模糊极值与遗传密码的亲水—疏水性和突变危险性

提出了两遗传密切之间距离的一个定义，以该定义为基础构造了密切字典的突变危险度函数；应用模糊极值方法求出了使突变危险度极小的标准密码表的疏水－亲水畴分布；证实由局域极小化的简并多重态构成的标准密码字典和大部分线粒体密码字典的突变危险度是近似极小的，若以密切字典系统平均突变危险度和最大突变危险度为标度，现有的各种与极小值的接近程度在90％左右；计算结果还支持这样的假设：密码的进化是遵循整体突变危险性极小的，标准密码表可能是由类似于线料 密码的古典密码表进行化来的，而碱基的化学修饰有助于降低突变危险性。     

分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则

定义了分子序列（碱基序更和对应的氨基酸序列）的突变危险性函数，通过危险性函数的极小化可以导出遗传密码的简并规则，终止密码子在密码表上的位置及亲－水畴排布，氨基酸在密码表上的定位接近标准密码表，各个生物类别的突变危险性函数值差别不超过５％，可看作守恒量，Ｒａｓ家庭癌基因产物具有较大的突变危险性函数值，这提示分子序列的突变危险性函数可能有重要的应用价值和理论意义。     

生命密码的突变危险性理论

目的梳理迄今为止多种主体密码起源及进化假说,研究突变危险性理论的本质内容、理论特点和优势并作相应评述。方法文献考证与概念分析。结果揭示了突变危险性理论的本质内容及理论特色。结论生命密码的突变危险性理论有其自身理论体系的简明性和逻辑性,继承了Crick的摆动假说和冻结偶然性理论,并将标准码和反常码的研究纳入了一个统一的理论框架之下。     

非凸函数极小问题的BFGS法的全局收敛性

对ＢＦＧＳ进行了简单的修正,并证明了该算法用于求解非凸函数最小值时的全局收敛性。     

遗传密码的信息内涵及其与氨基酸的对应联系

为了探讨遗传密码的起源,本文系统考察了四种核苷酸和各类密码子的编码信息、密码子与氨基酸的对应分类关系,发现：①四种核苷酸的编码能力依交为A＞U＞G＞C;②嘌呤型（PP）、啶型（MM）与嘌嘧混合型（PM）密码子的编码能力表现为PP＞MM＞PM;③氨基酸与碱基型密码子的对应分类关系较为确定,其中PP有酸性、碱性及酰氨型氨基酸,M骨芳香族、杂环族氨基酸;PM有脂肪族氨基酸编码的偏爱性,认为遗传密码与氨基酸对应联系的起源不是随机发生的。     

遗传密码的对称性和氨基酸的疏水性

根据四种核苷酸的对偶性(阴阳)假设,给出类似于64卦的遗传密码图示,利用这种表示导出了氨基酸的亲水-疏水分类、亲水-疏水畴和反义密码子的相反疏水性.     

用AUG的三联数字推导氨基酸的遗传密码

遗传密码是三个碱基组成不重叠的三联密码子,并且一个三联密码子决定一种氨基酸。现已知道组成蛋白质的氨基酸只有20种,而由四种碱基组成的三联密码子有64种之多。本文用起始密码子AUG的三联数字来推导20种氨基酸一一对应的遗传密码。     

带拟凸约束的极小规则

本文给出带拟凸约束规划的一个新算法,其结果改进和推广了文－「１－３」的结论。     

动力系统极小性的两点注记

讨论动力系统的极小性,根据系统有无孤立点对极小系统进行了分类,并给出了两极小系统的乘积仍为极小系统的充要条件.     

带有两个反凸约束凹极小

针对线性的约束再加两个反凸约束条件下，求解凹函数全局极小问题，提出一悠闲的的锥分解算法，该算法比普通半分法收敛快。     

遗传密码的逻辑和稳定性原理

引入突变危险性函数M_D和M_D的统计极值原理,作为分析密码逻辑的出发点。讨论了单密码子近似下密码字典的整体M_D极小化,由拉格朗日乘子法导出了和实验相符的结果。进一步的近似可以导出密码字典中的亲水-疏水畴,也和氨基酸和反密码子的实验资料一致。由密码子相互作用可给出密码子分布和非标准密码。     

一种新型的基因编码与基因算法

研究和发展模仿生物体行为和功能的计算理论和方法是现代信号与信息处理领域非常迷人的方向之一,神经计算和基因计算正是在这一方向上的杰作。科学家们至今对生物进化复杂性和脑功能复杂性的理解还很不全面和深入,但是人们模仿其机制的计算在许多工程应用问题中已取得良好的效果。本文论述了生物体的基因编码和译码的基本原理,据此提出了基因计算的新框架和途径。     

遗传算法中两种编码的比较

遗传算法中二进制编码通常用来解决最优解问题,引入了BCD编码来解决最优解问题。通过逐步计算的方法对两个实例进行了比较,并给出二进制编码和BCD编码的特点。结果表明:BCD编码比较容易与十进制数据转换,实现机制简单。     

两种快速的密码子检索方法

许多生物信息学软件涉及将核苷酸序列翻译成对应的氨基酸序列的操作.密码子检索表的结构及检索算法强烈地影响蛋白质翻译的速度.本文提出了2种快速的密码子检索方法.一是平均检索长度约为7,最大检索长度为9的分块检索;二是没有空间冗余和地址冲突的哈希表检索,其平均检索长度和最大检索长度均为3.对几种密码子检索方法的检索效率进行比较,结果表明哈希表的检索速度最快.     

部分基因继承技术对带有对称编码的基因算法的影响

进一步讨论了带有对称编码的基因算法中采用的部分基因保留技术对算法性能的影响，确定了最佳基因保留量（２５％）及其选择范围（２０％～５０％），对算法的计算机实验所得到的结果表明，如果不采用这项技术，带有对称编码的基因算法的性能就会降低，所得到的解的质量就会下降。     

多维编码遗传算法在城市供水管网优化调度中的应用研究

从供水管网系统整体优化和最小供水费用的角度出发,结合复杂供水系统的生产调度特点,提出了城市供水系统整体优化调度的遗传算法,对其编码规则、染色体的评估以及遗传操作进行了深入的研究,并给出了详细的求解步骤.采用Matlab软件编写了基于遗传算法的优化调度程序,并应用该程序对某市供水管网系统的生产调度进行了仿真研究.仿真结果表明,应用遗传算法求解管网系统优化调度,可以得到问题的全局最优解,采用优化调度程序进行生产调度可以节省运行费用.图2,表1,参11.