基于组蛋白甲基转移酶DOT1L的虚拟筛选

在ZINC数据库中筛选了基于80%相似性的4825个S-腺苷类似物,通过Sybyl/Sur Flex模块与组蛋白甲基转移酶DOT1L的活性位点进行了分子对接.将分值在12.0分以上的40个化合物作为中靶化合物,分析讨论了中靶化合物与组蛋白甲基转移酶DOT1L的相互作用模式,为药物设计提供了重要的参考价值.     

簇毛麦中谷胱甘肽硫转移酶基因的克隆与表达分析

利用抑制性消减杂交(SSH)方法克隆差异表达片段EST639,从簇毛麦cDNA文库中筛选到一个类谷胱甘肽硫转移酶基因(GST)的全长cDNA,命名为HvGSTF.该序列长1 232 bp,具完整的开放阅读框(ORF),编码一条含229个氨基酸残基的多肽,推导其分子量为25.6 kDa,等电点为4.89.该多肽的氨基酸序列与小麦、水稻、大麦、玉米、拟南芥的类GST分别具有83%,63%,61%,52%和47%的相似性.Northern杂交表明,HvGSTF在抗、感病簇毛麦叶片中都为组成型高表达,但在受白粉菌侵染的抗、感病簇毛麦中的表达模式不同,却与活性氧的积累模式存在着一致性,推测HvGSTF在簇毛麦细胞免受活性氧毒害方面起着重要作用.     

结球甘蓝γ-生育酚甲基转移酶cDNA的克隆、分析及其异源表达酶蛋白的功能研究

采用3′-和5′-RACE技术,从结球甘蓝(Brassica oleracea L.var.capitata L.)幼苗顶芽中克隆了γ-生育酚甲基转移酶的全长cDNA序列(BoTMT).该cDNA长1265bp,包含一个1044bp的开放阅读框,编码包括叶绿体导肽和两个S-腺苷甲硫氨酸结合结构域(SAM-binding domain)在内的347个氨基酸组成的蛋白质.序列分析表明该蛋白质与目前已知的γ-生育酚甲基转移酶有41.8%～86.5%的同源性.半定量RT-PCR结果显示BoTMT主要在结球甘蓝的花和叶器官中表达.将BoTMT的成熟蛋白编码区序列克隆至原核表达载体pET30a,在大肠杆菌BL21(DE3)中获得了高效表达,表达产物占菌体总蛋白的22%.体外酶活性测定结果表明表达的蛋白质具有γ-生育酚甲基转移酶活性,能有效地催化γ-生育酚甲基化生成α-生育酚.     

羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.     

褐飞虱谷胱苷肽转移酶基因cDNA片段的克隆、测序及表达分析

谷胱苷肽转移酶是昆虫体内重要的解毒酶系之一，研究水稻害虫褐飞虱的谷胱苷肽转移酶基因在褐飞虱与水稻互作中的表达变化，可为有效防治褐飞虱提供新的理论依据。利用反转录多聚酶链式反应（RTPCR）技术克隆了褐飞虱谷胱苷肽转移酶基因编码区的eDNA片段，并使用Northern杂交技术检测了该基因对两种不同抗性水稻的分子反应。结果表明，所克隆到的eDNA片段长度为201bp，该片段所编码的氨基酸序列与来自大劣按蚊、细小按蚊、冈比亚按蚊、果蝇和木瓜果实蝇的谷胱苷肽转移酶的片段存在高度同源性。Northern杂交显示，在褐飞虱取食抗性水稻后，谷胱苷肽转移酶基因表达水平明显升高，但褐飞虱取食感虫水稻TN1后，该基因的表达水平没有明显变化。     

广东地区宫颈癌组织HPV18L1基因的克隆及序列分析

目的:了解广东地区地方株HFV18L1基因结构特点,为HPV感染的检测和基因工程疫苗的研制提供实验基础.方法:采用PCR技术从广东地区宫颈癌组织中扩增HPV18L1基因,克隆人毕赤酵母表达载体pPICZaB,测序并对HPV18L1基因进行序列分析.结果:广东地区分离株与德国标准株在核苷酸序列上有4处不同,其中3处由于核苷酸的改变,其编码的氨基酸也发生相应变化,与标准株的同源性为99.8%.与中国西安地区分离株比较有两处突变点相同.结论:广东地区HPV18L1分离株与德国标准株、中国其他地区分离株之间均存在差异.     

甜菊(Stevia rebaudiana)糖基转移酶基因的克隆及序列分析

利用与植物次生代谢产物糖基化相关的UDPG糖基转移酶的特征性保护区域，设计了同源简并引物，以甜菊基因组DNA为模板，PCR扩增获得甜菊糖基转移酶基因片段，根据获得的基因片段设计引物GSTr和GSTf，分别与cDNA文库的T3和T7通用引物扩增获得全长核苷酸序列的甜菊糖基转移酶基因，定名为sud pt-2，该基因全长1662bp，包括poly(A)和一个1362bp的开放阅读框，编码454个氨基酸。与常见的糖基转移酶基因的相似性达44％-77％，且具有UDPG糖基转移酶的特征性保守序列。分子发育进化分析表明，此基因为类黄酮糖基转移酶基因家族成员。     

大鼠谷胱甘肽S-转移酶P1基因增强子及其反式作用因子的研究

探讨大鼠谷胱甘肽S-转移酶P1基因上游增强子元件及作用于其上特异性结合蛋白与该基因在癌细胞中高表达的关系,用荧光素酶报告系统在HeLa及CBRH7919细胞中确定了增强子元件Ⅰ(GPEⅠ)及增强子元件Ⅱ(GPEⅡ)的活性,并将GPEⅡ的增强子活性部位定位于其上游84bp的GPEⅡ-1区域内．分析对比不同细胞中结合于GPEⅠ核心序列(cGPEⅠ)、GPEⅡ-1上特异性核结合蛋白,发现HeLa,CBRH7919细胞中存在的cGPEⅠ特异性结合蛋白及GPEⅡ-1特异性的64ku结合蛋白在正常大鼠肝细胞中则不存在．因此,上述反式作用因子可能与GPEⅠ,GPEⅡ的增强子活性及该基因在癌细胞中高表达密切相关．     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

一株高产丝氨酸羟甲基转移酶基因工程菌的构建及发酵产酶条件优化

以E.coli AB90054基因组中DNA为模板,采用PCR方法扩增得到glyA基因,将该基因克隆到表达载体pET28a(+)中,转化表达菌株BL21(DE3)后筛选阳性重组子,并对筛选所得高表达基因工程菌G16进行培养条件和表达条件的优化。结果表明,当培养条件为38℃、pH为7.0、转速为150r/min时,基因工程菌的生长速度和菌液浓度最佳;当表达条件的诱导温度为30℃、诱导剂浓度为0.5mmol/L、诱导时间为5h时,基因工程菌诱导目的蛋白表达效果最好。通过SDS-PAGE分析和酶活测定后发现,在优化条件下基因工程菌G16发酵产丝氨酸羟甲基转移酶能力占菌体总蛋白的60%左右,且蛋白活性正常。     

KK-42对南美白对虾甲基转移酶基因转录的影响

采用浸润法,用1.95×10-4mol/L的保幼激素拮抗物KK-42处理平均体长3～5cm南美白对虾,而后常规养殖,不同时间取样,解剖大颚器官.RNA的提取采用适当改进的TRIzol一步法,Real-timePCR测定法呢酸O-甲基转移酶mRNA水平.结果:采用改进的TRIzol一步法提高了大颚器官组织RNA的产率和质量;KK-42处理后5d、10d,南美白对虾大颚器官法呢酸O-甲基转移酶mRNA水平均比同期对照组低86%和82%,表明KK-42处理的早期即可显著抑制幼虾法呢酸O-甲基转移酶的基因转录.     

农杆菌介导的AtPCS1基因转化陇东苜蓿的初步研究

利用植物表达载体pBI121-AtPCS1转化农杆菌LBA4404,经菌落PCR鉴定获得阳性菌,利用叶盘法以重组的农杆菌侵染陇东苜蓿的子叶.采用GUS组织化学染色和对部分转基因再生植株进行PCR鉴定,初步结果表明AtPCS1基因已成功整合到苜蓿基因组.     

谷胱甘肽S转移酶P1基因多态性与慢性阻塞性肺疾病关系的研究

目的:了解湖北地区健康汉族人群和慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者谷胱甘肽S转移酶P1(GSTP1)基因多态性,探讨汉族人GSTP1基因多态性与COPD的关系。方法:用聚合酶链式反应—限制性片段长度多态分析(PCR-RFLP)检测68例健康汉族人和50例COPD患者GSTP1基因型。结果:健康人群和COPD人群中有3种基因型,但以Ile105纯合子基因型为主,两组人群的基因型和基因频率比较均无显著性差异(P>0.05)。结论:GSTP1基因多态性可能与COPD的发生无相关性。     

异戊烯基转移酶基因的克隆与转化烟草的研究

从根癌农杆菌中克隆了异戊烯基转移酶基因,构建了植物表达载体p35S-ipt(pVCT2131).用此载体转化烟草,结果表明,ipt在CaMV 35S启动子的控制下,可以大大提高烟草愈伤组织诱导率.     

赤狐ESR1基因启动子的克隆及生物信息学分析

对赤狐ESR1基因启动子区转录因子结合位点进行了预测,为今后研究其转录调控机制提供参考依据.以赤狐基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增克隆ESR1基因启动子序列,并构建至双荧光素酶报告基因载体;利用生物信息学方法对ESR1基因核心启动子区的关键转录因子结合位点进行预测.成功克隆出赤狐ESR1基因5'上游1880 bp...     

番红菌素中碳甲基转移酶(SfcF)的表达纯化及酶活性的检测

研究了番红菌素生物合成过程中的一个碳甲基转移酶(SfcF)的酶活反应时间曲线和动力学参数,并证明了其催化功能.通过镍柱亲和层析纯化得到碳甲基转移酶,用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)鉴定其分子量大小后,以酪氨酸(Tyr)为底物,采用高效液相色谱法(HPLC)检测碳甲基转移酶的生物催化活性并分析得到其酶动力学数据.在碳甲基转移酶的生物催化作用下,可实现酪氨酸羟基邻位碳的甲基化,得到3甲基酪氨酸.通过时间曲线的测定,发现反应时间在50min以内,酪氨酸浓度低于400μmol/L时,底物的转化率与时间呈线性变化.通过碳甲基转移酶的活性检测和动力学常数的测定,为深入研究番红菌素的生物合成机制奠定了基础,并为其结构类似物ET-743(成药)的合成研究提供有益参考.     

葡萄卷叶伴随病毒Ⅲ宁夏分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

用酶联免疫吸附法对宁夏贺兰山东麓地区不同葡萄品种进行卷叶伴随病毒Ⅲ(GLRaVⅢ)的测定,检测率为37.1%,与田间自然发病率调查结果基本一致.设计GLRaVⅢ外壳蛋白(CP)基因序列引物对,进行RT-PCR扩增,获得1.1 kb的特异片段.其中,CP基因长942 bp,推导的编码蛋白含有313个氨基酸.通过对GLRaVⅢCP基因同源性比较,结果表明,GLRaVⅢ宁夏分离物的CP基因与四川分离物SL-10 CP基因的亲缘关系最近,核苷酸和所编码的氨基酸序列同源性分别为98.8%和98.1%;与巴西分离物PET-4和智利分离物C1-817 CP基因亲缘关系较远,核苷酸序列同源性低于95.0%,所编码的氨基酸序列同源性低于97.0%,认为GLRaVⅢ株系间的CP基因存在差异.     

FAE1启动子的克隆和转γ-TMT基因大豆的获得

脂肪酸链延长酶组分1(FAE1)是广泛存在于植物中催化脂肪酸碳链延长的酮脂酰CoA合成酶,该反应是脂肪酸碳链延长的限速步骤,在油料种子胚中特异性表达.以拟南芥基因组DNA为模板,设计引物,扩增到该基因的启动子片段.序列分析表明,该片段长度为943 bp,与GenBank注册序列AF355982达99.5%同源,并含有与之完全相同的种子特异性表达元件,据此认定它具有种子特异性启动活性.将其与甘蓝型油菜γ-生育酚甲基转移酶(γ-TMT)基因连接,构建成表达载体pFAE1-TMT,通过农杆菌介导的方法转化大豆胚尖,获得28株卡那霉素抗性筛选植株,进一步PCR检测获得2株转γ-TMT基因植株.     

独行菜eEF-1 a基因片段分离克隆及RT-P CR分析

文章根据已知植物eEF-1a（编码 Eukaryotic elongation factor1-alpha）基因的保守序列设计引物,采用 RT- PCR的方法扩增独行菜（Lepidium apetalum Willd．）eEF-1a基因片段。结果获得一大小为570bp 的基因片段,序列比对表明,该基因片段与拟南芥eEF-1a基因核苷酸序列的同源性达到95％,推测该其应该是独行菜eEF-1a基因片段。采用RT- PCR方法,对独行菜三个生长阶段材料及对应阶段冷诱导后地材料中的eEF-1a基因表达作了分析,表明eEF-1a在独行菜组织中表达稳定,可以作为实时荧光定量 PCR研究独行菜基因表达分析中的看家基因。     

青岛文昌鱼DAD1样蛋白基因的克隆和同源性分析

dud1基因为一种内源性细胞凋亡抑制子基因，在发育中可能执行着重要功能．我们通过对青岛文昌鱼18小时神经胚cDNA文库进行测序，获得文昌鱼dud1样基因的2个cDNA片断，经拼接首次得到含有完整读框的文昌鱼dud1样基因的cDNA序列，其演绎的氨基酸序列与人、鼠、鸡、非洲爪蟾、果蝇、线虫、扁豆、番茄的DAD1蛋白的同源性分别为73．5％、73．5％、67．5％、70．9％、67．5％、55．5％、41．9％、41．8％．结果证实青岛文昌鱼dud1样基因在进化上具有高度的保守性，并且在进化上更接近于脊椎动物．