DNA序列分类数学模型

本利用统计的方法对以某些碱基特别丰富（稀少）作为特征研究DNA序列结构，再利用某些频率较高的片段对序列结果进行进一步的研究，从而得到了更为有效的判断标准。     

DNA序列的一种分类方法

基于小波变换和相关技术,提出了一种DNA序列的分类方法.首先将DNA序列转换成数字序列,然后对此序列进行Matlab快速分解,计算未知类别序列与已知类别序列的相关系数,由此判定序列的类别.结果表明,该方法是切实可行的.     

分形在DNA碱基序列分析中的应用

介绍了分形原理和方法在DNA碱基序列分析中的应用,包括DNA碱基序列的一维行走、二维行走、子序列 分解及分形维数的计算,表明用分形的方法不仅可以对DNA碱基序列中的长程关联性作定量描述,而且有利于人们 进一步认识DNA中碱基序列的关联规律．     

基于聚类分析的DNA序列分类研究

从DNA序列片段的个案中密码子分布密度角度出发,提取出DNA序列片段的特征,应用模糊数学中的模糊聚类分析理论对DNA序列片段进行分类．由DNA序列片段中64种密码子出现的频率,给出两个案夹角余弦的定义,由两个案的交角余弦来描述个案之间的相关性．采取分层聚类分解法,应用SPSS统计软件,计算出描述个案之间相关性的模糊矩阵,同时给出DNA序列片段的分类结果．仿真结果表明,该算法具有分类简单且分类结果精度高的优点．     

DNA序列分析

综述了DNA测序技术。对DNA序列分析方法,包括毛细管电泳、阵列毛细管电泳、芯片毛细管电泳、超薄层毛细管电泳、质谱法、原子探针法、杂交法、流动式单分子荧光检测法,作了详细评述。     

用人工神经网络模型对DNA序列进行分类

作者用人工神经网络模型对四种细菌的DNA序列进行了分类。用"两碱基片段含量"法表征了DNA序列,将DNA序列转化为一个16维向量。然后设计了人工神经网络模型并用"留一法"进行了训练。计算结果表明:人工神经网络对所有DNA序列的分类正确率达到了84.3%,表明用人工神经网络模型可以较好地根据DNA序列的结构特征进行种类。     

中国花钙细胞色素b基因片段的序列研究

参考鳗Li等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp,其A、T、G、C含量分别为101bp（24．63％）、112bp(27．32％）、72bp(17．56％）、125bp(30．49％）,与鳗Li等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

基于模糊聚类算法的DNA序列分类模型

通过分析DNA序列链之间的关联程度,构造出模糊相似矩阵,计算出传递闭包,获得详细的动态聚类过程.使用该模型的优点是,输入少量参数及阈值,就可以较准确的对DNA序列的集合进行分类.验证该算法的有效性.     

基于DNA序列的信息隐藏

研究了以DNA序列为载体的信息隐藏,提出了一个信息隐藏算法.该算法首先将秘密信息经预处理、编码、调制变成一维随机DNA序列;然后由一个随机数序列决定隐藏信息在载体的高复杂性区域的位置;最后在隐藏信息的位置,秘密信息字符替代载体字符.由该算法实现的信息隐藏既具有一定的稳健性和安全性,又符合生物学意义.实验结果也证明了该算法的有效性.     

DNA序列碱基组合的频率矩阵及其应用

基于碱基组合在DNA序列中出现的频率,构造11个物种的β-globin基因第一个外显子的编码序列的频率矩阵.借助矩阵2-范数对11个物种进行相似性比较,并结合柱状图对物种之间的相似性进行分析.研究结果表明:所构造的DNA序列频率矩阵不仅能够反映出DNA序列中碱基及碱基组合的含量分布,而且能够显示出序列碱基突变的情况.     

一种基于核苷酸二联体的DNA序列编码规则

序列比较的基本任务有:(1)对于两条长度相近的序列相似,找出序列的差别;(2)判断一条序列的前缀与另一条序列的后缀相似;(3)判断一条序列是否是另一条序列的子序列;(4)判断两条序列中是否有非常相似的子序列.对核苷酸二联体给出DNA序列一种编码规则,利用异或操作进行序列比较.     

生物DNA序列比对算法研究

基于典型CLUSTALW序列比对算法,研究一种局部优化的多序列比对算法,用减少序列比对过程中总评分的方法来达到优化算法的目的,并对基因库中的序列进行了测试．     

DNA序列特征提取方法研究

针对DNA序列分类问题提出了两种特征提取方法,利用可分支持向量分类机间隔大、推广能力强的原理建立了DNA序列特征提取方法优劣的评价标准,利用该标准把本文的两种特征提取方法进行了比较,且跟以往的DNA序列特征提取方法进行了比较.实验表明,提出的两种特征方法得到的DNA序列特征完全能够代表DNA序列,对已知分类样本的预测率为100%,且此特征提取方法有很强的推广能力.     

一种新的DNA序列的3D图形表示

基于DNA序列的混沌游戏表示，给出了一种新的3D图形表示来表征DNA序列。为了便于序列间的比较，将DNA序列的3D图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征。     

转座子Tn917的DNA序列计算机分析

通过计算机分析转座子Ｔｎ９１７的全序列，详细阐述了其物理图谱、结构功能及其转录调节机制．Ｔｎ９１７的５个ＯＲＦｓ排列在同一条ＤＮＡ链上，且阅读方向都从左至右．ＯＲＦ１－３起始点的左侧翼排列有启动子序列和Ｓｈｉｎｅ－Ｄａｌｇａｒｎｏ序列．ＯＲＦ５（编码转座酶）和ＯＲＦ４（编码拆分酶）的转录方向是一致的，翻译也紧密偶联在一起．在ＯＲＦ３和ＯＲＦ４之间存在１个ｒｅｓ位点，与Ｔｎ３中的ｒｅｓ位点基本同源．翻译衰减的功能与ｒＲＮＡ甲基化酶（由ＯＲＦ２编码的、ｅｒｍ基因的产物）诱导有关，在这个结构基因的左侧翼有２００ｂｐ的前导区域编码一个具调控功能的３６个氨基酸组成的多肽（由ＯＲＦ１编码）．     

基于拉普拉斯矩阵的DNA序列集相似性分析

研究两个序列集合之间相似性度量,提出基于拉普拉斯矩阵特征值的分离度概念和公式表示.基于人工序列和真实DNA序列上的实验结果,证实了分离度能够度量序列间的相似程度.     

基于DNA序列混沌游戏表示的相似性分析

基于DNA序列的混沌游戏表示,利用对应测度矩阵的最大特征值组成的6维向量来刻画DNA序列,并利用向量间的相关距离对11种物种的beta球蛋白基因的第1个外显子编码序列进行相似性分析,所得结果与生物学中的进化关系基本一致.