生物信息学及其在病毒研究中的应用

介绍生物信息学的原理与方法及其在病毒研究中的应用。保守序列承担着极其重要的功能，通过多重序列对齐搜寻保守序列，是生物信息学方法的基础；敏感位点是一种反映蛋白质或核酸功能的特定模式，因此，通过数量关系的优化推导敏感位点，可用于分离病毒蛋白质与核酸相互作用位点；核苷酸和氨基酸序列只有形成了三级或四级结构才能表现功能，通过同源建模预测蛋白质的高级结构，有助于疫苗的研制、抗病毒药物的筛选以及药物的分子设计。预测RNA的三级结构大多从RNA折叠入手．病毒蛋白质三级结构预测比较成功的是日本脑炎病毒包膜糖蛋白的三级结构。     

电镜下的昆虫病毒基因组

本文报道本实验室在昆虫病毒分子构型和分子量,病毒信使RNA及基因定位,病毒DNA与限制性内切酶的相互作用,病毒的分子克隆等方面所做的电镜观察结果。     

我省成功地合成三氮唑核苷

浙江省德清生物技术中试基地,最近采用新工艺合成三氮唑核苷,该项成果已通过省科委、省医药管理局联合鉴定。三氮唑核苷是七十年代美国开发的新药。它对多种RNA和DNA病毒均有明显抑制作用,至今该药是合成的抗病毒剂中效果最佳的广谱抗病毒药物之一,特别是对流感、副流感、腺病毒肺炎、口腔和眼疱疹等病毒疗效极佳。近年国内报道该药对流行性出血热疗效显著,被誉为出血热的“克星”。国     

恶性肿瘤患者外周血中循环核酸研究进展

循环核酸是指存在于血液（血浆或血清）中的细胞外游离DNA和RNA。肿瘤患者血循环中核酸含量明显高于正常人,研究证实其来源于肿瘤细胞,并且与原发肿瘤有着结构或功能上的某些一致性,因此循环核酸对肿瘤的诊断、治疗和预后评估都可能有重要价值。本文对当前血浆（血清）DNA如Ras和p53基因突变、微卫星改变、肿瘤抑癌基因启动子的高甲基化和肿瘤相关病毒DNA等以及肿瘤相关RNA如酪氨酸酶RNA、端粒酶成分RNA、不同肿瘤相关基因编码的mRNA和病毒RNA等检测在肿瘤诊断和预后中的应用及其意义进行了综述,并展望循环核酸测定的应用前景。     

钯卟啉与RNA相互作用的室温磷光研究

研究水溶性金属卟啉配合物与核酸的相互作用方式,对获得核酸的碱基序列和识别核酸的结构进而设计新型药物具有重要意义[1].Pd-TAPP分子与DNA有相互作用[2],RNA分子具有与DNA相似的局部双螺旋区域,推测Pd-TAPP也会与RNA相互作用.     

开环核苷类抗病毒药物的研究概况

开环核苷类抗病毒药物具有低毒、低耐受性和广谱抗DNA病毒活性,其前药更是提高了药物的口服生物利用度。综述了几种常见开环核苷类药物及其前药近年的研究进展,在此基础上展望了抗病毒药物的研究方向。     

DNA的生物催化功能

近年来，发现不少结构特殊的DNA分子具有多种生物催化功能，这些DNA分子被称为脱氧核酶或酶性DNA，它们在用作RNA或DNA工具酶、基因分析和诊断手段以及基因治疗药物等方面的潜力引人注目，综述了这些DNA分子的种类、性质和应用方面的最新研究进展。     

植物中RNA沉默机制的研究进展

近年来,人们对植物中RNA沉默机制的的认识日渐清晰,小RNAs在其中发挥重要作用.文章综述了植物中RNA沉默的机制、RNA沉默的主要途径及其在防御外源DNA序列入侵过程中的主要功能.并简要介绍了由DNA病毒编码的基因沉默抑制子在对抗宿主沉默反应的作用.文章最后阐述了对RNA沉默进行深入研究的必要性,对需要研究的问题进行了分析,为抗病毒作物育种提供了有力依据.     

抗病毒纳米药物的研究进展

病毒传播造成的传染性疾病严重威胁着人类健康.随着艾滋病、乙型肝炎等发病率高、难以治愈的病毒性疾病在全球蔓延,以及由于流感病毒、冠状病毒等呼吸道病毒基因不断变异出现的新病毒,迫切需要研制出更高效的抗病毒药物.近年来,纳米技术的发展和应用为研发新型抗病毒药物提供了新的参考和策略.该文综述了抗病毒药物的作用机制及纳米技术在抗病毒药物领域的研究进展,为今后研发更加高效的抗病毒纳米药物提供指引和参考.     

基于茎环法的RT-qPCR检测哺乳动物抗病毒siRNA的表达

抗病毒RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制在哺乳动物中保守存在,宿主通过病毒源siRNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)引导Ago2蛋白剪切病毒RNA,从而发挥抗病毒作用.为了建立快速检测宿主抗流感病毒(PR8ΔNS1)和野田村病毒(NoVΔB2)特异性siRNA分子的方法,根据病毒特异性siRNAs序列设计茎环引物和扩增引物,筛选出具有高特异性和灵敏度的茎环引物和PCR扩增引物(16768,3280和24～45),成功建立了茎环法RT-qPCR检测哺乳动物病毒源siRNA表达水平的系统.该方法快速简便,准确性高,兼具较高的特异性与灵敏度,可作为小RNA测序替代方案检测siRNA或在测序前对宿主产生的病毒源siRNA进行有效监测与评价.     

欧鳗“狂游病”病毒的分离及观察

患“狂游病”欧鳗的主要脏器经电镜切片观察表明：该病毒主要存在于病鳗的脑、心脏和肌肉组织中,存在有一大小约为80－100nm的圆形病毒,成熟的病毒颗粒具有清晰可见的包膜结构,病鳗组织匀浆后,经蔗糖分步超速离心法,RNA酶及DNA酶消化去除组织内DNA、RNA后,获得纯化的病毒颗粒。又经蛋白酶K消化后得到病毒的核酸,以DNAaseI或RNAaseA分别消化,经1％的琼脂糖凝胶电泳证实该病毒为DNA病毒。     

RNA对基因表达调控作用的研究进展

RNA可以单独或者通过与其它蛋白因子的相互作用参与基因表达的调控。在转录前水平,RNA分子可以通过介导DNA的甲基化或异染色质的形成来调控基因表达;在转录水平,RNA分子通过直接与转录因子或RNA聚合酶相互作用来调控基因表达;在转录后水平,RNA利用由siRNA和microRNA介导的RNA干扰机制,通过降解目标mRNA或阻碍目标基因的翻译来沉默基因的表达。此外,mRNA还可以通过感知环境中代谢物的浓度,通过形成核糖开关（riboswitch）来调控基因的表达;反义RNA可以从复制、转录和翻译3个水平上调控基因的表达。     

植物抗病毒基因工程的研究进展

本文对近年来植物抗病毒基因工程的发展作一简介,介绍了利用病毒外壳蛋白基因,病毒卫星RNA,弱病毒全长cDNA,反义RNA,核酶,抗体基因和干扰素基因,毒蛋白基因,病毒上基他基因以及植物上抗性基因等方法．     

病毒编码的RNA沉默抑制子的特征及其生物技术应用

RNA沉默是一种依赖核酸序列特异性的RNA降解过程,是动物、植物抵抗病毒等外源核酸的一种保守防御机制。而针对寄主的这种防御机制,许多病毒演化出RNA沉默抑制子以克服这种防御反应。本文综述了几种动物、植物病毒抑制子的结构和作用方式,讨论了病毒抑制子之间的交叉抑制功能,病毒运动和沉默抑制子之间的关系,病毒RNA和亚病毒寄生物通过沉默抑制子而进行的自我保护原理,抑制子对于miRNA（microRNA）途径的影响以及病毒抑制子在生物技术方面的应用。     

2022年全球新冠肺炎疫苗和药物研究热点回眸

新冠肺炎疫情给人类生活带来极大影响。疫情发生后，全球科研机构和制药公司迅速应对，加紧研发疫苗和抗病毒药物。2022年，多个mRNA创新性疫苗、抗病毒中和抗体、小分子抗病毒药物等相继问世。然而，随着多种新冠病毒变异株的相继出现，新冠肺炎疫苗、中和抗体以及小分子药物的有效性大幅降低，不断对新冠肺炎疫苗和药物的开发提出新的挑战。结合文献和商业数据库信息，对当前新冠肺炎疫苗和药物的研发进展进行综述。截至2022年11月，全球已批准或EUA疫苗和药物各30余款，多款疫苗和药物处于临床试验中，中国在新冠疫苗和抗新冠药物研发方面走在世界前列。     

番茄丛矮病毒组(Tombusviruses)成员外壳蛋白是一种单双链DNA结合蛋白

应用South-western技术以番茄丛矮病毒组(tombusvirus)6种病毒为材料研究了它们的外壳蛋白对单双链DNA的结合作用。结果表明tombus-组6种病毒(PLCV,AMCV,CNV,CyRSV,PAMV,TBSV)的外壳蛋白及PLCV重组外壳蛋白是一种单双链DNA结合蛋白,对单链DNA的结合能力远远超过双链DNA。这种结合作用可能与在tombus一组病毒外壳蛋白立体空间结构有关,因为当蛋白变性时结合作用大大降低。另外,一旦外壳蛋白与单链DNA发生相互作用,用4moL/L尿素或0.1％SDS在90°C水浴中难以洗掉。Tombus一组病毒外壳蛋白这种对单双链DNA的结合作用可能表明它们是一种参与病毒体内运输或调节复制的蛋白。     

泛素样蛋白ISG15抗冠状病毒感染作用的研究进展（英文）

干扰素刺激基因15(ISG15,interferon-stimulated gene 15)是一种泛素样蛋白，在调节机体天然免疫和抗病毒感染过程中发挥重要作用。ISG15在针对流感病毒、乙型肝炎病毒、HIV病毒、埃博拉病毒、SARS病毒、中东呼吸综合征冠状病毒、巨细胞病毒等病毒的抗病毒研究已有文献报道。除此以外，最新的研究表明ISG15分子会在新型冠状病毒的木瓜蛋白酶样蛋白酶的作用下失活，从而抑制其抗病毒功能。因此抑制新型冠状病毒木瓜蛋白酶样蛋白酶，除能直接阻断病毒的生命周期、抑制病毒在体内的复制以外，同时也会提升ISG15分子水平，继而间接提升机体免疫能力，降低感染风险。该文介绍ISG15抗新冠病毒的过程，重点介绍ISG15抗冠状病毒作用的特异性，此外，总结新冠病毒通过木瓜蛋白酶样蛋白酶阻断ISG15介导的天然免疫实现免疫逃避的机制，并罗列了潜在的木瓜蛋白酶样蛋白酶的抑制剂。本文从ISG15抗病毒天然免疫的分子机制角度，总结抗SARS-CoV-2药物的最新进展，并对相关药物的研发前景进行展望。     

非嵌插类药物与DNA作用的分子机制

本文概述了非嵌插类药物与DNA作用的分子机制,考察了DNA螺旋小沟结合药物的碱基序列特异性,药物-DNA相互作用的性质和相互作用能,以及研究药物与DNA作用分子机制的意义。     

DNA与小分子相互作用的研究进展

概述了能与DNA发生相互作用的小分子的种类和不同小分子与DNA相互作用的方式、机理,并对DNA与小分子相互作用研究的常用方法,以及这些方法的特点进行了评述。最后对其发展前景,尤其是对药物分子与DNA相互作用的未来发展方向进行了展望与预测。