多重PCR检测病死鸡中沙门氏菌方法的研究

为了建立能够同时检测病死鸡样品中的沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的多重PCR 方法.采用煮沸法提取 DNA 做为模板,选择分别针对沙门氏菌属、鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的特异性基因(invA、fliC、sdfⅠ)设计引物,优化反应体系和反应参数,建立多重PCR检测方法.应用该方法对国内17家鸡场369份病死鸡样品进行沙门氏菌的检测,检测结果与传统细菌培养法的结果进行比较.结果表明,优化过的多重 PCR 可同时对沙门氏菌种、属进行鉴定,灵敏度为4.6×102 CFU/mL;多重 PCR 方法共检测出沙门氏菌34株,其中鸡白痢沙门氏菌21株、肠炎沙门氏菌5株,与传统细菌培养法检测结果的符合率分别为91.2%、90.5%和80.0%.     

多重PCR法快速鉴定转基因小麦植株及后代

根据转基因植物中常用的报告基因uidA、选择基因bar的序列,设计合成两对不同的引物,建立了在转基因小麦材料分子确证中,应用一次PCR反应同时扩增检测两种或多种外源基因的多重PCR方法．通过对质粒pAHC25以及30个转基因小麦样品进行PCR扩增分析,比较多重PCR的检测结果与单基因的PCR扩增结果,发现两者结果完全一致．     

利用微波炉和煮沸法快速制备大肠杆菌基因组DNA PCR模板

利用微波炉和煮沸法可以简单、快速、有效地制备大肠杆菌基因组DNA PCR模板.用该模板做PCR具有很高的效率和良好的特异性.     

利用多重PCR探究男性尖锐湿疣与HPV感染之间的相关性

本文的主要目的是建立一种针对人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus, HPV)检测的多重PCR方法,并利用这种方法探究男性尖锐湿疣与HPV感染之间的相关性.首先建立一种检测HPV的多重PCR方法,然后运用该方法对156例男性尖锐湿疣标本的HPV3种低危(HPV6,11,42)和6种高危(HPV16,18,33,52,56,58)亚型进行检测,并与反向膜杂交检测结果进行比较.结果156例标本中阳性标本数69例,占总标本数的44.23%,其中单一感染标本数48例,占69.57%,混合感染标本数     

二重正交设计用于多重PCR条件优化

以猪圆环病毒Ⅰ,Ⅱ（PCVⅠ,PCVⅡ）为材料,探索多重PCR（multiplex PCR）最佳反应体系.结果表明,两次正交实验共34次反应,就获得了PCVⅠ,PCVⅡ多重PCR扩增的最佳条件组合,所得优化条件稳定,重复性好,说明正交法是一种快速,高效,经济的多重PCR条件优化手段。     

多重PCR筛选临床细菌耐药整合子基因

目的：建立多重PCR方法并对临床菌株进行扩增及整合子分类。方法：采用多重PCR对21株来自临床的耐药菌株进行了第一、二和三类整合酶基因（int Ⅰ）筛选。结果：16株携带第一类整合酶基因;1株携带第一和第二类整合酶基因;2株含第二类整合酶基因;1株含第三类整合酶基因;1株不含第一、二和三类整合酶基因。结论：筛选细菌耐药整合子基因分类的多重PCR方法简便可靠;整合子广泛存在于临床耐药细菌中。     

高灵敏度巢式PCR方法扩增HBV全长基因组

探讨一种用于乙型肝炎病毒(HBV)基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法,适用于较低病毒拷贝数标本的HBV DNA扩增.通过设计两套通用巢式引物,实现对各基因型(A,B,C,D,E,G)HBV均具有较高的扩增效率;采用两步法分段扩增HBV基因组,对两段目的产物进行测序拼接获得HBV的全基因序列.应用本方法对4组病毒拷贝量(IU/mL)分别为:>1.0×104,1.0×103~1.0×104,2.0×102~1.0×103,<2.0×102的100份血清标本进行全长基因组扩增,其中75份获得阳性结果,各组阳性率依次为:100%,66.7%,60%,25%,有效扩增灵敏度为2.0×102~1.0×103IU/mL;而一步法只在病毒拷贝量>1.0×104IU/mL的标本组中获得15份阳性结果,总的阳性率仅为15%,说明该方法扩增灵敏度明显高于一步法.因此,本方法为HBV流行病学调查研究HBV基因组序列提供了更高的灵敏度,可在流行病学调查中发挥重要作用.     

公共核酸数据库乙肝病毒全基因组序列概况和中国HBV参照序列的建立

截至2007年1月,世界三大核酸数据库（GenBank,EMBL,DDBJ）库中已经登录来自46个国家和地区的HBV全基因组的8种基因型近900条序列．文中对公共核酸数据库中现有的HBV全部基因组序列进行了统计分析并从基因型的地理分布及其临床特征等方面进行了评述,为进一步研究病毒与宿主的关系,以及HBV的人群分布和进化历史提供帮助．同时,通过系统进化分析对所有登录的229条中国地区HBV全基因组序列及其课题组新近完成的59条全基因组序列进行了基因分型,并根据这些序列建立了中国地区B基因型和C基因型的参照序列,为中国地区HBV的突变研究提供了DNA序列参照体系．此外,对于目前不同数据库信息内容和登录情况进行了分析,提出全面结合宿主临床信息和HBV基因组信息研究的建议。     

山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析

本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs二核苷酸SSRs三核苷酸SSRs五核苷酸SSRs四核苷酸SSRs六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5′端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3′端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致.     

利用人类全基因组二代测序数据比较BWA-MEM 和 NovoAlign

随着测序技术的发展,二代测序数据越来越多,将测序数据准确地比对到参考基因组是后续研究的基础．BWA-MEM和NovoAlign作为2个最常用的DNA序列比对软件,还没有评估其在基因组中不同结构区域的表现．本研究基于真实和模拟数据,对2个软件在人类基因组的低复杂度、片段性重复和其他区域进行了评估．结果显示:BWA-MEM将尽可能多的测序数据比对到基因组,且在低复杂度和片段性重复区域存在过度比对的现象,特别是在片段性重复区域的比对品质较低;而NovoAlign比对到基因组的序列数量低于BWA-MEM,但在片段性重复区域的比对品质较优,因此对于存在较多片段性重复区域的基因组来说,使用NovoAlign比对是一种更好的策略．      

单因子和正交设计法建立分枝杆菌多重PCR体系

为了建立一种快速区分鉴定结核与非结核分枝杆菌的多重PCR方法,以分支杆菌属特异基因32kD,结核分枝杆菌种特异基因MTP40和结核分枝杆菌复合群特异基因IS6110为目标基因,设计合成3对特异性引物,以结核分枝杆菌标准株DNA为模板,通过对PCR反应体系中DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和TaqDNA聚合酶浓度5个因素的正交设计,以及PCR反应条件中各反应参数的优化,建立了鉴别分支杆菌的多重PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行了验证。结果显示:该方法对结核分枝杆菌标准株H37Ra能扩增出506、396和984bp,对卡介苗(BCG)能扩增出506和984bp片段,对禽分支杆菌、胞内分支杆菌、偶发分支杆菌、耻垢分支杆菌、龟分支杆菌能够扩增出506bp片段,对大肠杆菌等的扩增结果均为阴性。建立的多重PCR敏感度最低可检出6.6×10-6 ng。结论:该方法具有特异性高、敏感性好等特点,可用于奶牛结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌的鉴别诊断。     

建立实时荧光PCR快速鉴定鸡制品中鸡伤寒沙门氏菌的方法

建立基于Taqman探针实时荧光PCR检测鸡伤寒沙门氏菌(Salmonella gallinarum)的方法.根据GenBank公布的鸡伤寒沙门氏菌基因序列,设计引物和Taqman探针,采用实时荧光PCR进行特异性、灵敏性及模拟样品的检测实验.结果表明:特异性引物和探针可从34株鸡伤寒沙门氏菌菌株、26株其他血清型沙门氏菌和7株非沙门氏菌菌株中检测出全部的34株鸡伤寒沙门氏菌.以鸡伤寒沙门氏菌梯度稀释菌液DNA为模板进行实时荧光PCR实验,菌株模板浓度与Ct值呈良好线性关系,线性系数(R2)为0.999,扩增效率为88.2%,最低检测浓度为5cfu/mL.对已接种鸡伤寒沙门氏菌的模拟样品同时进行实时荧光PCR检测和传统方法鉴定,两者结果一致.该方法特异性好、灵敏度高,是快速鉴定鸡伤寒沙门氏菌的有效方法.     

乳粉中常见致病菌的多重荧光PCR检测

利用多重荧光PCR技术快速检测乳粉中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌.以沙门氏菌的invA基因、志贺氏菌的ipaH基因、金黄色葡萄球菌的nuc基因为靶基因,选择特异性引物,以参照菌种为对象,验证引物的特异性,建立多重荧光PCR检测方法,人工添加沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌,确定方法的检出限.结果表明该方法特异性强、灵敏度高,乳粉中检测的灵敏度为1CFU/mL,可在8h内完成对乳品中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌的检测.     

麻疯树适生区域土壤DNA提取及多重PCR验证

比较了4种土壤总DNA提取方法应用于四川西昌去南元谋和海南海口三地麻疯树适生区土壤样品的DNA提取效果,发现改进后的方法1和方法4提取效果显著好于方法2和方法3.不仅如此,采用多重PCR扩增方法证明方法1和方法4扩增的真菌DNA产量所占比例增加,说明所得DNA更具有代表性.然而仅有方法4能成功提取海南及云南两地麻疯树适生地区的土壤总DNA,但提取的DNA纯度和产量过低,说明还需进一步进行优化.     

高粱全基因组测序完成

由澳大利亚昆士兰大学、华大基因等单位的科学家对高梁进行了全基因组测序及分析,发现高梁基因组中存在大量的遗传变异,为高梁及其它粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源。8月28日,最新研究结果在《自然·通讯》杂志上发表。     

大豆BGLU基因家族全基因组鉴定与表达分析

在植物中,β-葡萄糖苷酶(BGLU)参与调控许多重要的生理过程.利用大豆基因组数据库,共鉴定了42个大豆BGLU家族基因,对该家族成员的基因特征、蛋白结构、系统进化、染色体定位、启动子调控元件和表达模式等进行了全面分析.为今后研究大豆BGLU家族基因的功能提供了基因信息.     

全基因组关联分析在大豆遗传学上的研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是挖掘作物重要性状遗传信息的主要手段。随着测序技术的快速发展,开发单核苷酸多态性(SNP)标记的成本大幅降低,以连锁不平衡(LD)为遗传基础的GWAS技术已被广泛用于研究作物的农艺、品质和抗性等复杂性状。近年来GWAS技术已成功运用到对大豆重要性状的遗传解析上,并取得了一系列的研究进展。在简要介绍GWAS技术的原理和实施方法的基础上,总结分析了近年来其在大豆重要农艺性状、品质性状和逆境抗性性状上的遗传学研究进展及应用前景。     

中国少数民族全基因组DNA高通量提取及其样本库建立

为保存中国不同民族基因组遗传资源,建立中国少数民族全基因组DNA样本库.按照临床采血标准,遵守知情同意原则,采集不同民族志愿者外周血2 mL,采用全自动核酸提取设备高通量提取DNA,经质量控制后编号入库,建立了包含545例样本的中国少数民族全基因组DNA样本库.本研究将为研究人类起源、环境与遗传背景相互作用提供物质基础,为探索疾病病因、诊断技术和治疗策略提供资源保障.