Fidelity of DNA replication catalysed in vitro on a natural DNA template by the T4 bacteriophage multi-enzyme complex

More than 50 copies of a phi X174 DNA template can be made in 60 min in an in vitro DNA replication system consisting of seven purfied replication proteins isolated from T4 bacteriophage-infected cells. By transfecting with the DNA products and assaying for the reversion of specific amber mutants, the high degree of base-pairing fidelity in this system is revealed; the in vitro system is also shown to respond to the mutagenic effect of Mn2+ and to display strong base-pair context effects on fidelity, as expected from in vivo studies.     

基于4D表示的DNA序列分析方法

基于DNA序列4种核苷酸的物理化学性质,考虑相邻两个碱基组合形式,提出一种新的DNA序列4D表示.基于这种表示,可以把DNA序列简化成4D空间的一系列点,根据点坐标抽取序列数值特征,再根据数值特征给出方法对DNA序列进行相似性分析.以10个不同物种的a-球蛋白基因的第一个外显子碱基序列的为例子,说明基于4D表示的DNA序列分析方法是有效的.     

T4 DNA topoisomerase: a new ATP-dependent enzyme essential for initiation of T4 bacteriophage DNA replication.

A novel ATP-dependent DNA topoisomerase which makes reversible double-strand breaks in the DNA double helix has been purified to near homogeneity from T4 bacteriophage-infected Escherichia coli cells. Genetic data suggest that this activity is essential for initiating T4 DNA replication forks in vivo.     

DNA序列的分类

本文由浅入深提出三种分类模型,应用统计知识进行检验并指导分类,得到了精度较高的模型2和模型3,对从数学的角度解读人类基因图谱提供了一种思路。     

DNA序列的非线性分析

以10条真菌DNA序列为原始数据,根据序列CGR游走点的弧度值将DNA序列转换成相应的时间序列.对转换后的时间序列进行多重分形Hurst分析,10条DNA序列均具有长期记忆性;通过对表征系统混沌性质的3个统计特征量:关联维数、Kolmogorov熵和最大lyapunov指数的分析表明,10条DNA序列均呈现出混沌特性,说明DNA序列中的长期记忆性与混沌特性存在一定的对应关系.     

生物DNA序列比对算法研究

基于典型CLUSTALW序列比对算法,研究一种局部优化的多序列比对算法,用减少序列比对过程中总评分的方法来达到优化算法的目的,并对基因库中的序列进行了测试．     

Paenibacillus Shenyangensis的DNA序列拼接与组装

在已有测序数据基础上,利用三种常见的序列组装软件对Paenibacillus Shenyangensis全基因组测序结果进行拼接组装,分析比较了不同软件在各自最优参数条件下DNA序列的组装数据,并与NCBI数据库中类芽孢杆菌属其他近缘种进行基因比对与预测.结果表明,SOAPdenovo的组装结果最优,在k-mer为23时,组装基因组总长和N50分别为5 501 467和293 864 bp,预测的4 800个基因中有4 393个与NCBI-Nr数据库比对并注释成功.     

Klenow大片段聚合酶及T4DNA聚合酶在构建重组质粒中的应用

利用大肠杆菌Klenow大片段聚合酶5＇→3＇聚合酶活性和T4DNA聚合酶3＇→5＇外切酶特性构建植物高效表达载体pBLT35Svp4-ST.用pUC18-435S中的T35S启动子取代植物表达载体pBLG-VP4-ST中的双35S启动子,通过Klenow大片段的聚合酶活性对植物表达载体pBLG-VP4-ST中的HindⅢ3＇凹端补平,再利用T4DNA聚合酶外切酶活性将质粒pUC18-435S的四倍35S启动子即T35S中的SacⅠ3＇凸端削平.在T4DNA连接酶作用下将一端为平端,另一端为BamHⅠ的粘性末端的四倍35S启动子定向连接到植物表达载体PBLG-VP4-ST中取代原有的双35S启动子,转化并筛选阳性克隆.结果经PCR和酶切鉴定证实,四倍35S启动子成功连接到植物表达载体PBLG-VP4-ST中.     

T4 DNA连接酶性质及其平端连接功能

T4 DNA连接酶(T4Lig)在基因工程中有重要作用,科研人员对该工具酶性质了解不全面易导致平端DNA连接效率很低、甚至失败.所以对T4Lig性质功能的全面认识有助于基因重组,特别是平端DNA连接中的应用.为了提高平端DNA连接效率,以及进一步阐明平端连接机理,本文综述了T4Lig酶分子大小、保真性、切口DNA连接机理、平端DNA连接端口检测、酶分子性质理性改造等研究进展,并对平端连接中有待解决的几个问题进行了展望.     

DNA序列分类数学模型

本利用统计的方法对以某些碱基特别丰富（稀少）作为特征研究DNA序列结构，再利用某些频率较高的片段对序列结果进行进一步的研究，从而得到了更为有效的判断标准。