四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

暗纹东方鲀线粒体12S rRNA基因的克隆及序列分析

利用提取纯化的暗纹东方纯肝脏的mtDNA为模板,按照红鳍东方纯mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的12S rRNA基因.同时运用DNA分析软件,对暗纹东方纯与GenBank中选取的几种同目鱼类的相应序列进行比较分析,显示暗纹东方纯与这些鱼类的12S rRNA基因具有较高的同源性.利用分子生物学相关软件,对暗纹东方纯及与其同目的5种鱼的12S rRNA基因序列建立NJ和MP分子进化树,并与传统的分类地位进行比较,结果表明与传统的分类地位基本吻合.     

暗纹东方纯线粒体12S rRNA基因的克隆及序列分析

利用提取纯化的暗纹东方鲍肝脏的mtDNA为模板,按照红鳍东方鲍mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的12S rRNA基因。同时运用DNA分析软件,对暗纹东方纯与GenBank中选取的几种同目鱼类的相应序列进行比较分析,显示暗纹东方鲍与这些鱼类的12S rRNA基因具有较高的同源性。利用分子生物学相关软件,对暗纹东方纯及与其同目的5种鱼的12S rRNA基因序列建立NJ和MP分子进化树,并与传统的分类地位进行比较,结果表明与传统的分类地位基本吻合。     

牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究

以相应引物对牙鲆（Paralichthys olivaceus)和石鲽（K.areius bicoloratus)的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,均得到了590bp的碱基序列,并将其与GenBank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽（Platichthys flesus)相应片段进行比较,结果表明,川鲽和石鲽序列差异很小（核苷酸差异数为7,同源性为98．8％）;而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显（核苷酸差异数为90－93,同源性约为84％）,且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约200bp的区域。     

基于金纳米粒子的长片段单倍型高通量基因分型技术

人类基因组计划和国际单体型图计划完成以来,人类对疾病特征的探索越来越迫切。识别出DNA序列的变异,这对于理解疾病的特征、应对病原体以及开发相应药物都非常重要。但是,在样本量特别大的时候,这种变异很难被鉴别出来。上海交通大学Bio—X研究院冯国鄞和师咏勇研究组与中科院上海应用物理研究所研究人员合作,     

利用12S rRNA基因标记鉴定鱼翅真伪

为检测鱼翅样本真伪及鲨鱼种属,通过提取送检鱼翅、鱼翅羹样本DNA,扩增其线粒体DNA上的用于动物种属鉴定的12S rRNA基因片段,并进行DNA测序和序列分析,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,与数据库中相关物种序列进行同源性分析。结果表明,在送检的23份样本中,18份鱼翅羹样本、2份粉丝状鱼翅、1份翅状鱼翅中均未成功提取到DNA,未扩增出目的基因片段,而从2份鱼翅样本中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了12S rRNA基因片段,这2份样本的12S rRNA基因片段的碱基序列分别与黑边鳍真鲨(Carcharhinus limbatus)、斜锯牙鲨(Rhizoprionodon terraenovae)的同源性达到99%。对鉴定出含有鲨鱼成分的2份样本进行高温泡发处理,高温泡发实验表明,1份样本(22号)有明胶析出。研究证实,12SrRNA基因序列测定技术能准确、快速鉴定待检样本中是否含有鲨鱼成分,结合高温泡发时是否有明胶析出可综合判定鱼翅真伪。     

中国近海8种石首鱼类的线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化

通过PCR扩增出中国近海石首鱼科(Sciaenidae)6属8个代表种的线粒体16S rRNA基因,纯化后直接测序.利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算Kimura 2-parameter遗传距离、平均核苷酸变异数、平均每位点核苷酸替代数等遗传信息指数,并结合GenBank上大斑石鲈(Pomadasys maculates)同源序列构建UPGMA,NJ,ME和MP系统树.结果表明,叫姑鱼(Johnius belengerii)为最早分化的一枝,其次为黄姑鱼(Nibea albiflora)和白姑鱼(Argyrosomus argentatus),而黄鱼亚科(包括大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)和鮸鱼(Miichthys miiuy))分化最晚,这支持了形态学得出的结论.在分子水平上明确了叫姑鱼亚科和黄鱼亚科的系统进化地位,并得出黄姑鱼比白姑鱼更早分化的新推论,但对于形态学上将白姑鱼和黄姑鱼归属于同一个亚科的结论还有待使用多个不同进化速率的基因加以分析考证.为探讨中国石首鱼类分子系统进化做了尝试,并就线粒体16S rRNA基因在该科鱼类系统进化研究的应用潜力进行了剖析.     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

8种唇口目苔藓动物的分子系统发生--基于28S rRNA基因的证据

对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的28S rRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定。用排序软件进行序列比对后，以腕足动物为外组群，运用MEGA遗传分析软件以邻接法（NJ）和最大似然法（MP）构建了系统发生树。结果表明，有囊亚目的4种苔藓动物（刺轴拟缘孔苔虫、假缘孔苔虫、拟迷误裂孔苔虫、仿分胞苔虫）构成一个单系群；无囊亚目则是一个复系数，其中2种草苔虫（匍茎草苔虫、多室草苔虫）为单系发生，而大室膜孔苔虫和艳丽琥珀苔虫的系统发生位置尚需进一步探讨。     

多疣壁虎静止代谢率的热依赖性研究

本文研究非繁殖期多疣壁虎在５个实验温度中的静止代谢率及其热依赖性。动物体重量与耗氧量呈高度的正相关，因而是影响耗氧量的重要因素之一。多疣壁虎静止代谢率随环境温度升高而显著增加，显示出外温动物的代谢率随温度变化的一般规律。体重设置为４．０ｇ的静止动物在１５℃、２０℃、２５℃、３０℃和３５℃中的静止代谢率矫正平均值分别为６２２．２、７１５．２、７４７．７、８７３．２和９６６．５ｍｌＯ２／ｈ，２０℃和２５℃中动物的耗氧量无显著差异，其余温度间动物的耗氧量均有显著差异。本研究中多疣壁虎的性别与耗氧量无关．     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5′端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28SrRNA基因5′端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

多疣壁虎个体状态及一些贮能部位的季节变化

多疣壁虎(Gekko japonicus)成幼体和雌雄成体的状态指数无显著差异,状态指数的月间差异显著,休眠开始时的11月下旬最大。雌雄成体躯干、肝脏和胃肠道水分含量无显著差异,躯干、肝脏和胃肠道水分含量的月间差异不显著。雌雄成体躯干灰分含量无显著差异,躯干灰分含量的月间差异不显著。成雌脱脂躯干灰分含量显著大于成雄,雌雄成体脱脂躯干灰分含量的月间差异不显著。雌雄的肝脏指数和胃肠道数差异显著,成雌的肝指数、胃肠道指数及成雄的胃肠道指数月间差异显著.     

温度对多疣壁虎摄食量和同化效率的影响

环境温度对多疣壁虎(Gekko japonicus)平均日摄食量有显著的影响。当温度低于13℃时,动物不再进食,无粪尿排出。在实验温度范围内,平均日摄食量和温度成正相关,繁殖期和秋冬季动物平均日摄食量(Y(J/g.day))和温度(T(℃))之间关系的线性回归方程分别为Y=-1179.79+59.38T和Y=-396.94+31.10T。除30℃温度外,同一温度平均日摄食量的季节性差异不显著。繁殖期和秋冬季,多疣壁虎均在23℃温度的同化效率最高,与30℃温度之间有显著的差异,23℃温度与其他温度,以及其他温度之间同化效率的差异不显著。秋冬季多疣壁虎各温度中的同化效率显著地高于繁殖期相应温度中的同化效率。不同季节粪尿能值无显著差异。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5′端序列进行测定，获得的序列长度为301bp，3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5‘端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同.为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础.