌株演替和浸出率具有明显的相关性,经过21d的浸出,硫化镍矿的浸出率达到70%,探索浸矿体系中细菌的种群结构及其演替与浸出率的关系,对优化浸出体系菌群组成,提高浸出率具有指导作用.     

石化废水处理系统微生物群落结构PCR-DGGE分析

为提高石油化工污水厂厌氧--好氧(A/O)工艺净化效能,应用聚合酶链式反应一变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与常规技术相结合的方法分析了石化废水处理系统生化池中微生物群落结构变化与污染负荷和主要污染物降解效果变化的关系.结果表明:在每天2次,连续6天的监测中,待处理废水中COD负荷在424.92 mg/L和559.10 mg/L之间波动,NH3-N在63.60 mg/L和100.87 mg/L之间变化;工艺对COD和NH3-N的去除率较低,分别为69.42%和31.2%.且生化池各段对COD和NH3-N的去除率变化并非呈单一递减趋势,这与微生态细菌种类随污水浓度的变化呈非单一的递减趋势相一致;PCR-DGGE图谱中各处理单元的细菌条带数量变化很大,相似性系数最高为36.11%,最低为6.25%,微生物群落结构相似性很低.     

PCR-DGGE分析湿地植物根际土壤细菌群落实验条件优化

为了更好地利用PCR-DGGE技术分析湿地植物根际土壤样品的细菌多样性,选取3对通用引物,优化了PCR扩增16SrDNA的实验条件,并优化了DGGE的变性剂浓度梯度范围和电泳时间长度.结果显示：PCR时采用退火温度touch-down程序,能够提高扩增特异性.引物357f/518r和357f/907rM扩增靶序列的DGGE变性剂浓度梯度理想范围分别为50%～80%和40%～70%,最佳电泳时间长度分别为17h和14h.比较DGGE分析图谱的条带数以及Shannon多样性指数,357f/518r呈现的结果最好,357f/907rM次之.运用引物357f/518r和357f/907rM扩增靶序列的DGGE分析,能更全面地反映湿地植物根际土壤样品的细菌多样性.     

PCR-DGGE法分析不同酒曲中细菌多样性

目的:研究不同酒曲中细菌的多样性.方法:利用DNA提取试剂盒,分别提取6种酒曲的总DNA,利用细菌16S rRNA gene V3区通用引物,采用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE)方法,进行...     

中华蜜蜂肠道细菌群落的PCR-DGGE分析

肠道微生物与中华蜜蜂的生长发育密切相关,在为宿主提供营养、抵抗病原菌侵袭等方面起重要作用.为了探究中华蜜蜂在封盖一日龄蛹、破巢幼蜂和采集蜂三个重要发育阶段肠道细菌群落的结构组成及差异变化,我们对细菌16S r DNA的V6-V8可变区进行PCR-DGGE和克隆测序,并计算封盖一日龄蛹、破巣蜂和采集蜂阶段中华蜜蜂肠道菌群的多样性指数和相似性系数,结果表明:采集蜂肠道内细菌多样性指数最大,而封盖一日龄蛹和破巣幼蜂之间的肠道菌群相似性较高;测序结果初步得到了Gilliamella、Snodgrassella、Carnobacterium、Neisseriaceae、Frischella、Janthinobacterium、Pseudomonas、Lactobacillus、Lactococcus和Leuconostoc十种菌属,其中封盖一日龄蛹和破巢幼蜂的优势菌属为Snodgrassella和Pseudomonas;采集蜂的优势菌属为Gilliamella和Snodgrassella.本研究旨在为提高中华蜜蜂的环境适应性和病虫害的防治提供依据.     

海水养殖沉积环境细菌多样性PCR-DGGE分析

采用PCR结合变形梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,分析泉州东海海水养殖池基地新建虾池与一15年池龄虾池沉积物样品中细菌群落组成的变化.对DGGE图谱中的13条主要条带进行测序分析,结果表明,虾池环境中的主要微生物类群为γ-变形杆菌亚群(γ-proteobacteria,30.77%)、厚壁菌群(Firmicutes,15.38%)、δ-变形杆菌亚群(δ-proteobacteria,7.6%)、拟杆菌群(Bacteroidetes,7.6%)、绿弯菌群(Chloroflexi,7.6%),放线菌群(Actinobacteria,7.6%),未知菌群(Unknown environmental samples)占23.08%.     

PCR-DGGE方法解析电凝聚膜生物反应器中微生物群落结构

在浸没式膜生物反应器(SMBR)膜组件两侧设置以铁为牺牲阳极的电凝聚极板,构建电凝聚膜生物反应器(ECMBR)处理活性艳蓝X-BR模拟印染废水,与传统SMBR相比,ECMBR中活性污泥对COD,NH+4—N,TN,TP和染料的去除率分别提高了27%,38%,47%,392%和286%.应用PCR-DGGE方法,对普通SMBR和ECMBR中的微生物群落结构的变化进行分析.结果表明,运行期ECMBR中污泥的多样性Shannon指数为29,略高于同期的SMBR,两个反应器中的微生物群落结构变化很小,相似性维持在97%以上,在膜生物反应器中采用电凝聚强化微生物多样性是可行的.     

大连低温海域细菌群落结构和功能研究

本研究采用高通量测序技术研究大连低温海域细菌群落组成和功能。实验结果显示：在门的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌门(47%)、厚壁菌门(23%)、变形菌门(13%)和螺旋体门(12%)的细菌;在属的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌属(17%)、普氏菌属(13%)和密螺旋体属(12%)的细菌;注释到大量的与外源物降解相关的功能基因,如氯烷烃和氯烯烃、氯环己烷与氯苯、多环芳烃、DDT等外源物的降解相关基因。     

应用PCR-DGGE技术解析MBR中微生物群落多样性

为了揭示膜生物反应器中活性污泥的微生物多样性,取样处理不同水质的膜生物反应器中的活性污泥,通过细胞裂解直接提取其中的基因组DNA,以细菌通用引物进行16S rRNA基因V3高变异区域PCR扩增,再将PCR产物(约240 bp)进行变性梯度凝胶电泳分离(变性剂梯度为30%～60%),获得表征污泥中微生物群落特征的DNA指纹图谱.研究表明,不同的膜生物反应器中既存在着共同的微生物种属也有各自特异的种属.相同的微生物种群在不同反应器中的优势地位不同,各自特有的微生物群落则是由于水质的不同经过长期演替而来.     

西太平洋暖池区深海沉积物细菌群落结构分析

将传统培养方法与分子生物学方法结合,选取西太平洋暖池区上的5个位点进行深海细菌群落结构分析.变形梯度凝胶电泳(DGGE)带型分析表明5个位点的细菌群落结构相似,分子生物学调查得到的15种类型归属于变形细菌(Proteobacteria)的gamma亚群、alpha亚群、beta亚群、delta亚群,其中与硫代谢相关的克隆子数可达14.03%,说明该海域的硫代谢活动较活跃;用培养的方法共获得32株细菌,归属于变形细菌的gamma亚群、beta亚群,革兰氏阳性细菌.两种方法中变形细菌的gamma亚群为沉积物中的优势细菌类群,说明gamma-proteobacteria在太平洋海域有广泛的分布.分离的菌株大多能够在低温环境下产生大分子物质水解酶类,同样说明所调查海域有比较活跃的物质代谢活动.     

福建红曲醋发酵液的细菌群落结构分析

采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.     

太湖梅梁湾不同深度沉积物中细菌群落结构组成

为研究湖泊沉积物不同深度处的细菌群落结构组成和多样性,选取太湖梅梁湾作为采样点,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术比较湖泊不同深度沉积物样品中细菌群落的结构组成及其多样性。结果表明:太湖沉积物中细菌具有丰富的多样性,细菌种类和相对丰度与当前已有的可培养细菌研究结果一致。细菌群落结构随着沉积物深度的增加呈现一定的变化规律,相邻近的沉积物分层中细菌群落结构的相似度较高;随着沉积物深度的增加,沉积物中优势菌属发生了一定的变化;表层沉积物与底层沉积物的细菌群落结构相差较大。鉴于氧含量随着沉积物深度的增加而逐渐减少,可以推断氧含量的变化是造成湖泊沉积物中细菌群落结构与多样性差异的主要原因。另外,表层沉积物中的生物扰动也是可能的原因。     

PCR-DGGE用于浓香型大曲微生物群落分析的条件优化

试验对浓香型大曲微生物群落的PCR-DGGE电泳最佳变性剂梯度范围、电泳时间进行了优化。结果表明:细菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为35%～55%;而真菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为30%～50%。通过时间进程法得出最佳电泳时间为16小时。运用此优化后的PCR-DGGE技术对不同时期曲药微生物群落进行了研究,获得了较丰富的微生物多样性。     

溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤细菌群落结构

从湘西永顺县猕猴桃基地分别采集萌芽期(3月)、生长期(6月)和成熟期(9月)溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤样品,采用宏基因组测序技术探究了土壤样品中细菌群落结构和种群丰度.结果发现：虽然3个时期健康猕猴桃和病患猕猴桃根际土壤的细菌群落结构和种群丰度存在一定差异,但优势属主要包括Acidobacteria类群、芽单胞菌属、Gaiella等.其中假单胞菌属细菌的种群丰度随生长期延长呈现出先上升后下降的规律,与猕猴桃溃疡病发生进程吻合,提示假单胞菌属细菌可能是猕猴桃溃疡病发生的传染源.此外,黄杆菌科和丛毛单胞菌科细菌在病患猕猴桃土壤样品中丰度高于健康样品,推测其与猕猴桃溃疡病的发生存在正相关关系;红螺菌科、高温单孢菌科,芽孢杆菌属和链霉菌属细菌在健康猕猴桃土壤样品中丰度高于病患样品,推测其在猕猴桃溃疡病发生中起拮抗作用.     

甘肃岷县当归连作种植区土壤细菌群落结构分析

为揭示当归连作土壤细菌群落结构及其功能特征,文中以甘肃岷县闾井镇当归种植区不同连作年限的根际土壤为研究对象,以周边休耕多年的土壤为对照.分析细菌群落结构,土壤理化性质与细菌群落结构的关系,并预测当归土壤细菌群落的基因功能特征.结果表明,当归连作根际土壤细菌群落的多样性指数均高于休耕地土壤,随连作年限的增加根际土壤的细菌群落多样性指数呈先降低后增加的趋势.放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)是当归根际土壤和休耕地土壤细菌群落的主要优势菌门.当归根际土壤放线菌门的相对丰度低于休耕地土壤,酸杆菌门的相对丰度高于休耕地土壤.随连作年限的增加,当归根际土壤放线菌门的相对丰度下降,酸杆菌门的相对丰度增加.冗余分析(CRDA)表明,土壤p H、电导率、全氮含量是影响当归土壤细菌优势菌门的主要因素.土壤p H、速效磷和全氮含量是影响当归土壤细菌优势菌属的主要因素;PICRUSt2功能预测显示,共获得6个一级功能层、47个二级功能层和384个三级功能...