锚定PCR(Anchored PCR): 一种新的染色体步行方法

基于PCR的技术是克隆已知DNA片段侧翼序列的最常用方法．到目前为止，这些方法大致可以分为3种类型：反向PCR(inverse PCR)、连接介导的PCR(1igation-mediated PCR)和随机引物PCR(randomly primed PCR)．反向PCR是使用最早的方法，其原理是用限制性内切酶消化基因组总     

耐热DNA聚合酶抑制剂的去除

聚合酶链反应(PCR)技术由于能使很少量基因组DNA的特异基因片段考贝数大量、迅速地扩增而受到普遍重视。在人类遗传病的基因诊断、癌基因研究、传染性疾病致病源的检出以及分子生物学多方面的研究中得到广泛应用。但经常遇到有些DNA样品在PCR后不能得到特异扩增区带或扩增效率极差,说明这些DNA样品中存在着一种耐热DNA聚     

整株麻黄化石的发现及其对麻黄科(尼藤目)形态、生态和演化的启示

虽然已有很多关于麻黄科化石的报道, 但是其作为整株植物保存下来的并不多见. 正是由于对于部分保存的化石材料缺乏信任, 通过DNA序列分析来研究麻黄的现代生物学家怀疑麻黄的早期起源进而提出了麻黄的近代起源说. 为了进一步增进对麻黄植物历史的了解, 报道了来自辽宁省早白垩世义县组整株保存的麻黄化石——洪涛麻黄(新种). 这些化石具有麻黄的典型特征, 如灌木习性、交互对生的分支方式、带有珠孔管的顶生雌性单位. 这些整株保存的化石为麻黄的早白垩纪录提供了强有力的支持, 有助于消除目前关于麻黄起源时间的争议, 并对人们了解麻黄科植物的形态、生活习性、生态和演化有所裨益.     

云南4个少数民族的随机扩增多态DNA分析

1990年,Williams和Welsh领导的2个小组几乎同时独立地发展起来一项新技术,即随机扩增多态DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD).该技术通过PCR进行DNA扩增,所用引物是G C含量为50%—70%的单个随机短引物,这些引物在一定的退火条件下能与基因组DNA中的互补顺序配对,启动DNA的合成.RAPD具有以下特点:(1)无需预先知道受试有机体基因组DNA的序列,因而能应用于所用的生物体;(2)绝大多数     

外显子、内含子与进化

DNA含有化石化的标点记号。两年前,马迪孙、威斯康辛大学生物化学中心的Periannan Senapathy曾预言这类成份的存在,支持他的关于DNA构建起源的假说。如今通过查找遗传信息的计算机数据库,发现了这些成份。     

人类染色体11q23→qter区带显微切割及绘画

1989年 Lüdecke 首次将 PCR 技术引入显带染色体的微切割、微克隆领域获得成功,开创了在人类染色体上直接获取特异性区带 DNA 探针池,定向克隆基因的新途径.本研究用显微切割、PCR 技术获得了瘤基因 CBL_2所在区段的11q23→qter 专特性 DNA 探针池、并用免疫荧光染色体原位杂交法证实其专特性和完整性.     

探秘失落的古人类家园

正西伯利亚的丹尼索瓦洞穴出土了迄今为止最令人着迷的化石。而位于青藏高原的白石崖溶洞中发现的一块下颌骨表明,丹尼索瓦人曾分布在亚洲的大部分地区。过去的10年里,西伯利亚的丹尼索瓦洞穴出土了一些至今最令人着迷的化石。用肉眼看,它们没什么特别——无非就是几颗牙齿,几块骨头。但是这些化石含有的DNA可以追溯到数万年前。这些遗传物质表明丹尼索瓦人是人类进化的独特分支,     

知识卡片

PCR是聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction)的缩写,是上世纪80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的穆利斯(Mullis)等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。其原理类似于DNA的体内复制,只是在试管中给DNA的体外合成提供以致一种合适的条件,能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断;可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。过去几天几星期才能做到的事情,用PCR几小时便可完成。PC…     

新技术能使DNA测序的成本降低多少?

1977年,Sanger及其同事发明出最早的DNA测序技术,1990年开始的人类基因组计划催生了DNA测序技术的自动化.近10多年来,新一代测序技术得到了飞速的发展,测序速度及测序通量的巨大提升使得个人基因组的测序成本急剧下降,达到了1000美元一个全基因组的水平,从而使得DNA测序技术在生命科学研究领域以及临床医学上有着更广阔的应用前景.近来出现的第三代测序技术具有测序过程中无需PCR扩增而且产生非常长的测序片段的优势.尽管其测序的准确性只达到85%左右且成本高,但仍然显示出了较好的前景."精准医学"时代的来临将进一步促进DNA测序技术的革新,并使个人基因组测序成本进一步下降,有望使个人基因组测序成本进入百美元的时代.随着海量的测序数据的积累,如何有效地分析和解读这些测序数据面临着巨大的挑战,生物信息学在此过程中扮演着关键的角色.     

如何复活灭绝动物?

几十年来,受到热捧的恐龙一直在吸引着人们的眼球,并激发了关于恐龙的许多想象,最异想天开、最具挑战力的想法就是让恐龙复活. 《侏罗纪公园》的创作者迈克尔·克赖顿提议,我们可以从琥珀里保存完好的吸血昆虫体内获得恐龙的DNA.好消息是:琥珀(变成化石的树液)里有时确实能将一些生活在远古时代的昆虫化石完好地保存下来;坏消息是:我们无法通过这种方式获得可用的DNA.问题在于受到了DNA分子半衰期的限制.     

王百合单染色体DNA文库的构建

以王百合为模式植物建立了简单快速分离植物单染色体及扩增和克隆其DNA的方法 ,即显微操作分离单个染色体并放入Eppendorf管中 ,经Sau 3A酶切后在染色体DNA片段两端加上Sau 3A寡核苷酸人工接头 ,然后以寡核苷酸人工接头中的一条链为引物进行两轮PCR扩增 .PCR产物为 30 0～ 2 50 0bp ,多数为10 0 0bp左右 ,经Southern杂交证实PCR产物来自王百合基因组DNA .对单染色体第二轮PCR产物进行克隆 ,构建单染色体DNA文库 ,得到约 10 0 0 0 0个重组子 .对其中 84个重组子进行分析 ,插入片段为 30 0～180 0bp ,平均为 780bp .与以往方法相比 ,此方法避免了在纳升体积内酶解、连接等操作 ,扩增底物只需一条染色体而不是以往的几十条 ,而且克隆片段 (平均 780bp)大于以往的报道 (平均 6 50bp) .     

“纳米粒子PCR”中纳米金与聚合酶相互作用机制探讨

纳米粒子PCR”是一种新型的优化DNA扩增的方法, 在提高扩增特异性, 增加扩增灵敏度以及加快反应速度等方面展现了特殊的优化效果. 研究发现在PCR反应中,聚合酶可以消除纳米金导致的抑制; 而纳米金可以改变DNA聚合酶浓度-酶活性曲线的平衡点, 增加DNA的合成量, 同时高浓度聚合酶的活性可以通过添加纳米金得到恢复. 在此基础上提出纳米金通过调控DNA聚合酶影响PCR反应的可能机制.     

一种方便、无PCR过程的DNA shuffling方法

目前大多数的DNA shuffling方法都需要PCR过程. 由于一些限制内切酶的识别位点与切割位点不重叠而产生不同的黏性末端, 当再连接的时候, 同源片段之间就可以混合起来按照正确顺序组装成新的嵌合体分子. 利用这种性质, 构建了一种新的、无PCR过程的、简便的shuffling方法.     

PCR拟用于法庭取证

自80年代初．诺贝尔奖得主K·穆利斯（KaryMullis）首次采用聚合酶链式反应技术（PCR）以来．PCR技术作为一种快速检测微量特殊DNA序列的方法，在DNA分析的研究中．得到了广泛重视。在过去5年中，PCR技术令人信服地渗透到美国刑事司法体系的棘手领域如法医中的人的鉴定，血缘关系测试等。DNA分型方法首次为法庭提供证据是在1988年。从那以后，该技术在150多次法庭审判中起了重要作用。目前，至少有13个签约实验室为美国刑事案件进行DNA实验。PCR方法用于法医鉴定，是为了最大限度地简化商品化检测，又是对普遍使用的限制性长度多…     

广东深圳地区侏罗纪植物化石的发现及意义

对海陆相三叠-侏罗纪之交重大地质生物事件的探究无不依赖于对地层格架和动植物化石多样性的深入研究.我国广东地区广泛发育的海陆交互相三叠-侏罗纪沉积是华南早中生代重要的含煤地层.但是长期以来,对于本区早侏罗世含海相动物化石的金鸡组一直没有植物化石的公开研究记录,制约了对该地区侏罗纪植物化石系统学和多样性的了解与认识.本文报道近年来在深圳大鹏半岛南澳地区金鸡组发现的一批重要植物化石标本,初步查明了其分类学属性、保存状况和多样性特征.该植物群以形态保存密集、羽叶和茎干连生、本内苏铁叶化石与生殖器官化石Williamsoniella同时保存等为特征,代表了一个以本内苏铁植物耳羽叶(Otozamites)为主导的早侏罗世植物群落.这批植物化石不仅代表深圳地史时期植物群的首次发现,也是广东和珠江三角洲(岭南)早侏罗世植物化石的首次报道.对这些植物化石材料的深入研究,将有助于广东早中生代含煤地层的对比,加深对华南三叠-侏罗纪转换时期植物化石多样性演变的认识,为深入探究该地区古生态、古气候和古地理环境的变迁提供陆生植物学证据.     

利用RAPD对大豆属植物系统学研究的初报

DNA分子操作技术的发展,使生物学家能够在DNA水平上进行基因组差异的分析.RFLP是最近十多年发展起来的用于基因组研究的方法.它已被广泛应用于生物进化、起源、群体遗传等领域.但是对于那些高度自交,遗传背景狭窄的物种测难以有效地利用RFLP进行基因组分析.1990年Williams和Welsh同时开创了利用人工合成的短核苷酸引物经PCR反应进行基因组DNA多态性分析的新方法,即 RAPD技术(Random amplifiedPolymorphic DNAs).由于这一技术能快速、有效地进行基因组DNA多态性检测.因此虽然其诞生时间很短,但已广泛应用于基因组研究的各个方面.     

三丙二酸富勒烯对DNA限制性内切酶和Taq DNA聚合酶活性的抑制作用

采用具有HindⅢ和EcoRⅠ单一酶切位点的pEGFP-N1超螺旋型质粒为底物, 检测三丙二酸富勒烯(trimalonic acid C₆₀, TMA C₆₀)对DNA限制性酶切反应的作用. 同时以该质粒为模板, 测定TMA C₆₀对Taq DNA聚合酶催化的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)的影响. 酶切产物与PCR扩增产物均通过琼脂糖凝胶电泳来显示. 实验发现, 在质粒酶切体系或PCR体系中添加TMA C₆₀后, 酶切或扩增产物的生成量均显著减少. TMA C₆₀的作用存在浓度依赖性, 对HindⅢ, EcoRⅠ两种酶切反应和PCR的半抑制浓度IC₅₀值分别为16.3, 6.0, 6.0 μmol/L. 两种活性氧清除剂L-抗坏血酸-2-磷酸酯镁和叠氮化钠在浓度为2～10 mmol/L时, 不能拮抗TMA C₆₀对PCR和两种酶切反应的抑制作用. 但是, 在PCR体系中增加Taq DNA聚合酶能够拮抗TMA C₆₀的作用. 这些结果表明, TMA C₆₀能够抑制上述3种DNA代谢相关酶的活性, 其作用可能与活性氧无关.     

致病性念珠菌DNA的AFLP指纹图谱

半知菌亚门中的念株菌(Candida)约有20个种是人体呼吸道,胃肠道,皮肤及生殖器官的常见腐生菌,它们还是AIDS患者念株菌性鹅口疮、食道炎及侵袭性感染常见的原因.通常的血清学鉴定方法是以不同菌体表面多糖抗原物质的差异为依据,但由于念珠菌有些菌体间抗原物质很相似,相互间有交叉反应,因此很难反映出实际的感染情况;而传统的表型分型法除了受环境因素和真菌本身变异的影响外,还受到实验本身重复性差,操作过程繁琐以及实验结果的判断有时并不十分明确等诸多因素的干扰.因此,建立一种稳定、快速、准确的致病性念珠菌基因分型鉴定方法在临床上对指导诊断和治疗具有重要的意义.由Zabeau等人1992年创立的AFLP(Amplified fragment length polymorphism)技术是目前国际上构建DNA指纹图谱的最新方法之一,该方法结合了RFLP(Restriction frag-ment length polymorphism)技术和RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术的特点,使用人工接头(Adapter)与限制性内切酶酶切的基因组DNA片段连接并以此为DNA模板,合成系列3’-末端随机变化数个碱基且与人工接头序列相互补的PCR引物进行PCR特异条件扩增,经电泳检测后可获得DNA指纹图谱.本研究针对临床上常见的8种致病性念珠菌,以Pst I酶切基因组DNA构建了致病性念株     

用多聚酶链式反应快速检测转化细胞中外源人凝血因子重Ⅸ cDNA

多聚酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)是利用人工合成的寡聚核苷酸引物和DNA多聚酶进行体外DNA扩增,这是近年迅速发展起来的分子生物学技术。这一技术已在基因诊断、突变检测、多态性研究和核苷酸顺序分析等方面得到应用。在基因转移和基因治疗中,常常有必要对转化细胞进行DNA分析,检测区分外源DNA和基因组DNA。常规用的方法不仅需要大量细胞,而且需要同位素标记的探针和Southern杂交,整个过程既麻烦又费时。本文介绍我们用PCR技术,对转有外源基因——人凝血因子IX cDNA的血友病B患者的原代皮肤成纤维细胞和其他转化细胞进行的直接检测和DNA分析。     

前景看好的基因扩增新技术

象PCR技术在基础分子生物学中所起的作用一样,连接酶链反应(LCR)集DNA扩增与遗传检测于一体,将对DNA诊断学的发展起巨大的推动作用