Reappraisal of phylogenetic status and genetic diversity analysis of Asian population of Lentinula edodes

Phylogenetic relationship within the Lentinula genus is constructed based on the sequenced ITS fragments of the 60 Chinese wild L. edodes isolates and the sequence data of 48 isolates of different species from other districts downloaded from the GenBank. The 108 isolates of Lentinula genus are divided into two branches and seven groups, one branch and two groups in the New World, and the other branch and five groups in the Old World, and the isolates clustering of different groups corresponds obviously with the classification of the morphological species. Asian isolates are partitioned in group Ⅰ and Ⅴ, two of the five groups of the Old World, by which the germplasm resources status represented is of great importance shown by the phylogenetic analysis. Group Ⅴ which fills up the blank of geographic distribution has become one of the mainstream groups with an increased isolate number, while group Ⅰ has a tendency to dissimilate into two subgroups (Ia and Ib) with a huge isolate quantity and a coverage of most tested districts, suggesting that China (or Asia) is an important genetic diversity center of the natural population of Lentinula genus. Genetic analysis of Asian isolates based on groups Ia, Ib and group Ⅴ indicates that the diversity of the east coastal-land, northwestern highland and southwestern China and Himalayas districts is the most plentiful, which is the three priorities in diversity protection of Asian Lentinula population.     

内蒙古蚋类rDNA-ITS1序列分析

对内蒙古2属4亚属7蚋种rDNA-ITS1长度及序列变异进行分析。陆氏后克蚋和长鞭纺蚋的ITS1长340nt左右,宽跗副布蚋、辽宁蚋、内蒙蚋、纳克蚋和红头厌蚋的ITS1长约100nt。陆氏后克蚋的ITS1长度,可作为将后克蚋属归为蚋族的一个佐证。宽跗副布蚋的ITS1序列与近来LaRue等提出的蚋类ITS1存在由8个短保守区构成的39nt核心的这一结论仅部分相符,提示该结论的适用范围有一定限制。     

金缕梅族ITS序列分析及其系统学意义

对金缕梅亚科１５属植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５．８Ｓ编码区）序列进行分析,并构建分子系统树,初步探讨金缕梅族的系统发育,结果表明：金缕梅族呈复系演化特征,Ｊｕ桠亚族Ｊｕ木属和四药门花属是关系密切姐妹群,与蜡瓣花系统关系较近,三者共同构成金缕梅亚科最基部的分支;马岛金缕梅亚族的Ｎｏａｈｄｅｎｄｒｏｎ和毛枝花属是秀柱花族的姐妹群;金缕梅亚族金缕梅属与弗特族亲缘关系较密切,有可能可以合并成一个     

新疆羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照,从形体上挑选了4个羊肚菌子实体（其中3个来自哈密巴里坤,1个来自乌鲁木齐南山）,同时从四川绵阳某研究所购得一株高羊肚菌菌种做为实验阳性对照,为了确定收集的羊肚菌分类学地位,采用PCR技术,以rDNA—ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析,结合系统进化树确定品种归属。     

利用ITS序列对两个盐藻株的分子鉴定

对实验室长期保存的两个盐藻株(Dunaliella salina)核糖体rDNA的ITS(internal transcribed space)序列(ITS1 5.8S rDNA ITS2)用PCR技术扩增并克隆,经序列测定后,与从GenBank中获得的相关序列一起构建系统发育树.结果显示:其中一个(Dunaliella salinaSHU 01)与Dunaliella viridisCONC 002的距离最近,另一个(Dunaliella salinaSHU02)与Dunaliella salinaUTEX 1644的距离最近.因此分别命名为Dunaliella viridisSHU与Dunaliella salinaSHU.     

重庆荣昌犬钩虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链式反应(PCR)扩增犬钩虫rDNA的ITS及5.8S序列,然后将PCR扩增产物回收纯化后连接 到pMDTM19-T载体上进行克隆.重组质粒通过菌落PCR鉴定,将阳性重组质粒进行序列测定并且进行序列分析. 结果显示,5株犬钩虫荣昌分离株ITS序列的总长为833bp~834bp.ITS-1序列总长无差异,但存在个别碱基的 差异;5.8S序列总长与序列均无差异;ITS-2序列总长存在差异(221bp~222bp).通过与GeneBank上报道的其 他钩虫的ITS序列进行相似性分析,发现犬钩虫荣昌分离株(RCF)与犬钩虫广州分离株相似性最高,为99.9%, 与美国北海狮弯口属钩口线虫ITS序列的相似性最低,为86.1%.表明ITS可作为分子标记用于犬钩虫种属以及 种间的鉴定.该研究结果旨在为今后犬钩虫的分类鉴定、种群遗传关系、分子流行病学调查以及对该病的防治等方 面的更深入研究奠定基础.     

rDNA-ITS序列分析鉴定块菌伴生真菌

分离攀枝花地区野生块菌伴生真菌,经PCR扩增其rDNA-ITS序列,测序并分析其序列信息,初步鉴定了7种块菌伴生真菌.系统进化树分析将供试真菌分为3大类群:植物腐生真菌、动物病原真菌及植物内共生真菌.     

基于NCBI单基因ITS序列的散囊菌目系统发育学探讨

为了从分子水平探讨散囊菌目的系统发育关系,利用NCBI的Taxonomy,SIF等数据库中的散囊菌目物种信息及GenBank中已有的rDNA ITS序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建散囊菌目属一级水平的系统发育树.结果表明:散囊菌目的4个科中的27个属聚为2大枝1小枝,单基因ITS序列的分析结果与散囊菌目的4个科的分类结果不完全一致.     

野山参与园参rDNA-ITS序列比较分析

目的比较野山参与园参rDNA-ITS序列差异,寻找其DNA分子鉴定方法.方法提取野山参与园参总DNA,扩增其ITS序列,运用Clustal X等软件比较分析野山参与园参ITS序列特征.结果野山参与园参经PCR扩增后分别获得700 bp和500 bp两条条带.其中对野山参和园参的700 bp条带测序分析后未发现差异位点,而二者的500 bp条带测序结果相似性仅为38%.结论该结果为野山参的鉴别提供了实验依据.     

肠炎沙门氏菌2种rDNA 16s—23s基因间隔区序列分析

采用凝胶分离ＰＣＲ产物的方法，对肠炎沙门氏菌中种ｒＤＮＡ１６ｓ－２３ｓ基因间隔区进行克隆和序列分析。肠为沙门氏菌小ｒＤＮＡ１６ｓ－２３ｓ基因间隔区，全长３５４个碱基对，包含１个谷氨酸ｔＲＮＡ基因。大ｒＤＮＡ１６ｓ－２３ｓ基因间隔区，全长５１８个碱基对，其中包含异亮氨酸和丙氨酸２个ｔＲＮＡ基因。它们分别与大肠杆菌的２个ｒＲＮＡ操纵子ｒｒｎＥ和ｒｒｎＨ有较高的序列相似性。肠炎沙门氏菌大ｒＤＮＡ１６ｓ－     

羊大片吸虫龙岩分离株ITS基因的克隆及序列分析

应用PCR方法扩增龙岩地区羊片形吸虫分离株ITS序列,经克隆、测序后获得ITS全长序列944bp,其中ITS-1为421bp,ITS-2为361bp;通过在肝片吸虫和大片吸虫ITS种间鉴别位点上的序列分析表明,从龙岩地区羊体内分离的片形吸虫虫种属大片吸虫(命名为FgLY)。与国内外大片吸虫的进化分析表明,FgLY与中国云南的2个分离株处在一个小分支,亲缘关系最近。该结果为羊大片吸虫的进一步生物学研究和片形吸虫病的预防奠定了基础。     

应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.     

新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析

采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。     

光柄筒冠花核糖体DNA ITS区序列

测定中国特有植物光西风筒化的ＩＴＳ区序列,分析了其结构特征,Ｇ＋Ｃ百分含质量及序列变异性,并比较了光西风筒冠花与其他被子植物的ＩＴＳ区序列特征。光柄筒冠花的ＩＴＳ区和５．８Ｓ ＤＮＡ的总长度为６０９个核苷酸。其中ＩＴＳ－１为２０７ｂｐ,ＩＴＳ－２为２３６ｂｐ,５．８ＳｒＤＮＡ为１６６ｂｐ;总的ω（Ｇ＋Ｃ）为５９．１１％,其中ＩＴＳ－１为６４．２５％,ＩＴＳ－２为５７．６３％和５．８ＳｒＤＮＡ为５３     

贵州地区蜘蛛抱蛋属植物ITS1区序列分析及其亲缘关系研究

从贵州不同地区采集的5株蜘蛛抱蛋属植物,采用直接测序对其核糖体DNA内间隔区(ITS)序列进行测定,用于分析蜘蛛抱蛋属植物间的亲缘关系。测序结果提示该植物的ITS1区域的GC%在62.7%～68.85%之间,有121个变化位点,提示可用于对形状相似的蜘蛛抱蛋属植物进行分子生物学分类和用于系统发育分析。     

海水鱼类寄生本尼登虫的ITS1 序列

从不同的海水鱼上采获一批本尼登虫(单殖纲、分室科、本尼登亚科),其中部分标本经形态学研究后仍不能定种．本文采用PCR扩增及DNA序列测定的分子生物学方法,对棘鳞鳗本尼登虫、玫氏新本尼登虫、新本尼登虫未定种1和新本尼登虫未定种2的rDNA基因的TIS1序列进行了研究．结果表明：新本尼登虫未定种1和新本尼登虫未定种2与玫氏新本尼登虫的TIS1序列非常相似,差异率为0．7％(小于1％),应为同一个种．而本尼登虫与新本尼登虫间的差异在33％以上．本研穷弥补了本尼得类单殖吸虫形态分类的某些不足．     

粉褶菌属一中国新记录种——棱柱孢粉褶菌

在形态学研究、分子系统发育分析的基础上,报道了粉褶菌属一中国新记录种——棱柱孢粉褶菌Entoloma prismaticum.该种的主要特征是子实体半地下生,腹菌化,近球形至不规则形,有较大的刺鼻性气味,包被黄褐色至红棕色,担孢子淡黄至淡粉色,五角,棱柱形,大小为10.6 μm × 9.7 μm.该新记录种的发现,既有助于深入探究粉褶菌属系统分类与演化,也丰富了我国大型真菌的物种多样性.凭证标本存放于汉江师范学院真菌标本室(HMHNU).     

两种眼蚤rDNA ITS1序列的克隆与分析

首次研究伏河眼蚤异常亚种Ophthalmopsylla volgensis extrema Ioff et Scalon,1953和长突眼蚤Ophthalmopsylla kiritschenkoi Wagner,1930 rDNA第一内转录间隔区（ITS1）序列,并比较两者差异,为蚤类分子系统发育的研究提供重要的基础...     

金针菇液体深层发酵多糖的提取与测定

金针菇液体深层发酵醪中,母液和菌丝体内分别含有胞外多糖、胞内多糖,在母液中加入一定体积９５ ％ 乙醇,得到胞外粗多糖;菌丝体烘干后,粉碎过筛,水浴提取胞内粗多糖。采用蒽酮比色法测定粗多糖中纯多糖的含量。