基于共表达网络对OLR1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈癌（HNC）的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。目的：通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。方法：我们对4个GSE数据集和TCGA头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织样本中3639个差异表达基因（DEGs）,然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。结果：鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比最高（HR =6.16, P<0.00001）。通过对该模块的进一步研究,我们发现氧化低密度脂蛋白1（OLR1）的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。结论：OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

基于共表达网络对氧化低密度脂蛋白受体1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈肿瘤(head and neck cancer,HNC)的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。对4个GSE数据集和癌症基因组图谱(cancer genome atlas,TCGA)头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织(adjacent normal tissue,ANT)样本中3 639个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比(hazard ratio,HR)最高。通过对该模块的进一步研究,发现氧化低密度脂蛋白1(oxidized low density lipoprotein receptor 1,OLR1)的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

维吾尔族妇女宫颈癌及HPV感染与多种基因表达上调的关系

 通过对维吾尔族妇女宫颈癌病变的高表达候选基因筛查分析,寻找族群特异的宫颈癌早期预警分子指标及其与HPV感染的相关性。收集维吾尔族妇女患者子宫颈新鲜组织标本85例,其中子宫颈鳞癌53例,慢性宫颈炎32例作为对照。提取组织DNA和RNA,利用HPV特异性PCR引物鉴定HPV感染阳性和型别,采用半定量RT-PCR方法对鉴定7种候选基因的转录表达水平变化。结果表明,宫颈炎或癌旁正常组织中的TK1、SPP1和ARPC2/3 mRNA检出率较低(25%—28%),在宫颈鳞癌中明显增高(62%—66%),其差异显著(P＜0.05);但是ANX8、HSPA1A、S100-A9和S100-P基因的转录表达水平变化不明显,其差异也无统计学意义(P＞0.05)。从HPV感染的角度分析,HPV阴性患者的TK1和SPP1 mRNA表达检出率较低(50.0%和44.2%);HPV阳性患者很高(82.9%和74.2%),有统计学意义(P＜0.05)。研究表明,SPP1、TK1和ARP2/3基因表达上调可能是维吾尔族宫颈癌发生的重要标志,其中TK1和SPP1基因表达水平变化可能对HPV感染有依赖关系。     

人乳头瘤病毒基因分型在宫颈鳞癌及癌前病变的分布规律及临床意义

为探讨人乳头瘤病毒(human papilloma virus,HPV)基因分型在宫颈鳞癌及癌前病变中的分布规律及其与宫颈鳞癌发生发展的关系,应用PCR-反向点杂交技术对109例宫颈病变患者(宫颈鳞癌40例、CIN69例)进行HPV感染基因分型测定.结果显示,109例标本中HPV阳性检出率为100%,最常见HPV基因型为HPV16型;随着病变程度增加HPV单一感染比例逐渐升高,多重感染比例逐渐下降,单一感染以高危型HPV16型感染为主;HPV16型在CINⅠ、CINⅡ、CINⅢ、SCC中阳性率分别为30.77%(8/26)、59.09%(13/22)、90.48%(19/21)、90%(36/40),阳性率呈依次上升趋势.宫颈鳞癌及癌前病变与HPV感染直接相关,宫颈癌癌前病变是高、低危HPV共同作用的结果;高危型HPV持续感染是高级别子宫病变及癌变发生的必要条件;HPV16型病毒感染是国人子宫颈鳞癌形成的主要原因.     

牙龈卟啉单胞菌感染在肺癌中的临床意义及预后价值

目的:分析牙龈卟啉单胞菌(Pg)感染与肺癌患者临床病理特征及5年生存期的相关性,并探讨其临床意义及预后价值.方法:选择肺癌患者手术切除的癌组织及相应癌旁肺组织石蜡包埋标本为研究对象,其中小细胞肺癌83例,肺腺癌103例,肺鳞癌84例.采用免疫组织化学方法检测其Pg感染情况,并分析Pg感染与肺癌患者临床病理特征的相关性;采用Kaplan-Meier生存分析法绘制生存曲线并利用Log-rank检验方法分析Pg感染与生存时间之间相关性.结果:小细胞肺癌组织(31.33%)及肺鳞癌组织(36.90%)中Pg感染阳性率高于肺腺癌组织(28.16%),且三者免疫组化评分均显著高于相应癌旁肺组织(P0.05);肺癌(小细胞肺癌、肺腺癌及肺鳞癌)患者中Pg感染与吸烟、饮酒、淋巴结转移和临床分期有关(P0.05),同时Pg感染阳性组5年生存率及中位生存时间均明显低于阴性组(P0.05),且三种病理类型中,肺鳞癌患者Pg感染阴性组与阳性组中位生存时间之差显著高于肺腺癌与小细胞肺癌患者.结论:长期吸烟、饮酒会导致恶劣的口腔环境,Pg更容易在这种环境下感染并定植,从而促进肺癌的恶性进展,有效清除Pg可能延长肺癌(特别是肺鳞癌)患者的生存期,为肺癌治疗提供了新的思路和有效治疗手段.     

TCP11基因在宫颈癌中表达的意义

目的 探讨TCP11基因在宫颈癌组织和细胞中的表达水平以及与HPV感染、患者临床特征和预后之间的关系。方法 运用UALCAN数据库及GEPIA数据库分析TCP11基因在宫颈癌中的表达及其与宫颈癌患者年龄和肿瘤分级的关系;运用The Human Protein Atlas(HPA)数据库、UALCAN数据库及Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析TCP11基因的表达与宫颈癌患者生存率的关系;运用UALCAN数据库分析在宫颈癌中TCP11基因启动子甲基化状态。运用组织芯片分析TCP11基因在正常宫颈及宫颈癌组织中表达水平。利用第二代杂交捕获技术(HC-2)检测所收集样本HPV感染情况。体外培养HaCaT细胞(一种永生化的上皮细胞)及宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞,利用Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌细胞中TCP11蛋白和mRNA表达水平。结果 运用HPA、UALCAN、GEPIA数据库分析发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达,且与宫颈癌患者生存率显著相关(P<0.05);TC...     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

基于数据挖掘分析GABPA基因在肾上腺皮质癌的表达及预后意义

利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma,ACC）及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相关的差异表达基因,筛选出的关键枢纽基因可为后续找到用于ccRCC临床诊断与治疗的靶点提供了理论依据.     

胃腺癌患者中铁死亡相关临床预后评估模型的建立

铁死亡是一种非凋亡性细胞死亡形式,近年来已被发现与胃癌密切相关.然而,铁死亡相关基因在肿瘤免疫调节和预后预测中的潜在作用仍有很大的探索空间.基于公共数据库中的胃癌数据和铁死亡相关数据,通过LASSO回归分析建立了一个包含DUSP1和NOX4基因的风险分数预测模型.通过ROC曲线和KaplanMeier曲线评估了其准确性并且证明了其临床价值,同时.利用KEGG-GO分析预测了潜在的生物学功能.ImmuCellAI用于对免疫细胞浸润进行评分,并预测对免疫检查点阻断剂疗法反应的敏感性.模型也被用来预测药物的反应性,并探讨其临床转化意义.通过GEPIA数据库、RT-qPCR和IHC验证了DUSP1和NOX4的表达.该研究系统地在胃癌中建立了一个具有一定普适性的铁死亡相关预后预测模型,并全面总结了其预后意义和免疫相关效应.DUSP1和NOX4可作为未来潜在的治疗靶点和STAD患者预后不良的生物标志物.     

应用PCR技术快速检测葡萄球菌耐药基因的初步研究

根据上述抗生素抗性基因的保守序列,设计合成其特异的引物,PCR扩增检测成都地区临床分离的86株葡萄球菌的相应耐药基因,并与临床药敏试验比较,追踪调查其预后情况.结果55株耐甲氧西林分离株中mecA基因检测阳性的为48株,基因型与表型符合率87.3%;59株红霉素耐药菌株中ermA和(或)ermC基因阳性的为54株,基因型与表型符合率91.5%.而30株甲氧西林敏感的分离株中mecA基因检测阴性的为22株,基因型与表型符合率73.3%;26株红霉素敏感菌株中ermA和ermC基因阴性的为15株,基因型与表型符合率57.76%.mecA、ermA、ermC基因检测均阳性的患者死亡率(66.7%,26/39)与上述基因均阴性的患者死亡率(21.4%,3/14)存在显著性差异(p＜0.01).     

CADM1基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变的相关性研究

探讨CADM1 基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变发生的相关性.采用MassARRY EpiTYPER DNA甲基化分析技术定量分析宫颈鳞癌(n=49)、CIN2/3(n=47)、CIN1(n=28)、正常对照组(n=24)中CADM1 基因启动子区15个CpG位点的甲基化状态.宫颈鳞癌组CADM1基因启动子区CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15位点甲基化率高于CIN2/3、CIN1及正常对照组,差异有统计学意义(P<0.05),CIN2/3、CIN1及正常对照组间甲基化率差异没有统计学意义(P>0.05).CADM1基因CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15甲基化率与HPV16感染呈正相关.CADM1基因特异性位点CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能促进了宫颈鳞癌的发生、发展,其中CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能与HPV永生化到致瘤型表型的转化有关.CADM1基因特异性CpG位点甲基化状态的改变可能导致基因转录表达沉默,是宫颈鳞癌发生发展的促进因素.     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据,应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况,将样本分为高、低风险两组,通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve, ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义,通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况,进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死...     

Rab27B和HPV16/18蛋白质在宫颈鳞癌表达的意义

目的通过免疫组织化学实验探讨Rab27B和HPV16/18蛋白质在宫颈鳞癌组织中表达的意义。方法收集慢性宫颈炎组织和宫颈鳞癌组织连续石蜡切片,采用免疫组织化学实验检测慢性宫颈炎组织和宫颈鳞癌组织中HPV16/18和Rab27B蛋白质的表达水平。通过统计学分析分别研究HPV16/18和Rab27B蛋白质在宫颈鳞癌组织的表达意义。结果 HPV16/18在慢性宫颈炎组织中感染率为13. 5%,而在宫颈鳞癌组织中为46. 2%,差异有统计学意义(P0. 05)。Rab27B蛋白质表达水平在慢性宫颈炎组织中,中、强阳性表达为32. 4%。在宫颈鳞癌组织中,中、强阳性表达为63. 3%。两者比较具有统计学意义(P0. 05)。宫颈鳞癌组织中Rab27B表达水平高,HPV16/18表达水平也高;慢性宫颈炎组织中Rab27B表达水平较低,HPV16/18表达水平也低(P0. 05)。结论宫颈鳞癌组织中Rab27B蛋白质的高表达结合HPV16/18蛋白质的表达,可能和宫颈鳞癌的发生和发展相关。     

雌激素和孕激素受体及P16蛋白在乳腺癌组织中表达与预后

目的探讨雌激素和孕激素受体及P16蛋白在乳腺癌组织中的表达与预后.方法选取行腺癌根治术并接受内分泌辅助治疗的原发性乳腺癌患者140例,免疫组化法检测乳腺癌组织中雌激素受体、孕激素受体、P16蛋白表达情况;收集患者年龄、月经情况、组织学分级、肿瘤直径、病灶分化程度、病理类型等临床病理指标;乳腺癌根治术后给予患者为期3 a的随访,记录生存情况.结果 140例乳腺癌患者组织中雌激素受体阳性58例(41.43%),孕激素受体阳性60例(42.56%),P16阳性82例(58.57%).不同年龄、月经状态、分化程度的乳腺癌患者雌激素受体、孕激素受体阳性率差异均具有统计学意义(P0.05).多因素Cox回归分析显示:年龄40岁、组织学分级Ⅲ期、低分化程度是乳腺癌患者生存率的独立危险因素;乳腺癌组织中雌激素受体阳性、孕激素受体阳性、P16蛋白阴性是乳腺癌患者生存率的独立保护因素.结论雌激素和孕激素受体及P16蛋白表达与乳腺癌患者预后明显相关,可用于内分泌辅助治疗预后的判断; P16基因可能参与调控乳腺癌内分泌辅助治疗的疗效.     

HPV分型检测在宫颈癌及癌前病变筛查中的临床应用价值

观察分析高台县人民医院HPV分型检测用于宫颈癌及癌前病变筛查的应用价值。选择2015年1月至2017年12月经高台县人民医院收检的液基细胞学检查3128例,共检出的302例非典型鳞状细胞增生患者,进行HPV分型检测及阴道镜多点取材活检诊断,评价两者之间的相关性。HPV阳性患者共215例,感染率71.19%(215/302),HPV阳性患者及阴性患者年龄、生育史、体重等一般资料组间差异无统计学意义(p0.05),但阳性组病理活检确诊宫颈癌及癌前病变的比例为22.33%(48/215),阴性组为6.90%(6/87),组间差异具有统计学意义(p0.05)。HPV分型检测用于宫颈癌及癌前病变的筛查具有较高的应用价值,值得临床推广应用。     

葛花解酲方作用于CCL2、BIRC5调控自噬治疗肝细胞癌的研究

为探讨葛花解酲方(GHJCF)通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制，根据GEO数据库中GSE45267和GSE87630肝癌数据集，将自噬相关的222个基因与GHJCF靶点和数据集的差异表达基因用韦恩图取交集得出关键基因，进行靶点预测并建立蛋白质-蛋白质相互作用网络图；随后利用生物信息学的方法进行临床因素相关分析和生存预后分析。最后使用分子对接进而筛选出GHJCF通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制，获得4个GHJCF介导自噬干预肝细胞癌的靶点。与对照组(癌旁组织)相比，肝癌组中CCL2、NFE2L2、FAS和BIRC5表达均具有显著差异；THPA数据库病理切片验证NFE2L2、CCL2、BIRC5等蛋白在正常组中低表达，在癌症组织中高表达；CCL2和BIRC5与性别、癌症分期、淋巴结转移具有显著相关性；5年生存预后分析显示两者都有预后价值；最后分子对接显示BIRC5蛋白能与GHJCF中的染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素成分结合且对接分数较高，CCL2能与槲皮素成分结合且对接分数较高。通过以上生物信息学分析，结合临床数据相关性，GHJCF可能通过染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素...     

基于低氧-免疫DNA甲基化标记在肺腺癌预后中的开发

为了探究缺氧和免疫联合分析DNA甲基化位点在肺癌预后中的作用，提高肺癌免疫治疗的有效性，本研究基于甲基化和转录组二维数据，构建了一个用于预后评估的风险评分模型．从TCGA数据库中下载了247个与缺氧、免疫状态相关的去冗余肺癌样本作为训练集．然后对低缺氧-强免疫状态的样本、高缺氧-弱免疫状态的样本进行了差异基因表达、甲基化位点和临床生存率分析．生存曲线分析显示，低缺氧状态-强免疫状态组中的肺腺癌患者的1、3、5年生存率均优于高缺氧状态-弱免疫状态组（log-rank检验，P<0.05、P<0.001、P<0.001）．使用LASSO回归构建的多基因预后模型包含9个甲基化位点，在肺腺癌测试数据集和验证数据集中均显示出良好的预后预测能力（AUC=0.83,0.80,0.82）．这9个甲基化位点分别分布在PEBP4、FLI1、HLA-DMB、MYO1F、ABCC2、AKNA、ETS1、CCR7和TXNRD1基因上．此外，我们从5年生存曲线中发现，在低缺氧-强免疫状态组中高表达的PEBP4、CCR7、FLI1、AKNA、HLA-DMB、MYO1F和低表达的ABCC2基因也可作为...     

基于TCGA数据库构建肺腺癌相关免疫基因预后模型

从TCGA公共数据库中下载535个肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)肿瘤组织样品及59个正常组织样品及其相配的临床病例资料，提取样本全转录组测序结果.利用wilcox检验对两组样品进行差异表达分析，利用网址https://www.immport.org/下载免疫基因与肺腺癌转录组差异表达基因取交集，提取与肺腺癌相关的差异表达免疫基因.基于差异表达免疫基因，采用单因素和多因素Cox回归分析构建模型，并根据风险评分，将患者分为高风险组和低风险组；采用生存分析(K-M)和受试者工作特征(ROC)曲线分析检验模型预测效能.结果显示，共提取490个与肺腺癌相关的差异表达免疫基因，其中表达上调基因328个，表达下调基因162个，采用Cox单因素回归分析获得53个与生存时间相关的预后免疫基因，多因素Cox回归分析最终得到一个由15个预后免疫基因构建的风险评估模型.ROC曲线结果证实该模型对LUAD患者5 a内生存率的分析准确性较高(AUC=0.721),单因素和多因素Cox独立分析提示risk score(RS)能作为一个独立的预后指标(P<0.001).临床变量相关...     

犬乳腺癌基因表达特征及肿瘤预后标志物分析

目的 探索犬自发性乳腺癌的基因表达特征和预后标志物。方法 从公共数据库获取多个犬乳腺癌转录组数据集，校正合并获得大样本量的整合数据集。通过生物信息学分析与疾病预后相关的基因聚类，筛选与预后不良相关的特征性基因并在细胞水平进行验证。结果 共识聚类分析获得的聚类3与犬乳腺癌的低生存率相关，其特征性基因主要富集于细胞增殖相关信号通路。经过单因素分析并与人类数据集提取交集基因，获得11个与乳腺癌预后不良相关的跨物种保守性关键基因。利用犬乳腺癌细胞系证实其中的ZBTB16和ABI3BP基因参与调节乳腺癌细胞增殖。结论 成功获得一组保守性风险基因，可作为生物标志物用于犬自发性乳腺癌及犬乳腺癌动物模型的疾病分型和预后评估。