大蒜病毒的快速检测

为建立一种快速便捷的检测大蒜病毒的方法,首先以4个大蒜产区的蒜种为材料采用传统的RT-PCR方法分析我国大蒜的主要病毒类型,在此基础上优化RT-PCR方法,建立大蒜病毒的快速检测方法.传统RT-PCR扩增到的序列经测序分析表明我国大蒜主要病毒类型为大蒜潜隐病毒GLV、马铃薯Y型病毒和大蒜新型病毒,通过优化RT-PCR方法、扩增模板、反应体系和循环次数,结果表明采用两步法RT-PCR方法,直接以RNA酶A处理的大蒜叶片Trizol裂解液为模板,经过40-45轮扩增循环,可以扩增到我国主要3种大蒜病毒,这为大蒜病毒的快速诊断提供技术支持.     

B病毒PCR检测方法的建立

目的建立B病毒核酸的PCR检测方法。方法设计引物,用PCR方法扩增B病毒,并验证其灵敏性和特异性。结果引物P1、P2及P3、P4在以B病毒为模板时有特定大小的目的片段出现,在以其他病毒为模板时无目的片段出现;引物P5、P6以B病毒和人单纯疱疹病毒I型(HSVI)为模板能扩增出382bp的产物,经SacⅡ酶切后,B病毒产生176bp和206bp的两个片段,HSVI无变化。结论通过PCR方法成功的区分开B病毒,并且鉴定区分了B病毒和HSVI。     

马铃薯病毒一步法RT-PCR诊断研究

运用一步法RT-PCR对马铃薯和烟草中的马铃薯X病毒、马铃薯Y病毒和马铃薯卷叶病毒进行了检测,实验表明:对酚-SDS方法提取的病毒核酸进行扩增,一步法RT-PCR检测到的扩增产物的灵敏度较两步法RT-PCR的高100倍左右.两种提取方法对比,用一步法RT-PCR进行扩增,检测到的PEG法扩增产物的灵敏度较酚-SDS法扩增产物的灵敏度高3倍.建立了快速、简便、灵敏度高、特异性强的马铃薯病毒一步法RT-PCR检测技术.     

大熊猫粪便样品中犬瘟热病毒的检测

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒(CDV)N基因序列,设计合成1对特异性引物,以犬瘟热病毒疫苗中提取的RNA为阳性模板建立了快速检测CDV的RT-PCR方法,结果显示,所建立的CDV RT-PCR扩增得到与理论设计值大小一致的456 bp的特异性片段,对犬细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、大肠杆菌(E.coli)和新城疫病毒(NDV)的扩增结果均为阴性;最低可检出约1.53×10~2拷贝/μL的核酸;重复性试验结果表明,该方法检测重复性好.此方法对成都大熊猫繁育研究基地的37份眼观正常的大熊猫粪便样品检测,未检测出犬瘟热病毒,与胶体金试纸卡检测结果一致.     

应用TD-PCR技术和限制性内切酶技术鉴定猴B病毒

从DNA水平上鉴定猴B病毒,并区别人单纯疱疹病毒(HSV-1);用PCR技术对猴B病毒和HSV-1进行扩增,并用限制性内切酶技术对扩增产物进行酶切,对PCR扩增产物和酶切产物进行电泳;电泳结果显示猴B病毒和HSV-1的PCR扩增产物为128 bp,酶切后,B病毒能产生72 bp和56 bp片段,而HSV-1不能产生酶切产物;该方法能较好地鉴定猴B病毒,同时也将有密切抗原关系的HSV-1区分开来.     

应用TD—PCR技术和限制性内切酶技术鉴定猴B病毒

从DNA水平上鉴定猴B病毒，并区别人单纯疱疹病毒(HSV-1)；用PCR技术对猴B病毒和HSV-1进行扩增，并用限制性内切酶技术对扩增产物进行酶切，对PCR扩增产物和酶切产物进行电泳；电泳结果显示猴B病毒和HSV-1的PCR扩增产物为128bp，酶切后，B病毒能产生72bp和56bp片段，而HSV-1不能产生酶切产物；该方法能较好地鉴定猴B病毒，同时也将有密切抗原关系的HSV-l区分开来。     

犬瘟热病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

根据Barrett发表的犬瘟热病毒 (CDV)Onderstepoort弱毒株融合蛋白 (F)基因序列 ,设计合成了一对寡聚核苷酸引物 ,并以南京农业大学惠赠的Onderstepoort标准株反转录产物为模板 ,建立了CDV的RT PCR方法 ,并应用于CDV的诊断。结果表明 ,以该对引物 ,只能从CDV ONP标准株反转录产物中扩增出大小为 32 4bp的核苷酸片段 ,与理论设计值大小一致 ,而正常Vero细胞和同为副粘病毒科的新城疫病毒 (NDV)作为对照 ,病毒扩增结果为阴性。RT PCR可检出 1μl作 10 6倍稀释的CDV ONP标准株反转录产物 ,说明其具有很高的敏感性。应用试验结果 ,可从感染CDV犬的组织病料中提取RNA ,反转录产物中也扩增出 32 4bp的核苷酸片段。通过本研究不仅建立了敏感性、特异性好的CDV的RT PCR检测方法 ,也为F基因的克隆和序列测定及表达奠定了基础。     

对虾桃拉病毒(TSV)RT-PCR快速诊断技术的研究

对虾桃拉病毒(Taura Syndrome Virus，TSV)最早于1992年在凡纳对虾(Penaeus vannamei)体内发现，此病毒是对虾养殖业危害较严重的病毒之一．将该病毒基因组的一段序列克隆至转录载体pSP64(PolyA)上。经体外转录、磁珠法分离、纯化获得了人工的TSV-RNA模板；用定量的TSV-RNA阳性对照模板进行RT-PCR条件优化。灵敏度检测以及样品制备方法等试验，结果表明：RT-PCR检测的灵敏度可达到0．1fg，相当于100个病毒粒子；所制备的样品对病毒RNA的逆转录及扩增无抑制，适合于对虾桃拉病毒快速检测．     

可视化LAMP技术快速检测新冠病毒的方法

根据时代需要,利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplifcation,LAMP)对新冠病毒进行快速检测,以研发出新冠病毒检测试剂盒.通过NCBI公布的新冠基因组序列分析,获得新冠病毒特异性N蛋白基因的序列;根据该序列信息,在线设计的几对环介导等温扩增引物以供筛选,并利用新冠病毒全基因的反转录质粒,同时通过大量的实验尝试,得到较为稳定的环介导等温扩增体系,再加入具有逆转录活性的Bst 3.0 DNA聚合酶,使体系可扩增RNA模板,最后通过加入适量染料,完成反应结果的可视化.通过不断的实验优化,得到了较为稳定的扩增体系如下:2×Lamp Master Mix 12.5μL,Bst 3.0 DNA聚合酶0.5μL,内引物FIP、BIP(10μM)各2μL、外引物F3、B3(10μM)各0.5μL、模板1μL、ddH2 O 7μL,该体系在65℃下水浴加热1 h即可,同时在体系中加入MnCl2溶液(15 mM)1μL、钙黄绿素(500μM)3μL,使反应结果肉眼可断,加入模板的体系变为绿色,而未加模板的体系为棕黄色.结论:本实验研究的可视化LAMP检测新冠病毒的方法可用于对广大人民群众进行新冠病毒核酸检测.     

一种马铃薯病毒RT-PCR诊断新方法

对传统的植物病毒RNA苯酚提取法进行改进;同时设计并优化单管RT-PCR(O ne-tube RT-PCR)方法,使传统的RT-PCR两步反应在一个反应体系中同时进行,依据马铃薯Y病毒和马铃薯S病毒的基因组RNA保守序列设计2套特异性引物,采用上述新建立的检测方法对染病的马铃薯叶片组织进行病毒检测,结果与G eneB ank中报道的这两种马铃薯病毒核苷酸序列进行B last比较,同源性达到96%以上,用这种新型诊断方法对马铃薯病毒核酸进行了浓度检测,实验结果证明,这种新型马铃薯病毒诊断方法具有可靠、快速、简便等特点.     

马铃薯卷叶病毒基因组保守序列片段的RT—PCR扩增

从感染马铃薯卷叶病毒的植株中提取马铃薯卷叶病毒总RNA,针对马铃薯卷叶病毒基因组,其中的2个保守序列分别设计并合成了1对寡聚核苷酸引物,用反转录-聚合酶链式反应方法从提取的病毒RNA材料中扩增出符合设计大小的240bp、400bp的特异性产物,对照的健康植株中未扩增出相应产物。     

Construction of single-chromosome DNA library fromLilium regale Wilson

A protocol of simple rapid microdissection of single-chromosome, amplification and cloning of its DNA fromLilium regale Wilson is described. Single-chromosome, microdissected by micromanipulator, was put into a 0.5 mL Eppendorf tube and digested with Sau3A, and then the Sau3A linker adaptors were ligated to the ends of DNA fragments. After 2 rounds of PCR amplification with one chain of linker adaptor as primer, the PCR products thus obtained have a length of 300–2500 base pairs (bp) with predominant fragments at about 1000 bp. Southern blot analysis confirmed that the PCR products originated from the genome ofLilium regale Wilson. By cloning the amplification products from the second round of PCR, single-chromosome DNA library was constructed, in which about as many as 100000 recombinant clones were produced. A total number of 84 clones were analysed, and it was revealed that the inserts ranged in size from 300 to 1800 bp, with an average of780 bp. Compared with the methods described in other literature, this protocol, eliminating the need for enzymatic digestion and ligating micromanipulation of chromosomal DNA in nanoliter volumes, permits the efficient amplification of single chromosome (not tens of chromosomes as reported before) and the fragments (780 bp in average) cloned in this study are longer than those reported before (650 bp in average).     

一种分子量标准的引物定位合成

分子量标准引物定位合成(Marker Primer-directed Synthesis,简称MPDS)乃一种DNA碱基对梯度片段的简易合成术。该方法用两套不同的引物进行靶DNA的PCR扩增。一套为范围引物,决定每一梯度片段的绝对长度;另一套为间隔引物,决定两个梯度片段之间的大小差异。用这种技术得到的梯度片段,可用作分析DNA片段大小的分子量标准。目前已用此方法成功地合成了90～204bp范围内以6bp为梯度的分子量标准,对在经溴乙锭或硝酸银染色的聚丙烯酰胺凝胶上进行微卫星的分型特别有用。     

石蒜单染色体的显微分离及体外扩增

建立了石蒜单染色体的分离及体外扩增的方法。石蒜根尖经卡诺固定液固定后，再用果胶酶和纤维素酶酶解处理，制得标本，在倒置显微镜下，用自制的毛细管针挑取目的的染色体。将分离的石蒜染色体放入0．2mLEppedorf管中，经蛋白酶K处理后，进行DOP－PCR扩增，获得DNA片段。琼脂糖凝胶电泳显示扩增产物的长度大约为100－5000bp。此法为构建石蒜单染色体基因组库和筛选其特异性探针奠定了基础。     

瑞氏木霉内切-β-1,4葡聚糖酶基因Egl1的分子改造

为了提高瑞氏木霉(Trichoderma reesei)的纤维素酶活力,用分子改造的方法改造其内切-β-1,4葡聚糖酶基因Egl 1.用DNase I消化EglL 1,回收50～200bp的片段,用T4 DNA连接酶连接回收的片段,进行PCR反应,将PCR产物转入瑞氏木霉原生质体,用比较滤纸酶活力的方法筛选纤维素酶活力...     

尼罗罗非鱼主要组织相容性复合体IA基因克隆与多态分析

采用touchdownPCR和RACE技术,获得了两条尼罗罗非鱼MHCIA基因3’端的新序列,其长度均为957bp,分别命名为orni—DAA$0101和orni—DAA 0102,其分别编码了两种新发现的等位基因亚型。两条新序列均包含666bp的CDS区和291bp的3’-UTR区,CDS区包含了部分多肽结合区、全部的IGC区以及跨膜区和胞质区同源性比对显示,cDNA序列分别在388bp和426bp处发生了碱基转换,而其编码的氨基酸序列在第130位点存在谷氨酸与赖氨酸的差异．首次发现相对保守的IGC区也存在变异．研究结果对于揭示尼罗罗非鱼MHCIA基因的多态性及其与高抗病性的相关性有重要价值。     

猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪轮状病毒三重PCR检测方法的建立

通过设计三对引物分别扩增猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)及猪轮状病毒(RV)的特异性基因,建立了一个能对TGEV、PEDV及RV感染鉴别诊断的三重PCR方法。该方法能同时检测TGEV的M基因252bp片段、PEDV的N基因540bp片段及RV的VP7基因412bp片段,而对CSFV、PCV2、PRRSV、PRV等无扩增,其检测TGEV、PEDV及RV的极限为100pg核酸/μL;用该方法对临床收集的26份粪便样品进行检测,结果表明:建立的多重PCR方法具有特异性强,强灵敏度高等特点,能用于临床诊断及流行病学调查。     

实验动物雪貂阿留申病病毒核酸检测方法的建立

目的 建立阿留申病病毒PCR检测方法,以用于实验动物雪貂阿留申病病毒的检测。方法 参考Genebank中阿留申病病毒核酸VP2基因序列设计一对引物,建立PCR检测方法,进行特异性、敏感性测试,并对实验雪貂粪便样品进行筛查。结果 测序结果显示,使用设计的引物可特异性地扩增获得阿留申病病毒的VP2中531 bp基因片段;在常见实验动物DNA病毒,小鼠多瘤病毒、小鼠细小病毒、犬细小病毒、疱疹病毒、鼠痘病毒、仙台病毒、小鼠腺病毒中均未扩增出目的条带;以目的片段核酸为模板测试该方法敏感性,检测下限达到90. 6 copy/μL。应用该方法对39份雪貂粪便样品进行检测,未检测出阿留申病病毒核酸阳性。结论 本研究建立的方法具备一定的特异性和敏感性,可作为实验动物雪貂中阿留申病病毒感染病原筛查的方法。