水杨酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子对接和三维定量构效关系研究

应用Surflex-dock对21个水杨酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂进行分子对接分析,结果显示水杨酸结构的头部深入活性口袋内部,其氢键决定其与酶结合的稳定性,尾部结构及氢键决定其抑制活性.据此,利用Topomer CoMFA建模时将头尾结构切开分析,从21个化合物中随机选取17个化合物作为训练集,建立3D-QSAR模型,并用包括4个化合物的测试集验证模型的外部预测能力,结果显示模型具有良好的预测能力,预测活性与实测活性的差值均小于0.12μmol/L,该模型可以用于辅助设计同类型新化合物并进行其活性预测.     

细胞周期蛋白质依赖性激酶CDK2多克隆抗体的制备和鉴定

我们采用PCR技术合成编码CDK2肽段的基因,将其置于谷胱甘肽转移酶（GST）编码基因的下游,在IPTG诱导下,于E．coli中诱导表达了GST-CDK2肽融合蛋白质,以此融合蛋白质作为免疫原免疫家兔制备抗CDK2的多克隆抗体,经Western Blot检测证明：该抗体能够特异地识别CDK2蛋白质,可作为CDK2的特异性检测抗体,用于研究细胞周期和细胞凋亡进程中CDK2的作用．     

碳酸酐酶XIV抑制剂的定量构效关系研究

基于神经网络转换的非线性偏最小二乘回归(ANN-NLPLS)连同偏最小二乘(PLS)和人工神经网络(ANN)方法,被用于磺胺类药物作为碳酸酐酶XIV抑制剂的定量构效关系研究.结果表明,ANN-NLPLS能很好地建立碳酸酐酶XIV抑制剂的定量构效关系模型,其中,氢键受体数目(Hydrogen bond acceptor),键能(Bond energy),电子拓扑指数(S_do,S_aaCH),VAMP电子静态描述符(Octupole xyz,Octupole xxy),偶极矩(Dipole moment X,Dipole x),最高占有轨道能(HO-MO),总能量(Total energy),脂水分布系数(AlogP),信息含量(Information content)对磺胺类药物对碳酸酐酶XIV的抑制活性起着非常重要的作用.     

一类环氧合酶抑制剂的三维定量构效关系研究

非甾类抗炎药物(Nonsteroidal antjinflammatory drugs,NSAIDs)诸如阿司匹林、布洛芬、茚甲新等广泛用于治疗发热、疼痛和炎症等[1].这类药物主要通过抑制环氧合酶(cyclooxygensae)催化花生四烯酸,产生致炎介质前列腺素,达到解热、镇痛和治疗多种炎症的目的.     

光系统(II)抑制剂三维构效关系的研究

采用比较分子场方法（CoMFA）对顺式氰基丙烯酸酯化合物进行了三维构效关系的研究,获得了具有较强预测能力的四点药效团模型.距离空间图显示四点为苯环中心（疏水中心*）、羰基氧（O     

药物分子设计与定量构效关系研究进展

介绍了药物分子设计与定量构效关系的发展概况与研究进展（２Ｄ－ＱＳＡＲ，３Ｄ－ＱＳＡＲ，ＭＤ－ＱＳＡＲ），为开发新药及化工、医药的发展提供了信息．     

三环类环氧合酶抑制剂的三维定量构效关系研究

对30个三环类选择性环氧合酶(COX-2)抑制剂的结构,先后用MMFF94分子力学方法进行结构初步优化以及用PM5半经验量子化学方法作全优化,荷载MOPAC电荷,并以该类化合物共同的三环结构为中心进行分子叠合。利用比较分子力场分析方法(CoMFA)和自组织分子力场分析方法(SOMFA)分别建立了该类化合物的三维定量构效关系。结果表明这2种分子力场分析方法建立的模型都可以解释已有的构效关系,并对同类化合物的预测能力较好,特别是比较分子力场分析方法(CoMFA)。     

基于遗传算法的RR抑制剂的二维定量构效关系研究

利用遗传算法,结合多元线性回归和交叉验证方法,对一系列Schiff碱类核糖核苷酸还原酶抑制剂作了二维定量构效关系的研究.计算得到了一组效果较好的定量构效关系模型(R2、Rcv2最高分别可达0.909和0.883).模型不仅具有良好的回归能力,而且还具有良好的预测能力.同时,通过分析在遗传优化过程中分子参数出现的频度,还得到了可能对活性影响较大的几个重要分子参数,它们分别是水/辛醇分配系数(ALogP98)、指示因子(Ⅰ)以及电性拓扑态指数(S_sOH).对该类抑制剂的设计和改造提供了指导.     

分子电距矢量(MEDV)用于肽模拟物的定量构效关系研究

利用电距矢量(MEDV)表征肽模拟物的分子结构,并与包含N、0、S杂原子,饱和与不饱和键或共轭体系的二肽分子的生物活性相关.利用多元线性回归方法,构建了两组二肽分子的定量构效关系(QSAR)模型.对于58个二肽组,模型相关系数和均方根误差分别为R=0.842 3和RMS=0.535.对于48个二肽组,R=0.819 9,RMS=0.357.为了检验QSAR模型的预测能力,对两个二肽组数据集进行了交叉校验(CV).采用LOO法即每次从n个样本中抽出n-1个样本建立0SAR模型继而用该模型去预测余下的1个样本的生物活性的方法.对于58肽组,58次预测的生物活性与原实验活性之间的R=0.790 6,RMS=0.608,而48肽组的R=0.742 2和RMS=0.417.MEDV只利用了分子二维拓扑图中元素电负性和相对化学键长的有关信息,不需要任何三维结构知识或分子校准步骤或有关物理化学性质的信息.此外构建QSAR模型时只利用MLR方法而不需应用主成分回归或偏最小二乘技术.方法简便快速,模型稳定有预测能力.     

新型阿昔洛韦衍生物的合成与CDK2蛋白的分子对接

以抗病毒药阿昔洛韦为先导化合物,设计并合成了8个阿昔洛韦衍生物.所得化合物通过1H NMR、13C NMR、ESI-MS和IR等分析手段进行了结构表征.利用计算机辅助药物设计方法,对阿昔洛韦衍生物与CDK2蛋白的作用模式进行研究,结果表明：所设计的阿昔洛韦衍生物与CDK2的对接结果均优于阿昔洛韦.     

SOF_2与NH_3,CH_3NH_2分子络合物的从头计算研究

用ab initio能量梯度法优化了3个单体分子和2个络合物,即SOF_2,NH_2,CH_3NH_2和NH_3-SOF_2(I)CH_3NH_2-SOF_2(II)的平衡几何构型。对于SOF分子,分别用STO-3G,STO-3G~*,3-21G和3-21G~+(S原子加极化函数6个d进行优化,发现在该分子中硫的3d轨道参与了成键,同时,我们仅用两种含d轨道的基组,即STO-3G~*和3-21G~+得到络合物(I)和络合物(II)的平衡构型和能量性质。比较不同基组的结果可以着出,3-21G~+所得结构参数和能量性质较为合理,根据3-21G~+进行计算,络合物(I)的结合能为29.2kJ/mol,而络合物(II)为31.6kJ/mol,即络合物(II)略比络合物(I)稳定。在这两个络合物形成时都有电荷迁移。     

磺酰脲（胺）类除草剂的非线性QSAR研究

采用人工神经网络分析方法对磺酰脲和稠杂磺酰胺类除草剂进行了非线性ＱＳＡＲ分析,得出了影响它们除草活性的重要特征指标,进一步证实了这两类除草剂与受体具有相同的作用位点以及我们前文提出的这两类除草与受体的作用模型。     

[99mTc-DADS]+系列配合物的定量构效关系研究

用分子力学、半经验量子化学方法中的ZINDO／1方法对[^99mTc-DADS]^ 系列配合物的结构进行了优化，做了电子结构计算，得到各种物理化学参数和电性参数，并将这些参数对膀胱120min摄取值进行多元线性回归分析，得到了回归方程。利用所得方程对该类配合物的肾摄取机制进行了讨论，并验证了该类肾小管分泌型配合物的摄取机制基本符合Despopoulos理论。     

黄酮类化合物的分子力学和量子化学研究

本文着重研究了白杨素和木犀草素等七种黄酮类化合物。我们首先利用ＭＭＰＭ分子力学程序优化这些化合物的结构，然后再用ＣＮＤＯ／２量子化学程序进行计算，最后根据计算结果，讨论电子结构和分子活性部位的关系。     

4A沸石分子筛的合成,结构与性能研究

本文报道了以膨润土合成了４Ａ沸石分子筛的纯相，并测定了其组成．通过Ｘ射线粉末衍射、红外光谱、电子显微镜、透射电镜、白度、钙离子交换能力等测定．对其结构和性能进行了研究．     

环烷烃的沸点与分子结构之间定量关系的研究

根据分子结构的特点,用距离矩阵和染色矩阵表征分子中原子的特性和连接性,建立一种直接根据分子结构信息计算环烷烃沸点的方法。对２３９种环烷烃（Ｃ３～Ｃ４２）的计算结果表明,沸点计算值与实验值的一致性令人满意,平均相对误差０．６９％。     

NiAPO-11分子筛的性能表征

采用常压流动法测定了合成的新型NiAPO - 1 1分子筛的吸附等温线 ,分别用离子交换法、正丁胺滴定法和吡啶中毒法测定了NiAPO - 1 1分子筛的表面酸性 ,用固定床脉冲微反色谱技术测定了异丙苯裂解反应的转化率 ,并与HZSM - 5分子筛比较。实验表明 ,NiAPO - 1 1分子筛具有较强的表面酸性 ,其分子孔径大约为 0 .61nm ,对异丙苯的转化率比HZSM - 5分子筛低 ,但反应的选择性却很高 ,预计NiAPO - 1 1分子筛在择形催化反应中将具有良好的应用前景。     

小核菌多糖分子形貌的电镜研究

本文利用透射电镜（ＴＥＭ）和扫描电镜（ＳＥＭ）对小核菌多糖（Ｓｃｌｅｒｏｇｌｕｃａｎ）在水溶液中的单分子形貌，不同处理后分子形貌的变化及其聚集态结构进行了研究。结果表明，小核菌多糖在水溶液中以特定形状的聚集态存在，有比较规则的二、三、四级结构；其单分子是由三股单链组成的螺旋结构，此结构可能与该多糖的抑瘤活性有关。     

对胺基马尿酸盐类似物的构效关系研究

采用分子动力学的模拟退火技术和MonteCarlo方法寻找了20个胺基马尿酸盐类似物的优势构象，用分子力学方法进行了结构优化，再用半经验量子化学方法中的PM3对之进行了进一步优化，并做了电子结构计算．根据计算结果对该类配合物的肾小管分泌机制进行了讨论：此类化合物具有良好肾小管分泌能力，结果显示分子中羰基氧电荷、羧基双键氧和羧基单键氧电荷之和∑Q均处在一个很小的区间内．据此推论羰基氧、羧基双键氧和羧基单键氧均参予了与肾小管受体的相互作用，而且它们是以协同作用与肾小管受体分子作用．这与Despopoulos理论一致。