肠癌患者与健康人群肠道菌群基因组DNA鉴定与特征

目的探讨肠道肿瘤患者与健康人群肠道菌群构成及基因组DNA的变化特征.方法分别采集肠癌患者与健康人晨起粪便,进行需氧和厌氧培养,鉴定菌株并进行菌落计数.采用试剂盒法提取粪便中肠道细菌总基因组DNA,进行琼脂糖凝胶电泳.结果肠癌组与健康对照组比较,肠杆菌数量增多,以大肠埃希菌数量显著,乳酸杆菌和双歧杆菌明显减少,厌氧菌和需氧菌的数量比例颠倒,两组数据比较差异均具有统计学意义(P0.05).粪便总基因组DNA经琼脂糖凝胶电泳在23 130 bp处有清晰、明亮的单一条带,且肠癌组与健康对照组均有相同大小的条带.结论肠癌组与健康对照组肠道菌群组成存在差异,肠道菌群总基因组DNA没有变化.     

彭泽鲫养殖池塘不同生境微生物基因组DNA的提取

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、彭泽鲫肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响.结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16SrDNA V3区特异性片段扩增,但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响;人工养殖的彭泽鲫肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富.     

乳汁菌群对6月龄婴儿肠道菌群的影响初探

目的:基于16S rRNA测序技术初步探讨有菌乳汁对产后6月龄婴儿肠道菌群的影响。方法:本研究共纳入12例产妇及其婴儿,收集产妇产后6月乳汁及其6月龄婴儿粪便标本,根据产后6月乳汁有无菌群,将乳汁分为乳汁无菌组和乳汁有菌组,比较无菌乳汁和有菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群多样性与物种差异。结果:收集的12例产后6月乳汁样本中,7例乳汁样本中检测出菌群,乳汁样本中菌群检出率58.33%。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道菌群与无菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群α多样性和β多样性无显著性差异。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道中无害芽孢梭菌、未分类丹毒丝菌科、丹毒丝菌纲、丹毒丝菌目、丹毒丝菌科的相对丰度显著高于无菌乳汁喂养6月龄婴儿(P<0.05),无菌乳汁喂养婴儿肠道中乳酸菌科、乳酸菌属的相对丰度显著高于有菌乳汁喂养的婴儿(P<0.05)。结论:产后6月乳汁中可无菌群的存在,乳汁菌群的有无虽不能改变6月龄婴儿肠道菌群的多样性,但可改变6月龄婴儿肠道菌群的菌群结构。     

导盲犬和淘汰犬肠道菌群的差异性研究

目的 探究导盲犬和淘汰犬之间肠道菌群的差异,分析两者特征性差异菌群。方法 收集16只导盲犬和10只淘汰犬的新鲜粪便样本,按照犬品种和性别分为拉布拉多雄性导盲犬(GD-ML)和淘汰犬(ED-ML)、拉布拉多雌性导盲犬(GD-FL)和淘汰犬(ED-FL)、金毛雄性导盲犬(GD-MG)和淘汰犬(ED-MG),另外从中随机抽取9只导盲犬和4只淘汰犬分为导盲犬组(GD)和淘汰犬组(ED),共分为4组配对。提取粪便样本总DNA,应用PCR-DGGE技术获得肠道菌群图谱,应用相关软件和统计学方法对每组配对进行差异性分析。结果 聚类分析结果显示,GD和ED,GD-ML和ED-ML,GD-FL、ED-FL和GD-MG均各归为一类,表明导盲犬和淘汰犬之间肠道菌群存在差异。肠道菌群多样性、丰富度和均匀度分析结果显示,每两个配对组之间多样性指数、丰富度指数和均匀度指数存在差异,但差异均无统计学意义。差异性条带测序分析结果显示：与ED相比,GD Megamonas funiformis YIT 11815菌株增多;与ED-ML相比,GD-ML Succinatimonas hippei YIT 12066、Lactobacillus vaginalis DSM 5837、Lactobacillus acidophilus NCFM、Faecalibacterium prausnitzii A2-165菌株增多,Collinsella aerofaciens ATCC 25986和Prevotella copri DSM 18205菌株减少;与ED-FL相比,GD-FL Ruminococcus gnavus AGR2154、Fusobacterium russii ATCC 25533菌株减少;与ED-MG相比,GD-MG Tropheryma whipplei str. Twist菌株增多。结论 本研究发现导盲犬和淘汰犬肠道菌群存在差异,未来对差异菌群的进一步研究可能有助于辅助导盲犬的早期筛选。     

柚皮苷对DSS诱导结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的 探究柚皮苷( Naringin,NG)对 DSS 诱导的结肠炎小鼠肠道菌群的影响。 方法 用 C57BL / 6 雄性小鼠构建动物模型,将 15 只小鼠分为对照组、模型组和 NG 组,每组 5 只。 除对照组外,其它两组给予 4% ( m / v) DSS 自由饮用,第 2 天给予 NG 组小鼠 NG 干预。 第 9 天处死小鼠,留取结肠和粪便。 Western blot 检测炎症分子蛋白磷酸化核因子-κB-p65( p-NF-κB-p65)和凋亡蛋白 Bcl-2。 PCR-变性梯度凝胶电泳( PCR-DGGE) 技术分析小鼠肠道菌群结构。 结果 模型组 p-NF-κB-p65 和 Bcl-2 蛋白表达与对照组比较,有显著差异( P<0. 01) ,且 NG 干预后有不同程度的改变;对 PCR-DGGE 中的条带通过非加权成对算术平均( UPGMA)算法进行聚类分析,结果显示各组小鼠结肠菌群结构具有显著差异。 结论 NG 可以有效改善 DSS 诱导的结肠炎症状,改善小鼠肠道菌群。     

桑叶槲皮素对D-半乳糖致衰老小鼠抗氧化能力及肠道菌群的影响

以桑叶(Morus alba L.)槲皮素为研究对象,探索其对D-半乳糖衰老小鼠抗氧化能力和对其肠道菌群多样性的影响.连续8周腹腔注射D-半乳糖(120 mg/(kg·d))建立小鼠衰老模型,以抗坏血酸为阳性对照组,槲皮素低、中、高剂量组分别按体质量灌胃50、100和200 mg/(kg·d) 30 d,空白对照组灌胃生理盐水.30 d后测量小鼠血清中总抗氧化能力(T-AOC)、超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)的含量,提取小鼠粪便细菌总DNA,PCR-DGGE方法检测扩增产物进行多样性分析.与衰老模型组相比,高剂量桑叶槲皮素可以不同程度提高衰老小鼠胸腺和脾脏指数,降低T-AOC、SOD、GSHPx水平和MDA含量(P0.05),同时槲皮素低、中、高剂量组小鼠肠道菌群多样性均高于衰老模型组,且随剂量增加而增加.结果表明:桑叶槲皮素能抑制体内过氧化物的生成,有效清除体内的自由基,显著提高衰老小鼠抗氧化能力,同时可通过改善衰老小鼠肠道菌群多样性,调整肠道菌群,从而延缓衰老.     

不同海拔区域内牦牛肠道菌群结构组成多样性研究

探索不同海拔牦牛肠道菌群结构组成,为不同海拔区域间牦牛的饲养交流提供帮助. 本研究随机采集海拔2 897~4 717 m的12头牦牛的新鲜粪便样本,用16s rDNA技术对样本宏基因组测定,比较分析高低海拔牦牛肠道菌群的OTU丰度差异,研究高低海拔区域的牦牛肠道微生物菌群结构组成. 结果显示,高海拔与低海拔地区牦牛肠道菌群在门、纲、目、科、属、种层面菌群结构组成不同. 高低海拔区域的牦牛肠道菌群有8个菌在属水平差异显著（P＜005）. 结果表明,高海拔与低海拔牦牛肠道菌群结构组成存在一定差异,低海拔地区牦牛肠道菌群OTU丰度比高海拔的更为丰富.     

肥胖人群肠道菌群多样性研究

为了探讨肥胖人群肠道菌群多样性变化特征,招募34位志愿者,依照体重指数(中国标准)将志愿者分为四组,肥胖组、超重组、正常组、偏瘦组。获取志愿者新鲜粪便,提取肠道菌群总DNA。采用Illumina Miseq高通量测序平台,对粪便样本中所有细菌的16S rRNA V4-V5区进行DNA测序,对测序结果进行数据分析。结果发现,超重组的Chao指数显著低于正常组,Shannon指数显著低于偏瘦组,显示超重组的肠道菌群丰富度与多样性最低,正常组的肠道菌群丰富度最高,偏瘦组的肠道菌群多样性最佳;根据主成分分析与柱坐标分析发现,肥胖组的肠道菌群组成与其他三组差异较大,并且肥胖组内各样本距离较远,显示其组成也具有较大差异,提示肥胖人群的肠道微生物菌群构成不止一种模式。     

苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

[目的]研究苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响。[方法]将10只自发性高血压大鼠(Spontaneously Hypertensive Rats,SHR)随机分成常规饮食对照组和苦荞饮食组,对照SHR(SHR-C)正常饮食,苦荞饮食组SHR(SHR-TBW)全荞麦饮食,第3、6和12周无菌收集SHR粪便样本,16S rDNA V3-V4区扩增,Hiseq高通量测序后进行比对和分类。[结果]SHR-C和SHR-TBW大鼠肠道菌群结构及组成多样性有显著性的差异。随时间厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteriodetes,F/B)值从0.22增加到1.89;未知不可分类的菌群从16.52%增加到50.65%;Allobaculum、丁酸弧菌属、毛螺菌属和变形菌菌属是SHR-TBW饮食的优势菌群。[结论]苦荞饮食能重构高血压肠道菌群,饮食干预可有效改善血压。     

应用16S rRNA基因测序比较分析不同品系1型糖尿病小鼠肠道菌群的异同

目的 比较C57BL/6 (B6)和FVB两个品系小鼠建立的1型糖尿病(T1DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T1DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法 采用8周龄SPF级雄性B6和FVB小鼠各20只,两组小鼠每天腹腔注射40 mg/kg的链脲佐菌素(STZ)连续5 d,小鼠空腹血糖连续2周≥11.1 mmol/L为T1DM建模成功,建模6周后每组分别收集10份洁净粪便,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌科及肠道菌群相关的功能通路。结果 B6与FVB组T1DM小鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异(P>0.05),两组小鼠的菌群Beta多样性存在统计学上的差异(P<0.05)。B6组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Muribaculaceae、Lactobacillaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Desulfovibrionaceae、Akkermansiaceae;FVB组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Lactobacilla...     

影响实验小鼠肠道菌群的多因素比较研究

目的比较研究影响实验小鼠肠道菌群的六种主要因素,为动物实验的设计和实验结果的解释提供参考,为肠道微生态菌群结构的干预与调控提供借鉴。方法采用珠磨法和酚-氯仿-异戊醇法提取肠道内容物中细菌基因组DNA,然后用16S rDNA V3区通用引物进行PCR扩增,扩增产物经DGGE电泳后用电泳条带数字化软件Quantity One和统计学软件SPSS对影响肠道菌群的六种因素(年龄、品种、饲养环境、饲料、个体差异和性别差异)进行比较研究。结果 Dice相关系数和主成分分析显示,年龄因素在早期(7和14日龄)对肠道菌群影响较大,到28日龄后,菌群结构趋向稳定,饲料和饲养环境成为主要的影响因素。品种和个体差异对肠道菌群也存在较大的影响,但性别差异影响相对较小,存在一定的随机性。结论以上六种因素均能在一定程度上影响肠道菌群,但其影响程度存在差异,在动物实验设计和实验结果解释时应充分考虑避免或利用这些影响因素。     

Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota

Trillions of microbes inhabit the human intestine, forming a complex ecological community that influences normal physiology and susceptibility to disease through its collective metabolic activities and host interactions. Understanding the factors that underlie changes in the composition and function of the gut microbiota will aid in the design of therapies that target it. This goal is formidable. The gut microbiota is immensely diverse, varies between individuals and can fluctuate over time - especially during disease and early development. Viewing the microbiota from an ecological perspective could provide insight into how to promote health by targeting this microbial community in clinical treatments.     

基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群.共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属 Firmicutes(40.55％),Proteobacteria(34.60％)和 Bacteroidetes...     

益生菌、肠道菌群与人体健康

 肠道菌群与人体长期互作、共同进化,帮助宿主消化吸收食物中的营养物质、代谢宿主肠道中产生的有毒废物,同时产生人体必需的氨基酸、维生素、短链脂肪酸等功能物质为宿主所用。肠道菌群紊乱将导致诸如糖尿病、肠易激综合征等多种人体疾病的发生。因此,维护健康的肠道菌群平衡状态对维持机体健康十分关键。益生菌可以调节人体肠道菌群结构、抑制致病菌在肠道中的定殖,同时帮助宿主建立健康的肠黏膜保护层,增强肠道屏障作用,增强宿主的免疫系统。本文综述了乳酸菌、益生菌、人体肠道菌群的研究进展,论述了中国人群的肠道菌群特征,分析了基因型与饮食对肠道菌群的影响,指出了肠道菌群领域的研究热点及发展趋势。     

内蒙古西部地区土壤真菌的多样性分析

摘 要：为明确内蒙古西部地区土壤真菌的多样性,从内蒙古西部地区采集土壤样品170份,提取土壤样品的总DNA,通过聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳PCR-DGGE (polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis),对真菌的丰富度和香浓指数进行分析,并研究了土壤真菌多样性与土壤类型、土壤利用方式及土壤环境参数的相关性。结果显示,内蒙古西部地区土壤真菌的多样性较为丰富,丰富度指数处于11到25.4之间,香浓指数处于2.33到3.17之间。在内蒙古西部同一地区的不同类型土壤中的真菌多样性差异显著。其中,棕钙土、栗钙土、石质土的丰富度最高,草甸土的最低;同一地区相同类型土壤中草地的真菌数量比耕地丰富,林地土壤真菌数量相对较少,未利用土壤真菌多样性指数最低。真菌多样性与土壤环境参数的相关性分析结果显示二者之间并无显著的相关性。经过18S rRNA 基因序列比对共得到了9个属的真菌,Penicillium（青霉属）、Aureobasidium（短柄霉属）、Pyrenochata(棘壳菌属）、Rhodocybella（红盖菇属）、Vanderwaltozyma、Kazachstania、Cystofilobasidium、Saccharomyces（酵母菌属）,还有一株未被培养的优势菌。内蒙古西部地区的真菌资源较为丰富,其多样性受土壤类型及利用方式影响较大,作为与人类活动息息相关的一种重要的微生物资源,本研究为今后该地区真菌资源的开发利用奠定了基础。     

室内甲醛污染与儿童哮喘关系的研究

目的：探讨室内甲醛污染与儿童哮喘之间的关系，为进一步深入研究提供科学的理论依据，同时也为儿童哮喘的防治提供相关的建议与措施。方法：采用病例一对照流行病学研究设计．通过问卷调查儿童哮喘患者病例共50例．同时收集50例对照相关信息并测定100户研究对象室内空气中甲醛的浓度。结果：病例组室内甲醛浓度的分布在总体上高于对照组，且具有显著性差异（P〈0．05）；将室内甲醛浓度从低到高分为4个等级，4个等级的室内甲醛浓度均未超过国家规定的标准（0．10mg／m^3）；总趋势0R值表明在调整混杂因素前后，室内甲醛浓度平均升高一个等级儿童患哮喘的危险性分别为2．17倍和1．96倍。结论：室内甲醛浓度的升高可以使儿童哮喘发作的危险性增加．并存在剂量一反应关系。     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

啤酒废水处理系统的高效菌株与微生物多样性

从啤酒废水处理系统SBR池取得的水样中分离筛选得到3株能高效降解啤酒废水COD的细菌,分别为12#、15#、23#.对3株高效菌株两两进行交互试验,考察混合菌株对废水的处理效果,并以高效菌株与活性污泥混合作用,23#与活性污泥交互作用明显,16 h后COD降解率达到75.13%;应用PCR-DGGE技术对啤酒废水生物处理系统的微生物多样性进行分析,对取自水解酸化池与SBR池中不同深度以及不同处理时段的水样,预处理后抽提基因组DNA,用细菌通用引物进行PCR扩增,PCR产物用变性梯度凝胶电泳进行分离,分析活性污泥样品中的微生物多样性.     

Inflammasome-mediated dysbiosis regulates progression of NAFLD and obesity

Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is the hepatic manifestation of metabolic syndrome and the leading cause of chronic liver disease in the Western world. Twenty per cent of NAFLD individuals develop chronic hepatic inflammation (non-alcoholic steatohepatitis, NASH) associated with cirrhosis, portal hypertension and hepatocellular carcinoma, yet the causes of progression from NAFLD to NASH remain obscure. Here, we show that the NLRP6 and NLRP3 inflammasomes and the effector protein IL-18 negatively regulate NAFLD/NASH progression, as well as multiple aspects of metabolic syndrome via modulation of the gut microbiota. Different mouse models reveal that inflammasome-deficiency-associated changes in the configuration of the gut microbiota are associated with exacerbated hepatic steatosis and inflammation through influx of TLR4 and TLR9 agonists into the portal circulation, leading to enhanced hepatic tumour-necrosis factor (TNF)-α expression that drives NASH progression. Furthermore, co-housing of inflammasome-deficient mice with wild-type mice results in exacerbation of hepatic steatosis and obesity. Thus, altered interactions between the gut microbiota and the host, produced by defective NLRP3 and NLRP6 inflammasome sensing, may govern the rate of progression of multiple metabolic syndrome-associated abnormalities, highlighting the central role of the microbiota in the pathogenesis of heretofore seemingly unrelated systemic auto-inflammatory and metabolic disorders.     

支气管哮喘的甲襞微循环改变

目的 :探讨微循环的改变与支气管哮喘的相关性。方法 :选择 36例正常对照组与 49例支气管哮喘发作期患者 ,进行甲襞微循环检查 ,根据加权积分法计算出支气管哮喘甲襞微循环形态、流态、袢周及总积分之间的关系。结果 :哮喘组与正常对照组比较 ,血液流态、管周状态及总积分均高于对照组 ,有显著性差异。结论 :支气管哮喘患者在发病过程中同时伴有微循环障碍 ,微循环的改变与病情的发生发展有密切的关系