肾透明细胞癌组织和细胞系趋化素样因子1的表达及其临床意义

趋化素样因子1(chemokine-like factor 1, CKLF1)在多种恶性肿瘤中发挥了不同的生物学作用,为探讨CKLF1在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma, ccRCC)组织及细胞系中表达水平并分析其临床意义。利用免疫组化法、蛋白质印迹和实时定量PCR法,检测CKLF1在肾透明细胞癌组织和肾癌细胞系中的表达水平,并分析肾透明细胞癌组织中CKLF1表达水平与临床病理Fuhrman分级之间的相关性。免疫组化结果显示:CKLF1在肾透明细胞癌组织和癌旁组织中的表达,差异有显著性(P0.05); CKLF1表达水平的高低在临床病理各分级之间无明显差异(P0.05)。Western blot结果显示:CKLF1蛋白在3种细胞系ACHN、Caki、HKC中的表达差异有统计学意义(P0.05);qRT-PCR结果显示,CKLF1 mRNA在3种细胞系ACHN、Caki、HKC中的表达差异有统计学意义(P0.05)。CKLF1的表达在肾透明细胞癌组织中和肾癌细胞系ACHN、Caki中明显上调,CKLF1是一个潜在的肾透明细胞癌分子标志物。     

CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2(CCNB2)在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的 m RNA的表达;通过c Bioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明：CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从c Bioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB...     

基于数据挖掘分析神经元正五聚体蛋白2 在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析神经元正五聚体蛋白2(NPTX2)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA),以及人类蛋白质表达图谱(HPA)分别从mRNA水平和蛋白质水平上分析NPTX2在正常肾组织和ccRCC组织中的表达情况.使用GEPIA分析NPTX2与ccRCC临床分期及预后的相关性.经MethHC数据库分析NPTX2在ccRCC中的甲基化水平,利用String-DB分析NPTX2与上下游蛋白的相互作用.结果:在mRNA水平上,NPTX2在ccRCC组织中较正常肾组织显著高表达,且其表达水平与ccRCC病理分期呈正相关.TCGA数据分析结果显示,NPTX2高表达患者的总体生存率以及无病生存率明显低于低表达患者.免疫组化结果证实,NPTX2蛋白在ccRCC中也较正常肾组织高表达,且其启动子区甲基化水平明显增高.同时,NPTX2与AVP、MT-ATP6、MT-ATP8、NPAS4、RCN2等蛋白存在相互作用,并参与氧化磷酸化、ATP代谢过程等生物过程.结论:通过对肿瘤基因数据库的信息挖掘,发现NPTX2在ccRCC组织中呈高表达,且其高表达与患者预后有关.     

基于数据挖掘分析GABPA基因在肾上腺皮质癌的表达及预后意义

利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma,ACC）及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。     

透明细胞性肾细胞癌和肾嫌色细胞癌的临床病理及免疫表型比较

目的 探讨透明细胞性肾细胞癌和肾嫌色细胞癌的临床病理学特征、诊断和鉴别诊断.方法 对手术切除的57例肾透明细胞癌和22例肾嫌色细胞癌进行临床特点、肉眼观、光镜和免疫组织化学染色.结果 透明细胞性肾细胞癌多有血尿或肾区疼痛临床症状,巨检切面呈多彩状多伴出血、坏死及囊变;嫌色细胞癌临床上大多无症状,巨检切面呈淡棕色,出血、坏死罕见.镜下透明细胞性肾细胞癌胞浆透明或嗜酸性;嫌色细胞癌胞膜厚似植物状、部分胞质嗜酸性可见明显核周空晕.免疫组化染色57例透明细胞性肾细胞癌E-cadherin全阴性表达,Vimentin全阳性表达,而22例嫌色细胞癌两者的表达正好相反,有显著性差异（P〈0.01）.结论 透明细胞性肾细胞癌与嫌色细胞癌虽在形态上有一定的交叉,但结合临床病理特征及联合检测E-cadherin和Vimentin的表达可做出正确诊断与鉴别诊断.     

HK2基因表达与泌尿系肿瘤的发生、免疫细胞浸润及预后的相关性分析

目的:利用数据库和生物信息学的方法分析己糖激酶2 (HK2)在泌尿系肿瘤中表达水平、预后及与肿瘤免疫细胞浸润的相关性.方法:研究HK2在癌组织和癌旁组织mRNA表达水平,其表达水平与肿瘤预后的相关性,分析HK2表达水平与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞标志物表达水平、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润的相关性.结果:HK2表达在泌尿系肿瘤组织中均显著性升高,在膀胱癌(BLCA)中随肿瘤分级增加而降低,在高级别肾乳头状细胞癌(KIRP)和前列腺癌(PRAD)中HK2表达水平显著高于低级别表达水平;BLCA和肾透明细胞癌(KIRC)中HK2低表达的患者总体生存率显著低于高表达患者,而KIRP中则相反.HK2表达水平与BLCA和KIRP中多数免疫细胞浸润水平无明显相关性,与KIRC和PRAD中多数免疫细胞浸润水平呈显著正相关.与免疫细胞标志物表达相关性分析发现,HK2在BLCA中表达与免疫细胞标志物表达呈显著负相关,而在KIRC、KIRP和PRAD中大多呈显著正相关.HK2在BLCA和KIRC中表达水平与肿瘤微环境呈显著正相关,在PRAD和KIRP中则无显著相关性.结论:HK2表达水平与BLCA、KIRC和KIRP患者的预后相关;HK2表达水平与免疫细胞浸润性、免疫细胞标志物表达、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关.     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相...     

长链非编码RNA21905在有丝分裂期中的功能研究

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度超过200 nt,并不编码蛋白质的RNA分子。近年来关于lncRNA的研究逐渐成为热点,但绝大部分lncRNA的功能仍不清楚。本实验室前期Arraystar lncRNA芯片分析发现lncRNA21905在有丝分裂期的表达量显著高于细胞分裂间期,提示该lncRNA在有丝分裂期中可能有一定功能。研究通过siRNA干扰技术,在肿瘤细胞中敲低lncRNA21905,发现敲低该lncRNA可导致肿瘤细胞有丝分裂期的明显阻滞。此外,TANRIC数据库分析表明,lncRNA21905高表达的肾透明细胞癌患者预后较差。综上所述,研究表明lncRNA21905在肿瘤细胞有丝分裂期中发挥了重要调控作用,这可能为进一步揭示其参与肾透明细胞癌预后提供理论基础。     

GALNT14与MT2A相互作用验证

利用免疫共沉淀(Co-IP)和蛋白沉降实验(GST pull-down),分别从体内外对N-乙酰氨基半乳糖转移酶(GALNT14)与金属硫蛋白2A(MT2A)之间的相互作用进行了验证.将MT2A全长c DNA片段克隆到p ET-Dsb A和p CMV-Myc载体上.表达并纯化了His-Dsba-MT2A和GST-GALNT14蛋白,在体外通过GST pulldown技术分析,显示MT2A能与GALNT14结合,证实了二者在体外的直接相互作用.继而,共转染p CMVMyc-MT2A和p CDNA3.1-Flag-GALNT14到人乳腺癌细胞株MCF-7中,通过免疫共沉淀实验发现抗Myc抗体可以将GALNT14从细胞裂解液中沉淀下来,证实了它们在胞内的相互作用.结果显示了GALNT14和MT2A在体内外条件下能够发生直接相互作用,这为进一步明确GALNT14的功能及作用机制奠定了基础.     

EphB1在结直肠癌中的差异表达及其临床病理学意义

通过检测结肠癌细胞系和结直肠癌组织中EphB1表达及其与临床病理特征之间的关系和启动子区域CpG岛的甲基化情况,探讨EphB1在结直肠癌中的作用及其机制,为结直肠癌的基因治疗寻找新的靶基因.取5株结肠癌细胞系和61例配对液氮冻存及对应石蜡包埋组织,运用实时定量RT-PCR和免疫组织化学方法分别检测EphB1 mRNA和蛋白质表达;同时对mRNA表达下调标本进行启动子区域CpG岛甲基化检测.结果显示,5株结肠癌细胞系中EphB1 mRNA均有表达,并且表达存在差异;61例结直肠癌组织与癌旁正常黏膜相比,EphB1 mRNA和蛋白质表达均存在差异.EphB1 mRNA在31.1%(19/61)的癌组织中下调,52.5%(32/61)上调,EphB1 mRNA低表达和组织分化差异有统计学意义(P=0.008).EphB1蛋白在正常肠黏膜和部分肿瘤细胞中呈阳性表达,下调表达62.3%(38/61),上调表达24.6%(15/61);EphB1蛋白的低表达和组织分化(P=0.033)、浸润深度(P=0.038)、性别(P=0.028)以及部位(P=0.039)间差异都有统计学意义.甲基化特异性PCR检测发现EphB1m...     

基于生物信息数据库分析TEFM基因在DLBCL中表达研究

为了探讨线粒体延伸因子TEFM在弥漫性大B细胞淋巴瘤DLBCL中的表达,初步研究其表达与DLBCL患者的临床特征及预后的关系,从数据库中下载关于DLBCL患者TEFM mRNA二代测序数据及临床病理资料,分析TEFM转录水平与临床病理参数的相关性及其预后价值。结果显示TEFM在DLBCL组织中均较正常淋巴组织显著高表达,mRNA表达水平与预后无显著相关性（P> 0.05）,其表达水平在DLBCL患者不同病理分期中的表达无显著差异（P> 0.05）。多因素分析结果显示,TEFM表达水平和种族是影响DLBCL患者预后的独立因素。TEFM基因表达水平与SUZ12P1、SNHG10、METTL17和BCS1L基因表达水平呈正相关（P <0.05）。数据库中荟萃了TEFM mRNA在DLBCL组织中表达的相关信息,证实TEFM mRNA在DLBCL组织中呈高表达,但其表达水平与DLBCL患者预后无明显关联。     

基于TCGA数据库分析UHRF1基因在恶性胸膜间皮瘤中的表达及预后意义

利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1（UHRF1）在恶性胸膜间皮瘤（MPM）中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 mRNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量与临床病理参数的相关性;构建Kaplan-Meier模型和单因素多因素COX回归模型分析UHRF1基因在MPM中的预后;利用TIMER2.0数据库分析UHRF1基因与免疫细胞浸润的关系; GSEA分析UHRF1基因发挥功能的主要富集通路。选取8例MPM组织及4例非MPM胸膜组织,通过RT-qPCR的方法验证UHRF1在MPM与非MPM胸膜组织的表达情况。数据库分析结果表明,与正常肺组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中高表达; UHRF1高表达患者提示MPM患者预后不良;UHRF1基因表达量与CD4⁺辅助型T细胞2、CD4⁺效应记忆性T细胞、巨噬细胞等多种免疫细胞浸润水平具有显著的相关性（P ＜ 0.01）,且显著影响MPM患者的预后。功能富集分析显示,UHRF1主要在DNA复制、蛋白酶体、同源重组等通路中起作用。在收集到的病例样本中,与非MPM胸膜组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中的表达显著增高（P ＜ 0.001）。UHRF1在MPM组织中高表达,可能通过调节DNA甲基化和免疫细胞浸润来影响MPM患者预后,有望成为MPM治疗和预后评估的潜在靶点。     

模拟失重对大鼠肝脏CYP1A2的影响研究

为揭示失重条件下药物代谢酶变化规律,考察了不同模拟失重周期对鼠肝代谢酶CYP1A2的影响.将大鼠尾悬吊3,7,14,21 d模拟失重效应,分别采用Western-blot、Q-PCR及HPLC-UV检测鼠肝微粒体中CYP1A2的蛋白表达、mRNA表达及活性变化.与对照组相比,模拟失重3 d大鼠肝脏CYP1A2的蛋白表达量显著下降（p<0.05）,7,14 d显著上升（p<0.05）,21 d略有下降（p>0.05）.在大鼠肝脏CYP1A2 mRNA量及活性方面,模拟失重3,7,14 d均显著上升（p<0.05）,21 d上升不明显（p>0.05）.实验结果表明模拟失重14 d鼠肝中的CYP1A2蛋白、基因表达及活性显著上升,但21 d各指标有恢复到正常组的趋势.      

Seasonal variation of gut Cyanophyta contents and liver GST expression of mud carp （Cirrhina molitorella） and Nile tilapia （Oreochromis niloticus） in the tropical Xiangang Reservoir （Huizhou, China）

Liver glutathione S-transferase(GST) plays a major role in the detoxification of microcystins(MCs) via conjugation to glutathione(GSH).We evaluated the relationship between seasonal variation in fish gut contents and the expression of GST isoforms in mud carp(Cirrhina molitorella) and Nile tilapia(Oreochromis niloticus).We quantified the abundance and diversity of plankton in the water column and foregut of mud carp and Nile tilapia in the tropical Xiangang Reservoir between October 2007 and July 2008.The mRNA expression of 7 liver GST isoforms was determined by real-time RT-PCR.The gut contents of both species were dependent on the amount and type of phytoplankton and zooplankton in the water.The expression of liver GST genes in Nile tilapia and mud carp was positively and negatively correlated,respectively,with the abundance of toxic cyanobacteria in the fore-gut.The expression of liver GST mRNA was correlated to the abundance of toxic cyanobacteria in the gut contents of both species,suggesting that mRNA expression of GST isoforms could be used as a biomarker in Nile tilapia and mud carp to monitor cyanobacteria blooms in reservoirs.     

菠菜叶酸合成代谢途径基因鉴定及表达谱分析

从菠菜(Spinacia oleracea L.)基因组数据库中筛选鉴定了与菠菜叶酸合成转运,及与C1代谢相关的25个基因,并对其编码的蛋白做进化树和保守域分析,发现叶酸蛋白在进化上表现出保守型和复杂性。用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)分析了叶酸含量不同的菠菜的叶酸相关基因表达量,发现在转录水平上只有少数叶酸基因表达量与菠菜叶酸含量有关。     

Rapid induction of mRNAs forPC3 by partial hepatectomy and epidermal growth factor

The expression of immediate early gene plays a pivotal role in rat hepatocyte proliferation from G₀ to G₁ phases and the progression through G₁ phase of the cell cycle within several hours after 2/3 hepatectomy. We investigated the different gene expressions within 1 h after 2/3 hepatectomy by representational difference analysis. Sequence analysis indicated thatPC3 induced by NGF was a kind of immediate early gene and might be correlated with liver regeneration. Moreover, we found that 2/3 hepatectomy could induce the expressing ofPC3 mRNA by Northern blot with a peak 1–2 h after surgery. In primary cultures of rat hepatocytes, addition of EGF resulted in rapid and transient induction ofPC3 mRNA. It was first reported thatPC3 gene belongs to immediate early gene associated with liver regeneration.     

基于低氧-免疫DNA甲基化标记在肺腺癌预后中的开发

为了探究缺氧和免疫联合分析DNA甲基化位点在肺癌预后中的作用，提高肺癌免疫治疗的有效性，本研究基于甲基化和转录组二维数据，构建了一个用于预后评估的风险评分模型．从TCGA数据库中下载了247个与缺氧、免疫状态相关的去冗余肺癌样本作为训练集．然后对低缺氧-强免疫状态的样本、高缺氧-弱免疫状态的样本进行了差异基因表达、甲基化位点和临床生存率分析．生存曲线分析显示，低缺氧状态-强免疫状态组中的肺腺癌患者的1、3、5年生存率均优于高缺氧状态-弱免疫状态组（log-rank检验，P<0.05、P<0.001、P<0.001）．使用LASSO回归构建的多基因预后模型包含9个甲基化位点，在肺腺癌测试数据集和验证数据集中均显示出良好的预后预测能力（AUC=0.83,0.80,0.82）．这9个甲基化位点分别分布在PEBP4、FLI1、HLA-DMB、MYO1F、ABCC2、AKNA、ETS1、CCR7和TXNRD1基因上．此外，我们从5年生存曲线中发现，在低缺氧-强免疫状态组中高表达的PEBP4、CCR7、FLI1、AKNA、HLA-DMB、MYO1F和低表达的ABCC2基因也可作为...