基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究

通过PCR扩增了澜沧江流域景洪段鲃亚科(Barbinae)短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(S.flavicaudata)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)和长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)共5种鱼的线粒体12S rDNA和16S rDNA部分片段,并进行了序列测定,基于12S rDNA和16S rDNA重建NJ系统发育树,结果表明:中国结鱼与野鲮亚科(Labeoninae)亲缘关系较近;云南四须鲃与短吻鱼和黄尾短吻鱼有较近的亲缘关系,长臀鲃次之.基于12S rDNA和16S rDNA序列的遗传学特征佐证了鲃亚科不是一个单系群,四须鲃属(Barbodes)为鲃亚科鱼类进化最原始的属这一观点有待商榷.     

鲤科鱼类系统进化过程中SINEs的插入事件

短散在核重复序列(SINEs)是真核生物基因组内的移动元件,已被广泛应用于系统发育研究。文中报道了用SINE的插入事件和细胞色素b基因来研究鲤科鱼类的进化.结果显示:细胞色素b基因和SINEs插入事件在大的鲤科鱼类分类上都支持形态学的分类结果,将整个鲤科鱼类分为雅罗鱼系和鲃系;两种分子标记所获结果的不同之处在于野鲮亚科的进化地位.SINEs插入事件的分析结果显示该亚科的进化地位比较原始,而细胞色素b序列的结果则显示其相对较晚的进化起源.尽管在该研究中分析的物种较少,但为SINEs在鲤科鱼类插入事件的研究提供了基础.     

柴达木盆地渐新世鲃亚科化石新发现

该研究在柴达木盆地西北缘渐新世新发现了一件保存较完整的鲤科鲃亚科鱼类化石,化石体长194 mm,出露部分长211 mm,体延长,稍侧扁,咽骨细长,呈镰状弯曲;咽齿3行,圆柱状,末端尖且稍弯曲。新材料的体型、咽骨形态及咽齿齿式与光唇鱼属、圆唇鱼属和四须鲃属3属特征相近,仅在体长与头长的比值上有一定区别。通过特征比较发现,柴达木盆地西北缘渐新世新发现的鲃亚科鱼类与光唇鱼属、圆唇鱼属和四须鲃属有一定的亲缘关系。鲃亚科化石在研究区属首次发现,且是青藏高原地区首次发现的较为完整的渐新世鲃亚科化石。根据现生鲃亚科的栖息环境推测,研究区当时应为淡水湖泊环境,海拔高度在1 250~2 500 m。     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

利用ITS(nrDNA)和matK(cpDNA)探讨姜族植物的系统发育

姜族是姜科中最大的族,包括25个属,与舞花姜族共同组成姜亚科.本研究应用ITS,matK片段,通过最大简约法(Maximum Parsimony)、Bayesian推断(Bayesian Inference)、最大似然法(Maximum Likelihood)对获得的序列进行联合矩阵分析,构建基因树,对姜族与舞花姜族之间的关系及族内类群间的亲缘关系进行探讨.系统树的拓扑结构显示:①姜亚科为单系类群.②Distichochlamys与Scaphochlamys、象牙参属与距药姜属、直唇姜属与喙花姜属是姐妹类群.③姜花属、象牙参属、山奈属、姜属是单系类群.④姜黄属与Paracautleya,Smitha-tris,Hitchenia形成并系类群.⑤凹唇姜属与拟姜黄属成并系类群.ITS和matK片段对姜族内部深分支系统关系的解决力尚有不足,建议今后寻找新的分子标记进行更为深入的研究.     

线粒体DNA d—loop序列变异与鳅Tuo亚科鱼类系统发育

对鳅Tuo亚科（Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定。以Dan亚科斑马鱼为外类群，对鳅Tuo及鲤科（Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析。结果显示，鳅Tuo鱼类是一个单系类群，与Ju和细鲁鲫有较近的亲缘关系。从系统发育的角度看，鳅Tuo亚科应归属于Ju亚科(Gobioniae)。研究结果支持鳅Tuo亚科分为异镖鳅Tuo属（Xenophysogobio)和鳅Tuo属（Gobiobtia)。     

鲤科鱼类结缔组织生长因子基因变异和分子进化

结缔组织生长因子（CTGF）在细胞生长、分化和凋亡及个体生长发育中具有重要的调控作用．研究CTGF基因在不同鱼类中的变异及进化,对于理解物种分化和基因差异具有重要意义,文中通过PCR扩增、克隆和测序,获得了19种鲤科鱼类（Cyprinidae）CTGF基因序列,并重建了鲤科鱼类系统发育关系,用于估计各分支的进化速率．以鳉科（Cyprinodontidae）的青鳉（Oryziaslatipes）作为外类群,系统树均以较高的节点支持率支持鲤科鱼类中雅罗鱼系（Leuciscini）和鲃系（Barbini）的划分．对雅罗鱼系和鲍系的进化速率进行估算,表明雅罗鱼系进化速率小于鲃系,说明鲃系鱼类具有相对较小的选择压力,在较为宽松的环境中进化,鲤科鱼类CTGF基因5’端编码区具有一个6bp的插入或缺失（Indel）位点．雅罗鱼系均缺失这6个碱基,成为雅罗鱼系特有的序列特征,为进一步证实雅罗鱼系的单系性提供了Indel证据．鲤科鱼类CTGF蛋白质的氨基酸序列中,具简约信息的变异位点和Indel位点大多位于CTGF蛋白的信号区和IGFBP区,推测这可能与CTGF基因表达调控和蛋白质活性有关．     

常用基因序列在摇蚊科昆虫系统发育研究中的应用进展

摇蚊科隶属于双翅目长角亚目,现行分为11亚科.本文整理了常用核基因和线粒体基因在摇蚊科系统发育研究中的应用情况:摇蚊科中的9亚科(不含智利摇蚊亚科和乌桑巴摇蚊亚科),除前寡角摇蚊亚科外,其余均为单系;直突摇蚊亚科与摇蚊亚科的亲缘关系较近,寡脉摇蚊亚科与长足摇蚊亚科为姊妹群.在摇蚊亚科中,摇蚊族(Chironomini)、长跗摇蚊族(Tanytarsini)都是单系群.常用核基因和线粒体基因在摇蚊科昆虫系统发育研究中,18SrDNA和28SrDNA适合研究从界到科所有高级阶元的系统发育关系,对于部分类群可以进行属间分析;CAD基因能较好地解决从亚科到属之间各分类阶元的系统发育关系;ITS和EF-1α可以解决种或属间的系统发育关系;COⅠ和COⅡ适合研究属、种及种以下阶元的系统发育关系,但不能很好地解决较高的阶元如族间、亚科以及科的系统发育关系;16SrDNA适用于种、属阶元水平的系统学研究,但不适用于种内;Cytb适合研究种内到种间甚至科间的系统发育关系.     

陕西鲃亚科鱼类咽骨咽齿的研究

本文根据历年来所收集的鲃亚科鱼类标本共3属3种,将其咽骨咽齿的形态作了详细的比较和描述,阐明其异同,可供研究鲤科鱼类分类和系统发育作参考。     

似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用

应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究．所用的56条纫胞色素b基因全序列代表了雉科24属50种以及作为外类群的6个相关属．等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR I——G。建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支．特别是包括角雉、松鸡、火鸡和gallopheasant等在内的第3分支的单系群性质得到了充分的支持．深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的．结果表明，似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具．     

基于RLCKVⅡ基因序列的蜘蛛抱蛋属系统发育分析

蜘蛛抱蛋属(Aspidistra Ker-Gawl.)是单子叶植物中同一属内物种多样性最为丰富的类群之一.由于缺乏分子序列方面的研究资料,该属种间系统发育关系一直都不清楚.本研究对20种具有代表性的蜘蛛抱蛋属植物的RLCKVⅡ基因进行了测序分析.结果表明,采用分子系统学证据所构建的该属系统发育关系不支持先前基于形态证据所建立的分类系统;蜘蛛抱蛋属植物复杂的平行进化关系很可能是该属分化早期频繁种间杂交的结果.RLCKVⅡ基因适用于禾本科、棕榈科和天门冬科等类群,可作为研究单子叶植物系统发育关系的备选基因.     

独龙江中下游流域的鱼类区系

独龙江流域位于云南省的西北部,北与青藏高原相连,西与缅甸毗邻.中国科学院昆明动物研究所于2004年10月~11月对该水域鱼类资源进行了具体调查,共计采集到鱼类标本883号,分别属于鲤形目、鲇形目;裂腹鱼亚科、野鲮亚科、鮡科;共2目、3科(亚科)、6属、7种.对独龙江鱼类区系与其相邻水系的鱼类区系进行比较分析,认为独龙江水系的鱼类区系与怒江水系的鱼类区系有着更近的渊缘关系.     

云南野鲮亚科一新属新种

描记采于云南省南盘江水系野鲮亚科－新属新种.新属下唇有5个圆珠状结构呈一串念珠状与中国产野鲮亚科20余个属均不同,命名五珠鲮属Fivepearlus gen.nov..新种命名云南五珠鲮Fivepearlus yunnanensis sp.nov..     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

直突摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分属基于16S rDNA序列的系统发育研究

利用16S rDNA部分基因序列对直突摇蚊亚科代表性属级阶元进行了分子系统学研究,共测定了27属30种基因片段,以Chironomus samoensis和Diamesa bertrami作为外群,采用贝叶斯分析方法构建了分子系统树.结果显示:裸须摇蚊属Propsilocerus为较早分化出来的类群,解释了该属在该亚科中的原始性;棒脉摇蚊属Corynoneura也较早被分出,也解释了其在形态上具有相似的一些近祖特征;拟开氏摇蚊属Parakiefferiell和克莱施密摇蚊属Krenosmittia,伪直突摇蚊属Pseudorthocladius和陆直突摇蚊属Georthocladius各自形成姐妹群,此结果与基于形态学的系统发育研究结果相一致.由此可以看出16S rDNA序列是一种适合于研究摇蚊类群属间及种间关系的分子标记.     

金缕梅亚科ITS序列分析及其系统发育初探

对金缕梅亚科部分植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５８Ｓ）序列进行分析,并构建分子系统树．结果表明：金缕梅亚科是单系类群;金缕梅族为多系类群,木属是本研究中金缕梅亚科内分化最早的一支,而金缕梅属与弗特吉族关系密切;蚊母树族、狭义的弗特吉族均不形成单系分支,支持蚊母树族与弗特吉族合并;秀柱花属是牛鼻栓属的姐妹群,支持将牛鼻栓属并入秀柱花族     

陆地植物新系统树之诠释与简评

近十年来陆地植物主要谱系系统发育关系已经得到解决,包含角苔类、苔类和藓类的苔藓植物,但可能不是一个单系分支。重新定义的单系的蕨类植物,其中不包括石松植物。根据分子数据结合形态上近裔共性,若干分支的单系性得到支持,这些分支包括真双子叶植物、核心真双子叶植物、蔷薇分支和菊分支等。另外还讨论了有关苔藓植物和买麻藤目系统发育的若干争议问题,并就今后的研究方向进行了展望。     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区,是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类.采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群,赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中,而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中,最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.)siluroides,其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.)fuxianensis.将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时,并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近,即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系;进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5-7.2 Ma出现分离,这一事件可能与晚新生代青藏高原在8 Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区，是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类. 采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群，赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中，而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中，最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.) siluroides, 其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.) fuxianensis. 将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时，并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近，即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系；进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5—7.2Ma出现分离，这一事件可能与晚新生代青藏高原在8Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.