基于RNA-Seq技术的日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏转录组从头组装及分析

采用RNA-seq技术对日本七鳃鳗肝脏进行高通量转录组测序.经从头(de novo)组装,最终获得了47 293个Unigenes,N50为1 447bp.通过与多个数据库的同源比对,65.04%的Unigenes得到了功能注释.在KEGG分析中,从肝脏转录组中挖掘鉴定到了众多参与固有免疫相关防御途径的Unigene,表明七鳃鳗的肝脏可能在抵御病原体侵袭的早期防御中发挥了重要作用.基于该转录组,全面认识了七鳃鳗补体与凝集级联系统的遗传构成,为深入探索它们的起源进化以及重要基因的功能适应性研究提供了依据.应用拼接的转录组,批量筛选了大量的SSR分子标记,为以后的遗传多样性研究和种质保护工作提供了候选材料.为今后深入认识七鳃鳗早期肝脏的免疫防御功能,探索该物种适应复杂水生生活的免疫进化以及群体多样性保护,奠定了重要的理论和实践基础.     

一株具抗肿瘤活性的红树林细菌筛选及成分分离

为从红树林微生物中分离抗肿瘤活性物质,从泉州湾红树土壤中分离、纯化和筛选能产生抗肿瘤活性物质的细菌,并利用16S rDNA序列比对方法进行分子鉴定.采用追踪分离的方式,以稻瘟霉分生孢子抑制强度和肿瘤细胞体外抑制活性为指标,对细菌发酵液抗肿瘤活性成分进行初步分离.实验结果显示,从泉州湾红树林土壤中分离出1株具有较强抗肿瘤活性的细菌,经鉴定为Vibrio fluvialis. Vibrio fluvialis发酵液能抑制稻瘟霉分生孢子萌发时菌丝形变,并抑制EC9706食管癌细胞和H22肝癌细胞生长.从Vibrio fluvialis发酵液分离出具有较强抗肿瘤活性的化学组分Ⅰ和组分Ⅱ.组分Ⅰ对EC9706食管癌细胞和H22肝癌细胞ρIC50分别为0. 18 mg·m L~(-1)和0. 26 mg·m L~(-1),组分Ⅱ对EC9706食管癌细胞和H22肝癌细胞ρIC50分别为0. 17 mg·m L~(-1)和0. 22 mg·m L~(-1).表明Vibrio fluvialis能产生抗肿瘤活性物质,具有重要抗肿瘤研发价值.     

青兰属植物甘青青兰化学成分研究

利用硅胶柱色谱、凝胶柱色谱、高效液相色谱及薄层色谱进行分离纯化,并通过UV、IR、MS、1H NMR、13C NMR等波谱技术进行结构鉴定,采用MTT(溴化四甲基偶氮唑盐)染色法检测化合物的抗肿瘤活性.从甘青青兰植物中共分离得到6个化合物,它们分别为迷迭香酸(1),迷迭香酸甲酯(2),2,3-2H-3-羟基-咖啡酸甲酯(3),咖啡酸(4),对羟基苯甲酸(5),原茶酸(6).对化合物1、2、3进行了抗肿瘤活性测定,其中,化合物1、3具有较好的体外抗肿瘤活性.     

基于转录组的福鼎大白茶叶片两种发育阶段的苯丙烷代谢合成途径分析比较

以福鼎大白茶一芽一叶时的第一片嫩叶组织与一芽四叶时的第四片成熟叶组织转录组测序数据为研究对象,利用转录组技术筛选两种发育阶段的差异表达基因.将原始reads与参考基因组进行序列比对,各样品平均比对率为86.16％.将比对到参考基因组上的reads数据标准化并得到样品的FPKM值.相对于成熟叶,嫩叶有1097个基因上调,...     

人参二醇、人参三醇组分的结构修饰及其产物对B16-F10肿瘤细胞的抑制作用

以人参二醇、人参三醇组分为反应底物,采用组合化学的方法利用催化剂H对其结构进行修饰,获得具有抑制B16-F10细胞增殖的产物.分别采用快速制备液相色谱法与薄层色谱法分离、鉴定反应产物组分,并运用MTT比色法测定其体外抗肿瘤活性.结果表明,人参二醇、人参三醇组分与催化剂H反应72h后可得到极性比底物大的产物,经分离纯化可得到产物1、产物2、产物3等3个组分,其中产物3极性较大,产物1、产物3能明显增强体外抗肿瘤活性,产物2的体外抗肿瘤活性未明显增强.     

熊胆逐瘀片治疗DR的物质基础及作用机制

目的:旨在探讨熊胆逐瘀片(XDZYP)治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic Retinopathy, DR)的物质基础及作用机制。方法:通过Symmap、Swiss Target Prediction检索XDZYP的成分及靶点；通过CTD及DisGeNET检索DR靶点；两者靶点取交集，构建中药-成分-靶点网络；蛋白-蛋白互作聚焦20个枢纽靶点；将枢纽靶点进行GO、KEGG富集分析以及转录因子预测及分子对接。结果:获得XDZYP活性成分105个，靶点112个，其中20个枢纽靶点主要参与血管内皮生长因子产生，调控TNF、AGE-RAGE、细胞凋亡通路，还可被CSRNP1、NFKB2等转录因子调控，其中靶向结合化合物的有：IL4-水杨酸，STAT3/IL6-杨梅酮，CHUK/PARA-槲皮素，TGFB1-丹参素，MYC-丹参酮IIA,TNF-胆酸等。结论:XDZYP主要通过槲皮素、杨梅酮、水杨酸、丹参素等靶向IL4、IL6、PPARA、CHUK等参与TNF、AGE-RAGE、细胞凋亡通路而治疗DR。     

海洋真菌Aspergillus sclerotiorum33-4中抗菌活性成分

研究海洋真菌Aspergillus sclerotiorum 33-4中的抗菌活性成分.利用硅胶、反相ODS、Sephadex LH-20、半制备HPLC等色谱学方法对菌株固体发酵物行分离纯化;利用NMR、MS、UV、IR等波谱学技术手段,结合文献数据比对,确定化合物的结构.并通过微量肉汤稀释法测定了单体化合物的多种抗菌活性.分离鉴定了4个化合物,分别为Penicillic acid(1)、Sclerotiotide A (2)、sclerotiotide B (3)、sclerotiotide F (4),其中化合物1具有较好的抗菌活性,化合物2-4具有中等抗菌活性.海洋真菌Aspergillus sclerotiorum 33-4能够产生一系列环肽类化合物,其中部分化合物具有良好抗菌活性.     

基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

DPPH-HPLC-QTOF-MS/MS快速筛选和鉴定臭牡丹中抗氧化活性成分

通过DPPH自由基清除实验对臭牡丹水提物的抗氧化活性进行评估,并建立DPPH-HPLC-QTOF-MS/MS方法快速筛选和鉴定臭牡丹中抗氧化活性成分.臭牡丹水提物与DPPH自由基反应30 min后,13个主要抗氧化活性成分的HPLC峰消失,根据抗氧化活性成分的保留时间、紫外吸收特征光谱、质谱裂解规律和诊断离子,以及与标准品对照,初步确定了13个抗氧化活性成分的结构：12个苯乙醇苷类化合物和咖啡酸,其中8个苯乙醇苷类物质为首次在大青属植物中发现,咖啡酸为首次报道存在于臭牡丹中.该方法无需繁琐的分离纯化过程,可对复杂组分中的抗氧化活性物质进行快速筛选和鉴定,为天然产物的质量控制和药效物质基础研究提供了简便、快捷、灵敏的方法.     

AMWFA法结合HELP法在中药复杂体系中的应用

采用交互移动窗口因子分析法(AMWFA)对2个体系中的2组二维数据片段进行比较分析,得到2组二维数据片段中的共有组分;采用直观推导式演进特征投影法(HELP),利用二维矩阵数据包含的色谱/光谱信息和局部因子分析以分辨出各组分的纯色谱曲线和光谱,得到具有真实物理意义的唯一解。将AMWFA和HELP相结合,对中药复杂体系药对桂枝-荆芥进行解析。研究结果表明:AMWFA和HELP相结合能鉴定出药对与桂枝、荆芥的组分数分别为50,53和49个,各占挥发油总体积分数的91.87%,86.25%和92.86%;药对与桂枝共有26个组分,与荆芥共有22个组分,产生两单味药中没有的6个新成分;采用AMWFA法结合HELP法能最大程度且准确地完成中药复杂未知体系的鉴定。     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS技术的石见穿化学成分分析及其治疗胃癌的网络药理学探究

为了探究石见穿主要成分,分析其治疗胃癌的可能机制及作用靶点,借助HPLC-Q-TOF- MS/MS技术对石见穿水提物进行分析,并运用TCMSP平台筛选石见穿潜在活性成分,从石见穿水提物中共鉴定出48个化合物,主要包括酚酸类、黄酮类等化学成分,其中,具有较好体内活性作用的成分共计9个.通过搜索SwissTargetPrediction数据库得到活性成分的治疗靶点,并与DisGeNET数据库检索所得的胃癌靶点取交集,获得石见穿治疗胃癌的靶点共计18个.通过DAVID进行GO和KEGG富集分析,发现石见穿在胃癌治疗中共涉及到48个生物过程（BP）,8个细胞组分（CC）、27个分子功能（MF）及8条通路.最后,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建PPI网络,结果表明EGFR、CDH1、CTNNB1、PTGS2、EGF等在内的靶点蛋白在PPI网络中发挥着关键作用.由此,可得出结论,石见穿体内活性成分较为丰富,主要通过对药物反应、质膜、酶结合等,发挥抑制增殖、迁移,诱导凋亡,降低耐药等作用而治疗胃癌.     

基于Illumina测序技术的枸杞微卫星引物的开发

目的:分离和鉴定红、黑枸杞基因组中的简单重复序列(SSR)位点.方法:Illumina Hiseq 2000进行红、黑枸杞的高通量转录组测序后,生物信息分析SSR的分布频率和重复基元的类型特征,PCR扩增和聚丙烯酰胺电泳验证SSR位点及引物.结果表明:转录组测序共得到了192,869条reads,总长度205,220,696bp.拼接后序列的数量为35,572条,序列平均长度约为1064bp.从中共预测到44,828个SSR位点,其中单、二、三、四、五、六个碱基重复单元的微卫星位点数分别有25,800、9186、8479、363、464和536个.从中随机选择30个位点,设计引物进行验证.23对引物在红黑枸杞中能扩增出产物,其中5对仅一个材料中有扩增产物,另有5个位点扩增产物能明显区分红黑枸杞.结论:利用Illumina测序技术得到的枸杞转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,对今后枸杞遗传多样性的研究以及种质资源鉴定打下了良好的理论基础.     

白鲜皮挥发油成分GC-MS分析及其潜在活性成分研究

研究分析中药白鲜皮中挥发油类成分组成,探讨其潜在的抗菌活性成分。采用水蒸气蒸馏法提取白鲜皮中挥发油类成分,采用GC-MS联用技术对挥发油类成分进行分离和分析鉴定。从白鲜皮挥发油中分离出36个化学成分,通过质谱数据库鉴定出其中匹配度高于90%的25个成分。相对含量较高的成分是烯类成分(37. 84%)、醇类成分(4. 06%)、芳香醚类成分(2. 25%)和芳香烃类成分(2. 03%)。通过与文献报道比较,不同产地白鲜皮挥发油成分组成存在较大差异,其抗菌活性可能与α-蒎烯、β-蒎烯、茴香脑、麝香草酚甲醚和榄香醇等成分有关。白鲜皮挥发油中化学成分复杂,以烯类成分类成分为主,研究结果为中药白鲜皮的药效物质基础研究与质量控制评价奠定了基础。     

一点红脂溶性成分分析

利用气相色谱-质谱-计算机（GC—MS—DS）联用技术对一点红药材的脂溶性成分进行分析鉴定。结果从一点红药材中分离出30多个组分,并鉴定了其中的27个成分。所有成分均为首次在该植物中鉴定出。     

黄芩治疗主动脉夹层作用机制的预测及相关mRNA-miRNA-lncRNA网络构建

目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点，通过挖掘GEO数据库，使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络，并行GO功能及KEGG通路富集分析，最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个，其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示，这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示，汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...     

含苍耳类药材复方的数据挖掘及抗肿瘤机制探讨

为挖掘复方中苍耳类药材抗肿瘤的用药规律,并探讨核心药物抗肿瘤的分子机制,通过检索《肿瘤方剂大辞典》等资料,筛选治疗肿瘤的含苍耳类药材的复方制剂,基于关联规则和系统聚类,分析用药规律并获取核心药物组。基于中药系统药理学分析平台筛选核心药物组的化学成分及对应靶点;检索GeneCards等数据库获取肿瘤疾病靶点;二者取交集后获得药物、疾病交集靶点。构建核心药物组抗肿瘤的“中药-成分-靶点”网络及交集靶点的蛋白互作网络。基于R语言行GO功能与KEGG通路富集分析,基于AutoDock Vina软件行分子对接验证。结果表明：共筛选出相关复方118首。基于数据挖掘结果综合分析,将苍耳子等10味中药作为核心药物组。网络药理学分析共获得交集靶点144个,筛选出β-谷甾醇等5种核心成分,TP53等5个关键靶点,涉及通路174条,主要包括PI3K-Akt、p53、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接提示核心成分与关键靶点结合活性强烈。可见,数据挖掘初步揭示了含苍耳类药材复方抗肿瘤的用药规律,获取了核心药物组;其核心成分β-谷甾醇等可通过作用于TP53等靶点,调控PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤作用。     

催化氢化Mycoepoxydiene制备Hexahydromycoepoxydiene

Mycoepoxydiene是从南海海洋红树内生真菌1893号中分离得到一个具有抗肿瘤活性的化合物.对mycoepoxydiene进行了催化氢化,得到一个新化合物hexahydromycoepoxydiene, 其结构通过UV, IR, FAB MS, 1H NMR,13C NMR等证实.     

当归治疗乳腺癌网络药理学机制研究

运用网络药理学探讨当归治疗乳腺癌的作用机制。运用中药药理学数据库(TCMSP)设定药物口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,筛选出当归125种活性成分,通过Gene Cards、OMIM等数据库查寻乳腺癌基因。使用Cytoscape软件构建当归治疗乳腺癌的“成分-靶标-疾病”网络图,将关键核心靶点导入STRING库,绘制蛋白质互作(PP2)网络图,对PPI可视化分析。对核心靶点进行GO、KEGG分析,探究当归治疗乳腺癌的物质基础及作用机制。筛选出当归主要有效活性成分2个,作用于40个靶标,GO功能富集提示的生物学过程及功能集中在G蛋白偶联胺受体活性(9个蛋白)、突触后神经递质受体活性(7个蛋白)、神经递质受体活性(7个蛋白)、被动跨膜转运蛋白活性(7个蛋白)等。KEGG分析揭示当归治疗本病主要以Ca信号、p53信号、Estrogen信号等通路为主。通过本次研究可探讨当归治疗乳腺癌的机制,为新药等研发提供依据。     

黄芩黄酮成分分析及牛血清白蛋白结合活性成分筛选

目的 分析鉴定陕西地区黄芩粗提物中的黄酮类成分,并筛选出其中具有牛血清白蛋白(BSA)结合活性的成分.方法 使用UPLC-Q-TOF-MS/MS对黄芩粗提物中的黄酮类成分进行分析,并结合ESI-M S质谱裂解途径解析进行鉴定,借助亲和超滤技术筛选出其中的BSA结合活性成分.结果 从黄芩粗提物中共鉴定出33种黄酮类成分,包括21种黄酮苷元与12种黄酮苷类,详细分析了其在ESI源下的质谱碎片裂解规律,并从中筛选出17种BSA结合活性成分,包括2',3,5,6',7-五羟基黄烷酮、2',5,6',7-四羟基黄烷酮、白杨素-7-O-β-葡萄糖苷等.结论 初步明确了陕西地区黄芩中黄酮类成分的化学组成,归纳了其ESI裂解规律,并筛选出其中的BSA结合活性成分.为陕西地区黄芩资源的开发利用以及中药现代化提供科学依据.     

灰树花菌（Griflola frondosa）子实体原基转录组测序及分析

采用Illumina测序平台对灰树花菌（Griflola frondosa）原基进行转录组测序,获得了大量转录组信息.结显示果,测序得到38 189个非冗余Unigene,在Nr数据库中有31 454个Unigene被注释;与KEGG数据库比对,共有1 832个Unigene被注释,分属20条生物通路;在COG数据库中注释可划分为25类;与GO数据库进行注释可分为分子功能、细胞组分和生物过程3个主类和60个二级亚类.