鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H52疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列。设计了一对引物并以RT-PCR特异性扩增出IBV H52疫苗株的S1基因，基因产物大小为1．62kb，与设计相符，对其进行序列测定后，与其他标准毒株H120，M4l，BEAU株的S1基因进行同源性比较，结果表明，H52株与H120，M41和BEAU株的核苷酸序列的同源性分别为91．1％，96．9％和96．8％，由此可以看出，IBVH52疫苗株与标准毒株在Sl基因上具有高度的同源性。     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

H5N1亚型禽流感病毒M基因的克隆与分子进化分析

以一株H5N1亚型禽流感病毒RNA为模板,用RT-PCR方法,扩增M基因全长,将PCR产物克隆于pMD18-T载体,测序结果表明所克隆的982个核苷酸的片段包含了M1和M2基因的完整阅读框架,通过软件推导M1和M2基因分别编码252和97个氨基酸,将M全长序列与Genbank收录的10株H5N1亚型流感病毒M基因序列进行比较,病毒株之间M基因核苷酸序列同源性为92.3%～99.3%,编码的两个蛋白M1和M2氨基酸序列间同源性分别为为96.0%～98.8%和92.9%～99%,分子进化分析揭示了病毒株间的亲源关系.     

H2株甲肝减毒活疫苗K7的核苷酸全序列分析

应用ＲＴ－ＰＣＲ获取Ｈ２株甲肝减毒活疫苗（Ｋ７）的ｃＤＮＡ片段，经末端终止测序ＰＣＲ试剂盒和全自动测序仪（ＡＢＩ３７７）作序列测定，用Ｍａｘｔｒｉｇｅｎｅ软件进行计算机分析，Ｋ７疫苗病毒的核苷酸全长含７４４３个碱基．Ｋ７对比其亲代Ｈ２株，减毒的ＨＭ１７５株以及ＨＭ１７５野毒株，同源性分别为９９．７５％，９９．９５％和９９．６１％；彼此间在Ｐ１和Ｐ２连接区１６８个碱基的同源性为９９．４％～１００％，均为ⅠＢ基因亚型．前三者在５’非编码区均有１３１～１３４位和２０３位５个碱基缺失，且结构蛋白基因区序列完全一致．本文用分子病毒学方法证实了Ｋ７疫苗的优异纯毒水平，也为开展甲型肝炎分子流行病学工作提供了基础资料     

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1E基因的5′端克隆及部分序列分析

根据国外报道的 JEV( Japanese encephalitis virus)基因组全序列 ,针对 JEV E基因 5′端设计合成一对特异引物 ,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA为模板 ,经 RT-PCR扩增 ,获得 366bp的 JEV E基因 c DNA片段 .将此片段重组于质粒 p UC1 9中 ,并转化大肠杆菌DH5α.经 PCR扩增 ,酶切及序列分析 ,结果表明 JEV M73-1 5′端 1 2 6个核苷酸序列与 JEV日本 Nakayama株和 Ja OAr S982株的同源性分别为 96.8%和 96.8% ,氨基酸序列同源性均为 99.2 % .通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了 1 973年在呼和浩特市流行的脑炎是由 JEV引起的流乙脑炎 .E基因编码 JEV的囊膜糖蛋白 ,是其重要表面抗原 .JEV M73-1 E基因 5′端克隆和部分序列分析对 JEV的分子生物学研究、建立分子生物学诊断技术以及基因工程疫苗的研制均具有重要学术意义和实际价值     

溶藻细菌MT22的形态学观察和分子鉴定

结合形态学和16S rRNA 基因测序的方法,对一株溶藻细菌 M T22进行菌种鉴定．结果显示, M T22菌体呈杆状,革兰氏染色阳性,产芽孢．在LB平板培养基上,菌落呈白色、圆形．16S rRNA 基因序列分析表明,与解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）的序列同源性达99％．     

新疆猪瘟病毒分子流行病的研究

采用RT-PCR方法从新疆临床发病猪场采集的病料中扩增了CSFV流行株E2基因的主要抗原位点编码区，测定了15株CSFV的核苷酸序列。应用DNAstar计算机软件对6个地区6个代表株CSFV的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析，结果表明：新疆6株CSFV流行株与猪瘟兔化弱毒株(C株)核苷酸序列的同源性为80．9％～82．8％，氨基酸的同源性为86．2％～88．3％，说明新疆CSFV流行株E2基因发生了部分变异，与疫苗株相比抗原性产生一定的差异。     

SARS相关冠状病毒及与动物冠状病毒的关系

比较了6株人、5株禽、4株鼠、7株牛、2株猫、9株猪、4株犬和5株人非典型肺炎共42株冠状病毒S糖蛋白基因序列。DNAstar软件比较表明，人冠状病毒S基因核苷酸序列同源性介于27．2％～99．5％；禽的介于81．5％～100％；鼠的介于79．5％～89．6％；牛的介于97．7％～100％；猫的介于56．2％～93．9％；猪的介于54．8％～100％；犬的介于64．9％～98．8％；人非典型肺炎病毒的介于99．9％～100％。非典型肺炎冠状病毒与所有比较的42株序列的同源性均低于30．8％，预示该病毒似乎不是其它病毒株变异进化的结果，而是人类和畜禽从未接触过的一种新型病毒。     

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1 E基因的5'端克隆及部分序列分析

根据国外报道的JEV(Japanese encephalitis virus)基因组全序列,针对JEV E基因5'端设计合成一对特异引物,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA 为模板,经RT-PCR扩增,获得366 bp的JEV E基因cDNA片段.将此片段重组于质粒pUC 19中,并转化大肠杆菌DH5α.经PCR扩增,酶切及序列分析,结果表明JEV M73-1 5'端126个核苷酸序列与JEV日本Nakayama株和JaOArS 982株的同源性分别为96.8%和96.8%,氨基酸序列同源性均为99.2%.通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了1973年在呼和浩特市流行的脑炎是由JEV引起的流乙脑炎.E基因编码JEV的囊膜糖蛋白,是其重要表面抗原.JEV M73-1 E基因5′端克隆和部分序列分析对JEV的分子生物学研究、建立分子生物学诊断技术以及基因工程疫苗的研制均具有重要学术意义和实际价值.     

牦牛催乳素受体基因部分片段的克隆与序列分析

扩增出牦牛催乳素受体（尸碰尺）基因部分保守序列,为研究牦牛乳腺组织中朋三尺基因表达水平奠定基础．提取牦牛乳腺组织总RNA,根据NCB1的奶牛Jp月￡只基因cDNA序列的保守区设计特异性引物,采用RT-PCR技术扩增牦牛尸胜尺基N,结果获得577bp的片段,将该片段连接于pMD18-Simple质粒中,转化大肠杆菌,菌液PCR鉴定阳性克隆子,测序并分析氨基酸序列．分析序列与氨基酸与其他物种同源性,结果表明该序列与水牛、奶牛、绵羊、人、小鼠的尸RLR基因mRNA的对应序列的同源性分别为97．40％、99．13％、93．41％、71．07％、60．20％,编码的氨基酸同源性分别为97．40％、100％、95．83％、82-38％、72-22％．     

Isolation and identification of a novel coronavirus from wild bird

A novel coronavirus strain was isolated from laryngotracheal swab of wild partridge and designated as partridge/GD/S14/2003 (S14). Its whole genomic sequence was obtained (GenBank Accession number: AY646283) through RT-PCR amplification, cloning, nucleotide sequencing, and analysis by the DNASTAR program. To investigate the origin of the virus, we further analyzed the nucleotide sequences of the main structural proteins, and compared those with other available virus isolates. Our results showed that the highest nucleotide homologies between the S1 gene of S14 strain and those of nephrogenic-type strains JX1-99 and TJ2-96 were 94.6% and 93.4%, respectively. In addition, a relatively high genetic identity, 85% and 84.3%, respectively, was detected between S1 gene of S14 and those of strains QXIBV and LX4. The results suggested that the S14 strain may be originated from or related to nephrogenic-type and proventriculus-type infectious bronchitis virus (IBV). The highest nucleotide homology between the S2 gene of S14 strain and those of QXIBV and LX4 was 85% and 84.3%, respectively and all of them belonged to group II coronaviruses. The highest nucleotide homology between the M gene of S14 strain and those of strains SAIB20 and GD6-98 was 90.6% and 90.2%, respectively by which S14 belonged to group III. Although they displayed high level of genetic identity in S1 and S2 gene, there was lower homology of M coding sequences between S14 and BJ, and between S14 and QXIBV strains. Phylogenetic analysis of N gene indicated that group I strains might evolve from RNA recombination between strain H52 and Gray; while group II strains from strain H120 and D1466. S14 strain had the highest N gene homology with strain QXIBV which was 95.7%, thus classified as a group III member. Strains SAIB20 and GD6-98 which were closely related to the M gene of S14 strain belonged to group I and IV, respectively. A possible role of partridge S14 strain may play in the process of coronavirus evolution is discussed.     

表达鸡传染性支气管炎病毒SD/97/01株S1蛋白的重组杆状病毒的构建

采用BAC－TO－BAC杆状病毒表达载体体系构建了表达鸡传染性支管炎病毒（IBV）呼吸型毒株SD／97／01S1蛋白的重组杆病病毒，含SD／97／01株S1基因原重组质粒p MDSD9701S1用BamHI和SalI双酶切后，回收的片段并克琶杆病病毒转座载体pFASTBACHTa中多角体基因启动子的下游，筛选出重组转座质粒pFASTSD9701S1U并转化大肠杆菌DH10BAC后,获得重组穿梭质粒rBacmidSD9701S1，用重组穿俊质粒DNA转染昆虫Sf9细胞，获得了含SD／97／01S1基因的重组杆状病毒rAcSD9701S1，重组病毒感染Sf9细胞后，用SDS－PAGE、Westernblot和IFA对细胞表达产物进行检测和分析。结果表明：构建的重组杆状病毒能够在昆虫细胞中表达SD／97／01的S1蛋白，该蛋白具有天然蛋白的抗原性。     

国内鸡传染性支气管炎病毒的分离与鉴定

对国内五个省患呼吸系统和肾脏系统疾病的肉鸡和蛋鸡19份样品进行了IBV分离和鉴定,结果表明RNZ与M41同型.HV、NB-90、TJ株与美国G株和澳大利亚T株血清型相同,证明国内存在不同的IBV血清型株.     

绿色木霉EG Ⅲ基因的克隆及其在工业酿酒酵母中的整合表达

通过RT-PCR从绿色木霉AS3.3711中克隆得到EG Ⅲ基因,序列分析显示该基因编码序列全长为1 257 bp,编码418个aa,且自身带有21个aa的信号肽序列,与里氏木霉eg3的同源性为99.6%.将该基因连入酿酒酵母多拷贝整合型表达载体pScIKP中获得重组质粒,线性化后电转化酿酒酵母工业菌株AS2.489,通过SDS-PAGE蛋白电泳、刚果红染色和酶活测定对转化子进行了分析.结果表明:转化子有明显的重组EG Ⅲ表达带,能够产生CMC水解圈,说明eg3基因已在酿酒酵母中获得了正确的分泌表达,表达EG Ⅲ的重组菌产酶高峰出现时间为60 h,最高酶活接近120 U/mL,重组酶EG Ⅲ的最适温度为60 ℃,最适pH为6.0,转化子的遗传稳定性达到99.17%,实现了绿色木霉eg3基因在工业酿酒酵母中的稳定高效表达.     

绿色木霉EG III基因的克隆及其在工业酿酒酵母中的整合表达

 通过RT PCR从绿色木霉AS33711中克隆得到EG III基因,序列分析显示该基因编码序列全长为1 257 bp,编码418个aa,且自身带有21个aa的信号肽序列,与里氏木霉 eg3 的同源性为99.6%。将该基因连入酿酒酵母多拷贝整合型表达载体pScIKP中获得重组质粒,线性化后电转化酿酒酵母工业菌株AS2489,通过SDS PAGE蛋白电泳、刚果红染色和酶活测定对转化子进行了分析。结果表明：转化子有明显的重组EG III表达带,能够产生CMC水解圈,说明 eg3 基因已在酿酒酵母中获得了正确的分泌表达,表达EG III的重组菌产酶高峰出现时间为60 h,最高酶活接近120 U/mL,重组酶EG III的最适温度为60 ℃,最适pH为6.0,转化子的遗传稳定性达到99.17%,实现了绿色木霉 eg3 基因在工业酿酒酵母中的稳定高效表达。     

河北省仔猪黄白痢流行病学调查及致病菌的分离与鉴定

仔猪黄白痢是危害养猪业的一种常见疾病.通过对河北省不同地区17家猪场的走访调查,探讨仔猪黄白痢大规模爆发的原因和防治对策,并从某猪场发病仔猪的排泄物中分离得到1株菌,经形态学、生物化学和分子生物学实验鉴定,该分离株为革兰氏阴性菌,克氏三糖铁培养产酸产气,LTB与M17873核苷酸序列同源性为100 %,该菌株确定为产肠毒素型大肠杆菌.     

弱化H+-ATPase的德氏乳杆菌乳酸亚种的生理特性研究

以德氏乳杆菌乳酸亚种（L5）为出发菌株,以新霉素为选择 "压力",获得了弱化H+-ATPase变异菌株5M1、5M6和5B1。与出发菌株L5（对照）相比,各变异株的H+-ATPase活力分别下降51.3%、27.7%和34.3％。对变异株5M1、5M6和5B1的形态及其生理特性研究表明,变异株的细胞较菌株L5细长。L5的ATP含量为0.63×10-18mol/个,明显低于变异菌株;变异株5M6和5B1的ATP含量分别为1.18×10-18mol/个和1.38×10-18mol/个;变异株5M1的ATP含量最高,约为1.60×10-18mol/个。当各菌株在MRS培养基中37℃培养12h后,变异株表现出较高的谷氨酸到γ-氨基丁酸的转化率,其中变异株5M6最高,为16.73%,变异株5M1和5B1谷氨酸转化率居中,分别为15.6%和15.4%,出发菌株L5的谷氨酸转化率最低,为13.91%。与出发菌株L5相比,变异株5M6、5M1和5B1的H+-ATPase活性下降导致其耐酸性和耐盐性降低。     

玫瑰微球菌海藻糖合成相关酶基因的克隆和序列分析

从玫瑰微球菌QS412中克隆出海藻糖生成相关酶――麦芽寡糖基海藻糖基水解酶的基因treZ ,测定了其核苷酸序列并进行了表达。treZ 编码的蛋白质有624个氨基酸、分子质量为68 kD. 它们与已报道的其他微生物的海藻糖生成相关酶的基因进行同源性比较，treZ 的同源性分别为33.0%(耐放射异常球菌)；10.1%(硫矿硫化叶菌KM1)；51.9%(节杆菌Q36)；52.8%(根瘤菌M11)；48.5% (短杆菌)。经过氨基酸序列比较分析还发现，所有的海藻糖生成相关酶都含有糖苷酶家族13个中几个高度保守的α-淀粉酶催化活性区，推测这些海藻糖生成相关酶都可能有着共同的进化来源。     

Genome sequencing and characterization analysis of a Beijing isolate of chicken coronavirus infectious bronchitis virus

Avian infectious bronchitis virus (AIBV) is classified as a member of the genus coronavirus in the family coronaviridae. The enveloped virus has a positive-sense, single-stranded RNA genome of approximately 28 kilo-bases,which has a 5‘ cap structure and 3‘ polyadenylation tract.The complete genome sequence of infectious bronchitis virus (IBV), Beijing isolate, was determined by cloning sequencing and primer walking. The whole genome is 27733 nucleotides in length, has ten open reading frames:5′-orfla-orflab-s-3a-3b-e-m- 6a-6b-n-3′. Alignments of the genome sequence of IBV Beijing isolate with those of two AIBV strains and one SARS coronavirus were performed respectively. The genome sequence of IBV Beijing isolate compared with that of the IBV strain LX4 (uncompleted, 19440 bp in size) was 91.2% similarity. However, the full-length genome sequence of IBV Beijing isolate was 85.2% identity to that of IBV Strain Beaudette, and was only 50.8% homology to that of SARS coronavirus. The results showed that the genome of IBV has remarkable variation. And IBV Beijing isolate is not closely related to SARS coronavirus. Phylogenetic analyses based on the whole genome sequence, S protein, M protein and N protein, also showed that AIBV Bering isolate is lone virus in group Ⅲ and is distant from SARS coronavirus. In conclusion, this study will contribute to the studies of diagnosis and diseases control on IBV in China.