基于网络药理学预测苎麻根治疗自然流产的作用机制

为初步探究苎麻根治疗自然流产的药效成分及作用机制,本研究首先利用TCMSP及化学专业数据库等收集苎麻根的化学成分,并根据药代动力学参数筛选出苎麻根候选活性成分,然后进行苎麻根潜在蛋白靶点的预测;同时利用DiGSeE等搜索已报道的与自然流产相关的基因,将苎麻根相关基因靶点与流产相关基因靶点进行匹配,得到苎麻根活性成分治疗自然流产的潜在靶点,并对这些靶点进行通路的富集与分析,最后对苎麻根治疗自然流产的活性成分-蛋白靶点-信号通路网络进行可视化。研究初步预测苎麻根治疗自然流产的作用机制,为进一步研究苎麻根的保胎作用提供思路。     

基于网络药理学探讨润通莱蜜丸对慢传输型便秘小鼠的作用机制

为考察润通莱蜜丸对慢传输型便秘(slow transit constipaton,STC)小鼠的治疗作用及机制,通过借助中药系统药理学分析平台(Chinese medicine system pharmacology analysis platform,TCMSP)检索枳实、白术、莱菔子的化学成分和作用靶点,以"slow transit constipaton"为关键词在GenCards数据库中检索与STC相关的基因,构建化合物-靶点网络,预测润通莱蜜丸调控的靶点。将50只小鼠分为空白对照组、模型对照组、阳性对照组、低剂量组和高剂量组,以盐酸洛哌丁胺胶囊(1.5 mg/kg)经口灌胃建立STC便秘模型,造模成功后,阳性对照组给予枸橼酸莫沙必利片(2.5 mg/kg)经口灌胃;低剂量组、高剂量组给予润通莱蜜丸25 mg/10 g、50 mg/10 g经口灌胃治疗,每天2次,共7天。检测各组小鼠小肠炭末推进率、结肠内大便粒数、观察结肠病理结构、小鼠结肠组织中cox-1、cox-2的表达量。结果表明:网络药理学共筛选出35个活性化合物,有21个化合物和42个靶点参与了网络构建,其中PTGS1(cox-1)与活性化合物连接度最高,可能为润通莱蜜丸调控的重要靶点。动物实验表明,润通莱蜜丸可提高慢传输型便秘小鼠小肠炭末推进率、减少结肠中大便粒数,恢复结肠的结构、降低慢传输型便秘小鼠结肠中cox-1、cox-2含量。可见,润通莱蜜丸可以缓解慢传输型便秘,其机理可能是通过调节cox-1、cox-2实现的。     

基于网络药理学探究百合抗抑郁的作用机制

通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.     

基于网络药理学探究黄酮对2型糖尿病的作用机制

应用网络药理学的方法探究了已分离得到的6个黄酮与2型糖尿病相互作用的机制.通过相关数据库的筛选与预测,获得了化合物与疾病的靶基因,进一步得到了两者的交集基因;通过Cytoscape 3.8.0软件构建了这些化合物与2型糖尿病相关的PPI网络与成分-疾病-靶点网络图;通过R语言半编程程序对交集基因进行生物功能富集和通路富...     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗抑郁物质基础及作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。     

基于网络药理学预测双莲方对肝细胞癌作用的机制

文章通过GEO数据库获取肝细胞癌样本差异表达基因,利用中药系统药理学数据库及 在线分析平台TCMSP收集双莲方的主要成分及作用靶点,通过Cytoscape构建双莲方中主要成分 的作用靶点与肝细胞癌相关基因的关系网络,预测双莲方治疗肝细胞癌的关键靶点基因,并利用 DAVID进行GO和KEGG富集分析,探讨双莲方治疗肝细胞癌的可能机制。结果表明,从双莲方中 筛选出225种活性成分,与肝细胞癌重合的靶点有28个,主要与肝细胞癌细胞中的激素代谢过程、 蛋白激酶复合物、细胞因子活性等关联,可能通过参与TNF信号通路、P53信号通路、Toll样受体信 号通路等发挥治疗肝细胞癌的潜在作用。研究结果为更深入地研究双莲方对肝细胞癌的作用提 供了理论依据。     

基于网络药理学的猫爪草治疗结核病作用机制研究

通过网络药理学方法探讨猫爪草治疗结核病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选猫爪草的活性成分和相关作用靶点;借助GeneCards数据库检索疾病靶点,活性成分靶点与疾病靶点作交集得到猫爪草作用于结核病的预测靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;将交集基因进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及潜在靶点之间的分子对接验证。筛选得到猫爪草的活性化合物12个,其有效活性成分主要作用于结核病的关键靶点有CASP3、CASP8、CASP9、BCL2和BAX。KEGG结果表明,猫爪草可能通过调节细胞凋亡信号通路从而对结核病进行干预。分子对接得到猫爪草的主要成分是豆甾-4,6,8、维太菊苷、豆甾醇、豆甾醇葡萄糖苷、谷甾醇乙酸酯和β-谷甾醇,对BAX、CASP3和CASP9作用明显。本研究从分子水平探讨了猫爪草治疗结核病的活性成分与潜在靶点,初步验证了其作用机制。     

亮菌多糖对S180荷瘤小鼠免疫功能的研究

通过对荷瘤小鼠腹腔注射亮菌多糖后,观察其对荷瘤小鼠淋巴细胞增殖反应、NK细胞活性及对IL-1、IL-2、TNF-α、IFN-γ诱生的影响.研究结果表明：亮菌多糖能够显著提高荷瘤小鼠NK细胞杀伤活性、对ConA刺激的小鼠淋巴细胞有明显的促进作用,提高荷瘤小鼠脾细胞产生IL-2的能力;促进荷瘤小鼠机体细胞分泌TNF-α;明显提高荷瘤小鼠血清中IFN-γ的含量.提示亮菌多糖可通过调节机体免疫功能而间接起到抗肿瘤的作用.     

基于网络药理学的金荞麦治疗糖尿病肺病的作用机制

基于网络药理学研究金荞麦治疗糖尿病肺病的主要化学成分,作用靶点和相关信号通路.利用TCMSP数据库检索金荞麦主要的活性成分及作用靶点;基于OMIM和Gene Cards数据库找出与糖尿病肺病相关的作用靶点,求金荞麦主要成分的作用靶点与糖尿病肺病的相关靶点交集,将交集靶点导入STRING数据库构建PPI网络,对该网络进行拓扑分析找出关键靶点;把关键靶点导入DAVID 6.8.0数据库,找出金荞麦治疗糖尿病肺病关键靶点参与的生物学过程、分子功能、细胞组分和KEGG通路.结果显示,通过TCMSP数据库的口服利用度(OB)和类药性(DL)条件筛选出15个金荞麦主要化合物,相应作用靶点85个;与糖尿病肺病发病机制有关的作用靶点18个,经PPI网络分析得到9个关键靶点;GO分析富集得到生物过程72个,分子功能14个,细胞组分8个,65条KEGG信号通路.表明金荞麦治疗糖尿病肺病发挥药效的有效成分可能是没食子酸酯、(+)-儿茶素、β-谷甾醇、异鼠李素和原花青素B1等化合物,作用机制可能跟MAPK1、AKT1、EGFR、EGF、JUN等靶点,以及Erb B信号通路、Ras信号通路、癌症中的胆碱代谢、MAPK信号通路、局灶性粘连及TNF信号通路有关.     

鸦胆子治疗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.     

基于网络药理学和分子对接探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。     

基于网络药理学和分子对接探究三棱-莪术抗乳腺癌的作用机制

运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。     

基于网络药理学研究参附注射液治疗脓毒症的作用机制

利用网络药理学和分子对接方法研究参附注射液治疗脓毒症的物质基础及其可能的作用机制.通过中药系统药理学数据库与分析平台和SwissTargetPrediction数据库得到参附注射液活性成分及其药物靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到脓毒症相关靶点,STRING数据库和Cytoscape...     

基于网络药理学研究重楼皂苷抗肿瘤的协同机制

为系统探究重楼皂苷抗肿瘤的协同机制,基于重楼皂苷的含量和活性筛选其抗肿瘤成分,利用靶点数据库获取入选皂苷成分的抗肿瘤靶点,并借助蛋白互作网络分析选出重楼皂苷抗肿瘤的主要作用靶点,对主要作用靶点进行GO(gene on-tology)生物过程富集、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集,使用Origin 2019b软件构建重楼抗肿瘤的主要皂苷成分-主要作用靶点-主要通路关联网络,分析该网络节点的拓扑参数,进一步明确重楼皂苷抗肿瘤的分子机制.结果显示重楼皂苷Ⅰ、重楼皂苷Ⅱ、重楼皂苷Ⅵ、重楼皂苷Ⅶ、重楼皂苷H、薯蓣皂苷及纤细薯蓣皂苷7个主要皂苷成分作用于38个抗肿瘤主要作用靶点,包括转录与凋亡相关的TP53、AKT1、MYC、CASP3、JUN、MAPK3、ERBB2、STAT3、SRC、MAPK8、BCL2L1、CTNNB1、MAPK1、CREB1、FOXO1、CASP8、FOS;炎症相关的IL6、TNF、IL1B、PTGS2、IL2;血管生成相关的EGFR、VEGFA、EGF、FGF2.参与DNA转录、细胞增殖及凋亡、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、一氧化氮生物合成、磷脂酰肌醇3-激酶信号转导等生物过程;调控卡波济肉瘤相关疱疹病毒(HHV-8)、人巨细胞病毒(HCMV)、人乳头瘤病毒(HPV),乳腺癌、大肠癌、前列腺癌以及PI3K-Akt、TNF、MAPK、mTOR、p53等通路.由此可见,重楼皂苷主要通过促凋亡、抗炎、抗病毒、抗血管生成,以及影响肿瘤细胞信号转导等多种机制,协同产生抗肿瘤效应.     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。     

基于网络药理学方法的黄芩现代药理活性挖掘及其作用机制分析

采用高效液相色谱-电喷雾-四级杆-飞行时间质谱仪对黄芩水煎液中化学成分进行识别，发现水煎液中主要含有8种黄酮类成分。进一步采用网络药理学方法对8种化合物可能的作用靶点及其相关疾病进行了预测，发现黄芩除了与已报道的抗炎、抗肿瘤等疾病相关，还与水肿、中毒、高血压、出血、心脏病等多种疾病相关，这与黄芩传统功效的泻火解毒、止血的功效相近。通过通路富集分析，发现黄芩可能主要是通过调节代谢通路、脂肪细胞代谢通路、花生四烯酸代谢、5-羟色胺突触、精氨酸生物合成、钙离子信号通路发挥其多重药理活性。研究表明，网络药理学研究方法可为中药传统功效的挖掘及其药理机制研究提供新的方向。