DNA条形码技术在菌物研究中的应用

生物DNA条形码是通过标准化的小片段DNA序列分析,进行物种快速鉴定的一项技术,目前已成为生物多样性和分类学研究的热点之一.尽管菌物在生物界中占据重要地位,但其DNA条形码研究明显滞后于动、植物.本文就生物DNA条形码的发展概况及其在菌物研究中的应用,特别是菌物DNA条形码标准序列选择、数据管理和分析、物种分化水平确定、新技术的应用等进行评述,并展望其研究和应用的前景,以期引起学术界和管理部门的关注,推进我国菌物DNA条形码的相关研究和应用领域的发展.     

植物DNA条形码技术:机遇与挑战

DNA条形码技术是指传统分类对物种无法鉴定时,运用一条短的标准的DNA区间作为条码来进行物种鉴定的方法.目前,叶绿体基因rbcL和matK基因片断可能被用作植物DNA条形码技术的分子标记.本文回顾了DNA条形码技术的背景,植物DNA条形码技术的过程和效果.广义DNA条形码技术已被证实在中药鉴定中具有作用.同时,本文还讨论了在我国经济高速发展时期,DNA条形码技术在生物多样性保护中应用前景.     

DNA宏条形码技术在动植物法医鉴定中的应用进展

DNA宏条形码技术是随着2代高通量测序技术的发展而出现的一种物种鉴别技术.该技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术的优点,可以对混合样本中的多物种来源进行同步鉴定.本研究介绍DNA宏条形码技术的含义以及目前的应用需求,分析DNA宏条形码技术在食品、药品监管、打击野生动植物犯罪、刑事案件侦查等司法实践中的应用现状,总...     

微生物DNA条形码技术的研究进展

微生物DNA条形码技术是利用DNA条形码作为标记进行微生物物种鉴定的技术,目前在微生物的研究中应用广泛。本文综述了微生物DNA条形码技术在应用中的优势、局限性和发展,为微生物DNA条形码技术的进一步应用提供参考。     

基于DNA条形码的摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分物种界定

以双翅目摇蚊科摇蚊亚科的14 属23 种物种为研究对象,采用Automatic Barcode Gap Discovery(ABGD)和邻接法(neighbor-joining,NJ)对所获取的116 条DNA 条形码进行分析,探究DNA 条形码在摇蚊亚科物种界定的有效性. 结果表明:基于ABGD 的分析,显示物种遗传距离之间存在"DNA barcode gap";通过分析邻接树,得到23 个分子分类操作单元(molecular operational taxonomic unit, mOTU),与形态学鉴定结果一致. 因此证明DNA 条形码能准确界定摇蚊亚科物种. 本研究在一定程度上补充了中国摇蚊科DNA 条形码研究,也为摇蚊科DNA 条形码数据库的构建和完善提供了数据支持.     

宿迁地区稻虾田鳞翅目昆虫多样性研究

以宿迁稻虾共作田鳞翅目蛾类为例,通过DNA条形码技术快速识别蛾类物种多样性,并进行系统发育多样性研究,同时探讨物种多样性与系统发育多样性的关系.结果表明:1)鳞翅目昆虫的多样性在不同的月份具有显著性差异,7月物种多样性和系统发育多样性均显著高于8月;2)传统物种多样性指数与系统发育多样性指数之间存在正相关关系,其相关性...     

DNA条形码在浙江沿海浮游鱼卵和仔鱼分类鉴定中的应用

本研究的目的是对鱼卵和仔鱼进行分类鉴定,了解浙江沿海水域产卵区的物种组成。样品收集于2014年5月-2015年11月,在浙江沿海水域租用渔船采用大型浮游生物网(网长280 cm、网口内径80 cm、网口面积0.5 m2、网目0.5mm、拖速2 n mile/h、拖网时间10 min)通过分析CO I DNA序列,结果显示从24个样本一共鉴定出10个鱼类物种,分属于7个科,即鳀鱼、小黄鱼、龙头鱼、康氏小公鱼、矛尾刺虾虎鱼、褐菖鲉和沙带鱼仔鱼,及凤鲚、蓝点马鲛、黄姑鱼鱼卵。种内平均K-2-P遗传距离0.47%,科内属间平均遗传距离21.7%,目内科间平均遗传距离24.6%,表明种内距离远小于种间距离,与绝大多数条形码研究结果一致。研究结果表明,DNA条形码技术是传统形态学强有力的补充。它是一种准确的,规范化的,有效的物种鉴定工具,在鱼类生物多样性研究中具有广阔的应用前景。     

西藏地区红景天属植物ITS,rbcL, trnS-G序列多态性分析群

以西藏红景天为研究材料,利用DNA条形码(核糖体内转录间隔区ITS以及两对叶绿体DNA序列rbcL和trnS-G),对所收集的44个样品进行克隆与测序,并结合NCBI中已报道的22种红景天ITS,rbcL,trnS-G序列进行分析.利用Mega5.0软件基于DNA条形码序列分析上述样本的遗传距离结果显示,ITS和trnS-G序列在红景天属植物种间的差异明显,rbcL序列的差异较小.所构建的N-J进化树结果显示ITS对红景天物种的识别能力优于rbcL和trnS-G,但任何单一的DNA条形码均无法成功辨识全部的红景天属植物.其中ITS序列可以清晰的分辨出大花红景天与圣地红景天,并且不同地理居群间的样本差异较小,rbcL+trnS-G组合DNA条形码可以清晰分辨出长鞭红景天.本研究对西藏红景天属植物进行了遗传多样性分析,为其开发与利用提供指导.     

生物多样性研究进展

综合了许多研究资料,就生物多样性的内涵及其研究热点进行了综合评述,生物多样性是 所有生物种类、种内遗传变异和它们生存环境的总称,按照空间尺度可分为遗传多样性、物种多样 性、生态系统多样性和景观多样性.并对生物多样性保护作了介绍.     

DNA条形码技术及其在水生动物中的应用

近年来,DNA条形码技术广泛应用于生物种类鉴别研究,大量研究表明,DNA条形码技术操作简便、鉴别效果精准、自动化水平高,能够有效弥补传统形态学鉴别方法不足之处。本文简单概述了DNA条形码技术发展历程、原理特征,并详细介绍了DNA条形码技术在水生动物中的应用,阐述了DNA条形码技术目前存在的主要问题,并对其未来的发展进行展望。     

DNA条形码——性二型蚤蝇鉴定的有力工具

综述了近年对性二型蚤蝇鉴定的研究手段,并着重分析讨论了DNA条形码在解决性二型蚤蝇配对难题方面的有效性与可行性.同传统的形态学手段相比较,DNA条码技术在物种鉴定方面不受表层可塑性和遗传可变性的干扰,也不受物种性别和发育阶段的限制.同时,DNA条码技术标准化的操作、数字化的数据便于简单、高效、快速地对物种进行鉴定,还可以解决单靠形态学手段难以解决的性二型、雄性多型和隐存种问题.     

我国少数民族药用植物多样性研究

本文从生物多样性的3个层面(物种多样性、遗传多样性和生态系统多样性)以及多样性研究的方法,总结和评述了我国少数民族药用植物多样性研究的进展,讨论了民族药用植物多样性研究中存在的一些问题.     

绒螯蟹属的生物多样性

就绒螯蟹的亚种、种及属的划分和界定进行了讨论 ,介绍了绒螯蟹属的研究简史 ,以及近几年在绒螯蟹可持续利用研究和该属通过形态学、生物化学和分子生物学手段在物种多样性和遗传多样性研究方面所取得的主要成就 .     

鱼类线粒体基因组研究进展

线粒体基因组(mitochondrial genome DNA,mtDNA)具有严格的母系遗传且能进行自我复制,并且在世代传递过程中不易发生重组、进化速率较快等优点.因此mtDNA广泛应用于系统进化、种群遗传、适应性进化等领域中.本文对鱼类mtDNA研究做了详细阐述,系统总结了近年来鱼类mtDNA结构与特征、线粒体的起源与演化、种群遗传、适应性进化、鱼类条形码物种识别等研究进展,以期对相关研究有一定参考价值.     

DNA条形码在农用动物中的应用

DNA条形码技术作为近年来分子标记研究的热点,发展十分迅速,但在农用动物中的应用的相关报道还很少见。本文通过对DNA条形码的发展历程、原理和技术流程及其在肉类等鉴定中的应用等方面阐述了DNA条形码在农用动物中应用的前景和局限性,为农用动物的鉴定提供了新的思路和方法。     

涉案偶蹄目动物DNA条形码构建

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank上Blast搜索进行同源性分析;利用MEGA 7.0软件分别比较这两个基因片段种内和种间遗传距离,构建系统发育树。【结果】在同源性分析中,西伯利亚狍(Capreolus pygargus)的Cyt b基因片段与GenBank中西伯利亚狍、欧洲狍(Capreolus capreolus)基因序列的同源性均为99.64%~99.82%,该片段不能区分西伯利亚狍与欧洲狍这两个近缘种。其余测序结果与数据库中参考序列一致且相似度较高。对于COI片段,种内遗传距离为0~1.4%,种间遗传距离为1.8%~18.8%。对于Cyt b基因片段种内遗传距离为0~0.5%,种间遗传距离为4.0%~15.8%。两个片段的种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在较为明显的条形码间隔。COI和Cyt b基因片段的系统发育树中,同物种的不同个体均能形成具有较高支持度的单分支;不同物种之间界限清晰,每个物种的所有个体均能够形成具有较高支持度的单分支。【结论】基于COI和Cyt b基因片段构建的DNA条形码均可用于对涉案偶蹄目动物的物种鉴定。在物种鉴定中,可采用两个片段联合使用的方式,尤其是对于近缘种的鉴定,以降低错误风险。     

滨海湿地鸟类的动物生态与保护生物学研究

采用生态学研究方法和分子生物学技术,以滨海湿地鸟类等脊椎动物为研究对象,尤其以鹭科鸟类为主,研究动物多样性与环境的相互关系,分析鸟类繁殖生态及其关键环境影响因素,探讨滨海湿地鸟类食物链的污染物转移与富集规律,建立鸟类物种及性别的分子生物学鉴定技术,分析鹭科鸟类种群遗传多样性及其影响因素,探讨濒危物种的致危机制,以期促进生物多样性及其栖息地的保护.     

生物多样性研究发展态势与挑战

在文献调研、专家咨询和文献计量分析的基础上,对国际生物多样性研究的发展历程进行了回顾,分析了国际生物多样性研究的发展态势和挑战。分析结果表明,国际生物多样性研究热点主要集中在植物多样性开发、生态保护、物种丰度、基因多样性、可持续管理、气候变化、森林、土壤、生态系统等方面,并面临以下新的形势与挑战：（1）生物多样性科学已成为联系生物学各学科以及相关科学领域的综合交叉研究领域;（2）人类社会与生物多样性的交互关系是生物多样性研究的核心内容;（3）观测监测网络成为国际生物多样性研究的关键平台;（4）长期、持续和更广泛范围的生物多样性调查和监测成为重要的工作方向;（5）先进技术成为生物多样性研究和保护的重要手段;（6）生物多样性评估工作正成为生物多样性可持续利用的基础性工作。最后,根据国际研究进展与特点提出了加强我国生物多样性研究的建议。