Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例

利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的SET序列,使用Phrap、EMBOSS、B1ast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测,并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息。     

基于PC/104的实时嵌入式Linux系统开发

结合PC/104模块EmCORE-i316VL/C400的主要特征,构建了一个实时嵌入式Linux系统,并就构建过程中内核定制、引导程序安装、GNU工具链开发和获取实时性支持等方面做了详细阐述。简要分析了文件系统的选择原则。     

基于动态算法的序列分析

为了获得2009年新型甲型H1N1流感病毒与2008流感病毒的基因序列及氨基酸序列的一致性,以便对一个基因家族的生物学特征有一个简明扼要的了解,针对目前流行的新型甲型H1N1流感病毒的基因序列及其所编码的氨基酸序列,采用动态规划算法对其一级序列进行序列相似度分析,获得了2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA和M基因片段以及2008年猪源性甲型H1N1流感病毒的相应基因片段同源性高、在有些位点发生了基因突变增添和突变缺失等重要基因信息。为此次新型甲型H1N1流感病毒的研究提供了依据。     

基于知识表达系统的序列比对研究

序列比对是生物信息学中基本的信息处理方法,对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有重要的意义。该文对典型的双序列比对算法以及多序列比对算法进行了描述和评价;针对目前序列比对算法普遍存在的不足,提出了一种新的思想--基于知识表达系统的序列比对研究,应用知识表达系统对序列比对相似性发现进行定义及其处理。     

基于Linux的嵌入式系统构建

Linux已经成为一种重要的嵌入式操作系统.介绍了基于Linux操作系统构建嵌入式系统的步骤和方法,从boodoader(主要是U-Boot的使用方法)的设置,内核配置及编译和根文件系统的配置三方面论述了如何定制嵌入式Linux.     

基于Linux的PC路由器

目前大多数常见的低端商用路由器一般都有 1～ 2个WAN口 ,LAN口通常都只有一个 ,无法进行两个局域网的路由交互连 ,而不购买专用路由器设备 ,而是以Linux作为操作系统 ,利用Linux的路由功能去构筑IP中由器 ,以实现设计目标的技术方案是比较经济可行 ,这种方案充分利用了lin操作系统的稳定性、安全性和高性价比 ,不仅比硬件路由器价格低廉 ,更容易普及     

基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析

【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%; 其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。     

BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用

应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C 编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个.     

基于全基因组序列的尖孢镰刀菌分泌蛋白预测及其特征分析

尖孢镰刀菌是一种以土壤习居为主要特征的植物病原菌,广泛分布于世界各地,且寄主广泛,能引起豆科、茄科、葫芦科等科100多种植物根腐、茎腐、茎基腐等病害,严重时造成植株萎蔫死亡,严重影响着植物的产量和品质.同时,目前生产上对于该菌的防治多使用甲霜灵·锰锌、多菌灵、百菌清等化学药剂,然而,防治效果不佳,急需开发针对该菌新的作用靶标的药剂.前人已经明确植物病原真菌分泌蛋白在侵染、操控植物等过程中发挥着重要功能,然而,学术界尚未见有关该菌中分泌蛋白的报道.本研究以尖孢镰刀菌菌株(Fusarium oxysporumf.sp.lycopersici 4287)的蛋白序列为基础数据,以分泌蛋白所具有的N-端含有信号肽、不含有跨膜结构域、没有GPI锚定位点、将蛋白分泌在胞外4大特征为依据,利用生物信息学在线分析程序明确该菌中含有778个分泌蛋白,并对上述蛋白开展特征分析,明确上述蛋白的氨基酸长度主要集中在101～400aa、氨基酸组成中以G,T,S,A较多,信号肽长度主要集中在16～21aa、信号肽氨基酸组成中以P,S,A,T,G较多,信号肽切割位点为T-X-T类型.为今后进一步开展尖孢镰刀菌的分泌蛋白功能解析和开发新型药剂靶标提供了重要的理论基础.     

基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。     

串口通讯在Linux操作系统中的应用

本文介绍了在linux操作系统下,如何通过串行通讯口和自定义通信协议来实现计算机之间或计算机与其它设备之间的数据传输,以满足一些特定场合中安全的数据传输的需求.     

LinUX系统调用分析

文章对Linux文件系统做一个简要的介绍，对Linux的三个文件系统系统调用：sys-sysfs、sys-creat、sys-llseek进行了介绍和分析，并着重分析了sys-creat。     

基于嵌入式Linux系统中网络通信研究与实现

首先分析了TCP/IP协议栈工作的原理,然后在linux系统下简化了TCP协议状态顺序,最后通过实例成功的实现了在linux操作系统下,服务器与客户端之间的网络通信,并且下载到开发板上实现了PC机与开发板之间的通信.     

基于PKI技术的linux文件备份系统

PKI技术实现通讯传输的安全,主要提供加密和数字签名等安全服务,同时磁盘远程备份提供了操作系统的磁盘数据恢复能力。文章结合两者的优点,根据linux的设计思想,在通用linux操作系统上提出了基于PKI技术的文件备份系统。     

一种嵌入式Linux视觉引导AGV系统的设计

基于ARM9处理器和开放源代码的嵌入式多任务操作系统Linux的AGV设计的总体方案。其中,研究了图像采集、图像处理,以及控制、使用ARM9,嵌入式Linux应用于AGV会使得设计新的嵌入武控制系统时,只需编写应用程序以及驱动,就可快速的完成一个全新的嵌入武系统,因此使得系统容易实现,价格低廉,且效果好。     

基于嵌入式Linux的网络监测系统的设计与实现

介绍了一种网络监测系统,它能对网络线路和网站网页进行自动监测,并在发现网络故障时进行报警和日志记录,同时还能通过GSM/GPRS模块发送报警信号;另外还基于MRTG软件实现了网络流量的显示,使得网管人员可以及时准确发现网络故障,为网管人员的日常维护工作提供了便利.     

基于嵌入式Linux设备驱动程序的开发

嵌入式系统的研究与开发成为当前的一个热点,Linux由于其优势成为很多厂家开发嵌入式应用的操作系统。驱动程序的开发己成为嵌入式系统开发的关键。介绍了嵌入式Linux的特点,设备驱动程序的概念,筒述了基于uClinux下设备驱动程序的开发方法及过程,最后简述了字符设备驱动程序的开发的实例。