水稻颖果总RNA提取方法的研究

利用TRIZOL试剂快速提取法、异硫氰酸胍法和改良的SDS法提取不同发育时期水稻颖果的总RNA,并通过凝胶电泳、紫外分光光度法检测提取获得的RNA样品的品质.研究结果表明,改良的SDS法提取的RNA具有28SrRNA和18S rRNA 2条清晰的条带,且无降解.其D260/D280为1.84～1.97,具有较高的纯度.其他2种方法获得的RNA品质较差,有降解和弥散现象.将改良的SDS法提取的RNA逆转录成cDNA,作为PCR扩增的模板,可获得清晰的约1.7kb的目的条带.该法提取的RNA用于Northern杂交,可产生特异的杂交信号.这些结果进一步证明了改良的SDS法提取的RNA具有很高的品质与纯度,可以满足下一步分子生物学研究的需要.     

反转录转座子分子标记及其在植物研究中的应用

反转录转座子以高拷贝在植物基因组中广泛分布,具有高度的异质性,可作为分子标记对植物基因组进行研究.文章对SSAP、IRAP、REMAP及RBIP4种基于植物反转录转座子开发的分子标记技术的原理、技术流程、特点及其在植物研究中的应用进行了概述.     

一种水稻总RNA提取的简易方法

应用高效Trizol试剂,对水稻根、叶、花材料进行了总RNA的提取.采用摸索后的优化程序,可在不用液氮的室温下,1 h完成总RNA的提取.电泳结果可见清晰的条带,表明RNA的完整性较好;紫外测定结果表明了RNA的纯度较高,所得检测结果说明所得总RNA产品可作进一步的实验之用.     

水稻光敏核不育基因分子标记的研究

石明松（１９７３）从晚粳品种农垦５８大田中发现了具有光周期敏感核不育性状的水稻农垦５８Ｓ,并被正式命名为湖北光周期敏感核不育水稻（ＨＰＧＭＲ）,它的发现及利用可以将杂交水稻种子的生产方式由“三系法”改变为更经济的“二系法”,这将对杂交水稻的生产起到十...     

利用SSR标记鉴定水稻与高梁远缘杂交的研究

本研究采用了115对水稻引物(RM)对4个母本水稻、父本高梁、4个水稻和高粱远缘杂交的子一代进行了SSR分子标记分析.结果发现:水稻与高粱具有一定的同源性;水稻与高粱杂交后,其杂种一代的分子标记带型大部分与母本同源性较高,也出现了杂种带型、变异带型及高粱带型,说明确实有高粱DNA片段导入水稻基因组中.从分子水平上初步证明了水稻高粱远缘杂交的可行性.     

茄子反转录转座子基因片段的克隆及序列分析

根据己报道的反转录转座子的序列设计合成一对特异引物,以西安绿茄基因组DNA为模板,采用PCR扩增的方法扩出一条DNA特异片段并克隆到pMD18-T载体中.用PCR法和酶切分析法对克隆片段进行鉴定并进一步进行核苷酸序列分析.序列测定该片段长为518 bp.用GenBank中的BLAST程序分析表明,该片段与马铃薯(Solanum demissum)反转录转座子的gag-pol聚合蛋白90-243aa区域氨基酸同源性为43%.     

水稻甘油醛—3—磷酸脱氢酶cDNA结构分析和分子进化

甘油醛－３－磷酸脱氢酶（ＧＡＰＤＨ）是糖代谢中的核心酶之一，首次完成了水稻中编码此酶ＣＤＮＡ１３２５ｂｐ的全顺序分析，它含有１０１４ｂｐ组成的完整的编码区，编码一个由３３７个氨基酸组成的肽链，与来源于其他７７个牿上的ＧＡＰＤＨ的同源性比较显示基因间核苷酸同源性高达７０％，与美洲龙虾ＧＡＰＤＨ三结构比较说明水稻ＧＡＰＤＨ有高度保守性可形成相似的构象，并模建了水稻ＧＡＰＤＨ的空间结构。此外，对１７种不     

陆地棉LTR反转录转座子的数量分布与功能分析

LTR(Long terminal repeat)反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类遗传因子,它们以RNA为媒介在基因组中不断自我复制.在高等植物中,LTR反转录转座子是基因组的重要成分之一.本研究通过多种方法挖掘并注释了陆地棉基因组中的LTR反转录转座子,结果表明陆地棉基因组LTR反转录转座子的Gypsy超家族与基因的分布呈近似的反比关系,而Copia超家族在各染色体的起始端有较多的分布.通过皮尔森相关系数发现陆地棉LTR反转录转座子的拷贝数与染色体大小之间有强相关性.在LTR反转录转座子上游和下游分布的基因具有类似的富集特征,其分子功能主要集中在结合和催化活性等方面.本研究结果加深了对陆地棉LTR反转录转座子的认识,为深入研究棉花基因组提供了重要数据支撑.     

聚丙烯酰胺凝胶电泳检测水稻SSR标记

以水稻为试验材料,提取水稻基因组DNA,选择多态性SSR标记,并将标记产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,最后硝酸银染色,试图建立了一种行之有效、简便、快捷的应用于水稻SSR标记的PAGE银染检测方法。     

鉴定与水稻光敏核不育基因pms3连锁的AFLP-RFLP标记

运用 ＡＦＬＰ技术对农垦 ５８Ｓ×１５１４的 Ｆ２代群体构建的极端集团进行了分析,在 ２５３对ＡＦＬＰ引物中,９１％具有多态性带,有２０对引物扩增到了阳性带．阳性带经克隆后用作ＲＦＬＰ探针进行极端集团分析,其中４个具有多态性带．２个（Ｆ３和Ｖ４）表现为阳性带．Ｆ２代不育群体ＲＦＬＰ分析结果显示,Ｆ３和Ｖ４两个标记与第１２染色体上的光敏核不育基因ｐｍｓ３连锁．通过极大似然法估算,Ｆ３和Ｖ４标记距光敏核不育基因ｐｍｓ３的遗传距离分别为５.８０ｃＭ和７．７５ ｃＭ．     

Cloning and expression of a cDNA encoding ribosomal protein S4 from Rice (Oryza sativa)

A cDNA clone, pS4, has been isolated from a cDNA library prepared from rice anthers of about 1.0 mm in length. DNA sequence analysis and database search show that the cDNA encodes a protein which is highly homologous to eukaryotic 80S ribosomal protein subunit 4 (S4). Northern hybridization indicates that this gene expresses in all tissues analyzed although the expression level varies and it cannot be induced by mechanical wounding in leaves. Southern blot analysis demonstrates that this rice S4 gene is from a multigene family.     

Cloning and expression of a cDNA encoding ribosomal protein S4 from Rice (Oryza sativa)

A cDNA clone, pS4, has been isolated from a cDNA library prepared from rice anthers of about 1.0 mm in length. DNA sequence analysis and database search show that the cDNA encodes a protein which is highly homologous to eukaryotic 80s ribosomal protein subunit 4 (S4). Northern hybridization indicates that this gene expresses in all tissues analyzed although the expression level varies and it cannot be induced by mechanical wounding in leaves. Southern blot analysis demonstrates that this riceS4 gene is from a multigene family.     

人胎盘G-蛋白Rab3a cDNA的克隆

为了获取全长的小分子G-蛋白Rab3a,以用于研究Rab3a与其他蛋白相互作用关系,本实验以人胎盘总cDNA为模板,PCR扩增到人Rab3a cDNA全编码区。产物回收后克隆于质粒pYESTrp2的BamHI/XhoI位点,测序结果表明,本实验获得的Rab3a cDNA包含了起始和终止密码子。与PCR引物设计的参照Rab3a比较有5个核苷酸变异,与翻译的氨基酸序列完全一致。由此表明本实验获得的Rab3a cDNA可用于进一步研究。     

香雪兰花瓣总RNA的提取和cDNA文库的构建

以不同开放时间的红色香雪兰的花瓣为材料,利用CTAB裂解、LiCl沉淀的方法提取出高质量的总RNA,经纯化mRNA后,合成双链cDNA,加上EcoRⅠ和XhoⅠ接头,用胶回收的方法将500 bp以上的cDNA回收并连在载体上,获得了重组率为89%,滴度为4.8×105pfu/mL的香雪兰花瓣质粒cDNA文库,为研究香雪兰花香和花色的相关基因奠定了基础.     

Identification and functional analysis of 23 novel box C／D snoRNAs from Oryza sativa

In a cDNA library generated from rice small nuclear RNAs,30box C/D small nucleolar RNAs (snoRNAs) were identiffied through preliminary screen.Except 7 known snoRNAs such as U14,all snoRNAs were identified in rice for the first time experimentally.Among the 23 novel snoRNAs,11 snoRNAs appear rice-specific,6 snoRNAs are unique to plants,the remaining 6 snoRNAs have their counterparts in both Arabidopsis and yeast or mammals according to the conserved antisense sequencs that guide 2‘-O-ribose methylation of rRNA,17 of the 23 novel snoRNAs were predicted to guide 24 2‘‘-O-ribose methylations at the specificsites of rice 5.8S,18S,25S rRNAs,among which 19 methylated sites were determined by primer extension at low dNTP concentrations.The remaining 6 snoRNAs devoid of rRNA antisense elements may represent novel snoRNA species in rice.The results show that constructing a cDNA library from small nuclear RNAs is an effective experimental approach for novel snoRNA is identification.The novel snoRNAs are important in elucidating the genomic organization and expression of plant snoRNA genes and the mechanism through which 2‘‘-O-ribose methylations took place in rRNAs.     

应用Digoxigenin标记的cDNA探针检测香蕉束顶病毒

用非放射性的Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记的１１－ｄＵＴＰ取代３２Ｐ标记的ｄＡＴＰ或ｄＣＴＰ，标记克隆的ＢＢＴＶｃＤＮＡ－１０．５ｋｂｃＤＮＡ，制备成探针．通过核酸斑点杂交对粗提取的ＢＢＴＶ，ＢＢＴＶ－ＤＮＡ，感染ＢＢＴＶ的香蕉植物的拟茎，球茎处的组织，新生叶片以及成熟后的叶片进行了检测．结果表明：ＢＢＴＶｃＤＮＡ－１ｃＤＮＡ探针特异性强，不与ＣＭＶ—ＲＮＡ、无毒香蕉组培苗提取的核酸发生杂交反应；仅与粗提ＢＢＴＶ、ＢＢＴＶ－ＤＮＡ、ＢＢＴＶ侵染的香蕉组织的核酸提取物发生杂交反应．此探针灵敏度高，可检出含有ＢＢＴＶｃＤＮＡ－１０．５ｋｂ的质粒ＤＮＡ的最小量为１０ｐｇ；测定感病香蕉植株的拟茎汁液的最高稀释度可达１∶１２８，相当于０．４ｍｇ病蕉组织中的病毒含量．测定同一病株不同部位的结果表明，ＢＢＴＶ在植物体内的分布不均匀，拟茎处组织中病毒含量最高，球茎处的组织以及新生叶片中的病毒含量次之，成熟后的叶片中的病毒含量最低     

水稻幼叶及幼穗cDNA文库的构建及初步分析

为了克隆水稻第6染色体上S5位点的基因及包括广亲和基因在内的重要功能基因,以水稻Oryza sativa L.广亲和品种Cpslo17为材料,以λTriplex2TM为载体利用SMART技术构建了幼叶和幼穗2种器官的cDNA噬菌体文库.幼叶和幼穗原始文库的克隆数目为别为1.5×105 pfu和2.45×105 pfu,插入片段的大小均在500～3 000 bp之间,文库的阳性克隆子的为别比例为97.0%和98.7%.此文库的建立为克隆广亲和基因和其它重要全长功能基因奠定了基础.     

关于完美3—全图的一点注记

得到３－全国含有奇洞的充要条件,完美３－全图是ｋ是染色的充要条件及３－全图是连通的充要条件。     

Cloning and characterization of vernalization-related gene (ver203F) cDNA 3' end

Based on the cDNA fragment sequence of vernalization-related gene verc203 cloned by differential screening in our lab, the 5' primer has been designed. The cDNA 3' end of ver203 gene (1 197 bp) has been cloned by the RACE method. And it is identified by Northern blotting that its expression is special in vernalization treatment. After comparing the sequence in the nucleotide sequence databases of Genbank, EMBL and DDBJ, the gene has homology with Hordeum vulgare jesmonate-induced protein gene. It is suggested that this gene might be related to the signal transduction mediated by jamonate.     

应用cDNA微阵列芯片筛选胃癌转移相关基因的初步研究

采用cDNA微阵列技术建立胃癌原发灶和淋巴结转移灶基因表达谱,识别和克隆胃癌转移相关基因。用含10000个已知基因和7000个EST的cDNA微阵列分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,利用生物信息学分析差异表达基因, RT-PCR和反向Northern点杂交验证cDNA微阵列结果。发现2倍以上的差异表达基因601个,其中淋巴结转移灶中表达上调527个,表达下调74个;2倍以上的差异EST 71个,其中淋巴转移灶中表达上调62个,表达下调9个。在胃癌原发灶中,与细胞免疫、发育、信号转导功能相关基因存在高表达;而在淋巴结转移灶中,与细胞生长、细胞周期、细胞运动和粘附功能相关基因存在高表达。RT-PCR和反向Northern点杂交结果进一步证实carbonic anhydraseⅡ、IGFBP-4基因高表达与胃癌转移相关。通过分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,发现一些与胃癌转移相关的基因和EST,为进一步寻找和克隆胃癌转移相关基因提供研究线索。