蒿属叶绿体DNA trnL-F的序列分析与系统发育的意义

对蒿属Artemisia Linn.两个亚属5个组38个种进行了trnL-F序列的分析,同时选取了紊蒿Elachanthemum intricatum作为外类群.结果表明,蒿属的trnL-F序列长度为786～799 bp,GC含量为34.79%～35.94%.组间变异小,38个种共有62个变异位点,18个信息位点.根据形态学划分的蒿亚属和龙蒿亚属没有得到很好的分辨,但艾组多数种具有6bp"TACATA"的缺失和三个位点组内多数种的共同变异,使得该组具有较明显的分化.总的来说,trnL-F序列在蒿属植物间有着高度的一致性,讨论系统发育时具有一定的局限性.     

稻蝗属部分种类核DNA ITS1区序列系统发育关系

以核DNA ITS1(Internal Transcribed Spacer 1)序列作为分子标记,对我国稻蝗属部分物种种间相互关系进行初步探讨。对获得的7种稻蝗ITS1区序列进行同源性比较、核苷酸使用频率和变异位点统计计算,分析种间核DNA变异,并用芋蝗作为外类群构建NJ和MP分子系统进化树。实验共获得ITS1序列381bp,其中变异位点48个,占所测序列的12.6%,碱基组成分析显示AT含量低于GC含量,与mtDNA富含AT的特征明显不同;核苷酸变异位点统计结果显示,稻蝗属不同种间核苷酸替换数最高为36个,发生在小稻蝗与山稻蝗之间,变异率达11.18%;而无齿稻蝗与短翅稻蝗具有相同的ITS1区序列,彼此之间没有变异。系统发育树显示,小稻蝗和其他稻蝗之间的关系相对较远,是分化较大的种类;日本稻蝗和海南稻蝗与山稻蝗、短翅稻蝗和无齿稻蝗与中华稻蝗关系较近,分别构成一个聚类簇;但是两两种之间的聚类置信度不高,种间关系还有待进一步澄清。     

西鄂尔多斯特有种四合木与同生境下蒺藜科三个种的核rDNA ITS的序列比较研究

为揭示分布于西鄂尔多斯高原的中国特有种四合木对生境的适应性及与其他属的亲缘关系，用PCR直接测序方法，对四合木与同生境蒺藜科(zygophllyaceae)其他3个种的核糖体DNA ITS片段进行了序列分析，结果表明，4种植物在ITS片段长度、GC百分含量和变异位点数上均存在一定差异，ITSl长177-212bp，ITS2长218-237bp；GC含量为57．7％～62％，信息位点比例30．1％，系统发育分析表明，四合木(Tetraena mongolica Maxim)与霸王(Zygo-phyllum xanthoxylum Maxim)在系统位置上较相近，白刺(Nitraria sibirica Pall)与蒺藜(Tribulus terrestris L．)较相近，ITS所揭示的亲缘关系与这些种的形态学和胚胎学特征相似。     

从Cytb基因序列探讨蝽类部分昆虫的系统发生

通过对蝽总科18种昆虫线粒体DNA细胞色素6基因部分序列进行PCR扩增和序列测定，比较其同源性，统计密码子使用频率并应用生物学软件构建系统发育树．在获得的432bp序列中，碱基T，C，A和G的平均含量分别为37．4％，18．8％，31．8％和12．0％，表现出强烈的AT偏向性．就每个氨基酸密码子采看，第3位点的A＋T含量较高，达到83．6％．谊序列片段中共有215个核苷酸位点发生变异（约占49．8％），种间变异较大．在氨基酸组成上，共编码144个氨基酸。其中有47个发生变异。变异率为32．7％．碱基替换主要发生在密码子第3位点，转换略多于颠换．以筛豆龟蝽（Megacopta cribraria）为外群构建的系统发育树支持荔蝽、盾蝽作为独立的科与蝽科并列，滴蝽从蝽亚科划出归属于舌盾蝽亚科，但蝽科内各亚科间及蝽亚科各族间的系统进化关系与传统的形态分类结果不完全一致，还有待于进一步研究．     

8种蜘蛛抱蛋属植物ITS区序列及其系统学意义

采用克隆测序的方法，测定8种蜘蛛抱蛋属植物的核糖体DNA的内转录间隔区(ITS)序列，加上1种从GenBank查得的ITS序列，经对位排列后有218个位点是变化的，其中91个位点对于简约分析是有效的信息位点．序列GC的含量相对较高，GC的含量在66．1％～75．4％之间，使得蜘蛛抱蛋属植物的ITS区序列的测定存在一定困难．对于蜘蛛抱蛋属的分子系统学研究，ITS区是一段很有价值的DNA片段。     

不同地区大果沙枣nrDNA ITS比较及系统发育分析

对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长及ITS1、5.8S、ITS2的GC含量都高于AT含量.分别采用邻接法（Neighbor-Joining）和最大简约法（Mini-mum Evolution）构建的ITS全长系统发育树显示,相同地区的大果沙枣并没有完全聚在一起,新疆和甘肃地区的聚类在一起,额济纳和外蒙古的相似性低,宁夏中卫大果沙枣位于系统树的基部,是最先分化的个体.     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

蚶科三种贝类ITS2核苷酸序列分析

对蚶科三种贝类ITS2进行PCR扩增、测序及分析,用Mega3.1软件进行了系统发育初步分析.结果显示:毛蚶、泥蚶和魁蚶的ITS2大小分别为284～288bp、380bp、413～417bp,三种蚶的445个序列比对位点中,共有172个保守位点,245个变异位点,166个简约信息位点,78个单突变位点.系统发育分析结果显示,毛蚶和泥蚶先聚为一支,而后与魁蚶聚在一起.ITS2分析结果显示毛蚶和泥蚶种间的遗传关系较近.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术，测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp），探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高，为70．2％，而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高，为85．4％．多态住点数为180个，占总位点数的31．25％，显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生，分析结果支持灰蜻属是较进化的类群，宽腹蜻属次之，蜻属是相对分化较早、较古老的类群，这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

从COI基因序列探讨叶甲科部分昆虫的系统关系

对叶甲科21种昆虫的COI基因（长度为716bp）的序列组成和变异情况进行了分析．结果表明,21种叶甲碱基T、C、A、G的平均含量分别为39．5％、13．9％、32．1％和14．5％,A＋T含量明显高于G＋C含量,密码子第三位点A＋T平均含量高达90．4％;该序列片段中共有315个碱基发生变异,变异率达到44％;核苷酸替换主要发生在C←→T和A←→T之间,第三位点的替换频率显著高于前两个位点．以中华萝摩叶甲（Chrysocus chinensis）为外群,采用MEGA4．0软件构建系统发育树．结果显示,21种叶甲聚为2大分支,叶甲亚科的种类形成一大分支,位于系统树的基部,较其他2个亚科分化得早;跳甲亚科与萤叶甲亚科共同聚为另一分支,二者的关系较之与叶甲亚科的关系更近．系统树所反映的三亚科间的关系与传统分类结果一致．     

光柄筒冠花核糖体DNA ITS区序列

测定中国特有植物光西风筒化的ＩＴＳ区序列,分析了其结构特征,Ｇ＋Ｃ百分含质量及序列变异性,并比较了光西风筒冠花与其他被子植物的ＩＴＳ区序列特征。光柄筒冠花的ＩＴＳ区和５．８Ｓ ＤＮＡ的总长度为６０９个核苷酸。其中ＩＴＳ－１为２０７ｂｐ,ＩＴＳ－２为２３６ｂｐ,５．８ＳｒＤＮＡ为１６６ｂｐ;总的ω（Ｇ＋Ｃ）为５９．１１％,其中ＩＴＳ－１为６４．２５％,ＩＴＳ－２为５７．６３％和５．８ＳｒＤＮＡ为５３     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

冰期天文理论的演变

冰期天文理论是运用地球轨道偏心率、地轴倾角和地转轴进动的3种参数的变化幅度与周期来解释上新世——第四纪期间冰期——间冰期交替变化的一种理论．该理论1842年由Adhemar提出, 经过Croll发展到Milankovitch最终完成,经历了整100年的时间。上世纪60年代开始,深海、黄土、冰芯等大量的地质记录都揭示出３种周期变化,从而证实冰期天文理论的正确性,同时也对冰期天文理论带来了一些概念上的修正．但是,Berger计算的天文曲线至少从6 Ma以来展示同一规律的变化,然而地质记录却显示清晰的分段响应模式:41 kyr的地轴倾角周期在5.3～1.4 Ma期间一直是记录曲线的主要特征;北半球冰川作用只是在2.7 Ma BP才开始大规模出现;0.8 Ma开始100 Ka周期转变为主要周期,称之为中更新世转型（MPT）．还有:11阶段和全新世是2个偏心率很低的时期,但记录中却是冰期——间冰期振幅最大的时期,即大的间冰期为何出现于低偏心时期;由间冰期进入冰期比由冰期进入间冰期时来的快,意味大冰盖建造需要很长的时间,而消融则比较迅速．这些都是冰期天文理论本身不能解释的问题,正在由地球响应系统的研究来探索答案．     

Goniurosaurus indet.的有效性及中国睑虎属(Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系

为了解我国睑虎属Goniurosaurus (Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系以及广东新纪录的睑虎属未定种Goniurosaurus indet.的有效性, 我们对睑虎属10个种的线粒体DNA基因片段进行比较和遗传变异分析. 获得12S rRNA (385 bp)和16S rRNA (477 bp)总长度为862 bp的联合序列, 共有核苷酸变异位点388个, 简约信息位点269个. 选取大壁虎Gekko gecko为外类群, 采用贝叶斯演绎法(BI)、最大似然法(ML)、最大简约法(MP)、邻接法(NJ)对两个基因联合序列的分析均显示相同结果, 即广东睑虎属未定种Goniurosaurus indet.与英德睑虎G. yingdeensis以及凭祥睑虎G .luii与蛛纹睑虎G. araneus两两种间的亲缘关系分别较近; 且分布区相邻的Goniurosaurus indet.与G. yingdeensis之间的遗传分化(遗传距离=0.044-0.046)相似于分类地位已经明确的G .luii与G. araneus种间的遗传差异(遗传距离=0.051). 结合前人的形态学研究结果, 我们认为Goniurosaurus indet.和G. yingdeensis之间已发生显著的遗传差异, 前者可能为睑虎属新种. 同时, 系统发育分析表明海南睑虎G. hainanensis与睑虎属其它物种之间的遗传分化较大, 系统发育地位最为特殊. 系统发育分析进一步表明具4条背部横纹是祖征, 具5条背部横纹为衍征. 我们的研究补充了睑虎科的基础资料, 为该属的系统发育研究和物种保护提供了一定的理论依据. 本文首次提出宽阔的河流可能是造成睑虎种群分化和新种形成的重要地理屏障. 这一“河流隔离”观点对全球睑虎属物种的亲缘地理分布格局的解释具有重要的理论意义.     

基于trnL-F基因序列的铁兰属植物亲缘关系分析

以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806～835 bp之间,变异位点22个,信息位点14个,平均遗传距离0.007,且在301～322 bp和826～830 bp处分别出现了插入和polyT序列。利用ML法建立的系统树显示,31个铁兰属植物分为3组。序列分析结果与形态学结果基本一致,表明trnL-F序列可用于铁兰属植物的亲缘关系分析,并可作为某些特定种的鉴定依据。