西鄂尔多斯地区绵刺生长期和休眠期生理特性的研究

研究了西鄂尔多斯地区自然生境下强旱生小灌木绵刺(Potaninia mongolica)的生理特性,以同生境珍稀植物四合木(Tetraena mongolica)和霸王(Zygophylum xanthoxylum)作为对照,通过对生长期、休眠期的绵刺叶片抗氧化酶活性和抗氧化物质含量的生理响应测定,探讨具有休眠—复苏特性的珍稀植物绵刺在野外不同时期的生理抗旱特性.结果表明,绵刺休眠期的抗氧化酶SOD、CAT、POD的活性,以及超氧阴离子产生速率和MDA、ASA、GSH、脯氨酸的含量均高于生长期;四合木和霸王生长初期和生长中期抗氧化酶活性和抗氧化物质含量的变化趋势与绵刺相一致;极度干旱胁迫下绵刺的适应方式为休眠躲避干旱,四合木和霸王的适应方式为抵抗干旱.     

绵刺休眠期和生长期光合特性的比较研究

为探讨自然生境下西鄂尔多斯强旱生小灌木绵刺(Potaninia mongolica Maxim)的光合生理生态适应性,通过对绵刺休眠期和生长期叶片光合作用日变化、光合响应曲线、光合色素含量进行测定,研究绵刺净光合速率与生理生态因子的关系.结果表明:(1)休眠期绵刺净光合速率(Pn)日变化呈"双峰"曲线,出现"午休"现象,主要受非气孔限制因素影响.Pn与光照有效辐射(PAR)、胞间CO_2浓度(Ci)存在二次曲线关系,与相对湿度(RH)存在线性关系,与叶片温度(T_(leaf))在一定范围内呈线性关系;生长期绵刺Pn日变化呈典型"单峰"曲线,Pn与PAR、Ci、T_(leaf)之间存在二次曲线关系,与RH呈线性关系.(2)除类胡萝卜素外,处于生长期绵刺的叶绿素a、叶绿素b、叶绿素总量均高于休眠期绵刺叶片色素含量.绵刺的光合特性与生理生态因子存在密切关系.     

珍稀灌木绵刺与四合木光合特征的比较

为探讨自然生境下西鄂尔多斯强旱生小灌木绵刺(Potaninia mongolica Maxim)的光合生理生态适应性,以同生境珍稀植物四合木(Tetraena mongolica Maxim)做对照,通过对绵刺生长期、休眠期、复苏期光合作用的测定,结合当地气象资料探讨其光合特性.结果表明:(1)生长期和休眠期绵刺净光合速率(Pn)日变化呈"双峰"曲线,中午具有"光合下调"现象,主要受非气孔限制因素影响;下午Pn下降受气孔因素限制.复苏期呈"单峰"曲线,午后Pn降低受非气孔因素限制.(2)四合木光合日变化近似抛物线的"单峰"曲线,Pn降低受非气孔因素限制.(3)绵刺不同时期的蒸腾速率(Tr)、水分利用效率(WUE)、胞间CO2浓度(Ci)、气孔导度(Gs)等有明显的分异.(4)绵刺生长期与复苏期的光合气体交换参数(除Ci)均高于同期生长的四合木,单位时间内固定较多CO2,光合效率高.两种植物具有不同的生长适应模式,反映了荒漠植物与环境协同进化的生态适应性.绵刺较高的水分利用率是其对环境响应的适应机制.     

绵刺(Potaninia mongolica)对干旱生境的适应特征

绵刺(Potaninia mongolica)是一种古老残遗的单种属植物,被国家列为首批二级保护植物,具有极其重要的科学研究价值．从绵刺对干旱、对土壤贫瘠、对盐碱、对风蚀的适应性和濒危原因及其保护措施等方面总结了近十年来的研究进展．     

转录组测序技术在绵山羊育种中的应用研究进展

转录组测序技术已广泛应用于生命科学的各个领域.羊作为被最早驯化的家养动物之一,在人类日常生活中有着不可取代的作用.文章主要从绵山羊肉品质、毛绒生长、泌乳等方面应用转录组测序进行了阐述,为今后绵山羊的分子育种工作提供参考.     

绵刺(Potaninia mongolica)生长发育过程中抗氧化酶系统的变化

不同年龄段绵刺(Potaninia mongolica)内抗氧化酶系统的变化有以下规律：SOD活性的变化是未劈裂植株大于正在劈裂植株大于已劈裂植株，在每个年龄段的绵刺体内，叶片中SOD活性明显高于地下部分POD活性的变化是正在劈裂植株大于未劈裂植株大于正在劈裂植株；CAT活性的变化趋势与POD活性的差异较大，且没有规律性；MDA在未劈裂植株体内积累量最大；绵刺体内抗氧化酶系统出现严重的失衡现象，但脂膜过氧化程度不高．     

高通量转录组测序的数据分析与基因发掘

高通量转录组测序(RNA-seq)是在转录组水平上进行深度测序的一项技术,为真核生物转录组学的研究开创了新平台,但同时测序所得到的海量数据的生物信息学分析成为科研工作者的一大挑战。对转录组测序技术进行了阐述,重点介绍了转录组测序后的数据分析,以及在真核生物尤其是非模式物种中的基因发掘方法。     

用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建

利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10 nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了 杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordi ormis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列;其中189条序列能分辨出其带有的多重标签;插入的平均长度为348 bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9％)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.     

黄精转录组特性分析及相关功能基因研究

分析黄精转录组数据,挖掘与黄精中多糖、皂苷元、黄酮生物合成途径相关的关键酶基因.利用Illumina HiSeq测序平台对黄精全株进行转录组测序,对测序结果进行注释分析.共获得146072个有效转录本,超过51.00％的转录本在NR、Swiss-Prot、KOG、GO、KEGG数据库中获得注释.β-呋喃果糖苷酶、己糖激...     

阿拉善典型荒漠群落种群空间格局及种间关联的尺度依赖性

以阿拉善典型绵刺+泡泡刺+驼绒藜荒漠群落灌木层片为研究对象,分析了灌木层片数量特征,并运用点格局分析方法对主要灌木种群绵刺、泡泡刺、驼绒藜种群空间分布格局及空间关联性进行了研究.结果表明:在绵刺+泡泡刺+驼绒藜(重要值分别为41.67%、30.24%和27.52%)典型荒漠群落中,三种灌木种群空间格局在小尺度(0-3.6m)上呈均匀分布或具有均匀分布趋势,显示种内存在竞争关系,但随着尺度增大(3.6~20m)种群格局转变为随机分布;在0~20m连续空间尺度上种间空间关联性基本表现为空间无关联,但随空间尺度增大种间负关联性有增强趋势,显示种间仍表现出弱的竞争关系.     

冻害胁迫下马铃薯叶片中酚酸类物质研究

马铃薯野生种Solanum commersonii(CM)具有很强的抗冻性，对低温处理下不同时间点的抗寒材料CM及冷冻敏感材料StGp Phureja(DM)取样，进行转录组及代谢组测序，对116种酚酸类物质进行差异分析.结果表明，11种酚酸物质与抗寒材料CM的耐寒性相关，转录组关联分析筛选出36个转录因子与11种核心差异酚酸物质有相似的表达模式，响应马铃薯低温下的表达调控.     

一种用于黄曲霉高质量总RNA提取方法与应用

不断发展的研究技术对黄曲霉RNA的提取质量提出更高的要求,而真菌的细胞壁结构及其内源性RNase活性常是达到这一目标的主要障碍.以黄曲霉菌丝为材料,探讨了采用TES热酚法获得高质量总RNA的方法,并通过RT-PCR(反转录聚合酶链式反应)和RNA-Sequencing(转录组测序)对获得的RNA进行了质量验证.结果显示,TES热酚法不但所用试剂价格低廉,该法所提取的RNA质量较高,其浓度、纯度和完整性均可满足RT-PCR、转录组测序的文库构建和高通量测序等对RNA要求较高的分子生物学实验.     

KP-10对绵羊卵泡颗粒细胞增殖及凋亡相关基因表达的作用研究

目的：探讨Kisspeptin-10(KP-10)对绵羊卵泡颗粒细胞(FGCs)CCND1、CDK6、Bcl-2、THBS1、TNC和Bax基因表达的影响.方法：将分离培养的原代FGCs细胞在含不同浓度(0、10、100和1 000 nmol/mL)KP-10培养基中培养，分别标记为CG组、EP-1组、EP-2组和EP-3组，采用CCK-8法检测FGCs的细胞活性，筛选出KP-10对FGCs增殖的最佳浓度与时间.采用RNA-seq技术进行转录组测序分析，应用实时荧光定量PCR(qPCR)和Western Blot方法进行验证.结果：与CG组比较，48 h时EP-2组FGCs细胞活力极显著增强(P<0.01).转录组测序显示CG组和KP组间存在202个差异表达基因，其中上调基因119个，下调基因83个.qPCR和Western Blot结果表明，KP组CCND1、CDK6、Bcl-2基因表达显著上调(P<0.05);Bax、THBS1、TNC基因表达显著下调(P<0.01;P<0.05),与转录组测序结果基本一致.Western Blot验证结果与qPCR检测结果...     

西鄂尔多斯绵刺(Potaninia mongolica)和短脚锦鸡儿(Caragana brachypoda)根系特征对土壤水分的响应

以西鄂尔多斯荒漠草原常见灌木绵刺与短脚锦鸡儿为研究对象.采用全根挖掘法研究西鄂尔多斯绵刺与短脚锦鸡儿的根系形态特征,调查土壤水分的分布格局.结果表明绵刺和短脚锦鸡儿根系生物量和根长密度均表现出随土壤深度的加深先增大后减小的趋势.绵刺和短脚锦鸡儿的根系分布浅,主要分布于0~30cm的土壤中;根/冠比很小(分别为0.47和1.38),但根幅可达冠幅6~8倍.根系的细根根长密度、吸水能力与土壤含水量呈显著正相关关系,根系形态构型与土壤含水量的垂直分布格局相匹配.绵刺和短脚锦鸡儿的根系特征表现出了对干旱区的有限降水、局限渗透和土壤含水量的垂直分布格局的生态适应性.     

水稻发育相关基因的选择性多聚腺苷化调控方式

<正>水稻是世界上最重要的粮食作物之一,也是单子叶模式植物.随着高通量测序技术的发展和测序成本的下降,围绕水稻生长发育过程的转录组已有不少研究,然而对于相关基因的转录后调控了解却非常少.选择性多聚腺苷化(alternative polyadenylation,APA)作为一种重要的信使RNA转录后调控方式,广泛存在于真核生物中[1],对转录本的编码功能、稳定性、可翻译性等产生重要的影响.因此,在全基因组范围内对水稻不同发育时期、不同组织的poly(A)位点轮廓进行研究具有重要意义.     

濒危树种香木莲转录组分析

为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 ...     

茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析

茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.     

牙鲆感染迟钝爱德华氏菌的miRNA转录组分析

为了探究牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中miRNA的分子调控机制,以牙鲆头肾组织为研究材料,分析其感染迟钝爱德华氏菌后miRNA的差异表达情况.利用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对感染迟钝爱德华氏菌3 h、6 h以及未感染的牙鲆头肾组织的RNA进行转录组测序,并对数据进行生物信息学分析.将测序结果与斑马...     

JNY-2中抗肿瘤活性相关蛋白成分的鉴定

目的:鉴定海洋中药魁蚶(JNY-2)中发挥抗肿瘤作用的蛋白成分.方法:运用JNY-2转录组测序reads,de novo组装unigenes,构建JNY-2转录组数据库;通过液质联用技术联合转录组数据,对分离得到的JNY-2活性蛋白组分JNY-2-1中发挥抗肿瘤作用的物质基础进行分析鉴定.结果:通过对海洋中药JNY-2进行转录组测序,共得到142 280 214条reads,de novo组装后得到132 025个unigene,构建了JNY-2转录组ORF数据库;对JNY-2抗肿瘤活性蛋白组分JNY-2-1进行LC-MS/MS分析,产生了574 120个MS/MS二级质谱图谱,与JNY-2 (ORF)数据库比对吻合且因假发现率(FDR)≤1%的有9 101个MS/MS光谱;鉴定得到特征肽段2 381个,最终在活性组分JNY-2-1中鉴定了516个蛋白成分,包含调控生物进程的功能性蛋白和细胞构成蛋白,但无毒素类蛋白成分.结论:从JNY-2抗肿瘤活性蛋白组分JNY-2-1鉴定得到516个蛋白成分,为活性新蛋白的发现及海洋中药JNY-2抗肿瘤物质基础研究提供了重要的科学资料.     

miR-34a-5p对KSHV感染的神经细胞增殖和迁移能力的影响

目的 研究miR-34a-5p对卡波氏肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus,KSHV)感染的神经细胞增殖和迁移能力的影响.方法 选择KSHV感染的SH-SY5Y神经细胞(SK-RG)和SH-SY5Y细胞,进行差异表达的miRNA转录组测序和生物信息学分析,通过...