基于GenePANDA算法的精神分裂症药物靶基因预测

精神分裂症是常见的精神障碍类疾病.目前,治疗精神分裂症的药物存在疗效差、副作用大和耐药性的问题,迫切需要开发新的药物,而发现新的药物靶基因是开发新药的重要环节.为了预测精神分裂症药物的靶基因,我们首先基于DrugBank中药物已知的靶基因,使用网络算法GenePANDA预测出候选靶基因;之后,我们对药物已知靶基因进行功能富集分析,使用富集出的生物学通路筛选候选靶基因,最终得到48个候选靶基因.其中,29个基因被报道和精神分裂症直接相关,13个基因被报道为精神分裂症药物的靶基因.此外,在DrugBank中共有54种药物靶向预测出的基因,其中17种药物被研究报道可用于治疗精神分裂症.     

阿尔茨海默症miRNA靶基因预测研究

为深入了解阿尔茨海默症的发病机制,利用匹配的基因表达数据和miRNA表达数据,对miRNA的靶基因进行预测分析.首先对选择出的差异表达miRNA进行靶基因预测;然后利用HCTarget算法验证预测的靶基因;最后对miRNA及其靶基因构建调控网络.调控网络中包含11个已确定的与AD有关的miRNA及6个AD致病基因.通过分析网络发现miRNA及其靶基因在正常与患病两种情况下的活性变化趋势,生物学分析也证实了它们在AD中的重要作用,为AD发病机制研究提供了依据.     

基于数据整合策略探究肌萎缩侧索硬化症易感基因

肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种以运动神经元凋亡为特征的神经退行性疾病， 目前尚无有效的治疗方法和药物. 发现新的相关基因或靶点基因， 对研究ALS的发病机制及临床治疗具有重要作用， 为临床预防、 诊断和治疗提供新的方向和目标.     从网站数据库搜集ALS相关基因的数据信息， 通过多种致病基因预测工具软件进行生物信息学分析， 并预测致病基因. 整合数据信息后得到39个候选基因. 结果表明，   候选基因与ALS均有一定的相关性.      

阿尔茨海默病药物研发进展

阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)是一种神经退行性疾病,目前仍无法完全治愈,对个人及社会造成了重大危害.由于其发病机制尚未明确,因此目前市场上的药物对于AD的治疗仅起到缓解作用,而新药的研发也因发病机制不明确而陷入难关,迄今尚未找到治愈AD的有效治疗手段和药物.因此,研发有效治疗AD的药物迫在...     

基于GEO数据库和转录因子调控网络的结核病药物作用靶点筛选及其作用机制

目的 基于GEO数据库和转录因子调控网络筛选抗结核病药物及药物作用靶点。方法 通过NCBI的GEO数据库,筛选结核病患者和健康者之间差异表达的基因;通过AnimalTFDB 3.0数据库预测差异表达基因中的转录因子,并构建转录因子调控网络;通过调控网络中的关键基因筛选相关miRNA,并筛选关键节点,初步阐明结核病致病的分子机制。结果 通过GEO数据库检索,筛选出的差异表达基因为784个;通过AnimalTFDB 3.0数据库筛选出23个转录因子和对应的790个靶基因,构建了转录因子-靶基因的调控网络;通过TargetScanHuman 7.2查询到关键节点对应的miRNA,构建“转录因子-靶基因-miRNA”调控网络,筛选出4个结核病药物靶点(EP300,CREBBP,ELAVL1,HSP90AA1),阐明了其与转录因子和miRNA之间的调控机制。结论 通过构建结核“转录因子-靶基因-miRNA”网络,筛选出结核病新的潜在药物作用靶点——EP300、CREBBP、ELAVL1、HSP90AA1;同时发现,EP300、CREBBP、HSP90AA1通过激活转录因子STAT2,导致机体内炎...     

T检验识别阿尔茨海默病候选致病基因及基因生物分析

医学研究表明阿尔茨海默病(AD)的致病机制与基因有关,过高或过低的基因表达水平异常都会让人体失去平衡,产生病变.利用T检验法对基因芯片公共数据库GEO中的4种AD样本的基因芯片数据进行分析,提取出具有重要意义的显著差异表达基因,再通过这些差异基因的生物信息学分析其在AD发病机制中的作用,为AD致病机制的探询、预防、早期诊断与治疗等提供有益的途径和方法.通过该算法的筛选、结合AD发病机制的假说及基因生物学分析,最终识别出30个AD候选致病基因,其中有5个已经被确定为与AD有关,10个被AD致病基因筛选算法识别.     

胃腺癌患者中铁死亡相关临床预后评估模型的建立

铁死亡是一种非凋亡性细胞死亡形式,近年来已被发现与胃癌密切相关.然而,铁死亡相关基因在肿瘤免疫调节和预后预测中的潜在作用仍有很大的探索空间.基于公共数据库中的胃癌数据和铁死亡相关数据,通过LASSO回归分析建立了一个包含DUSP1和NOX4基因的风险分数预测模型.通过ROC曲线和KaplanMeier曲线评估了其准确性并且证明了其临床价值,同时.利用KEGG-GO分析预测了潜在的生物学功能.ImmuCellAI用于对免疫细胞浸润进行评分,并预测对免疫检查点阻断剂疗法反应的敏感性.模型也被用来预测药物的反应性,并探讨其临床转化意义.通过GEPIA数据库、RT-qPCR和IHC验证了DUSP1和NOX4的表达.该研究系统地在胃癌中建立了一个具有一定普适性的铁死亡相关预后预测模型,并全面总结了其预后意义和免疫相关效应.DUSP1和NOX4可作为未来潜在的治疗靶点和STAD患者预后不良的生物标志物.     

阿尔茨海默病致病基因突变相关的啮齿类动物和非人灵长类动物模型

摘要: 我国现有阿尔茨海默病( AD) 患者800 － 1000 万,患者数量随着人口老龄化逐年增加,目前尚无有效治疗或者逆转AD 的药物和方法。过去基于啮齿类动物模型筛选出的用于治疗AD 的药物在人体试验中均疗效差或有严重的副作用,这与啮齿类动物模型和AD 患者病理及行为特征差异大有直接关系。非人灵长类动物与人的大脑和神经系统高度相似,建立AD 非人灵长类动物模型意义重大。AD 病因复杂,但是致病基因突变是其已知的明确病因,应该重视利用基因修饰或者基因筛选等技术建立AD 非人灵长类动物模型。本文将着重介绍AD 致病基因突变相关的转基因小鼠模型和非人灵长类动物模型的特点和现状。     

ApoE4干扰大脑代谢诱发阿尔茨海默病

 阿尔茨海默病（AD）是导致老年人认知障碍的最主要疾病。AD也是主要的一种神经退行性疾病,其中约95%是晚发型AD（LOAD）。目前,LOAD的发病机制仍不清楚,但是,4型载脂蛋白E （ApoE ε4,ApoE4）是已知的最大风险基因。以临床及基础实验结果为证据,探讨了ApoE4导致大脑出现糖脂代谢异常及相关机制。AD患者早期脑内也有糖脂代谢的紊乱,且代谢紊乱进一步加重认知障碍。因此,ApoE导致大脑代谢紊乱,可能促进AD的发生发展。靶向ApoE4改善大脑代谢,可能是AD药物研发的新方向。     

网络药理学对乳增宁胶囊治疗乳腺增生作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨乳增宁胶囊治疗乳腺增生的作用机制并对核心靶蛋白进行实验验证.方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)检索乳增宁胶囊所有药物的化学成分和相关作用靶点;采用GeneCard数据库检索乳腺增生的相关靶基因;后采用Perl语言软件筛选药物与疾病共同的靶点及药物的有效成分,并将药物与疾病共同靶蛋白...     

肠道微生物对自闭症作用的研究进展

自闭症(autism或autistic disorder,AD)又称孤独症,是一种神经发育障碍的疾病。近年来自闭症的发病率急剧上升,主要与无有效的治疗方法和病因鉴别困难有关。大多数自闭症患者均伴有肠道异常的症状,如:腹泻、便秘、胀气、食道反流等。肠道微生物可通过代谢产物、免疫、神经内分泌以及迷走神经等途径影响自闭症。采用益生菌、益生元,微生物移植等方法治疗自闭症,已被证实有可能成为取代昂贵的外科手术和药物的有效治疗方法,并将为治疗自闭症打开新的视野。     

SIPA1L2:阿尔茨海默症的风险基因（英文）

阿尔茨海默症(AD)是一种常见的具有高度遗传性的神经退行性疾病.越来越多的常见变异被发现与AD相关,但这些常见变异只能解释遗传力的一小部分.理论和实践表明罕见变异可解释剩余的遗传力.我们在389个个体(175个AD和214个认知正常)的600470个变异中探索能够改变AD易感性的罕见功能性变异.首先,在密歇根填补服务器上对缺失的基因型进行填补后,进行了质量控制和基于基因的注释.其次,对311个注释的外显子变异进行有效的重采样序列核关联测试.最后,通过几种生信工具对鉴定出的风险基因的潜在生物学解释进行了预测.结果显示,在Bonferroni校正下,SIPA1L2基因中的罕见错义变异rs2275303与AD显著相关(P=6.00E-04),并通过生信分析对其致病性进行了验证. SIPA1L2基因有望在AD的预防、诊断、预后和治疗中发挥重要作用.     

阿尔茨海默病伴发视觉障碍研究进展

 阿尔茨海默病（AD）是老年人群常见的神经变性疾病,多以记忆力损害为首发症状,逐渐出现进行性认知功能受损和精神行为症状,对家庭和社会带来沉重的经济和照护负担。AD早期症状不明显,待诊断明确后的治疗效果差,因此,早期诊断尤为重要。研究发现,AD患者可出现视觉障碍,但尚无流行病学数据。目前AD的治疗包括非药物及药物等综合手段,AD伴发视觉障碍的治疗尚需研究。本文主要介绍AD视觉障碍的临床症状、发生机制、检测及评价手段,包括光学相干体层扫描、视觉诱发电位、视网膜微血管检查及神经影像学,以对AD患者的视觉障碍进行全面评价,寻找特异、敏感及简便的AD评估手段,为AD的早期诊断及早期干预提供依据。     

基于流形正则化非负矩阵分解预测药物-靶蛋白作用关系

识别药物-靶蛋白作用关系是当前药物研究的重要内容,其可帮助识别已有药物的新功能,发现药物的"偏靶蛋白"等。现有预测算法对新药物的作用靶蛋白,及新靶蛋白的作用药物预测存在困难,由此提出一种新奇的基于流形正则化非负矩阵分解的新药物/新靶蛋白作用关系预测算法,该方法首先通过聚类算法构建新药物/新靶蛋白的初始作用标签,然后设计引入流形学习正则化约束的非负矩阵分解算法预测药物-靶蛋白作用关系,最后在四个经典数据集中测试,并与最新预测算法BLM-NII、RLS-WNN和WKNKN+WGRMF算法进行比较,证明本文算法可获取较高的预测精度。     

基于网络药理学的忧遁草治疗乙型肝炎的成分分析及作用机制研究

目的:以网络药理学知识为基础,探寻忧遁草治疗乙型肝炎的活性成分与作用机制.方法:基于传统中草药数据库与化合物信息数据库全面挖掘忧遁草活性成分,利用虚拟对接平台预测筛选各组分靶蛋白,通过化合物-蛋白-疾病互作网络确定忧遁草治疗慢性乙型肝炎的重要靶点,结合生物信息学手段、GO分析及KEGG信号通路富集,分析忧遁草治疗慢性乙型肝炎的活性成分及分子机制.结果:获得忧遁草类药成分27种,其中治疗乙型肝炎有效成分16种,数据库挖掘及维恩分析获得疾病-化合物重叠靶基因20个,筛选出关键节点与Hub节点,富集分析显示忧遁草可能通过凋亡、炎症、免疫等多个方面,对多个靶点、多个通路产生调控作用.结论:忧遁草可能通过多重作用靶点,参与调控多条主要信号通路,影响多类细胞的功能,从而起到治疗乙型肝炎的作用.     

抗阿尔茨海默病中药活性成分的研究进展

阿尔茨海默病(AD)是一种常见的神经系统退行性疾病。随着人口老龄化加剧,AD的发病率逐年攀升,防治AD迫在眉睫。一些传统中药的活性成分例如皂苷、多糖、生物碱等均可以通过相应的作用机制对AD进行预防和治疗,文章简要介绍了几种常用于治疗AD的中药活性成分及其研究进展,以期为治疗AD药物的进一步研究提供参考。     

胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的：研究胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因，并分析其参与的生物学过程和信号转导通路，为胃癌耐药机制的表观遗传学研究提供前期基础.方法：通过NCBI数据库检索hsa-miR-194-5p的基本信息；使用预测数据库预测hsa-miR-194-5p的靶基因；使用DAVID数据库对靶基因集合进行功能富集分析(GO)和信号转导通路富集分析(KEGG).结果：成熟的miR-194-5p序列多个物种之间具有高度保守性.预测靶基因共325个，参与的生物学过程主要有Golgi组织和细胞对DNA损伤刺激的反应(P<0.01),分子功能包括泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白水解(P<0.01),细胞组分富集在细胞核和细胞表面，调控包括TGF-β和WNT等多条信号转导通路(P<0.01).结论：miR-194-5p的靶基因SMURF1、 RAC1、MAPK1与胃癌细胞的增殖密切相关.     

阿尔兹海默病致病机制及环境对其发病影响

目前全球人口老龄化问题日益加剧,神经退行性疾病是威胁老年人身体健康的重要疾病之一,神经退行性疾病的治疗也一直是医疗领域的难题,阿尔茨海默病(Alzheimer's Disease,AD)最为常见.大量文献就其致病机理及治疗药物有比较详细的研究,但就环境对其致病的影响因素研究较少.文章基于AD致病机制,重点研究环境对AD的影响,为AD的防治工作提供参考依据.     

基于炎症反应的阿尔茨海默症功能模块构建

整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响.考虑到脑部神经炎症是AD发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是AD几个致病因素联系的纽带,结合蛋白质网络挖掘与AD发病密切相关的基因及炎症和钙离子功能网络,采用最大权重诱导子图(Heinz)算法实现两种高通量数据的结合并提取显著扰动子网,在此基础上利用基于边权的模拟退火算法预测和优化扰动网络,去除网络中较弱的相互作用,添加预测的较强的相互作用,提高网络的精度.实验共提取206个特征基因,并且提取了脑部炎症及钙离子作用机制的功能模块子网.结果证明,使用基于边权的模拟退火算法进一步加强了功能网络的模块性.经生物学分析证明炎症和钙离子机制在AD致病机制中起着很大的作用.这些数据在不同方面为系统地认识基因的复杂调控机制提供了必要的信息.     

抗阿尔茨海默病真菌来源天然产物研究进展

阿尔茨海默病（Alzheimer''s Disease,AD）,即老年痴呆症,是一种多因素诱导的慢性神经系统退行性疾病,多发于65岁以上老年人群。目前临床上没有治疗AD的特效药,现有的药物只能减缓发病进程,无法预防和治愈AD。关于AD的发病机制,目前研究认为有β淀粉样蛋白沉积毒性假说、神经炎症假说、氧化应激假说和乙酰胆碱能缺失假说等。自然界中真菌分布广泛,数量繁多且能产生大量具有生物活性的代谢产物。已有不少研究表明真菌来源的天然产物具有神经保护作用,有成为抗AD药物先导化合物的潜力。本文从AD发病机制假说的角度出发,综述了具有抗AD潜力的真菌来源天然产物及其相关生理活性或作用机制,为探寻新的抗AD真菌来源天然药物提供参考。