亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区（ITS）序列，结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据，构建Lentinula属内的系统发育树. 结果将该属分成了两大支共7个谱系，西半球一支2个谱系，东半球一支5个谱系，聚类结果与形态种的划分明显相关. 亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席，系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊，不可缺少. 谱系V的菌株数量明显扩大，覆盖范围的地理空白也得以填补，成为了亚洲香菇的主流谱系之一；谱系I的菌株数量庞大，覆盖了绝大部分被研究区域，有进一步分化成两类的趋势. 这表明中国（亚洲）是重要的香菇自然群体遗传多样性中心. 将谱系I分成Ia和Ib两个亚类，与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析，发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富，是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性

为了研究热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性,从海南莺歌海盐场域近海及潮间带沉积物中分离可培养细菌,通过16S rDNA序列比对,分析菌株遗传多样性.结果表明,9株分离自近海沉积物的细菌菌株均属于Bacil-lus;8株分离自潮间带沉积物细菌菌株分为5个属,分别为Acinetobacter、Massilia、Pseudomonas、Pantoea、Paenibacillus;系统发育树结果表明,分离自近海沉积物的菌株YGHWSB2、YGHWSB3、YGHWSB4、YGHWSB5、YGHWSB6、YGHWSB10、YGHWSB21与B.amyloliquefaciens聚为一支,而菌株YGHWSB13、YGHWSB30与B.altitudinis、B.aerophilus、B.stratosphericus、B.xiamenensis聚为一支;分离自潮间带沉积物的菌株聚类较分散,YGHISB1、YGHISB2、YGHISB3、YGHISB4与A.johnsonii聚类;而其他4株菌株YGHISB5、YGHISB6、YGHISB7、YGHISB8分别与4个属的菌株M.haematophila、P.psychrotolerans、P.eucrina、P.peoriae亲缘关系较近.这些结果展现了分离自潮间带沉积物可培养细菌存在丰富的遗传多样性.可见莺歌海近海沉积物中可培养细菌资源分类地位单一,而潮间带沉积物由于所处环境变化多样,可培养细菌资源多样性丰富.     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

安徽省西瓜枯萎病菌遗传多样性ISSR-PCR分析

以42株来自安徽省不同地区的西瓜枯萎病菌为试材,采用Inter-simple Sequence Repeats(ISSR)技术对其群体的遗传多样性进行分析,探究病菌的遗传分化与地理来源之间的相关性.结果表明,用筛选出的11个随机引物对西瓜枯萎病菌菌株进行ISSR-PCR扩增,共获得129个ISSR条带,其中多态性条带为94个,占72.9%,表明安徽省西瓜枯萎病菌存在较丰富的遗传多样性,菌株间的遗传相似系数为0.71~0.97.UPGMA聚类分析显示,供试菌株可区分为8个聚类组,菌株的遗传谱系与地理来源无相关性.     

黑籽重楼种内AFLP遗传多样性及遗传分化研究

以四川瓦屋山、峨眉山和彭州3个地区的黑籽重楼原变种居群及峨眉山、彭州2个地区的无瓣黑籽居群为供试材料,用筛选出的4对引物,对5个群体共计74个个体进行AFLP分析,每对AFLP引物扩增出61～78条多态带,共得到235条多态带.黑籽重楼遗传多样性较高,物种水平的多态带百分率PPB为81.88%,Nei'S基因多样性指数H为0.2490.Shannon多样性指数I为0.3867,居群间基因流为1.6870;在变种水平上,黑籽重楼原变种PPB为78.40%,Nei's基因多样性指数H为0.2849,Shannon多样性指数I为0.4237;无瓣黑籽的PPB为63.07%,Shannon多样性指数I为0.3603,Nei'S基因多样性指数H为0.2439.黑籽重楼种下的两个变种间的遗传分化系数Gst为0.0726,遗传分化指数PHIst为13.33%.聚类结果无瓣黑籽重楼和黑籽重楼原变种分别分成两支.总而言之,黑籽重楼物种水平上有丰富的遗传多样性,居群内遗传分化大于居群问,居群间的相似性系数很大,但种下的两个变种间有一定的遗传分化.     

粤北山区9株香菇菌株酯酶和过氧化物同工酶的研究

利用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳技术对粤北地区的9个香菇菌株的酯酶和过氧化物同工酶进行了研究。在9个菌株的酯酶同工酶电泳图谱中,2个野生菌株与7个栽培菌株间的酶带数量、浓淡宽窄差异较大：进一步用UP-GMA平均链锁程序进行聚类分析发现,相似系数为0.3时野生菌株与栽培菌株才能归为一大类。相似系数为0.6时栽培菌株可归为一大类,相似系数为0.72时9个菌株可以分为5大类9个菌株过氧化物同工酶酶带均为1条。酶带浓淡和宽窄有差异,野生香菇的酶带最浓最宽。结果表明：粤北香菇资源丰富,遗传差异较大,特别是野生香菇菌株具有较大的开发利用价值;且酯醯和过氧化物同工酶对香菇菌株的分类、鉴定和遗传标记等方面都具有参考价值。     

一株分离自四川温泉的嗜热鞘丝藻新种鉴定

为了确定分离自四川甘孜地区温泉的嗜热丝状菌株B121的分类信息, 为探索其应用价值提供遗传学分析基础, 对其进行基因组分析、系统发育分析、二级结构预测、形态学鉴定以及结合菌株钠盐耐受性和固氮能力的整体分析。在16S rRNA的系统发育分析中, 发现菌株 B121与菌株Thermoleptolyngbya oregonensis PCC 8501, Thermoleptolyngbya albertanoae ETS-08和Thermoleptolyngbya sp.O-77等嗜热鞘丝藻属菌株有较好的聚类。在16S-23S ITS二级结构预测分析中, 菌株B121的D1-D1'区域与属内参考菌株有一定的相似性, 序列同一性也较高, 但都没有到达广义的同种物种标准, 并且V2, BoxB及V3区域与其他对照菌株的差异较大。结合形态学分析, 确定菌株B121 是Thermoleptolyngbya属下的一个新种。菌株B121可在最高浓度为0.5 M的NaCl和NaNO₃培养基中生存, 也可在浓度为1 M的NaCl培养基中存活。当气相条件为Ar:N₂: CO₂=79:20:1 (体积比)时, 菌株B121的乙炔还原速率可以达到2564.1 nmol/(g·h)。     

褐马鸡地理种群的遗传多样性研究

从分子遗传学角度对采自陕西省黄龙县和河北小五台山两个地区的褐马鸡种群进行了研究,完成了上述两个地区褐马鸡线粒体控制区的全序列测序,并与GenBank中搜索的马鸡属的其它三个种的同源序列进行比对分析.综合考虑该区域的地质历史背景和本研究得到的上述两地区褐马鸡与蓝马鸡的遗传距离分析,研究认为由于0.15 MaBP黄河切穿三门峡后东流入海以及历史上的人类活动,导致原来连续的褐马鸡分布区域分隔,并逐渐分化成不同的地理种群.研究还指出褐马鸡种群内遗传多样性极低,并建议褐马鸡和蓝马鸡应为同种不同色型.     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

基于POD同工酶对石蒜属种间和石蒜居群间进化关系的研究

对石蒜属(Lycoris)9个种和石蒜(L.radiata)16个居群的POD同工酶酶谱进行了分析和比较.结果表明:(1)石蒜属植物共显示出24条酶带(种间和居群间各12条),其中五条是特征酶带(种间和居群分别为3条和2条).(2)石蒜属9个种可分为两类:一类由具有两型核型结构(V型和I型)的7个种所组成:即中国石蒜L.chinensis、忽地笑L.aurea、长筒石蒜L.longituba、鹿葱L.squamigera、安徽石蒜L.anhuiensis、香石蒜L.incarnata、乳白石蒜L.albiflora;另一类由具单型核型结构(I型)的2个种所组成:即石蒜L.radiata、换锦花L.sprengeri.其中,中国石蒜和忽地笑亲缘关系最近,与形态学和细胞学研究结果相近.(3)石蒜POD同工酶变异比较丰富,与石蒜染色体核型和数量多样性相符.POD同工酶研究显示石蒜居群间遗传距离与地理距离不存在相关性.研究结果表明同工酶变异分析可以作为探讨石蒜属种间亲缘关系和石蒜遗传多样性的有效手段.     

德夯嗜盐耐盐菌抗菌活性筛选和系统发育

以8个敏感菌株作为指示菌,采用琼脂扩散法,对分离自湖南省德夯峡谷(28°15′~28°43′ N,109°30′~109°45′ E)普通非盐环境土壤样品中的294株嗜盐及耐盐细菌进行抗菌活性筛选,并对其中具有较强抗菌活性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.受试菌株中有109株的发酵产物具有抗菌活性（阳性率37.1%）,其中5个菌株具有较强抗菌活性（JSM 102030,JSM 102052,JSM 102054,JSM 102066,JSM 102082）.基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这5个菌株分别属于细菌域(Eubacteria)的3个门(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)中的3个科(Bacillaceae,Halomonadaceae,Nocardiopsaceae)的4个属,菌株JSM 102030属于Halobacillus属,与该属已知种Halobacillus trueperi DSM 10404T的系统发育关系最为密切（序列相似性为99.1%）,JSM 102052和JSM 102054属于Halomonas属,与Halomonas alkaliphila 18bAGT的系统发育关系最为密切(序列相似性为98.3%),JSM 102066属于Nocardiopsis属,与其系统发育关系最为密切的是Nocardiopsis prasina DSM43845T (序列相似性为99.3%),JSM 102082与Oceanobacillus属的Oceanobacillus kimchii X50T以99.6%的16S rRNA基因序列相似性聚在一起.研究结果表明,分离自湖南省德夯峡谷普通非盐环境土样的嗜盐及耐盐细菌中存在较高比例的抗菌活性菌株,且这些细菌具有较为丰富的系统发育多样性.     

耕作土壤中蚯蚓肠道可培养放线菌的多样性研究

从同一地区耕作土和森林土的蚯蚓肠道内分离得到15株和8株放线菌,分别进行形态、培养特征、16S rDNA序列鉴定和系统发育分析.对比2种土壤的理化性质和肠道放线菌的多样性发现,土壤N、P、K富集化导致放线菌数量的增加,重金属含量增高则使放线菌多样性降低.2种环境下,链霉菌属始终是肠道放线菌中的优势菌群.     

西藏色季拉山毛壳属及形态相似属真菌的多样性及系统发育分析

从西藏色季拉山不同海拔采集的323份标本中分离毛壳属(Chaetomium)及形态相似属真菌,共分离到29个菌株,通过形态学特征将其中的27个菌株分别鉴定为3属5种:球毛壳(C.globosum)、马德拉斯毛壳(C.madrasense)、近缘毛壳(C.subaffine)、绳生二叉毛壳(Dichotomopilus funicola)和粗壮围领毛壳(Colariella robusta).通过ITS rDNA和28SrDNA D1/D2区序列构建系统发育树,分离的29个菌株被划分为6个种.碱基变异分析结果表明,ITS rDNA序列较28SrDNA D1/D2区序列变异更大,结合这两段基因序列可进行毛壳属及形态相似属真菌属内种间的系统发育研究.这些结果可丰富西藏毛壳属及形态相似属真菌资源库,为开发毛壳属及形态相似属真菌代谢产物奠定基础.     

苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析

从分子水平上探究苏姜猪的遗传多样性,采用二代测序方法测定了苏姜猪线粒体基因组全序列,整合NCBI数据库中已公布的家猪类,以及本实验室测定的苏姜猪线粒体基因组全序列,使用蛋白编码基因和rRNA基因联合的数据集,基于贝叶斯法(BI法)和最大似然法(ML法)构建了家猪类的系统发生树,测序结果表明,该样本线粒体基因组全长15 436 bps,包含典型的家猪类线粒体基因组37条基因,结构紧凑,其线粒体基因组碱基组成(A+T)约占40%,(C+G)约占60%,t RNA总共有8处错配,结果表明苏姜猪具有丰富的遗传多样性,江海型线粒体核苷酸多态性高于全国6个类型猪的平均水平,体现了其独特的遗传多样性.在基于线粒体基因组完整编码区的系统发育分析中,苏姜猪在中国6个类型家猪中单独成为一支,支持其作为一个新猪种而存在.     

西藏马线粒体DNA D loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

对东亚广义三岛柴胡的再认识及GenBank中几个有疑问nrDNA ITS序列的评价(英文)

基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的5个分支包括了广义三岛柴胡的大部分类群,并与《中国植物志》的处理一致.2n=26的所谓亚洲三岛柴胡与2n=16的欧洲狭义三岛柴胡是不同的种.第2组则主要包括了分布于中国西南的竹叶柴胡与欧洲的狭义三岛柴胡.根据本研究结果及前人的工作,我们认为,东亚广义三岛柴胡起源于两条不同的谱系.文章最后对当前GenBank上传的广义三岛柴胡中的一些有疑问nrITS序列进行了评价.     

崇明岛东滩不同植物覆盖的土壤可培养细菌多样性比较

崇明岛东滩湿地是我国主要的湿地之一.试验对东滩湿地的光滩、海三棱藨草根部土壤和芦苇根部土壤样品用稀释的R2A培养基分别进行培养.通过平板计数得到每克光滩样品、海三棱藨草样品、芦苇样品中的细菌数量分别为8.6×106cfu,1.3×107cfu,1.05×108cfu.对所分离到的84株菌株的16S rRNA基因序列的多样性指数进行分析,结果表明光滩样品的多样性最高.通过与公共数据库中标准菌株序列的比较以及系统发育树分析确定了这些菌株的分类地位,结果表明分离到的菌株分布于γ-变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、α-变形菌门和放线菌门的30个属,在光滩中分离到8个其他样品中没有的属.     

滇西二高温温泉中Thermus高温菌的16S rRNA

 通过对滇西二温泉纯培养和免培养法获得的Thermus菌株序列进行16SrDNA系统发育及16SrRNA二级结构比较,发现二温泉中至少存在Thermus属的2个潜在新种,它们在系统发育树上形成1个独立的地理簇群分支,它们的16SrRNAhelix10二级结构也与其它地区的Thermus属菌株不同,形成明显的地域进化特征.