编码理论在双序列比对中的应用

序列比对是生物信息学的基础,通过序列比对获得的大量的序列信息可以用来推断基因的结构、功能和进化关系,因此序列比对方法研究已成为生物信息学领域中一个非常重要的研究课题.基于核苷酸二联体的一种编码规则,利用异或操作的结果,给出了一种上序列比对方法,该方法简单有效.     

基于D2shepp统计法的非序列局部比对

两条生物序列间的相似性比对是计算生物学探讨的主要问题之一,一种快速的依赖于k-元组的D2shepp统计法目前已被应用到非序列比对中.文中在零模型的基础上产生两条相互独立的随机序列,基于D2shepp统计法进行了两条序列的局部比对,找到局部比对的最优值并求和.在此基础上模拟了Power值的分布情况,并分析了不同k参数下的Power值分布.在相同参数下将文中提出的局部比对与已有的D2shepp统计的全局比对进行比较,发现局部比对D2shepp统计的Power值随着序列长度的增大而快速地接近于1,比全局比对更加快速、准确.     

分子生物学在微生物生态学中的应用

分子生物学方法正被广泛地用于微生物生态学研究。本文主要介绍了16SrRNA基因序列分析、变性梯度凝胶电泳与温度梯度电泳技术、限制性片断长度多态性技术、单链构象多态性分析、随机引物扩增多态性DNA等技术在微生物生态学中的应用。     

基于局部序列比对相似度的用户会话聚类新方法

随着网络环境的愈加复杂,用户数量和种类显著增加,网络信息更新频繁.针对文本数据自身较稀疏、不规范等特点,提出了基于改进的局部序列比对算法的用户会话聚类新方法.首先通过计算用户会话集成距离方法衡量会话的相似度;然后,采用改进的基于用户会话距离的序列比对算法对话题进行聚类,该算法改善了传统用户聚类算法的不足.实验表明,该算...     

生物信息学中的双序列比对算法

生物信息学是生物技术的核心,序列比较是生物信息学中最基本、最重要的操作,通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息,序列比较的基本操作是比对。描述了常用的各类双序列比对算法,并结合实例进行了详细的解释,最后指出了序列比对算法目前存在的问题。     

荧光原位杂交技术及其在微生物生态学中的应用

介绍了荧光原位杂交技术的基本原理，讨论了该技术的操作程序及其在微生物生态学领域的应用。     

16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的应用

分子生态学技术的发展大大促进了人们对环境中微生物群落的研究，也为研究油藏微生物群落和微生物采油技术提供了一个新的工具，尤其16S rRNA基因技术应用于油藏微生物生态研究．该技术克服了基于细胞水平研究方法的不足，能更准确、更客观地揭示油藏微生物的多样性、群落动态变化、种群结构及进化等方面的信息．文章简要综述了16S rRNA基因技术发展历程及在环境微生物生态学中的应用，详细概述了16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的地位和作用以及用于油藏微生物生态研究的16S rRNA基因技术，讨论了16S rRNA基因技术目前在油藏微生物生态研究中存在的问题，通过实例论证了该技术的现场应用效果，重点介绍了胜利油田利用T-RFLP、DGGE等分子生态学技术在河口采油厂罗801区块空气辅助微生物驱和单12区块内源微生物驱研究中的应用，阐明了分子生态学技术在微生物提高原油采收率研究中的重要的意义．     

序列比对算法的并行化研究与应用

针对生物信息序列比对的动态规划算法介绍了基于并行前缀的比对算法和并行化思路.     

差异序列聚类算法在四膜虫遗传分析中的应用

用差异序列聚类算法分析了上海四膜虫三株克隆间期细胞大核ＤＮＡ含量变动规律,讨论了调节大核ＤＮＡ量在一定阈值内的可能机制,说明序列类算法具有普遍的生物学意义。     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

1，1-二氯乙烷微生物降解菌群的生理学鉴定

从纽约哈得逊河河底淤泥样品中富集分离得到的微生物菌群,在厌氧条件下,可将1,1-二氯乙烷通过还原脱氯的呼吸代谢方式降解生成一氯乙烷.这个微生物菌群可以利用氢气、甲酸、乙酸、苯甲酸和延胡索酸作为电子供体进行还原脱氯生长,并能以丙酮酸发酵的呼吸方式生长,但丙酮酸不能用来作为电子供体进行还原脱氯.通过对其他氯代化合物是否能作为电子受体的实验,发现只有1,1-二氯乙烷能被脱氯.在培养基中加入亚硫酸盐可完全抑制二氯乙烷的还原脱氯,但硫酸盐、硝酸盐和延胡索酸盐的加入却不影响还原脱氯.在以氢气作为电子供体进行还原脱氯时,每摩尔氯原子的还原相应地使细胞干重增加(4.402±1.241)g.同时对富集分离的菌群进行16S rRNA基因序列分析发现,在脱氯生长方式下,该微生物菌群中Dehalobacter细菌占主导地位.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

微生物操作分类单元划分算法研究

目的 针对大规模16S rRNA基因序列聚类问题,对目前一些常见的OTUs划分算法,从不同数据集及多种评价指标方面进行比较研究。方法 在模拟数据集与真实数据集上,对现有12种经典OTUs划分算法进行了定量对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围。结果 对于同一个方法,不同数据集对聚类结果有影响。结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,只有少数方法(如CD-HIT, USEARCH, VSEARCH和DBH)可以处理大数据及长序列数据。     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

16S rDNA序列技术分析鉴定颗粒污泥中的微生物

采用16S rDNA序列分析技术对降解五氯酚的微氧颗粒污泥形成过程中真细菌和古细菌的种群多样性和动态变化进行了研究.通过对DGGE主要条带进行序列比对,发现颗粒污泥中真细菌和古细菌都与不可培养的微生物具有很高的相似性,微氧颗粒污泥中同时存在好氧菌、微氧菌和厌氧菌.通过比较不同菌的相对数量变化发现五氯酚驯化后的颗粒污泥中产生了一系列对五氯酚降解有利的优势细菌和古菌,如Proteobacteria、Sphingomonas、Methanogenic bacterium等.     

分子生物学技术在微生物多样性研究中的应用

用传统的方法很难鉴别微生物的差异,分子生物学技术就很好地解决了该问题,尤其适合于常规方法失效的情况下.该技术的主要程序是:先从微生物中直接提取DNA,对DNA进行PCR(PolymericChain Reaction)或RAPD(Random Amplification of Polymorphic DNA)扩增,然后进行DGGE(DenaturingGradient Get Electrophoresis)电泳,或RFLP(Restriction Fragment Lergth Polymorphism),ELISA(Enzyme-Linked Immunosorbent Assav)分析等,之后进行测序,测序结果与网上基因库进行对比,来确定样品中微生物的种类.此方法是直接从样品中提取总DNA,中间不会造成菌株的富集或衰减,具有很高的准确性.此方法对微生物多样性的深入研究很有效.     

移动环境中的最大移动序列模式挖掘

在移动通信环境中,移动序列模式挖掘对于有效的提高位置管理的服务质量具有重大的意义.移动序列模式挖掘和传统的序列模式挖掘是不同的,首先,前者需要考虑更多的时间因素;其次,移动序列模式中的项之间是连续的,因为关心移动用户的下一次移动情况.本文提出了一种挖掘移动序列模式的新技术:聚类的思想引入到移动序列模式挖掘来处理移动历史的时间离散化,并且提出了一个高效的PrefixTree算法来挖掘移动序列.性能研究表明,Pref ixTree算法优于PrefixSpan-2算法.     

基于模糊聚类算法的DNA序列分类模型

通过分析DNA序列链之间的关联程度,构造出模糊相似矩阵,计算出传递闭包,获得详细的动态聚类过程.使用该模型的优点是,输入少量参数及阈值,就可以较准确的对DNA序列的集合进行分类.验证该算法的有效性.     

传感器网络时间序列数据的事件分类研究

目前智能环境中传感器网络所采集的海量数据面临着进行有效事件的模式分类及异常检测的难题.为了有效对智能环境中传感器网络采集的时间序列数据所表征的事件进行分类,提出了基于协方差特征空间映射数据的聚类分析方法.通过对采集得到的时间序列数据按时隙进行划分,映射到协方差特征空间,然后对映射后的数据进行了动态密度聚类,从而实现对事件的分类;并根据聚类结果建立分类模板,作为对日常事件进行分类划分的检测方法,同时利用所得的分类模板,实现对异常事件的检测.实验结果表明,基于协方差特征空间映射数据的聚类分析方法能有效对传感器网络采集的时间序列数据所表征的事件进行分类,并能有效提升异常事件的检测及筛选效果.     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。