黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

中国对虾抗菌肽成熟肽的cDNA克隆

利用RT－PCR、嵌套PCR（Nested PCR)和3’－RACE等方法，从中国对虾血细胞中克隆到1种抗菌肽基因片段，称为中国对虾肽（Chp）基因。此基因片段长543bp，开读框共有156个碱基，编码52个氨基酸。该基因所编码的氨基酸序列对应于凡那对虾抗菌肽成熟肽的序列，与其一致性为52－59％，相似性为61－73％，分子量为5652．4Da，理论等电点为9．76，带正点荷的氨基酸（Arg-Lys）为8个，不含带负电荷的氨基酸。上述这些特征（分子量较小，带正点荷）均为抗菌肽的普遍特征。     

从Cytb基因序列探讨蝽类部分昆虫的系统发生

通过对蝽总科18种昆虫线粒体DNA细胞色素6基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建系统发育树．在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为37．4％,18．8％,31．8％和12．0％,表现出强烈的AT偏向性．就每个氨基酸密码子采看,第3位点的A＋T含量较高,达到83．6％．谊序列片段中共有215个核苷酸位点发生变异（约占49．8％）,种间变异较大．在氨基酸组成上,共编码144个氨基酸。其中有47个发生变异。变异率为32．7％．碱基替换主要发生在密码子第3位点,转换略多于颠换．以筛豆龟蝽（Megacopta cribraria）为外群构建的系统发育树支持荔蝽、盾蝽作为独立的科与蝽科并列,滴蝽从蝽亚科划出归属于舌盾蝽亚科,但蝽科内各亚科间及蝽亚科各族间的系统进化关系与传统的形态分类结果不完全一致,还有待于进一步研究．     

新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因的克隆及序列分析

参考牛种布鲁氏菌的GroEL（热休克蛋白）基因设计引物,扩增出新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因片段,将其片段克隆到T载体上测序。结果表明：新疆源布鲁氏菌GroEL基因片段长1641bp,编码546个氨基酸,与羊种（B．melitensis）、猪种（B．suis）以及牛种（B．abortus）GroEL基因的核苷酸序列同源性分别为99．88％、99．82％、99．88％,推导的氨基酸序列同源性在99％以上,显示了很强的保守性。     

耐热碱性性磷酸酯酶基因的DNA序列

从栖热菌中克隆到产耐热碱性磷酸酯酶基因并进行了ＤＮＡ序列分析。结果表明此２．０ｋｂ的片段含有一个１０５６ｂｐ的开放阅读框,编码５０１个氨基酸的蛋白质,其Ｎ端有一２６个氨基酸的信号肽。     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

猪肝脏和肌肉肉碱脂酰转移酶I基因片段克隆及序列分析

分别从金皮F2代猪的肝脏、第十肋背最长肌中提取总RNA,并根据报道的猪L—CPT I cDNA和M—CPT I cDNA序列分别设计引物1和引物2,用反转录一聚合酶链式反应（RT—PCR）进行cDNA扩增,获得两条长度分别为733bp和510bp的片段,克隆于pUCm-TVector后进行序列分析。结果表明,长度为733bp的片段为L—CPTI基因cDNA的部分序列,编码243个氨基酸,而长度为510bp的片段则为M—CPTI基因cDNA的部分序列,编码169个氨基酸。得到的两条基因片段与报道的猪L—CPT IcDNA和M—CPT IcDNA部分序列同源性分别为99.59％和99．61％。     

蓖麻PsbO基因的克隆与序列分析

用实验室栽培的蓖麻新鲜叶片为材料,Trizol法提取总RNA,参照GenBank公布的植物PsbO氨基酸序列,进行序列比对找出氨基酸序列保守区设计简并引物,通过RT-PCR扩增目的片段,纯化后克隆到T-Vector中测序,获得蓖麻的PsbO基因,对其基因序列进行分析。了解到其长度为1081bp,5＇非编码区为10bp,3＇非编码区为273bp,编码区长798bp,编码266个氨基酸。序列分析结果表明,蓖麻PsbO基因编码的氨基酸序列与已公布的其他植物中克隆到的PsbO氨基酸序列有较高的同源性。     

甜菜夜蛾核多角体病毒（SeMNPV）gp 37基因的克隆及序列分析

通过鸟枪法克隆了甜菜夜蛾核多角体病毒（SeMNPV)基因组DNA EcoR I酶切的2．2kb片段,序列分析表明,该片段含有gp37基因,SeMNPV gp37基因的开放阅读框为801个核苷酸,编码268个氨基酸,预测蛋白质相对分子质量为30400,在gp37基因起始密码子上游有一典型的杆状病毒晚期基因启动子序列ATAAG,同其它昆虫杆状病毒和昆虫痘病毒GP37／Fusolin蛋白的比较结果表明,SeMNPV GP37与已知gp37/fusolin基因的氨基酸序列同源性较高（50－68％）,在其蛋白序列内存在类似的保守区和可能的N－连接糖基化位点,在SeMNPV gp37基因下游存在一个完整阅读框和部分get基因序列。     

伪狂犬病毒糖蛋白H基因片段的克隆,序列测定和分析

对伪狂犬病毒湖北地方株（ＰＲＶ ＨＢ株）糖蛋白Ｈ基因片段进行了扩增、克隆、序列测定和分析，比较了该序列与ＰＲＶ Ｋａ株及ＮＩＡ－３株三之间的同源性。结果显示，克隆片段长１３９６ｂｐ，Ｇ＋Ｃ含量７５．６％包括糖蛋白Ｈ（ｇＨ）Ｎ端２８３个氨基酸编码区及上游调控序列和胸苷激酶端１３     

耐热碱性磷酸酯酶基因的亚克隆及其在大肠杆菌中的表达

根据耐热碱磷酸酯酶基因的酶切图谱和ＤＮＡ序列,分别在基因的起始密友子和终止密码子设计２个突变引物。引物的５‘端分别带有ＮｄｅⅠ和ＢａｍＨⅠ酶切全点。通过ＰＣＲ从质粒ｐＴＡＰ１１８Ｂ中扩增获得了ＦＤ－ＴＡＰ基因的全序列。经过酶切将基因亚克隆于高达载体ｐＪＬＡ５０３。     

猪繁殖和呼吸综合征病毒福建毒株ORF5的序列分析及原核表达

根据猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)已发表的核苷酸序列,设计了一对特异性引物(p1/p2),用RT-PCR扩增PRRSV福建毒株FJ-1的全长糖基化囊膜蛋白基因(ORF5),将扩增产物连接到pUCm-T载体并转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性重组质粒进行序列测定与分析.再设计另一条引物(p3)与p2从重组载体pUCm-T-ORF5中扩增出缺失了N端30个氨基酸残基的tGP5的编码序列tORF5,克隆入表达载体pGEX-4T-3后在大肠杆菌中表达.结果表明,FJ-1毒株ORF5基因为603 bp,编码200个氨基酸,与北美型参考毒株VR-2332、CH-1a及欧洲型参考毒株LV的氨基酸同源性分别为87%、89%和53%,推定福建毒株FJ-1属于北美型毒株.原核表达产物经过SDS-PAGE及Western Blot分析,证实为GP5与谷胱甘肽转移酶(GST)的融合蛋白.分子量为41 kDa.表达量约占菌体蛋白的15%,主要以包涵体形式存在.     

皱纹盘鲍Hdh-MMP-1基因cDNA的克隆及原核表达

利用同源克隆方法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,从皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)肌肉组织中克隆得到基质金属蛋白酶-1基因(Hdh-MMP-1)cDNA全长序列(GenBank登录号:KR537291)。结果表明,Hdh-MMP-1 cDNA全长2136 bp,其中ORF长度为1551 bp,编码区含有516个氨基酸残基,预测其分子质量为58.94 ku,理论等电点为5.99。Hdh-MMP-1具有MMPs家族典型的N-端前肽区、催化区、铰链区和C-端类血红素结合区。利用SOPMA和SWISS-MODEL软件对该基因编码蛋白质高级结构进行了预测分析。氨基酸序列相似性结果显示,Hdh-MMP-1不仅与多种生物MMP-1基因具有序列相似性,且与某些软体动物和虫类的MMP-14及MMP-19也具有序列相似性。多序列比对结果显示,Hdh-MMP-1与红螺鲍、杂色鲍、美洲牡蛎的MMP-1相似性分别为95.29%、82.35%、38.85%。随后,构建了表达载体pET28a-catMMP-1,利用大肠杆菌原核表达系统,在大肠杆菌BL21 (DE3)中成功对该蛋白质催化区进行异源表达。     

人血管生长素基因的化学合成与克隆

采用固相亚磷酸胺法化学合成并克隆人血管生长素基因，该基因全长４２３ｂｐ，其中３６９ｂｐ的结构基因全部选用大肠杆菌偏爱的密码子，在结构基因上游设置了适合原核非融合蛋白表达的核糖体结合位点的Ｓ－Ｄ序列。采用两级退火一步拼接法成功克隆全长基因，该基因适合在多种融合或非融合原核表达载体中表达。     

Inducible expression pattern of rice Bowman-Birk inhibitor gene<Emphasis Type="Italic">OsWIP1-2</Emphasis> and its protease inhibitory activity

The WIP1-2 gene was cloned from rice. It be-longs to the Bowman-Birk inhibitor gene family. Northernblot showed that expression of this gene was induced bywounding and jasmonic acid (JA). It indicates that the OsWIPI gene plays an important role in the rice defense sys-tem. The OsWIP1-2 was cloned into pET28a and expressed inE. coli. Its expressed product was purified in the form offusion protein and tested for the inhibitory activities againsttrypsin and chymotrypsin. It was found that the fusion pro-tein could inhibit chymotrypsin, but not trypsin. It was alsofound that the His tag at its C-terminal affected its inhibitoryactivity significantly. The fusion protein with a naturalC-terminal had the inhibitory activity, while no inhibitoryactivity was detected in the fusion protein with a (His)6-tag atits C-terminal. This implies that extra amino acid residues atthe C-terminal of OsWIP1-2 may interfere with its correctfolding. The inhibitory assay indicated that the members ofrice Bowman-Birk inhibitor gene family probably differenti-ated both in their structure and function.     

Dissecting the catalytic triad of a serine protease

Serine proteases are present in virtually all organisms and function both inside and outside the cell; they exist as two families, the 'trypsin-like' and the 'subtilisin-like', that have independently evolved a similar catalytic device characterized by the Ser, His, Asp triad, an oxyanion binding site, and possibly other determinants that stabilize the transition state (Fig. 1). For Bacillus amyloliquefaciens subtilisin, these functional elements impart a total rate enhancement of at least 10(9) to 10(10) times the non-enzymatic hydrolysis of amide bonds. We have examined the catalytic importance and interplay between residues within the catalytic triad by individual or multiple replacement with alanine(s), using site-directed mutagenesis of the cloned B. amyloliquefaciens subtilisin gene. Alanine substitutions were chosen to minimize unfavourable steric contacts and to avoid imposing new charge interactions or hydrogen bonds from the substituted side chains. In contrast to the effect of mutations in residues involved in substrate binding, the mutations in the catalytic triad greatly reduce the turnover number and cause only minor effects on the Michaelis constant. Kinetic analyses of the multiple mutants demonstrate that the residues within the triad interact synergistically to accelerate amide bond hydrolysis by a factor of approximately 2 X 10(6).     

内生枯草芽孢杆菌HD-1β-甘露聚糖酶基因的克隆及结构生物学分析

采用PCR技术从一株内生枯草芽孢杆菌HD-1基因组DNA中扩增出β-甘露聚糖酶基因核苷酸编码序列.序列分析表明,该基因全长1 089bp,编码362个氨基酸和一个终止密码子,N端前27个氨基酸为其信号肽.该酶氨基酸序列与相同来源的β-甘露糖苷酶同源性最高达98.34%,具有ManB保守结构域,属于糖苷水解酶家族26的一员.通过对该酶分子三维结构的预测分析,该酶的催化域形成TIM桶状结构,Cys92和Cys112形成二硫键,它们之间的部分构成该酶的氧化还原反应的活性中心,Glu100和Glu292分别为该酶的酸碱催化位点和亲核催化位点.三维结构的分析为提高酶的催化活性的和功能方面的定向改造提供了依据.     

PheAB基因在棒状杆菌染色体上的整合

改造大肠杆菌质粒ｐＬＣＸ３１,切除其中的ｘｙｌＥ基因得到大肠杆菌质粒ｐＪＬ０１．将源于大肠杆菌分枝酸变位酶－预苯酸脱水酶基因２．３ｋｂ ＢａｍＨＩ片段克隆到大肠杆菌质粒ｐＪＬ０１中启动子Ｐ３２的下降,构建成质粒ｐＪＬ０２。再在ｐＪＬ０２的ＨｉｎｄⅢ位点接入棒状杆菌染色体的ＨｉｎｄⅢ消化的随机片段,构建成带不同棒状杆菌染色体片段而不带棒状杆菌自主复制顺序的棒状杆菌整合质粒ｐＪＬ０３。