赣南脐橙柑橘黄龙病株内生细菌群落多样性研究

柑橘黄龙病发病组织除病原菌韧皮杆菌外,还可能有影响黄龙病菌生长的伴生细菌。利用LB培养基和橙汁培养基对黄龙病株脐橙叶片的内生细菌进行分离培养,通过16S r DNA高通量测序技术对未培养和培养后的内生细菌进行分类鉴定以及菌群结构比较分析。结果表明,未处理叶片中Anderseniella属占90%以上,LB培养基中的优势菌属是肠杆菌属(Enterobacter),而在橙汁培养基中培养后,肠杆菌属和短小杆菌属(Curtobacterium)是优势菌属。3个样本中共有的菌属有11个,且未培养样本中有12个特有菌属。脐橙黄龙病叶片内生菌经培养后,菌群结构会发生明显变化,且不同培养基对菌群结构影响较大。研究结果对于黄龙病菌伴生菌的筛选具有一定的参考价值。     

黔东北喀斯特土壤放线菌多样性研究

为探明贵州喀斯特区域土壤放线菌分布特点及其多样性特征,从黔东北区域采取土样61份,采用平板稀释法,利用3种培养基分离放线菌,通过形态特征、分子鉴定及16S rDNA系统发育分析鉴定放线菌,并对部分菌株进行抗菌活性测试。结果从土样中共分离出80株放线菌株,经初步鉴定排重后,选取22株进行分子鉴定,经16S rDNA序列分析,分属于链霉菌属(17株)、诺卡氏菌属(2株)、小单孢菌属(2株)、高温单孢菌属(1株),链霉菌属放线菌占了77%。并有5株放线菌分别对大肠杆菌(3株),金黄色葡萄球菌(3株),青霉菌(2株)具有抑菌性。本研究初步揭示了黔东北喀斯特土壤放线菌多样性和丰富度,为贵州喀斯特土壤放线菌分布和多样性研究奠定了基础。     

不同分离培养基对检测废水中微生物种群多样性的影响

用 3种不同培养基 (YPG、LB、WW)从焦化废水处理系统中分离培养细菌 ,并用 ERIC-PCR指纹分析的方法 ,对分离物的种群多样性进行了比较研究 .同一悬浮污泥样品在 YPG、LB和 WW培养基上的活菌计数结果分别为 1 .6× 1 0 6 CFU/ ml、7.0× 1 0 5CFU/ ml和 9.8× 1 0 5CFU/ ml.选取最适稀释度 (1 0 - 4) ,分别从 YPG、WW和 LB三种不同培养基平板上分离了 5 6、3 9和 60株菌株 .用 ERIC-PCR指纹图的方法分析这 1 5 5株菌株的多样性 ,结果显示 ,废水培养基 (WW)的选择性最强 ,3 9株分离物只显示 1 2种不同的指纹类型 ;而 YPG培养基的选择性相对较低 ,5 4株分离物中共有 3 0种不同的指纹类型 ,多样性明显 ;LB培养基上因有 2 8%的小菌落无法用 ERIC序列扩增 ,故不能用此方法对其多样性作有效评价 .至此 ,本次实验就分离焦化废水处理系统中的细菌及对分离物进行分子多样性的研究而言 ,选用 YPG培养基最合适 .     

不同分离培养基对检测废水中微生物种群多样性的影响

用3种不同培养基(YPG、LB、WW)从焦化废水处理系统中分离培养细菌,并用ERIC-PCR指纹分析的方法,对分离物的种群多样性进行了比较研究.同一悬浮污泥样品在YPG、LB和WW培养基上的活菌计数结果分别为1.6×106CFU/ml、7.0×105CFU/ml和9.8×105CFU/ml.选取最适稀释度(10-4),分别从YPG、WW和LB三种不同培养基平板上分离了56、39和60株菌株.用ERIC-PCR指纹图的方法分析这155株菌株的多样性,结果显示,废水培养基(WW)的选择性最强,39株分离物只显示12种不同的指纹类型;而YPG培养基的选择性相对较低,54株分离物中共有30种不同的指纹类型,多样性明显;LB培养基上因有28%的小菌落无法用ERIC序列扩增,故不能用此方法对其多样性作有效评价.至此,本次实验就分离焦化废水处理系统中的细菌及对分离物进行分子多样性的研究而言,选用YPG培养基最合适.     

用于煤气废水深度处理的脱酚菌的特性

从哈尔滨某气化厂生化处理系统的活性污泥中筛选出2株高效脱酚菌.经过生理生化鉴定和16SrDNA测序,鉴定2株菌分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas).研究了温度、pH对单一高效脱酚菌和混合菌脱酚能力的影响及其菌胶团形成能力.结果表明:混合菌脱酚能力和菌胶团形成能力高于单一菌种,对温度、pH的适应性也比单一菌种强,更适合作为实施生物增强的菌剂.将混合菌固定在活性炭上,形成固定化生物活性炭(IBAC)处理煤气废水,对COD和总酚的去除率可以分别达到80%和70%以上.     

不同培养基对土壤细菌可培养性的影响

采用不同培养基培养土壤微生物,以提高土壤细菌可培养性.以番茄大田和温室土壤为材料,采用4种培养基进行细菌的分离培养,经16S rDNA分子生物学鉴定,明确不同培养基获得细菌的种群差异.结果表明:在细菌数量方面,2种土样分别在各种培养基上生长的细菌数量未达到显著性差异,但培养基间细菌数量差异较大,LB培养基分离的细菌数量...     

一株耐高温纤维素降解菌的分离筛选及鉴定

为了分离筛选耐高温的纤维素高效降解菌,从鸡粪蘑菇渣高温堆肥中取样,采用滤纸富集培养基进行富集培养、刚果红纤维素培养基进行分离纯化培养、滤纸条培养基和刚果红纤维素培养基进行初筛培养、液体发酵测定纤维素酶活法进行复筛培养,利用形态特征观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析法进行初步鉴定,结果分离筛选到1株耐高温纤维素降解菌XD-3.该菌株在50 ℃生长良好、羧甲基纤维素酶(CMCase)活力达6.14±0.37 U/mL.综合形态特征、生理生化特性、基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,菌株XD-3初步鉴定为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）.     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

一株萘降解菌的分离与筛选

文章以无机盐培养基为基础培养基,以多环芳烃萘为惟一碳源,通过富集、驯化培养、稀释涂布、平板划线等方法进行目的菌株的分离和筛选,再对分离菌株进行形态学、生理生化鉴定及16SrDNA基因序列的同源性比对和系统发育树分析.筛选得到一株萘降解菌株,命名为J3,经鉴定、同源性比对和系统发育树分析得出菌株J3为赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus sp.)菌属的细菌.     

链霉素耐药细菌的分离及鉴定

本实验对江和河道水源中链霉素耐药细菌的分离及鉴定,判断水体的链霉素污染情况。实验先通过含链霉素及不含链霉素的LB固体培养基培养、计数、筛选有耐药性的细菌,再采用连续梯度稀释法纯化、16S rDNA扩增法进行分子鉴定,完成对耐药菌初步鉴定。实验结论对预防和减缓水源耐药性细菌问题,为以后耐药性机制的研究及寻找新型抗生素积累菌种资源有重要意义。     

利用PCR-DGGE技术分析微生态制剂在传代过程中的菌群变化

利用变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）技术,结合传统平板培养法对实验室研制的1种由乳酸菌和芽孢杆菌组成的微生态菌剂WS-401及其在连续转接培养过程中细菌种群组成的动态变化进行分析。WS-401原液的活菌数为2×107 cfu/mL,且细胞个体形态多样。将分离自原液的3株细菌进行DGGE分析,出现2种指纹谱带,对照标准的DGGE指纹图谱库和序列分析,分别被鉴定为蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）和嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus）。将该菌剂分别在LB和MRS两种培养基中30℃或37℃连续转接5次,DGGE分析每次转接后培养物的菌群组成,结果发现,随着转接次数的增加,微生物菌群的种类减少,在LB培养基中转接5次后优势菌群只有蜡状芽胞杆菌,而在MRS培养基中转接后优势菌群为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和类干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。由此说明,微生物的营养基质和培养条件对微生态制剂在传代过程中的菌群组成和动态变化有重要影响。     

仁扇舟蛾幼虫肠道可培养细菌群落结构分析

【目的】了解仁扇舟蛾(Clostera restitura)肠道共生细菌的主要类群及其群落结构特征,明确仁扇舟蛾幼虫前、中和后肠可培养细菌的种类及群落结构组成,为进一步研究特异功能细菌的生理生化特征和功能提供基础。【方法】选取仁扇舟蛾5龄幼虫进行肠道解剖,分离前、中和后肠不同肠段,研磨稀释10^-1~10^-6,分别涂布于NA和LB固体培养基上,每个处理重复3次,28 ℃培养72 h。后对前、中和后肠可培养细菌进行分离纯化培养,提取细菌基因组DNA,利用 16S rDNA 基因序列分析和PCR扩增技术,获得细菌基因组序列,后与NCBI GenBank数据库进行Blast同源性比对,参考序列相似度98%以上近缘序列的物种信息,结合菌落形态特征和生理生化特性鉴定细菌种类,利用MEGA 7.0软件,采用邻接法(Neighbor-Joining)构建系统进化树。【结果】从仁扇舟蛾5龄幼虫的前、中和后肠中共分离获得22株可培养细菌,分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),共13个属,22个种。其中:假单胞菌属(Pseudomonas)4株,罗尔斯通菌属(Ralstonia)3株,芽孢杆菌属(Bacillus)3株,嗜麦芽寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)2株,气球菌属(Aerococcus)2株,其余微小杆菌属(Exiguobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、短小杆菌属(Curtobacterium)、伯克氏菌属(Burkholderia)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、短状杆菌属(Brachybacterium)和两面神菌属(Janibacter)各1株。细菌的种类存在差异,前、中和后肠不同肠段的细菌种类分别为5、10和7种。3个肠段共有的细菌种类是皮氏罗尔斯菌(Ralstonia pickettii)和斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)。【结论】仁扇舟蛾5龄幼虫肠道的可培养细菌种类较为丰富,其中以变形菌门和厚壁菌门为优势菌群。不同肠段中可培养细菌的多样性和群落结构存在差异,其中以中肠可培养细菌种类较为丰富。此次从仁扇舟蛾肠道中分离到与单宁降解相关的细菌,分析表明仁扇舟蛾肠道菌群与宿主的取食习性有关,肠道细菌可能在克服植物次生代谢物质的化学防御上发挥作用。     

广西北部湾海域表层海水细菌多样性及其潜在生物合成基因研究

本研究选取广西北部湾3处近海海域,以其表层海水作为研究对象进行细菌多样性分析,旨在挖掘潜在抗生素生物合成的菌株.选用传统稀释涂布法和基于16S rRNA基因序列的系统发育树分析海水中可培养细菌多样性,并对其基因组DNA进行抗生素生物合成基因聚酮合酶(PKS)基因、非核糖体肽合成酶(NRPS)基因及卤化酶(Halo)基因...     

不同环境中胞外多糖产生菌的初步研究(英文)

从不同的环境中采集样品,采用LB平板稀释法和苯胺蓝法分析样品中胞外多糖产生菌的丰度并分离胞外多糖产生菌;以发酵产糖量分析进行复筛,对产糖量较高的菌株进行常规生理生化分析和16SrDNA序列分析.结果表明:不同环境中胞外多糖产生菌的数量和类别有较大差异,其中活性污泥中胞外多糖产生菌数量最多;复筛得到89个菌株,选择其中8个产糖量较高的菌株进行生理生化实验和16SrDNA序列分析,结果显示:4个菌株属于芽孢杆菌属,另外4个可能属于新的细菌菌株.     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

Soil microbial community diversity and driving mechanisms

To study the structure of soil microbial communities, DNA was extracted from different environmental soil samples, and 16S rDNA clone libraries were constructed. The diversity of these 16S libraries were analyzed with restriction fragment length polymorphism based on amplification ribosomal DNA restriction analysis (RFLP-ARDRA)method. The results reveal a high diversity of the soil microbial communities, and striking differences in community structure at different depths. In the surface soil environment, there is no dominant gene pattern, but in the subsurface samples some dominant gene patterns are much more common. With the increasing depth the preference dominance becomes more significant. A spatial isolation hypothesis is proposed to explain the different community structures at different soil depths. Microcosms are set to simulate competition between populations at different degrees of spatial isolation. These studies reveal that spatial isolation caused by low moisture affects the competitive interactions of the two populations. In the two-strain microcosm there is one dominant population at high moisture, and no dominance in very dry environments     

种植转Bt水稻对固氦细菌多样性和固氮酶铁蛋白基因nifH的水平转移的影响

通过对具有不同种植年限和不同种植强度的转Bt基因水稻与非转Bt基因水稻土壤中的细菌以及固氮细菌群落结构进行研究,发现转Bt水稻的种植可能会影响土壤中微生物群落的多样性,但是这种影响的可能只是暂时的,通过对测量种植水稻的芽长实验也得出相似的结论．另外,根据16SrDNA基因构建的系统发育进化树揭示了本实验分离的固氮细菌的遗传多样性,发现实验土壤中的固氮细菌主要分为放线菌门（Actinobacteria）（92％）和α-变形菌门（α-Pro—teobacteria）两大类．分离出的8株典型的固氮菌株,其16SrDNA基因和固氮基因nifH的序列两者的分布不一致,nifH的分布更为紧凑,为固氮基因可能发生了原位水平基因转移提供了证据．     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

厦门凤林红树林区土壤可培养微生物数量及细菌类群初探

主要探讨了厦门凤林湾秋茄林（Kandelia candel）土壤、秋茄与无瓣海桑（Sonnerratia apetala）混合林土壤与无红树植物生长的对照光滩土壤中3大微生物类群及其数量.实验结果表明：3种土样的微生物中,细菌占有绝对优势,占总菌数的99%以上;秋茄林土样和混合林土样中的细菌和丝状真菌数量明显高于光滩土...