分析伯氏疏螺旋体密码子使用的倾向性

本文采用非线性映射的方法分析伯氏疏螺旋体前导链和后随链上的基因结构，发现基因分布存在明显的差异，同义密码子的使用亦具有明显的倾向性．此外，高表达基因分布具有不对称性，其同义密码子使用与其它基因亦有不同，这表明原核生物基因组复制起始点两侧的碱基分布及翻译机制均影响基因的密码子使用．     

哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体（MHCⅠ类和Ⅱ类）基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现，不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性，而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类，而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。     

密码子使用频率及其与进化相关性

本文据1987年基因库的的10~5密码子资料计算了密码子的使用频率和氨基酸的丰度,讨论了使用频率与进化的关系,并与有关资料作了比较。     

玉米同义密码子分析

利用现有的玉米基因组数据库数据,使用Codon w软件对筛选得到的29657个有效基因进行同义密码子使用的多变量分析.结果表明:在玉米中发现23个最优密码子,并且密码子第3位碱基呈现出明显的GC偏性.表明基因的GC含量直接影响玉米的密码子使用频率,同时片段长度越短,其最优密码子的使用频率越高.23个最优密码子的确定对玉米的基因改造和基因育种提供了重要的参考依据.     

用信息论方法研究几类核酸序列的密码子使用与基因表达水平的关系

研究了Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ，Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ和ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓＹｅａｓｔ三类核酸序列的密码子使用频率与基因表达水平的关系，依照每一基因中最适密码子、非最适密码子和稀有密码子出现的概率，计算其信息熵Ｅ。首先，发现Ｅ与ＣＡＩ值保持了很好的线性关系，且三类序列的线性拟合方程非常接近，因此，用信息熵Ｅ作为描述基因表达水平的物理量是合适的；其次，三类序列的Ｅ─Ｐ（Ｒ）（稀有密码子概率）曲线都接近对数关系，说明稀有密码子在抑制基因表达水平方面，起着很重要的作用；第三，由各种关系曲线的相似性，可以推测，Ｅ．ｃｏｌｉ等原核生物与真核生物Ｙｅａｓｔ在密码子使用与基因表达水平的关系方面，其机理是相似的。     

酵母Yarrowia lipolytica的密码子用法分析

分析了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的４３个蛋白编码基因的同义密码子使用情况。计算了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的密友子地;首镒确定出了母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｉｃａ的１７个视表达优越密码子。这些结果与已知的酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及Ｋ．ｌａｃｔｉｓ中的密码子用法存在较大的差别,说明Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ有特有的密码子用法。     

两种超嗜热菌基因组中同义密码子使用的分析

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明,两种菌中高表达基因均具有相对较高的GC含量,但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在A．pernix中,它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素,而在A．aeolicus中却不是．     

致癌基因密码子使用频数统计

本文在最新的致癌基因核酸序列数据库的基础上,对各258个致癌基因序列的密码子使用频数进行统计,并且分析统计结果,认为翻译的选择、变异和碱基成分可能是造成致癌基因序列的密码子使用偏好的主要原因。     

Predicting disease genes for familial dilated cardiomyopathy based on the codon usage bias

Familial dilated cardiomyopathy （FDC） is a common monogenic disease mostly with autosomal dominant inheritance. Fifteen different loci for autosomal dominant FDC have been mapped; however, only eight FDC genes have been found, and it is still a big challenge to identify additional seven FDC genes in their chromosomal regions. We found that the codon usage frequencies in most of known FDC gene sequences are consistently biased, and significantly different from the average codon usage frequencies of human genes. This unique feature of codon usage was used to develop a novel approach to predicting FDC genes. Leave-oneout cross-validation results demonstrate that this approach can effectively detect FDC genes from numbers of genes in their chromosomal regions. Another advantage of this approach is that it is solely based on DNA sequences and therefore has the ability to identify potential FDC genes whose functions are completely unknown. Further, this approach has been used to analyze the seven FDC loci in which the FDC genes are still unknown. Both the detailed prediction results and the prediction program are available at http：// infosci.hust.edu.cn, which might provide help for relevant experimental researches to find new FDC genes.     

一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

首先预测特定蛋白密码子使用概率表，以确定序列中各氨基酸的编码密码子，这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的4．47％，然后进一步考虑密码子在编码时的C－G选择性分离原则，G－T配对原则，以进一步将芯片表面探针的数量减少至4．25％，在对探针特异性要求不高的情况下，可以采用最优密码子使用概率表，以求最大限度的降低探针的数目，这样芯片表面探针的数量可减少到原来的0．20％，通过上述方法，可以显著提高单位芯片面积的信息检测量。     

Characterization of codon usage bias in the dUTPase gene of duck enteritis virus

A comparative analysis of the codon usage bias in the newly discovered dUTPase gene （Assigned Accession No.： DQ486149） of the duck enteritis virus （DEV） and the dUTPase gene of 32 reference herpesviruses was performed. The results indicated that the DEV dUTPase gene encodes a protein of 477 amino acids, which includes five conserved motifs with a 3-1-2-4-5 arrangement. The codon adaptation index （CAI）, effective number of codons （ENC）, and GC3s values indicated synonymous codon usage bias in the dUTPase gene of herpesviruses, and this synonymous bias was correlated with host evolution. The codon usage patterns of the DEV dUTPase gene were phylogenetically conserved and similar to that of the dUTPase genes of the avian alphaherpesvirus. Although codon usage in each microorganism was different, there were no strain-specific differences among them. Sixty-one codons in the predicted polypeptide, with a strong bias towards A and T at the third codon position, were used. Comparison of the codon usage in the dUTPase gene of different organisms revealed that there were 19 codons showing distinct codon usage differences between the DEV and Escherichia coli dUTPase genes; 16 between the DEV and yeast dUTPase genes; and 15 between the DEV and human dUTPase genes. Analysis of variance （ANOVA） showed significant differences between the DEV and yeast dUTPase genes （r = 0.536, P 〈 0.01）. The extent of codon usage bias in the DEV dUTPase gene was highly correlated with the gene expression level, therefore the results may provide useful information for gene classification and functional studies.     

毕赤酵母密码子用法对人骨形成蛋白6表达的影响分析

对已筛选出的毕赤酵母阳性转化子菌株（His＋Mut＋）和（His＋Muts）进行PCR验证,用SDS-PAGE和Western blot方法检测重组骨形成蛋白6的表达情况,为了解释无表达的结果,对酵母的密码子与重组骨形成蛋白6的密码子兼容性进行了理论上的初步分析。     

一种改进的六联体使用频率编码测度

在基因预测软件中常用的编码测度得到的序列编码潜力大小往往与序列的C G含量紧密相关,从而影响了对蛋白编码区的识别效果．研究发现六联体使用偏好与其自身C G含量存在一种近似线性的相关性,据此提出了一种改进的六联体使用偏好模型,通过综合考虑六联体使用频率与六联体的C G含量,可简便有效地减小序列编码潜力大小对序列C G含量的依赖性．测试表明,与分类建模策略相比,该方法所需的训练数据较少,而且具有更好的蛋白编码区识别效果,因此可用于基因预测软件中以提高蛋白编码区与基因结构的预测精度．     

Arthropod phylogeny based on eight molecular loci and morphology

The interrelationships of major clades within the Arthropoda remain one of the most contentious issues in systematics, which has traditionally been the domain of morphologists. A growing body of DNA sequences and other types of molecular data has revitalized study of arthropod phylogeny and has inspired new considerations of character evolution. Novel hypotheses such as a crustacean-hexapod affinity were based on analyses of single or few genes and limited taxon sampling, but have received recent support from mitochondrial gene order, and eye and brain ultrastructure and neurogenesis. Here we assess relationships within Arthropoda based on a synthesis of all well sampled molecular loci together with a comprehensive data set of morphological, developmental, ultrastructural and gene-order characters. The molecular data include sequences of three nuclear ribosomal genes, three nuclear protein-coding genes, and two mitochondrial genes (one protein coding, one ribosomal). We devised new optimization procedures and constructed a parallel computer cluster with 256 central processing units to analyse molecular data on a scale not previously possible. The optimal 'total evidence' cladogram supports the crustacean-hexapod clade, recognizes pycnogonids as sister to other euarthropods, and indicates monophyly of Myriapoda and Mandibulata.     

基于Web使用挖掘的实时聚类算法

本文讨论了基于Web使用挖掘的Web个性化技术,针对个性化系统的功能及特点,论述了相关数据采集、数据预处理技术和模式发现及其在个性化服务中的应用,提出了一个关于个性化系统的实时聚类算法.实验结果表明,该算法不仅有效,而且具有较高的准确度,能适应用户短期浏览的变化.     

基于Web使用挖掘的个性化推荐服务研究

本文研究结合网站结构和页面内容以辅助Web使用挖掘,提高推荐服务质量。并在相关理论与研究的基础上,给出一种关于推荐因子的综合计算方法,经推荐质量分析,该方法具有较好的推荐优化能力。     

基于泊位使用特性的停车共享策略方法

为了缓解由于机动车保有量过快增长而造成的大中型城市交通拥堵及停车供需失衡问题,依据泊位共享的理念充分挖掘可利用停车资源成为了一种新方案。由于在不同模式下泊位共享服务方式的适用性不同且泊位共享具有严格的时间窗约束、排他性及唯一性特征,使得共享泊位资源在实际应用中难以得到高效利用。本文以闲置时间利用率最大化为目标,将泊位划分为固定泊位及非固定泊位,分别建立相应的共享泊位配置优化方法。首先对于非固定泊位,在构建时间序列模型动态预测停车需求的前提下,以驾驶员15min最大寻泊可接受时间内车辆净增量为预留泊位值,进而确定共享泊位配置模型;其次,对于固定泊位则考虑共享请求在随机非预约和预约模式两种情形下的区别,前者以单个泊位闲置时间利用率最大为目标构建共享泊位配置模型,而后者则采用最大匹配规则树理论探讨系统闲置时间利用率最大化的泊位共享配置模型。最后以数值实验论证泊位共享可有效提高泊位利用率和周转率,结果表明预约共享模式相对于非预约模式可以将泊位空闲利用率提高12.9%。     

基于多镜像站点的分布式Web使用聚类

提出了一种适用于多镜像站点环境下的分布式Web使用聚类局部挖掘算法LUC和全局挖掘算法GUC,较好地解决了Web访问信息的异地存储、分布式算法通讯量等因素给模式分析过程带来的困难. 将给出的算法用Java语言加以实现,并对算法性能进行了研究. 结果证明,该算法是有效的,可以用来高效、准确地在多镜像站点环境下发现Web用户群体模式.