蛋白质芯片技术的新进展

基于微阵列技术基础上的蛋白质芯片技术能够在体外直接研究蛋白质的性质和作用,已经被广泛地应用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-小分子药物等方面的研究,并表现出了良好的前景。对蛋白质芯片技术的研究进展和未来前景展望进行了综述。     

蛋白质芯片技术的研究及应用现状

蛋白质芯片技术是采用微阵列方法 ,对样品蛋白进行高通量、髙灵敏度、高特异性的分析技术,作为一种新的技术,日益受到人们的关注.它不仅是蛋白质组学研究中强有力的工具,也是临床应用中疾病早期诊断、预后和治疗效果评测的新手段,其研究成果拓宽了与人类健康更加贴近的应用领域.就蛋白质芯片的原理、分类、制备过程、在疾病诊断中的应用、优缺点和发展前景进行了阐述.     

DNA微阵列方法与应用

本文系统扼要介绍了DNA微阵列的技术方法和应用。包括DNA微阵列的制造原理、杂交和检测的方法,数据结果分析方法,DNA微阵列应用范围,优缺点和发展趋势。     

微阵列PCR生物芯片及其检测技术的研究

微阵列技术本身是纳米尺度的分子操作和组装技术,纳米技术和微阵列技术的交叉融合必然会带来科技发展的飞跃。拥有我国自主知识产权的"双步放大法"纳米探针可视化生物微阵列PCR基因芯片已进入实用阶段。本文针对微阵列生物芯片的发展及其检测技术进行了研究,并分析了目前发展的现状和趋势。     

微阵列制备机器人分向前馈误差补偿控制

为了提高半闭环微阵列制备机器人的定位精度,根据机器人运动误差具有方向性的特点,提出了分向前馈误差补偿技术。建立了微阵列制备机器人系统误差前馈补偿的传递函数模型,对系统的准确性、快速性与稳定性进行分析,从理论上证明该方法在提高机器人精度方面是可行有效的。研究并实施了回程误差与其他非线性误差的分向补偿算法。在清华大学开发的...     

镍基单晶高温合金表面微阵列孔的制备方法及其实验研究

微小孔结构在航空航天、现代医疗、精密仪器等领域有着广泛的应用,但孔径尺寸微小且加工精度要求高,常规的接触式机械加工方式存在切削力致使孔精度较难控制.而电火花加工非接触和无宏观切削力的特点使其在微小孔加工中具有独特的优势.开展镍基单晶高温合金表面微阵列孔制备的实验研究,首先通过低速走丝电火花线切割方法结合精修工艺实现了边长小于340μm菱形微细阵列电极的高精度制备.采用所制备的微细阵列电极在镍基单晶高温合金表面进行微阵列孔加工,探究微阵列孔尺寸的一致性精度、孔壁的表面质量和电极损耗特点,揭示抬刀速度和抬刀模式对微阵列孔的孔壁粗糙度的影响规律,实现了镍基单晶高温合金表面微阵列孔的高效率高精度制备.     

利用蛋白质微阵列筛选抗胸腺瘤优势抗原表位

通过设计多个针对Titin蛋白胞外区多肽序列,用蛋白质微阵列方法筛选抗Titin抗体识别的优势抗原表位,并用ELISA法进行验证.结果显示,在84例MG血清中,51例抗多肽自身抗体阳性,阳性率60.71%.经蛋白质微阵列筛选和ELISA法验证,发现在设计的9条多肽抗原中,P5、P6和P9是优势识别抗原线性表位;进一步发现自身抗体识别的P5与P9多肽表位存在交叉性,并且均能被多肽抗原阻断.结果表明,用蛋白质微阵列方法可有效筛选针对Titin自身抗体识别的优势抗原线性表位.     

石蜡包埋组织芯片制作的质量控制研究

目的:通过构建不同规格的石蜡包埋组织芯片,探讨在制作石蜡包埋组织芯片过程中质量控制的关键要素。方法:利用组织点样仪构建组织微阵列蜡块,按照常规方法进行制片,分别进行HE染色与免疫组织化学染色,光镜下检测组织芯片的制作质量。结果:组织微阵列蜡块中的供体蜡块组织排列整齐,组织芯与受体蜡块融合致密,组织芯片切片基本完整,厚薄均匀。经HE染色和免疫组织化学染色后组织形态可利用率在64.04%~93.75%。结论:良好的供体蜡块与受体蜡块、准确的组织定位、合适的排列方式和熟练的组织芯片制备技术是构建高质量组织芯片的关键因素。     

蛋白质组学研究的有效工具——双向电泳鉴定技术

在当今生命科学研究的热门领域蛋白质组学研究中,双向电泳技术是分离检测细胞、细胞系、器官和组织的总蛋白质组的最有效的方法.双向电泳技术是根据蛋白质等电点和分子量两个相互独立的参数,在相互垂直的两个方向进行二次电泳的过程,其主要步骤包括样品制备、电泳、凝胶染色和图像分析.本文就双向电泳的步骤、技术特点、缺陷和发展前景进行简述.     

基于迭代延长纠错输出编码的微阵列数据多分类方法

微阵列技术使快速大量检测基因成为可能,人们迫切需要利用该技术提高疾病诊断水平.因此,对微阵列数据的分析研究迅速发展,其中以数据多类分类研究尤为突出.但由于微阵列数据具有特征多、样本少的特点,使得传统统计学习方法分类效果欠佳.为了针对微阵列数据特点解决多类分类问题,提出了一种迭代延长纠错输出编码(iterative extension error correct output coding,IE-ECOC)的算法.在几个特征子集上,配合与特征相关的数据复杂度,利用一种基于二叉树的编码方法生成一个列池,并提出一种择列策略构造编码矩阵;然后,依据迭代验证结果延长矩阵.对癌症基因微阵列进行分类实验,结果显示,IE-ECOC对特征多、样本少的数据具有针对性,且与一些经典的ECOC算法相比,可以产生较好的结果,IE-ECOE算法效果也在实验中得到了验证.     

Protein-assisted conjugated polymer microarray: Fabrication and sensing applications

A new strategy is performed to fabricate conjugated polymer microarray with the assistance of protein in this work. The water-soluble cationic conjugated polymer employed in the present work is capable of absorbing light at 510 nm, which makes it compatible with a variety of commercial microarray scanners. It is demonstrated that the protein-assisted conjugated polymer microarray exhibits higher fluorescence signal and better stability in comparison with the case without protein. The conjugated polymer microarray can be used for sensitive detection of picric acid (PA). A major advantage of our approach is its simplicity and chemical linking is not required between the conjugated polymer and microarray substrate. Considering the simplicity of the preparation of the conjugated polymer microarray, it is anticipated that novel sensing platforms will be constructed by employing this versatile method.     

乳腺癌组织芯片的应用与HER-2/neu的表达

目的 :构建乳腺癌及乳腺癌 -良性病变组织微阵列 ,研究HER 2 /neu在原发性乳腺癌和乳腺良性病变中的表达并探讨HER 2 /neu的判断标准。方法 :制作乳腺癌 -乳腺良性病变组织微阵列 (tissuemicroarray)。用免疫组织化学方法检测HER 2 /neu在 180例乳腺癌 ,32例乳腺良性病变组织中的表达。结果 :构建乳腺癌及乳腺癌 -乳腺良性病变组织微阵列 4个 ,180例乳腺癌中HER 2 /neu阳性率为 37.78% (6 8/ 180 ) ,32例乳腺良性病变不表达。乳腺癌组织中HER 2 /neu的过表达率显著高于乳腺良性病变组织 (P <0 .0 5 )。结论 :乳腺癌 -乳腺良性病变组织微阵列的建立使乳腺癌相关基因及其蛋白产物的筛选工作简便、快捷。HER 2 /neu的过表达与乳腺癌的发生密切相关     

对于基因芯片实验的动力学范围和结果可重复性的研究

杂交动力学和实验结果的可重复性是基因芯片研究中十分重要的内容，以单基因模拟芯片对DNA芯片的杂交动力学进行了初步的研究：将不同含量的植物cDNA点在玻片上制成DNA芯片，利用体外转录的方法得到植物基因的mRNA，然后通过反转录方法把荧光标记到cDNA上，用不同含量的荧光标记cDNA对芯片进行杂交，根据结果分析了靶基因和探针含量变化对芯片杂交信号产生的影响，利用多基因模拟芯片分析了不同基因的杂交动力学特点；利用12800点的高密度芯片进行了2组不同的表达谱实验，对芯片结果的可重复性做了验证。     

Enhancing the quality metric of protein microarray image

The novel method of improving the quality metric of protein microarray image presented in this paper reduces impulse noise by using an adaptive median filter that employs the switching scheme based on local statistics characters; and achieves the impulse detection by using the difference between the standard deviation of the pixels within the filter window and the current pixel of concern. It also uses a top-hat filter to correct the background variation. In order to decrease time consumption, the top-hat filter core is cross structure. The experimental results showed that, for a protein microarray image contaminated by impulse noise and with slow background variation, the new method can significantly increase the signal-to-noise ratio, correct the trends in the background, and enhance the flatness of the background, the consistency of the signal intensity.     

生物芯片研究现状及应用前景

生物芯片(Biochip)是以预先设计的方式将大量的生物讯息密码(寡核苷酸、cDNA、基因组DNA、蛋白质等)固定在玻片、硅片等固相载体上组成的密集分子阵列,可分为基因芯片、蛋白质芯片、芯片实验室三类。生物芯片技术的本质是生物信号的平行分析,它利用核酸分子杂交、蛋白分子亲和原理,通过荧光标记技术检测杂交或亲和与否,再经过计算机分析处理可迅速获得所需信息。在医学、分子生物学等领域,生物芯片技术以其高效、高信息量的优势,显现出巨大的应用价值和商业市场,其发展前景非常乐观。     

The Gene Expression Profile of D-galactose Induced Aging Model Rat Using cDNA Microarray

In order to study the molecular mechanism of D-galactose induced aging model, cDNA microarray is used to analyze gene expression profiles of both normal and D-galactose induced aging model rats. Dgalactose induced aging model rats are injected with D-galactose, while normal rats are injected with physiological saline as control. After 7 weeks, the two groups of rats are killed simultaneously. Their livers are harvested for genome-wide expression analysis. D-galactose treated rats showed changes in gene expression associated with increase or decrease in xenobiotic metabolism, protein metabolism and energy metabolism.     

Biological networks to the analysis of microarray data

Microarray technology, which permits rapid and large-scale screening for patterns of gene expressions, usually generates a large amount of data. How to mine the biological meanings under these data is one of the main challenges in bioinformatics. Compared to the pure mathematical techniques, those methods incorporated with some prior biological knowledge generally bring better interpretations. Recently, a new analysis, in which the knowledge of biological networks such as metabolic network and protein interaction network is introduced, is widely applied to microarray data analysis. The microarray data analysis based on biological networks contains two main research aspects: identification of active components in biological networks and assessment of gene sets significance. In this paper, we briefly review the progress of these two categories of analyses, especially some representative methods.     

BAP31 is frequently overexpressed in patients with primary colorectal cancer and correlates with better prognosis

We previously showed that B cell receptor associated protein 31(BAP31) was significantly upregulated in colorectal cancer compared with normal mucosa epithelia. However, its expression pattern and pathological role in colorectal cancer are not clearly understood. In this study, we investigated whether the expression of BAP31 was associated with the clinicopathological parameters of colorectal cancer. The expression pattern of BAP31 was detected by immunohistochemistry on a tissue microarray in both primary ...