α／β类蛋白的构建模式及拓扑结构预测

讨论了α／β类蛋白的构建模式及拓扑分类，根据二级结构序列给α／β类蛋白拓扑结构预测的简明规则，预测成功率在８０％以上。     

β类蛋白的构建模式及拓扑结构预测

给出了β类蛋白基本单元满足的条件及基本单元形式，还给出了两个基本单元的组装模式和筒状β类蛋白的构建模式，明确了区别不同筒状蛋白的标准，对β类蛋白的分类进行了补充，同时给出了区分β筒和β片拓扑结构的简明预测规则，预测成功率在８５％以上．     

蛋白质拓扑结构预测的进一步讨论

利用信息论方法，找到了与蛋白质拓扑结构相关性较好的一些二级结构参数，确定了预测蛋白质拓扑结构的最佳参数、对α类，β类，α／β类蛋白制定了简洁的预测规则；对结果进行了讨论。     

蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测

根据最近的SCOP库,依据2616个蛋白质结构域折叠类型的分类和PDB库中这些蛋白质的主二级结构序列,计算了这些蛋白质中α螺旋、β折叠和βαβ片段单元的数目,并以此为主要参数构成信息离散源,用离散量方法预测了这些蛋白结构域的折叠类型.结果表明,运用各种不同标准集和检验集,得到α类、β类、α/β类和α β类蛋白质结构域的预测成功率均在99%,92%,89%和87%以上.对标准集总的平均预测成功率为93.82%,对检验集总的平均预测成功率为94.35%.     

鸡主要组织相容性复合体I（BF2和β2m）二级结构与同源模建

为了推进鸡主要组织相容性复合体（MHC）Ⅰ类分子（BF2，β2m）空间结构的研究，克隆、表达了鸡BF2和屉研基因，采用圆二色谱（CD）测定了其重组蛋白的二级结构，并同源模建了其三级结构．首先，将BF2和β2m基因分别插入原核表达载体进行了可溶性表达．对表达的融合蛋白进行纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化，获得了麦芽糖结合蛋白（MBP）-BF2，β2m蛋白以及MBP单体．随后，测定了BF2和β2m的CD值．CD表明BF2蛋白呈典型的α螺旋；其中，α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为72，102，70和90个氨基酸．β2m重组蛋白呈典型的卢折叠，α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为0，46，30和22个氨基酸．同源模建显示鸡BF2和β2m蛋白与人HLA—A2和小鼠H2的3D结构类似．结果显示了BF2和β2m蛋白在二维和三维上的分子特征及其与抗原多肽结合氨基酸的空间分布，为以后进一步构建鸡BF2-β2m复合物体外鉴定病毒抗原肽系统奠定了基础．     

蛋白质的二级结构序列和结构型

从蛋白质的二级结构序列出发 ,提出了冗余的概念 ,定义了冗余数量和冗余长度 ,给出了不同结构型蛋白的冗余数量和长度的分布特性 .统计结果表明 α类蛋白中 30 %、β类蛋白中84 %、α/β类蛋白中 95 %的序列不同程度的存在冗余 ,冗余数量和冗余长度主要分布在 1～ 3的范围 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用信息聚类方法对 α类、β类、α/ β类、α β类的6 0 0个蛋白进行了聚类 ,结果表明 ,对冗余较少的α类蛋白 85 %以上能够较好地聚类在一枝中 ,但对于冗余较多的其它类蛋白不能分在一个大支中 ,大部分可以分散在多个小支中 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用 Mahalanobis距离方法对上述四种结构型进行预测 ,预测的总体准确率为 81 .1 % .聚类结果和利用 Mahalanobis距离分类结果充分展示了蛋白质二级结构序列对结构型的特殊作用 ,但由于冗余的影响使得二级结构序列的信息并未充分显示出来 .说明从蛋白质二级结构序列出发预测结构型和构建蛋白质框架结构是合理的选择     

hNDR2、mNDR2基因及其蛋白质结构分析研究

基于Internet服务器上的工具软件包对hNDR2和mNDR2两个基因结构进行了分析 ,并对其蛋白质结构进行了预测。结果表明 :hNDR2和mNDR2氨基酸序列具有 91.9%的相似性 ,hNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 11个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;mNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 12个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;两者都有一个跨膜螺旋结构     

人金属硫蛋白-3的α结构域的表达及其性质研究

参考E.coli偏爱密码子,设计并合成人MT-3α结构域(α-MT-3)的DNA片段,克隆到表达载体pGEX-4T-1中。经IPTG诱导,在E.coli中高效表达出谷胱甘肽-S-转移酶(GST)-α融合蛋白。凝血酶酶切融合蛋白(用CdCl₂或ZnSO₄辅助)后,得到纯化的结合镉或锌的α-MT-3蛋白。质谱分子量检测及氨基酸组成分析证明得到了目的蛋白。紫外吸收光谱及圆二色性光谱研究重组α-MT-3的结构。MT-3的与其余MT的α结构域不同,α-MT-3的圆二色性光谱在220nm左右为负峰,说明α-MT-3可能包含一个α-螺旋的二级结构。     

AFPⅡ与昆虫AFP的相似性研究

用离散增量法对PDB库中45个抗冻蛋白分别进行氨基酸含量和规则二级结构片段数Na、N310、Nβ的信息聚类，聚类结果显示，在氨基酸含量和规则二级结构片段数上AFPⅡ和昆虫AFP都有明显的相似性。     

再生柞蚕丝素蛋白膜的制备及其结构研究

用硫氰酸锂溶液溶解柞蚕丝素纤维，制备再生柞蚕丝素膜。用物理化学方法研究再生柞蚕丝素蛋白膜的结构特征以及暴露在空气中所发生的结构变化。指出再生柞蚕丝素膜内丝素蛋白的分子构象为α-螺旋和无规线团结构共存。空气环境存放30d后，分子构象只会发生无规线团向α-螺旋结构的少量转化，而不会向β-折叠结构转化。     

蛋白质结构类预测的新方法：基于蛋白质二级结构序列的预测方法

提出了由蛋白质二级结构序列预测蛋白质结构类的新方法，并给出了预测蛋白质结构类的简明预测规则。     

鸡主要组织相容性复合体Ⅰ(BF2和β2m)二级结构与同源模建

为了推进鸡主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子(BF2,β2m)空间结构的研究,克隆、表达了鸡BF2和β2m基因,采用圆二色谱(CD)测定了其重组蛋白的二级结构,并同源模建了其三级结构.首先,将BF2和β2m基因分别插入原核表达载体进行了可溶性表达.对表达的融合蛋白进行纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化,获得了麦芽糖结合蛋白(MBP)-BF2,β2m蛋白以及MBP单体.随后,测定了BF2和β2m的CD值.CD表明BF2蛋白呈典型的α螺旋;其中,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为72,102,70和90个氨基酸.β2m重组蛋白呈典型的β折叠,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为0,46,30和22个氨基酸.同源模建显示鸡BF2和β2m蛋白与人HLA-A2和小鼠H2的3D结构类似.结果显示了BF2和β2m蛋白在二维和三维上的分子特征及其与抗原多肽结合氨基酸的空间分布,为以后进一步构建鸡BF2-β2m复合物体外鉴定病毒抗原肽系统奠定了基础.     

蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究

利用置信度为95的特征字研究了蛋白质二级结构以及其对应mRNA二级结构，发现蛋白质二级结构和mRNA二级结构有明显的相关性。规则二级结构α—螺旋，β—折叠以及包含有Turn的边界明显倾向于mRNA二级结构的茎区，而避免出现在环区。     

蛋白质α螺旋和β折叠连接多肽的分类

α螺旋和β折叠连接多肽在蛋白结构中起着十分重要的作用。本文对２４０个分辨率在０．２５ｎｍ以上较高精度结构的蛋白中α螺旋和β折叠的连接多肽进行了分类研究。在杂乱无序的连接多肽中识别出普遍发生的类型，并对它们的特征进行了系统研究，分析了它们的结构作用。本文的结果，对蛋白质结构预测和结构比较模型有一定价值，对蛋白质工程定位诱变区规律的探索有一定意义。     

冻藏对面筋蛋白二级结构的影响

采用圆二色谱法表征了不同冻藏模式和冻藏时间对小麦面筋蛋白二级结构的影响.结果表明:在SDS溶液中,未经冻藏的面筋蛋白二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成;当冻藏时间小于60天时,两种冻藏模式对小麦面筋蛋白的二级结构影响不大;恒温冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏90天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和β转角,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲;冻融冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏60天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和无规则卷曲,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲.这说明,在恒温冻藏模式下,只有当冻藏时间达到或超过90天的时候,才对面筋蛋白的二级结构产生影响,而在冻融模式下,冻藏时间仅为60天时便可对面筋蛋白的二级结构产生影响.     

大肠杆菌的同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响

考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性,选取大肠杆菌的54条核蛋白为研究对象,将每条核蛋白按二级结构截取出α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲(α-β混合)片段,然后找到每个片段相关的核酸序列信息,计算其同义密码子使用度和相应肽链的折叠速率.在此基础上,分析了同义密码子使用偏性和相应肽链折叠速率之间的相关性,发现对于不同二级结构类的肽链片段,都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关.因此,在蛋白质折叠中,同义密码子的使用偏性起着重要作用.     

THE蛋白的结构分析与功能预测

调用motif数据库、profile数据库和interproscan数据库,对THE蛋白进行了序列同源性分析和功能位点分析.结果表明,THE蛋白质是一种核蛋白,理论等电点为6.36,分子量为44 859 Dalton.应用多种相关软件对THE蛋白的二级结构和特殊结构进行了初步预测,结果显示:THE蛋白中存在α螺旋、β-折叠片和无规卷曲结构,有两个可形成跨膜结构的片段,不存在卷曲螺旋,无信号肽,也无线粒体定位信号.对THE蛋白进行序列同源性、结构域及功能位点预测,结果显示:THE蛋白与来自大鼠睾丸的Tes13-S、Fos13-L和几种假设蛋白有较高的相似性;THE蛋白存在次黄嘌呤核苷酸脱氢酶、嘌呤核苷酸还原酶结构域及PKC、酰胺化、豆蔻酸连接等功能位点,无糖基化位点.THE蛋白的结构分析与功能预测为该基因的功能研究提供了重要的依据.     

重组人卵ZP3肽段在毕赤酵母中的表达

目的:用毕赤酵母(Pichia pastoris)表达人透明带hZP3片段,研究其抗生育作用.方法:设计特定引物从hZP3全长序列中PCR扩增794～1282nt基因片段,将扩增片段克隆到酵母表达载体pPICZα上, 构建成重组质粒pPICZα-hZP3CT,线性化后的重组质粒导入毕赤酵母中,筛选出高拷贝菌株,甲醇诱导目的蛋白表达.用SDS-PAGE 和Western blotting 分析表达产物.结果:成功构建酵母表达载体,并在酵母菌株X-33中诱导表达重组蛋白.重组蛋白可以与鼠抗重组人卵透明带hZP3融合肽段的抗血清发生特异结合,表明目的基因成功表达.结论:重组hZP3蛋白已在酵母中成功表达,目的蛋白能与相应的抗体结合.     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

关于模糊α—真的模糊推理与模型

本文首行α－真的概念，然后以Ｍｉｚｕｍｏｔｏ所给方法为例，研究了模糊推理的有关性质及推理规则，最后给出了关于模糊α－真和在这种推理运算规则下的模糊推理模型。