石油微生物16SrRNA基因PCR扩增研究

掌握石油微生物的16SrRNA基因保守区的扩增方法是先进分子水平鉴定微生物种类一种有效的实验方法。通过研究利用分子生物技术提高对石油微生物的了解,进行未来对石油的开采,摸索出石油微生物的DNA提取方法,16SrRNA基因的PCR扩增反应条件的研究进而初步鉴定菌种类型。本文是以大庆采油三厂分离纯化的石油微生物为实验材料,摸索合适的石油微生物基因组DNA的提取方法及合适的PCR扩增条件和反应体系,在本实验室后续开展石油微生物在分子水平方面的实践指导中有重要意义。     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576bp,该基因的编码序列长为1476bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135bp的5’非编码区和785bp的3’非编码区。DNA序列的G＋C百分含量为44．31％,A＋T百分含量为55．69％。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91％、90％、82％和93％。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95％、95％、92％和95％。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较

采用三种方法提取大黄鱼肌肉基因组DNA,并以所提取的DNA为模板进行RAPD分析比较。结果表明,与传统方法、高盐抽提法相比,星普法具有快速简便、所需样品量少,所提取的DNA质量高等特点。三种方法所得的DNA分子量大小都在20kb以上,且RAPD扩增条带基本一致。     

固定标本的DNA提取及PCR扩增

报道富尔马林、酒精固定的日本绒螯蟹标本的ＤＮＡ提取及ＰＣＲ扩增，并与冷冻、煮沸标本进行了比较。结果表明，福尔马林固定标本与酒精固定标本一样可以撮加入的蛋白酶Ｋ量越多，ＤＮＡ的回收率越高。以提取的ＤＮＡ为模板，进行了线粒体ＤＮＡ１２ＳrＲＮＡ和Ｄ－１ooＰ基因片段的ＰＣＲ扩增，经琼脂糖产电泳ＰＣＲ扩增产物后均得到了与期待的碱基长度相一致的清晰谱带。     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

甲醛溶液保存的中华哲水蚤基因组DNA提取和PCR扩增

提取了保存于5％甲醛溶液中的单只中华哲水蚤基因组DNA．经凝胶电泳后虽无清晰条带．但PCR扩增后可得线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(mtCOI)片段．测序分析，该片段长度为710bp。与GenBank中的序列(索引号AF332769)比对后确定为中华哲水蚤mtCOI序列的一部分．利用本实验方法所提取的基因组DNA可适用于系统发生、种群遗传结构等领域的分子水平研究．为保存在甲醛溶液中的小型海洋浮游动物的基因信息利用提供实用技术。     

PCR扩增纳豆激酶基因的程序优化

研究了利用ＰＣＲ从纳豆菌基因组ＤＮＡ中扩增纳豆激酶基因的最优化条件，得到ＰＣＲ反应在本研究中的最重要的三个参数值为：模板量１０ｎｇ；Ｍｇ＾２＋浓度１．５ｍｍｏｌ／Ｌ；退火温度６０℃。在这种优化程序下进行ＰＣＲ反应，获得了特异、高效和忠实的纳豆激酶基因产物。     

小麦叶绿体DNA的提取与psbA基因的扩增

利用高离子强度，低ｐＨ值缓冲液匀浆细胞的方法，提取小麦叶绿体ＤＮＡ，并以此为模板，通过聚合酶链反应（ＰＣＲ）对小麦叶绿体ｐｓｂＡ基因进行了特异性扩增。     

青檀基因组DNA提取方法的优化

以青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)的叶片为材料,采用改良高盐低pH值法、改良SDS法、改良CTAB法和试剂盒法4种不同方法提取其基因组DNA,并进行电泳分析、质量检测及ISSR引物扩增检测.结果表明,改良CTAB法优于其它方法,提取的DNA质量较好,纯度较高,能满足进一步的实验要求.     

大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较

采用三种方法提取大黄鱼肌肉基因组DNA,并以所提取的DNA为模板进行RAPD分析比较.结果表明,与传统方法、高盐抽提法相比,星普法具有快速简便、所需样品量少,所提取的DNA质量高等特点.三种方法所得的DNA分子量大小都在20kb以上,且RAPD扩增条带基本一致.     

豌豆豆球蛋白（leguminA）基因的PCR扩增与鉴定

豆类的贮存蛋白是人类的植物蛋白主要来源之一,稻米平均蛋白质含量只有8％,而且人类必需的赖氨酸含量较少。如果将较富赖氨酸的豆类贮存蛋白基因转移到水稻中,提高稻米的蛋白质和赖氨酸等氨基酸的含量,是改善米质的重要途径之一。 Sun首先从法国菜豆中分离出菜豆贮存蛋白基因(Gl),随后,Lycett分析了豌豆主要     

南阳黄牛CD14基因扩增及序列分析

根据GenBank发表的荷斯坦奶牛CD14基因的序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的CD14基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含CD14完整编码区以及5’端和3’端非编码区的2 969 bp的全序列。序列分析结果表明:南阳黄牛CD14基因开放阅读框全长966 bp,共编码321个氨基酸,碱基组成分别为A(18.4%)、T(18.4%)、C(32.9%)、G(30.2%),编码区与荷斯坦奶牛CD14基因相比发生了2个碱基突变,没有引起氨基酸的改变。在5’端和3’端存在较长的非编码区,与荷斯坦奶牛CD14基因相比发生了7个碱基突变。南阳黄牛的CD14基因与荷斯坦奶牛、水牛、绵羊、山羊、猪、猕猴、大猩猩、人、小鼠的同源性依次降低,分别为99.8%、98.2%、96.8%、92.8%、83.5%、79.8%、79.7%、79.5%、71.9%。进化树所得的聚类结果与传统的分类结果一致。通过蛋白质结构预测,发现南阳黄牛CD14没有跨膜结构域。     

应用PCR技术对DMD做基因诊断的研究

杜氏肌营养不良症，是致死性Ｘ链锁隐性遗传病。     

黑斑蛙Sox基因的PCR扩增

以特异扩增人SRY基因HMG -box保守区的一对引物 ,扩增了黑斑蛙的Sox基因 (SRY -boxgene) .结果表明 ,雌雄黑斑蛙个体均扩增出了两条带 ,大小分别为 4 50bp和 90 0bp ,显示了Sox基因在黑斑蛙雌雄个体间无性别特异性 ,且可能含有内含子 .本文为探讨黑斑蛙的性别决定机制及Sox基因的进化提供了分子资料 .     

高灵敏度巢式PCR方法扩增HBV全长基因组

探讨一种用于乙型肝炎病毒(HBV)基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法,适用于较低病毒拷贝数标本的HBV DNA扩增.通过设计两套通用巢式引物,实现对各基因型(A,B,C,D,E,G)HBV均具有较高的扩增效率;采用两步法分段扩增HBV基因组,对两段目的产物进行测序拼接获得HBV的全基因序列.应用本方法对4组病毒拷贝量(IU/mL)分别为:>1.0×104,1.0×103~1.0×104,2.0×102~1.0×103,<2.0×102的100份血清标本进行全长基因组扩增,其中75份获得阳性结果,各组阳性率依次为:100%,66.7%,60%,25%,有效扩增灵敏度为2.0×102~1.0×103IU/mL;而一步法只在病毒拷贝量>1.0×104IU/mL的标本组中获得15份阳性结果,总的阳性率仅为15%,说明该方法扩增灵敏度明显高于一步法.因此,本方法为HBV流行病学调查研究HBV基因组序列提供了更高的灵敏度,可在流行病学调查中发挥重要作用.     

基于兼并引物的PCR扩增特定基因的效果比较

根据NCBI上的DNA拓扑异构酶Ⅱ基因序列设计兼并引物,采用常规PCR、降落PCR、巢式PCR三种方法扩增糙皮侧耳和阿魏侧耳的拓扑异构酶Ⅱ部分基因序列,比较三种方法扩增效果的特异性、灵敏度.结果表明,巢式PCR的灵敏度和特异性都优于常规PCR和降落PCR,并且巢式PCR的灵敏度是常规PCR灵敏度的100倍以上,更加适合兼并引物扩增.这对利用兼并引物获取特异基因具有指导意义.     

虎纹蛙Sox基因的PCR扩增及SSCP分析

本文采用PCR技术,以特异扩增人SRY基因HMG－box保守区的一对引物,扩增了虎纹 蛙Sox基因（SRY－box gene）。并对扩增产物进行了SSCP分析。结果雌雄虎纹蛙个体均扩增 出一条带,大小为221 bp,表明虎纹蛙Sox基因在雌雄个性间无性别特异性。SSCP分析结果 显示虎纹蛙Sox基因雌雄个体片段的单链迁移率无差异,而与人的有较大差异。本文为探讨 虎纹蛙的性别决定机制及Sox基因的进行提供了分子资料。     

北川白山羊血液中总DNA的不同提取条件对PCR的影响

对35只北川白山羊血液中总DNA提取并根据普通牛已知的κ-CN基因序列设计一对引物进行扩增,对影响PCR反应结果的因素进行了比较分析。结果表明:蛋白酶K终浓度为0.05 mg/mL,饱和酚—氯仿抽提3次、每次30 min,采用乙醇沉淀DNA时,DNA产量最低,PCR反应无特异条带;蛋白酶K终浓度为0.1 mg/mL,饱和酚-氯仿抽提1次、每次5 min,分别采用超速离心和乙醇沉淀DNA时,DNA产量最高,PCR反应有特异条带(350 bp),但前者出现引物二聚体,故作PCR反应时选择后者沉淀最佳。     

直接法提 取血清DNA后套式聚合酶链反应扩增乙肝病毒DNA

为进一步提高ＨＢＶＤＮＡ检测水平，改良了直接法提取血清ＤＮＡ技术，并用套式聚合酶链反应扩增ＨＢＶＤＮＡ。即以裂解液直接提取血清ＨＢＶＤＮＡ，用内外两对引物分别进行连续两次扩增。     

贪食迈阿密虫(Miamiensis avidus)ITS的PCR扩增与序列分析

分离牙鲆(Paralichthys olivaceus)溃烂体表的盾纤毛虫,经形态学鉴定为贪食迈阿密虫(Miamiensis avidus),扩大培养后提取DNA进行ITS-5.8S序列的PCR扩增、测序及序列分析.结果显示贪食迈阿密虫与长拟尾丝虫(Parauronema longum)的遗传距离最近为0.074,在系统树中二者也聚成一支.表明病原体纤毛虫为不同于序列比对中其它纤毛虫种类,确定为贪食迈阿密虫,其与长拟尾丝虫的亲缘关系最近,是进化地位较高的一个类群.