BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用

应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C 编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个.     

基于成组技术的轴类零件CAPP系统的研究

介绍了轴类零件面向企业的实用型CAPP系统的基本原理功能特点和总体结构,讨论了基于成组技术的零件分类编码法的零件信息输入、工艺数据库的建立等关键技术。     

估计一个蛋白质家族属于一个新折叠子的概率

关于蛋白质家族、结构和新功能的统计推断是应用数理统计的一个前沿交叉研究方向.本文以蛋白质结构分类数据库SCOP和序列分类数据库Pfam为基础,结合SCOP数据库的动态信息,我们估计出覆盖当前Pfam数据库所需的折叠子总数;通过SCOP中新增家族在Pfam中的对应家族所属的折叠子是否已知为先验信息构建贝叶斯模型,估计了不同规模的Pfam家族贡献新折叠子的概率分布.     

敦煌医学素材数据库中方剂入库的设计与实现

从敦煌医学方剂素材本身的特点入手进行分析,结合敦煌医学应用的实际需求展开功能设计和数据库设计,对搜集到的方剂素材进行分析、分类并建立表结构,最后通过编程实现敦煌医学方剂信息的入库功能。     

环境污染事故预防和处置综合文献信息数据库的设计与实现

从软件优选、建库方向、文献保障、检索功能等方面阐述了“突发性环境污染事故预防和处置综合文献信息数据库”的设计思路和实现模式，展望了数据库今后的运行机制。     

国家环境背景元数据库建设的关键问题

对国家环境背景数据的分类编码、元数据标准、元数据工具软件展开研究,表明在分类编码的编制中应强调环境背景数据位置信息的浓缩与提炼,应贯彻分类为综合服务的原则.对分类编码与数据字典要区别对待,分类编码要赋予较强的概括能力,并成为元数据库的有机组成部分.分类编码是挖掘信息的一种有效手段,可以有效降低元数据信息的检索门槛;分类编码、元数据标准和元数据库结构的整合则从概念层面提供了元数据库主中心和分中心的集成方法;元数据工具软件的功能需求应定位于其所将要依托的社会群体,并以此为基础诠释了元数据工具软件功能的内涵.     

牵引变电所综合自动化系统中实时数据库技术

根据牵引变电所综合自动化系统的结构与特点,在分析实时数据和事务的特征基础上,提出了用DCOM技术实现内存数据库的访问接口及共享方法;采用多串口服务器、以太网及交换机等的连接实现通讯;设计了牵引变电所综合自动化系统的一个驻留内存的实时数据库,实现对变电所信息的共享,提供给调度、管理和流程等系统控制.     

浅析海相沉积地层数据库的建立流程--以全球白垩纪大洋红层(CORB)综合数据库的建立为例

随着各种沉积地层资料大量积累,需要建立合适的地层综合数据库,以减轻繁重的手工操作及由于其人为性带来的误差.数据库中除了生物、年代地层对比信息资料外,沉积、地球化学信息也应纳入.以全球白垩纪大洋红层为例,介绍了运用GraphCor软件进行地层对比数据库建立的程序:建立剖面文件→建立化石分类单元库文件→建立目录文件→运行GraphCor软件,获得数据库和图示对比结果 沉积、地球化学信息 地层柱状图→综合数据库;讨论了有关对比标准参考剖面的选取、分类单元的始现和末现层位、数据库的更新及衔接等问题.     

人类疾病动物模型资源数据库的构建

人类疾病动物模型资源数据库的构建,是为了使人们能够快速、准确地对动物模型资源进行筛选、分类,方便研究人员选择需要的动物模型,并能快捷联系提供动物模型的单位,节省了查询时间,提高了科学研究的效率。本数据库分为自发性动物模型数据库、诱发性动物模型数据库和基因工程动物模型数据库3部分,各部分都包含动物模型名称、编号、实验动物信息、模型制备信息、提供模型单位信息、支持文献信息等内容。通过对数据库功能和查询系统的构建,除为用户提供了查询服务,获取有用信息之外,亦对人类疾病动物模型资源信息化的发展和资源共享具有深远意义。     

泰山综合数据库的设计与实现方法

介绍了泰山综合数据库的主要设计思想、功能、特点及其一些特殊问题的技术处理方法     

植物功能基因组研究进展

基因组学研究已开始从结构基因组学转向功能基因组学。对功能基因组学研究的重要意义及内容、方法进行了综述，并对植物功能基因的研究进展及应用前景作了介绍。     

酿酒酵母功能基因组学研究进展

随着各种微生物基因组序列信息的积累和测序工作的不断完成,酿酒酵母基因组学研究的重点已由传统的结构基因组学发展到了功能基因组学,并从单一的基因功能研究转向多个或整个基因组系统地去了解真核生物生命活动的本能。对基因组学水平上酿酒酵母功能基因的生物芯片分析,代谢通路和功能图谱,以及比较基因组学研究进行综述。     

基因组信息在医院信息系统中表达方式的探讨

临床基因组学的发展,加速了临床信息和基因组信息的整合,也使医院信息系统表达基因组信息成为一种必要.本文提出了一种在现有医院信息系统基础上快速引入基因组信息表达同时实现网络交换共享的方法,即通过字段映射以现有数据库形式存储基因组信息,在网络传输中采取XML格式,同时遵循HL7、BSML、LONIC等标准.这为未来医院信息系统实现基因组信息表达做出了探索.     

DNA和RNA的结构基因组学研究的应用前景

人类基因组计划的实施产生了大量的基因数据，如何利用这些数据是后基因时代生物学研究的主要内容。结构基因组学就是利用这些数据和计算机模拟技术建立模型来为人类服务，介绍了DNA和RNA的结构基因组学的主要研究内容和进展，讨论了结构基因组学的商业应用前景。     

马铃薯Y病毒属病毒基因功能研究进展

马铃薯Y病毒属是植物病毒中最大的属。近年来马铃薯Y病毒属功能基因组学取得了很大进展。本文综述了在病毒系统侵染、蚜虫和种子传毒、症状形成等方面的研究结果。     

Functional genomics in the rice blast fungus to unravel the fungal pathogenicity

A rapidly growing number of successful genome sequencing projects in plant pathogenic fungi greatly increase the demands for tools and methodologies to study fungal pathogenicity at genomic scale. Magnaporthe oryzae is an economically important plant pathogenic fungus whose genome is fully sequenced. Recently we have reported the development and application of functional genomics platform technologies in M. oryzae. This model approach would have many practical ramifications in design and implementation of upcoming functional genomics studies of filamentous fungi aimed at understanding fungal pathogenicity.     

阿尔茨海默病的基因组学与功能基因组学研究进展

 阿尔茨海默病（AD）是最常见的神经退行性疾病与最主要的痴呆类型,其发病率随着年龄增加而呈指数式增长。随着人口老龄化,AD造成的社会经济负担愈趋严重。AD的遗传力接近80%,其人群易感程度、表型差异等性状特征受机体遗传变异的极大影响。总结了基于家系连锁分析、病例对照全基因组关联分析、全基因组测序等基因组学分析手段鉴定与AD发生发展相关的遗传变异与风险基因,梳理了基于各种组学数据的功能基因组学研究手段,解析遗传变异背后的调控元件、效应基因及其分子过程的研究进展。对风险基因及其转录与蛋白水平改变的揭示,可为AD的发病机制解析、药物开发、精准诊断与早期预测提供直接的靶点。     

基于基因组学的栎树生物学研究进展

栎树(Quercus spp.)是北半球重要的经济与生态树种。夏栎(Q. robur)、加州白栎(Q. lobata)、麻栎(Q. acutissima)等树种基因组的公布,对栎树生物学研究产生了深刻的影响。近5年来,栎树生物学出现了包括系统进化与物种鉴定、基因渐渗与适应进化、景观基因组学与生态保育、生物共存与互作机制、次生代谢与生长发育、DNA甲基化与表观遗传调控及基因与长寿机制等方面的研究热点。虽然基于基因组学的栎树生物学若干研究前沿已经形成,但尚处于起步阶段,笔者预期未来会向4个方面深入:①强调栎树基因组资源的深度应用。应用景观基因组学途径,探究栎树的杂交渐渗与适应进化;联合基因组、转录组、蛋白组等多组学技术,探究栎树生长发育与胁迫响应过程中的基因调控网络与信号通路;优化体细胞发生和遗传转化体系,攻克栎树遗传改良和基因资源开发技术瓶颈。②促进栎树研究体系的广度拓展。随着壳斗科其他树种全基因组序列的公布,基于从分子到群落的不同生物层次的模式系统,将对欧亚大陆和北美不同区域的栎树,包括白栎组、红栎组、冬青栎组、麻栎组等不同栎树类群,以及壳斗科其他属树种基因组生物学研究产生深远影响。③关注栎树资源利用的遗传与发育主题。用栎树基因组资源对其结构的、代谢的和农艺性状的差异及其优化加以解析,全基因组关联研究(GWAS)也将应用于栎树,从而为阐释木材发育和木栓形成的机制奠定基础。④聚焦栎林保育的生态与进化主题。在全球气候变化背景下,通过增加耐受胁迫的基因型,以缓解气候变化对森林生态系统的影响。同时维持和保护栎树在自然生态系统中的生态与进化过程,阐明栎树多样性、迁移与适应、趋异与趋同生态适应等方面进化成功的机制。     

机器学习方法及其在生物信息学中的应用

分析了机器学习技术的内容,介绍了生物信息学的内涵和新的应用技术,同时探索了机器学习技术对生物信息挖掘应用的途径.这些方法有助于加速生物分子结构预测、基因发现、基因组学和蛋白组学等方面研究的进展.