昆虫病原线虫4新种所携带共生菌的分子鉴定

 以16S rDNA为分子标记对中山大学有害生物控制及资源利用国家重点实验室近年从我国采集到并描述发表的斯氏属昆虫病原线虫4个新种所携带的共生菌进行分类鉴定,结果显示Steinernema akhursti所携带的共生菌很可能是Xenorhabdus属的一个新种,S aciari和S. leizhouense所携带的共生菌可能是Xenorhabdus属的两个近缘的新种或同一种的两个远缘菌株,而S. beddingi所携带的共生菌可能是Xenorhabdus bovienii的一个新菌株。     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6，对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树，其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

黔东北喀斯特土壤放线菌多样性研究

为探明贵州喀斯特区域土壤放线菌分布特点及其多样性特征,从黔东北区域采取土样61份,采用平板稀释法,利用3种培养基分离放线菌,通过形态特征、分子鉴定及16S rDNA系统发育分析鉴定放线菌,并对部分菌株进行抗菌活性测试。结果从土样中共分离出80株放线菌株,经初步鉴定排重后,选取22株进行分子鉴定,经16S rDNA序列分析,分属于链霉菌属(17株)、诺卡氏菌属(2株)、小单孢菌属(2株)、高温单孢菌属(1株),链霉菌属放线菌占了77%。并有5株放线菌分别对大肠杆菌(3株),金黄色葡萄球菌(3株),青霉菌(2株)具有抑菌性。本研究初步揭示了黔东北喀斯特土壤放线菌多样性和丰富度,为贵州喀斯特土壤放线菌分布和多样性研究奠定了基础。     

中华剑角蝗肠道共生真菌的分离鉴定及抑菌活性筛选

为了解中华剑角蝗肠道共生真菌的种类,并通过共生真菌次生代谢产物抑菌活性筛选,为蝗虫共生真菌的次生代谢产物开发利用提供参考.将采自湖北神农架的中华剑角蝗通过表面消毒后对其肠道共生菌分离纯化,运用rDNA-ITS序列分析进行鉴定,NJ法构建系统发育树分析其亲缘关系.以魔芋软腐菌、水稻白叶枯菌和猕猴桃溃疡菌为测试菌株,用滤纸片法对共生真菌的发酵液进行了抗菌活性筛选.结果显示,从中华剑角蝗的肠道中分离得到18株共生真菌,分属6科8属,其中青霉菌属和镰刀菌属是优势菌群,分别占总分离株的33.33%和27.78%;系统发育分析显示,18株共生真菌具有较丰富的种类多样性;抗菌实验结果表明,18株共生真菌有4株菌的代谢产物至少对1种测试病原菌有抑菌活性,占分离株的22.22%,其中有2株菌的次生代谢产物对魔芋软腐菌有较强的抑制作用.     

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增.结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1200bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1300 bp的片段,其他属菌株和阴性...     

滇重楼茎组织内生细菌的分离、鉴定及促生菌筛选

为了开发利用重楼内生细菌资源,从滇重楼茎组织中分离获得128株内生细菌,采用16S rDNA序列分析,将其鉴定归类到3个门,4个纲,6个目,11个科,14个属,其中芽孢杆菌属是优势属(75.0％),研究结果初步揭示了其茎组织内生细菌的多样性.进一步将128株内生细菌分别与小麦幼苗进行共培养,通过检测株高、根长、根数和鲜...     

大分舌蜂巢穴病原微生物的鉴定

[目的]明确大分舌蜂(Colletes gigas)巢穴病原微生物的种属及系统发育学特征.[方法]从江西省新余市采集大分舌蜂巢穴样品,采用稀释涂布平板法进行病原微生物分离,通过形态特征观察,结合核糖体内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)和16S rDNA基因序列分析相结合的方法对病原微生物进行鉴定.[结果]从虫室样品中分离出4株细菌(CS1,CS2,CS3和CS4),从土壤样品中分离1株真菌(TR1).TR1在电子显微镜下可见菌丝间有球状孢子囊,孢子呈现圆形,TR1的ITS序列与卷枝毛霉(Mucor circinelloides)的相似度为100％.CS1和CS3均能产生粉红色次生代谢物,CS1和CS3聚为一支,它们的16S rDNA序列与粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)的相似度达到99％;CS2的16S rDNA序列与少见无色杆菌(Achromobacter spanius)的相似度为99％;CS4的16S rDNA序列与紫金牛叶杆菌(Ph yllobacterium m yrsinacearum)的相似度为95％.[结论]从大分舌蜂巢穴虫室样品分离出的病原细菌分别属于沙雷氏菌属(Serratia)、无色杆菌属(Achromobacter)和叶杆菌属(Ph yllobacterium),从土壤样品分离出的病原真菌属于毛霉属(Mucor).     

从线粒体16S rDNA部分序列探讨厚蟹属的系统学位置

测定了天津厚蟹线粒体16S rDNA部分序列。基于天津厚蟹和方蟹科另外13种蟹类线粒体16S rDNA部分序列构建的NJ树，表明前者和弓蟹亚科7个属形成单系群，自引导值达到94％, 支持将厚蟹属从相手蟹亚科移至弓蟹亚科。     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

海洋沉积物中特有细菌类群的初步探讨

通过构建16S rRNA基因文库对中国南沙南海区沉积物中细菌多样性进行分析,并将获得16S rRNA基因序列与国际基因数据库GenBank进行相似性比较及聚类分析,结果发现来自海洋沉积物的未能培养的微生物往往组成一簇,并与现已获培养并鉴定的微生物自然分开,这一表象表明,海洋沉积物中存在特有的微生物属种。     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

海洋细菌的分子鉴定分类

从南海海底沉积物中分离到一批细菌,克隆了其中产抗菌活性物且培养形态多变的细菌ＺＳ１１０的１６ＳｒＤＮＡ,通过和比较１６ＳｒＤＮＡ的部分序列,对ＺＳ１１０进行了分子鉴定,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属的枯草芽孢杆菌种。     

一株产抗菌物质链霉菌的筛选及鉴定

从土壤中分离到一株对棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae)有较强拮抗作用的链霉菌菌株HCCB10124,研究其拮抗性表明,对10种常见的病原真菌和部分细菌有拮抗作用,但对植物病原性真菌的抑制效果高于细菌.其形态特征、培养特性、生理生化特性、细胞壁组分与链霉菌属中的白网链霉菌(Streptomyces albireticuli)相同,16S rDNA序列的同源性达99%.根据多项分类原则和系统进化树的构建分析,将该菌株初步归属于白网链霉菌.     

细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用 .目前 ,国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16SrDNA序列 ,本文利用这些已知细菌的 16SrDNA序列 ,设计了细菌种特异性的寡核苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 ,以计算机网络为载体 ,开发了界面友好的通过WWW浏览器实现对数据库查询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类及鉴定的进程 .     

16S rRNA基因的PCR-DGGE技术分析茶尺蠖幼虫肠道细菌种群结构及多样性

利用16S rRNA的PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术分析研究了茶尺蠖肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从茶尺蠖野外种群肠适中鉴定了11种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌（Wolbachia）、肠杆菌属（Enterobacter）、沙雷氏菌属（Serratia）、梭菌属（Clostridium）、肠球菌属（Enterococcus）、暂定类群EO1;其中以肠杆菌、沃尔巴克氏菌、沙雷氏菌属最为常见.另外,也鉴定了一种茶树叶绿体上的16SrRNA基因.茶尺蠖幼虫体内的共生菌多样性分析结果,将会为害虫综合治理提供一条全新的探索途径.     

秋茄和木榄耐盐内生细菌筛选及鉴定

为了改良和利用盐碱地,以秋茄(Ｋａｎｄｅｌｉａ ｏｂｏｖａｔａ)和木榄(Ｂｒｕｇｕｉｅｒａ ｇｙｍｎｏｒｈｉｚａ)为原材料,对耐盐内生细菌进行分离 并鉴定。 结果表明:从 ２ 种植物的根、茎、叶中初步分离出耐盐的内生细菌 ９６ 株,均为革兰氏阳性菌;提取各菌株的 ＤＮＡ 并扩 增其 １６Ｓ ｒＤＮＡ 序列,以 ＨｉｎｆⅠ、ＨａｅⅢ、ＭｓｐⅠ和 ＴａｑⅠ４ 种酶进行酶切,并统计遗传型,选取不同组合类型的代表菌株进行 １６Ｓ ｒＤＮＡ序列测定,通过 ＢＬＡＳＴ 比对分析并利用 ＭＥＧＡ 软件建立发育树等分子鉴定手段初步推断,所分离的内生细菌分别 为越南芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｅｔｎａｍｅｎｓｉｓ)、阿耶波多氏芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｒｙａｂｈａｔｔａｉ)、芽孢杆菌属(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ.)、白翎芽孢杆菌 (Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｅｋｒｙｕｎｇｅｎｓｉｓ)和巴氏葡萄球菌(Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉ);对这 ５ 种菌的脱氨酶活性进行测定,越南芽孢杆菌的值最高。     

一株好氧反硝化菌的特征及系统进化分析

从土壤中分离出一株好氧反硝化菌,命名为菌株HN．分离菌株呈革兰氏染色阳性,为球状或杆状,菌落颜色显橙红色．该菌株以硝酸钠为氮源时,进行好氧反硝化作用．能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长．它的部分长度16SrDNA序列分析表明,分离菌株HN与Rhodococcus ruber的16SrDNA序列具有99％相似性．实验采用PHYLIP程序对该菌株与报道菌进行系统发育进化分析。