肺鳞状细胞癌和肺腺癌差异表达基因

癌组织与癌旁正常组织中的差异表达基因与非小细胞肺癌的发生发展密切相关。本文基于肺腺癌和肺鳞状细胞癌的RNA-Seq数据,首先利用R包DESeq2初步筛选得到2种亚型癌组织与正常组织的差异表达基因;然后运用方差分析鉴别了这些基因表达水平的组内差异和组间差异,构建了5个差异与非差异表达基因集合。参考COSMIC、CCGD和DISEASES数据库已有癌基因信息,统计分析了各数据集中癌基因的分布。参考COSMIC、TSGene 2.0数据库中原癌和抑癌基因信息,利用韦恩图求交集法获得2种癌症亚型的潜在原癌和抑癌基因。结果发现在肺鳞状细胞癌中,癌基因在5个集合中所占比例分别为:47.2%,38.7%,61.6%,55.6%,38.2%;在肺腺癌中,其所占比率分别为:43.9%,32.3%,64.6%,52.1%,40.5%。研究表明方差分析进一步筛选的上下调、组间差异集合中含有较多癌基因,获得肺鳞状细胞癌潜在原癌基因72个,抑癌基因244个;肺腺癌潜在原癌基因43个,抑癌基因159个。     

基于网络药理学和分子对接探讨猫爪草治疗肺腺癌的作用机制

应用网络药理学和分子对接探讨猫爪草多成分、多靶点、多通路治疗肺腺癌的作用机制。根据口服利用度和类药性的分析条件,采用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选猫爪草主要活性成分及作用靶点;疾病靶点在GeneCards和OMIM数据库中获得;利用R软件绘制维恩图,获得活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Bioconductor数据库对预测靶点进行GO(Gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路分析。结果表明:筛选出猫爪草的10个潜在活性成分和40个作用靶点,其中有36个靶点与肺腺癌相关;主要活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇等,这些活性成分作用于PTGS2、BCL2、BAX、CASP9、CASP3、RXRA等靶点,通过调控神经变性的途径-多种疾病、神经活性配体-受体相互作用、小细胞肺腺癌、细胞凋亡、多细胞凋亡、铂类耐药、p53信号传导途径、大肠癌等通路发挥抗肿瘤作用。对猫爪草的有效成分和潜在靶点进行预测,为药物的应用和开发提供了新思路。     

SLC44A5对肺腺癌细胞迁移影响

肺癌是发病率和死亡率最高的恶性肿瘤.SLC44A5是一种胆碱转运蛋白,其与肿瘤关系的相关报道较少.有报道显示其与肝癌的发生发展有关,然而其在肺癌中的作用尚未有相关报道.为探讨SLC44A5的影响,使用人肺腺癌细胞系H1299和H1792构建SLC44A5低表达细胞系,利用MTT法证明敲低SLC44A5会抑制细胞增殖.使用细胞划痕实验和Transwell细胞迁移实验证明敲低SLC44A5抑制细胞迁移.结果表明SLC44A5可能参与了肺癌的转移,具有成为肿瘤治疗分子靶点的潜力.     

AKR1家族基因AKR1C1,AKR1C3,AKR1B1调控肺腺癌A549细胞顺铂耐药的研究

探究醛酮还原酶家族1(Aldo-Keto Reductases family 1,AKR1)3个基因AKR1C1,AKR1C3,AKR1B1调控肺腺癌A549细胞顺铂耐药的作用。通过对肺腺癌A549细胞及相应的顺铂耐药细胞A549/DDP的差异表达基因谱进行分析,发现AKR1家族的3个成员AKR1C1,AKR1C3及AKR1B1同时在A549/DDP细胞中显著上调。在细胞水平上对这3个基因进行了RNA定量实验,抑制剂实验和RNA干扰实验,观察其是否参与调控A549/DDP对顺铂的药物敏感性。研究结果证实:AKR1C1或AKR1B1酶活抑制剂与顺铂联合使用可显著提高A549/DDP细胞的顺铂敏感性,而抑制AKR1C3酶活性并不能引起A549/DDP对顺铂的敏感性增强;此外,基于RNA干扰技术,在A549/DDP细胞中同时敲减AKR1C1和AKR1B1不仅增强了顺铂的细胞毒性,且同时显著增强了顺铂诱导的细胞凋亡作用。以上结果表明,AKR1家族中的AKR1C1和AKR1B1基因在调节A549细胞顺铂耐药中起到了关键的作用。     

与m6A修饰和免疫基因相关的长链非编码RNA在前列腺癌中的作用

前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因，前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此，研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型，将前列腺癌样本分为高、低风险组，KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系；免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异；GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。     

秀丽线虫细胞核内小干扰RNA调控基因表达的机制研究

生物体内存在大量的不编码蛋白质序列的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),这些非编码RNA广泛参与生命活动的各个过程,包括基因表达调控、基因组稳定性维持、抵抗外源核酸侵染、发育的时序调节以及肿瘤发生等.越来越多的证据表明一系列重大疾病的发生、发展与这些非编码RNA的产生和调控失衡相关.小调节性RNA正在成为潜在的疾病标志物、药物靶点和生物分子药物.我们的研究主要集中在高等多细胞生物中细胞核里小干扰RNA调控基因表达的分子机制和生物学功能.我们在模式生物秀丽线虫中通过遗传筛选的方法发现了一条小干扰RNA在细胞核内调控基因表达的通路,以及参与这条通路的几个关键的细胞核RNA干扰缺陷型基因(nuclear RNAi defective,Nrde).这一发现不仅解决了高等多细胞生物中细胞核内是否存在小RNA干扰现象的争论,而且发现小RNA可能通过主动转运的方式进入细胞核并调控RNA聚合酶Ⅱ(RNAPⅡ)介导的转录延伸.这一通路还可能参与了生物体的获得性遗传过程.本文重点阐述这一小干扰RNA调控基因表达的分子机制,并提出未来亟待解决的科学问题和发展方向.     

竹节参总皂苷对人肺腺癌A549细胞凋亡和Caspase-3活性的影响

研究竹节参总皂苷对人肺腺癌A549细胞凋亡和Caspase-3活性的影响,选取0.05、0.1、0.2、0.5、1 mg/m L浓度的竹节参总皂苷作用于体外培养的人肺腺癌A549细胞;并设空白对照组,分别作用24、48、72 h后,应用MTT法检测人肺腺癌A549细胞增殖情况。流式细胞术检测人肺腺癌A549细胞凋亡情况,比色法检测竹节参总皂苷作用于人肺腺癌A549细胞48h后Caspase-3活性。不同浓度的竹节参总皂苷对人肺腺癌A549细胞的增殖有显著的抑制作用(P0.05);并呈浓度和时间依赖性。流式细胞术检测结果为竹节参总皂苷可以诱导人肺腺癌A549细胞凋亡,各浓度组的细胞凋亡率明显高于空白对照组(P0.05);并呈浓度依赖性。说明竹节参总皂苷可抑制人肺腺癌A549细胞增殖和诱导其凋亡。     

云芝糖肽对裸鼠人肺腺癌抗癌作用的研究

PSP(polysaccharide-peptide)同日本产的PSK(Krestin)是相类似的云芝糖肽。本研究证明,PSP l-2g/kg,连续口服给药15—20天,对裸鼠人肺腺癌有明显的抑制作用,抑制率为50—70％在抑制肿瘤生长的同时,未见有血液系统和体重方面的变化。放射免疫法测定表明PSP不会引起血浆cAMP和cGMP水平的改变,提示其抗癌机制与环核苷酸系统无关。     

小鼠肺腺癌细胞系（LA－795）高、低转移亚系染色体核型比较研究

对小鼠肺腺癌细胞系（ＬＡ－７９５）高、低转移亚系（ＬＡ－７９５－Ｃ＿６和ＬＡ－７９５－Ｃ＿７）体外培养第２０及３０代细胞染色体Ｇ显带核型进行比较，结果高转移亚系细胞染色体众数较低转移亚系细胞具有不稳定性的特点，表明转移潜能的差异和遗传物质的稳定程度密切相关．高、低转移亚系出现相同及不同的标志染色体和异常染色体，其中，高转移亚系出现标志染色体８种及ｄｅｌ（８）ｑ￣（ｔｅｒ），ｄｅｌ（１２）ｑ￣（ｔｅｒ），１１Ｐ￣＋，１３Ｐ￣＋，ｔｒｉ（２Ｍ４），ｄｉｃ（２Ｍ５），Ｍ６：７ｑ￣＋？；而低转移潜能亚系出现标志染色体１２种及ｄｅｌ（８）ｑ￣（ｔｅｒ），ｄｅｌ（１２）ｑ￣（ｔｅｒ），ｒ（１５），ｄｉｃ（Ｍ６；２Ｍ７），Ｍ８：７ｑ￣＿？ｔ（２：２），ｔ（２：１５），ｔ（１５：Ｍ１０），ｔ（１５：Ｍ１１），ｔ（５：Ｍ１２）．表明来源于同一母系而转移潜能不同的亚系染色体核型具有本质上的差异，转移潜能与其密切相关．另外，分析低转移亚系出现ｔ（２：２）；ｔ（Ｃ２：１５）ｔ（１５：Ｍ１０）；ｔ（１５：Ｍ１１）；　ｔ（５：Ｍ１２）；ｒ（１５）等现象，推测高、低转移潜能亚系细胞可能存在本身Ｈ－２系统及ＣＤ４４抗元表达的差异，这很可能     

m6A RNA甲基化对神经系统发育及其相关疾病的调控作用

N6-甲基腺苷(m6 A)甲基化是RNA水平转录后的表观遗传学修饰,由RNA甲基转移酶催化腺嘌呤在N6位置发生甲基化的过程,调控RNA稳定性、定位、运输、剪切和翻译,将影响mRNA的命运与转归,进而影响机体结构和功能的改变.新近研究表明m6 A甲基化修饰在神经发育、传导、再生及学习记忆功能等方面发挥重要的作用,并与神经...     

长链非编码RNA:与植物发育和胁迫响应相关的新型调控因子

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是指在基因组序列中长度大于200 nt,没有明显的开放阅读框,并且不具备蛋白编码能力的转录本.早期阶段,lncRNA一度被认为是遗传物质中的“转录噪声”.然而,随着越来越多的研究在不同物种中被报道,以及对lncRNA的功能研究逐渐深入,lncRNA已经逐渐成为基因组学领域的研究热点.该文系统地介绍了lncRNA的分类方法,总结了lncRNA参与调控植物发育与逆境胁迫响应的特征和机制,分析了lncRNA的主要研究技术和策略,并讨论了当前存在的主要问题以及未来的研究方向,旨在为后续的植物lncRNA研究及其在育种领域中的实际运用提供一定的指导依据.     

基因组印迹的调控机制及其对动物克隆的影响

基因组印迹是一种表观遗传学调控方式．依据亲源性的不同机体仅表达来自亲本一方的等位基因,而来自另一方的等位基因不表达,这类基因称为印迹基因．印迹基因成簇存在,受该簇内的印迹控制区（imprintingcontrolregion,ICR）调控．基于ICRs的功能,研究者提出两种模式解释基因组印迹的机制：绝缘体印迹模式和非编码RNA印迹模式．印迹基因的正确表达对哺乳动物的正常发育极为重要,错误的印迹会引起严重的遗传性疾病和癌症．克隆动物发育异常也可能与之相关．结合本研究组最近的研究,文中综述了基因组印迹的调控机制及其对动物克隆的影响．     

基因组印迹的调控机制及其对动物克隆的影响

基因组印迹是一种表观遗传学调控方式.依据亲源性的不同机体仅表达来自亲本一方的等位基因,而来自另一方的等位基因不表达,这类基因称为印迹基因,印迹基因成簇存在,受该簇内的印迹控制区(imprinting Ccontrol region,ICR)调控.基于ICRS的功能,研究者提出两种模式解释基因组印迹的机制:绝缘体印迹模式和非编码RNA印迹模式,印迹基因的正确表达对哺乳动物的正常发育极为重要,错误的印迹会引起严重的遗传性疾病和癌症.克隆动物发育异常也可能与之相关.结合本研究组最近的研究,文中综述了基因组印迹的调控机制及其对动物克隆的影响.     

原人参二醇对人肺腺癌A549细胞作用的meta分析

利用Meta分析方法评价原人参二醇对人肺腺癌A549细胞的作用。meta分析结果显示:原人参二醇[20(S)-原人参二醇或20(R)-原人参二醇]对人肺腺癌A549细胞在阻滞细胞周期、抑制细胞增殖、促进细胞凋亡不同方面有明显的作用,且随着浓度增大,作用随之更加明显。     

高尔基体膜蛋白1调控结肠腺癌细胞凋亡和迁移的作用机制研究

高尔基体膜蛋白GOLM1对多种肿瘤恶性发展发挥着重要的作用，但其对结肠腺癌生成的作用目前尚不清楚。本研究通过GEPIA大数据库分析、CRISPR/Cas9基因敲除、细胞周期和Transwell及小鼠荷瘤模型实验检测等技术，发现了GOLM1在结肠腺癌病人中高表达，且在结肠腺癌MC38细胞中敲除GOLM1后，可显著促进细胞凋亡、同时抑制细胞增殖和迁移侵袭，以及小鼠肿瘤移植模型的成瘤能力。在分子机制上揭示了GOLM1敲除不仅显著降调了BCL-xL和MCL1的蛋白水平，而且降低了与细胞迁移侵袭相关的β-catenin、E-cadherin、Twist和ZEB2等蛋白的表达，并提高了其对星孢素诱导细胞凋亡的敏感性。综上，本研究发现了结肠癌组织中GOLM1过表达促进了癌细胞抗凋亡、促增殖和迁移的作用及初步分子机制。     

芒果苷对人肺腺癌A549细胞增殖的抑制作用及其机制研究

利用相差显微镜观察细胞形态变化情况;用MTT法测定芒果苷对A549细胞增殖作用的影响以及Western-Blot法检测芒果苷对Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9蛋白分子表达水平的影响.结果显示,与对照组相比,芒果苷对人肺腺癌A549细胞的抑制率与浓度和时间均呈正相关性.在有效浓度为3μM,作用最佳时间为48h时,A549细胞的镜下形态和结构发生显著的变化;并且导致Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9的活性以及它们的剪切小体数量增加.表明芒果苷对人肺腺癌A549细胞具有抑制增殖的作用,并且通过caspase依赖性途径诱导A549细胞凋亡.     

牡蛎低分子活性肽BPO-L对人肺腺癌A549细胞周期和相关癌基因、抑癌基因表达的调控作用

采用酸抽提、凝胶柱层析等方法,从僧帽牡蛎体内分离提取到牡蛎低分子活性多肽组分BPO-L,以HMBA处理组为平行对照,流式细胞仪检测细胞周期变化及以免疫细胞化学方法检测相关癌基因、抑癌基因表达变化.研究BPO-L对人肺腺癌A549细胞分化的生物学效应,探索其对肺癌细胞的作用机理.实验结果显示,BPO-L能有效抑制A549细胞增殖活动,促使细胞阻滞于G0/G1期.在此过程中,A549细胞c-myc,MTp53等癌基因蛋白表达减弱,p21WAF1/CIP1和Rb等抑癌基因蛋白表达活性的增强.本研究证实BPO-L对肺癌细胞具有显著的诱导分化作用.其诱导癌细胞分化机理与其调节和干预c-myc、MTp53等癌基因与p21WAF1/CIP1和Rb等抑癌基因的表达有关.     

候选药物TW918对K-Ras突变型人肺腺癌A549细胞的体外抑制作用

探讨候选药物TW918对K-Ras突变型人肺腺癌A549细胞的体外抑制作用.以MTT法检测TW918对A549细胞的增殖抑制作用;流式细胞术检测A549细胞周期和凋亡的变化;Western blotting 检测相关蛋白的表达.结果表明:候选药物TW918可以以时间和剂量依赖性地抑制A549细胞的增殖,且作用72 h时抑制效果比吉非替尼高9.93倍;引起细胞周期阻滞于G1期,并诱导细胞发生凋亡;降低A549细胞中p-EGFR的表达,并抑制其下游PI3K/AKT/mTOR信号通路的激活.TW918对K-Ra     

王瓜根抗癌糖蛋白的生理生化特征及其对肺腺癌细胞杀伤作用初步研究

经电泳分析,王瓜根活性蛋白可分为两种:其一是酸性蛋白,具细胞毒作用,等电点测定 P~I 为3.2,PAGE 电泳测定分子量为6.76×10~4道尔顿;其二是碱性蛋白,等电点为9.3,PAGE 电泳测定分子量为1.58×10~4道尔顿;微具细胞毒作用。王瓜根活性蛋白属糖蛋白,经纸层析和薄层硅胶 H 层析证实含半乳糖和木糖。扫描电镜观察和光镜连续观察,显示酸性蛋白对肺腺癌细胞的体外培齐有杀伤作用,当培养液含120μg/ml 时杀伤率达58%,对正常肺细胞作用弱;碱性蛋白对肺腺癌细胞杀伤作用较差,在同样剂量时只有47.6%杀伤率。新鲜王瓜根原汁有很强的杀伤肺腺癌细胞作用,剂量在26g/ml 时,杀伤率达60%;当提高到105g/ml 时,杀伤率达74%。试验结果提示:王瓜根活性抗癌物质,除指三萜—葫芦素之外,可能还存在另一种活性物质。这种活性抗癌物质对肺腺癌细胞表面微绒毛无作用,经处理24小时后,癌细胞开始变形,表现为不同程度内陷,32小时癌细胞膜开始溶解,48小时癌细胞溶成团块。     

基于GEO数据库和转录因子调控网络的结核病药物作用靶点筛选及其作用机制

目的 基于GEO数据库和转录因子调控网络筛选抗结核病药物及药物作用靶点。方法 通过NCBI的GEO数据库,筛选结核病患者和健康者之间差异表达的基因;通过AnimalTFDB 3.0数据库预测差异表达基因中的转录因子,并构建转录因子调控网络;通过调控网络中的关键基因筛选相关miRNA,并筛选关键节点,初步阐明结核病致病的分子机制。结果 通过GEO数据库检索,筛选出的差异表达基因为784个;通过AnimalTFDB 3.0数据库筛选出23个转录因子和对应的790个靶基因,构建了转录因子-靶基因的调控网络;通过TargetScanHuman 7.2查询到关键节点对应的miRNA,构建“转录因子-靶基因-miRNA”调控网络,筛选出4个结核病药物靶点(EP300,CREBBP,ELAVL1,HSP90AA1),阐明了其与转录因子和miRNA之间的调控机制。结论 通过构建结核“转录因子-靶基因-miRNA”网络,筛选出结核病新的潜在药物作用靶点——EP300、CREBBP、ELAVL1、HSP90AA1;同时发现,EP300、CREBBP、HSP90AA1通过激活转录因子STAT2,导致机体内炎...