两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

养殖红鳍东方(鱼屯)中华拟德氏吸虫病的危害与流行

福建闽东海水网箱养殖红鳍东方鲀首次暴发流行中华拟德氏吸虫病,通过实地考察和解剖等研究中华拟德氏吸虫病的危害与流行.结果表明:其主要致病因子是成虫和虫卵,成虫寄生于肝门静脉,虫卵主要沉积于肝脏、胆囊、肠道等,引起组织病变如组织炎症、增生肥厚、形成纤维性结节等.虫卵比成虫的危害性更大.中华拟德氏吸虫病存在年循环流行,发生于每年5-9月中旬.6-8月期间感染率逐渐升高,最终达100%.并引起高死亡率,可达76%~83.1%.中华拟德氏吸虫是养殖河的重要病原体之一,严重危害河养殖.     

山东野生果蝇体内Wolbachia的检测及WSP基因序列分析

Wolbachia是当前分布最广的共生菌类,参与调控寄主的多种生殖活动.通过对山东8个地理种群野生果蝇Wolbachia的WSP基因进行检测,在5个地理种群的黑腹果蝇和3个地理种群拟果蝇中分别分离到长度为632bp和611bp的Wolbachia的WSP基因片段,命名为WSPSD632和WSPSD611,在GeneBank所获注册号分别为EU395833和EU395834.将两序列和CeneBank上公布的WSP基因序列构建系统发育树,表明山东野生黑腹果蝇和拟果蝇所感染的Wolbachia分属于WMel和WRi类群.序列比对结果显示,两核苷酸序列的同源性为86.39%,但碱基替换率和缺失率存在一定差异.     

新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。     

细粒棘球绦虫新疆株胆汁酸钠协同转运蛋白基因的克隆及序列分析

 从新疆株细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg)原头蚴中克隆胆汁酸钠协同转运蛋白(sodium-bile acid co-transporter,EgSBACT)基因,进行序列测定和生物信息学分析。首先设计EgSBACT 基因特异性引物,用RT 及PCR 方法从新疆株细粒棘球绦虫原头蚴提取总RNA,将其反转录成cDNA 后扩增EgSBACT 基因并将其克隆至原核表达载体pET30a 中,测序鉴定序列并进行生物信息学分析。结果显示,RT-PCR 扩增出一长度约650 bp 的基因,测序显示其长度为654 bp,序列与Gen-bank 公布的EUB59978.1 完全一致,其编码217 个氨基酸,预测其等电点为9.28。同源性分析发现,EgSBACT 蛋白序列与中华枝睾吸虫SBACT(GenBank:GAA57409.1)同源性最高,达到43%。进化树分析表明,细粒棘球绦虫的SBACT 蛋白与吸虫纲的SBACT 相聚集,在进化树上处于一枝,而与其他物种亲缘性较远。由此表明,本研究成功克隆出细粒棘球绦虫EgSBACT 基因。     

厦门海域真刺唇角水蚤mtCOI序列分析

采用PCR扩增、克隆和序列测定等技术对厦门海域真刺唇角水蚤(Labidocera euchaetaGiesbrecht)线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(mitochondrial COI,mtCOI)进行了初步研究,得到3个雌性个体的mtCOI基因片段序列,序列的长度为709 bp,其A,T,C,G平均含量分别为23%、37%、15%和25%.三条核苷酸序列经比较后,得到其遗传相似性(i-dentity)为99.29%,共有15个差异位点,核苷酸差异均为颠换(transversion)类型.比较了厦门海域真刺唇角水蚤与GenBank数据库中的角水蚤科(Pontellidae)6个种的mtDNA COI基因片段序列(索引号AY145428、AY145429、AB206443、AB206444、AB206445、AB206446),其同源性为87.34%.文中讨论了上述7种桡足类的系统发生关系.     

草鱼肌肉生长抑制素cDNA克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,从草鱼肌肉组织中克隆出MSTN cDNA序列,长度为1764 bp,编码区为1128 bp,共编码375个氨基酸.前体蛋白包括信号肽序列、N端前肽区、蛋白酶水解位点RIRR及C端活性区(含9个保守的Cys残基).多重序列比较表明,草鱼与斑马鱼、黑头软口鲦之间的MSTN序列同源性在94%以上,与其它鱼类之间的序列同源性也较高(78.1%~82.3%),但与鸟类、哺乳类之间的序列同源性则相对较低.系统进化分析显示,不同物种间的MSTN序列同源性基本反映了它们的亲缘关系.     

养殖红鳍东方纯中华拟德氏吸虫病的危害与流行

福建闽东海水网箱养殖红鳍东方纯首次暴发流行中华拟德氏吸虫病,通过实地考察和解剖等研究中华拟德氏吸虫病的危害与流行．结果表明：其主要致病因子是成虫和虫卵,成虫寄生于肝门静脉,虫卵主要沉积于肝脏、胆囊、肠道等,引起组织病变如组织炎症、增生肥厚、形成纤维性结节等．虫卵比成虫的危害性更大．中华拟德氏吸虫病存在年循环流行,发生于每年5～9月中旬．6～8月期间感染率逐渐升高,最终达100％,并引起高死亡率,可达76％～83．1％．中华拟德氏吸虫是养殖河纯的重要病原体之一,严重危害河纯养殖。     

牙鲆迟钝爱德华氏菌的分离及其鉴定

从患腹水病牙鲆体内分离致病菌,通过生理生化鉴定方法对该菌进行了鉴定;根据GenBank上报道的迟钝爱德华氏菌标准株(ATCC15947)的16S rDNA序列以及致病性迟钝爱德华氏菌所含有的菌毛亚基(Fi mA)基因(AB100170)的核苷酸序列设计了2对引物,对所分离到的6株疑似菌进行PCR扩增,均能够扩增出目的条带,基因片段大小分别为1 399,540 bp.序列分析表明,扩增得到的基因与其参考菌株序列高度同源,同源性分别为98.86%,100%.分子生物学鉴定结果与常规细菌鉴定方法所得结果一致,证明该菌为迟钝爱德华氏菌.将该菌肌肉注射鲫鱼,发病症状与自然死亡的症状相似,并从患病鲫鱼体内分离到该菌,说明所分离的迟钝爱德华氏菌是患病牙鲆的原发病原菌.     

长针科线虫2种传毒种类和3种非传毒种类分子鉴定和亲缘分析

 裂尾剑线虫Xiphinema diversicaudatum和逸去长针线虫Longidorus elongatus是植物病毒的重要传毒线虫,具有重要的经济意义,被我国列入进境植物检疫性有害生物名单.通过对上述2种检疫性线虫和中国云南不同地区3种长针科线虫共7个种群rDNA的内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,分别获得1 400～2 100 bp PCR产物片段,通过与Genbank上5种8种群的ITS区序列进行分析,结果发现裂尾剑线虫与包括逸去长针线虫等在内的其他4种线虫的同源性仅有55%,逸去长针线虫与3种长针科非传毒线虫的同源性仅为56%.同种不同种群间的rDNA-ITS的基因变异分别从0～10%不等.     

有孔虫分子生物学研究进展

传统的微体古生物学研究中,有孔虫是生活于海洋环境中以具有膜状、胶结质或钙质壳为特征的丝网状肉足虫类原生动物.最近对底栖有孔虫rDNA序列的分析研究,揭示了有孔虫还有无壳(裸露)种类以及生活于陆地淡水环境的类型.同时分子系统学研究表明有孔虫位于真核生物系统树的基部,在双滴虫类与绿眼虫类之间.对浮游有孔虫大量基因型及其与环境关系的研究,揭示了传统研究低估了有孔虫的多样性.有孔虫基因型与生物地理分布、海洋环境有关研究表明利用rDNA序列分析识别出的同一物种的不同基因型可以为古环境研究提供更加精确的替代性指标.     

rDNA指纹图的建立及其在细菌分类鉴定中的应用

应用PCR技术,从大肠杆菌中分别扩增出16S、23S核糖体RNA基因(rDNA),以[a-32P]bATP经缺口平移法标记rDNA后作为广谱探针.选用BamhⅠ、EcoRⅠ、HndⅢ等不同限制酶,对肠杆菌科细菌及一起沙门氏菌食物中毒暴发分离株进行染色体DNA酶切,凝胶电泳分离各片段后,通过Southem杂交,获得各菌株rDNA指纹图.每个细菌都可以从rDNA的限制性片段长度多态性(RFLP)得到鉴定,rDNA指纹图显示出种特异性,明确地区分出引起食物中毒的可疑传染源.该法特异性强、重复性好,既可用于细菌的分类鉴定,也可作为分子流行病学调查的工具.     

高产絮凝剂菌株G-203的筛选及其性质

从活性污泥中分离得到一株高产絮凝剂菌株G-203,经16S rDNA测序后鉴定为Klebsiellasp.。G-203菌产生的絮凝剂LH5-2是一种胞外絮凝剂,经组分分析,LH5-2是一种含有少量蛋白的多糖物质。LH5-2在pH=7~12时稳定性好,在质量浓度为0.12~0.42 g/L时絮凝活性维持较高水平,最高达98.98%。菌株G-203发酵40 h絮凝剂产量达到最高值11.9 g/L,糖的转化率为59.5%。     

重金属污染土壤中泛基因组的提取及其细菌种类的免培养法分析

采用玻璃粉吸附法提取重金属污染土壤的泛基因组,利用细菌16S rDNA保守区段B2/B3为引物,经PCR扩增获得包含V8和V9两个高变区的大小为1050 bp的产物.将回收纯化的PCR产物与克隆载体pMD18-T连接,转化大肠杆菌DH5 α感受态细胞,经抗生素抗性和蓝白斑筛选,并提取质粒作酶切分析,随机挑取3个阳性克隆菌进行序列测定,结果表明3个序列所代表的均是芽孢杆菌属(Bacillus)细菌,而且均是与Bacillus flexus亲缘关系非常接近的细菌.     

一株产辅酶Q10的光合细菌菌株的分离及鉴定

从水塘污泥中富集分离到一株产CoQ10含量较高的光合细菌菌株,并对其进行系统鉴定.采用了丙酮作为CoQ10的提取溶剂,样品经超声波破碎后,用紫外分光光度法(UV)作为CoQ10的定性定量方法,成本低且快速,可以作为筛选CoQ10含量较高菌株的方法.以此方法筛选得到菌株LZC,其CoQ10产量为9.49μg/mL菌液.16S rDNA序列系统发育分析表明,菌株LZC在系统进化树上与GenBank中序列号为AB251407.1、AB251408.1、AB017799.1、DQ342322.1的红假单胞菌(红细菌)聚为一族,初步确定菌株LZC为生芽红假单胞菌(Rhodobacter blasticus).菌株LZC至少能稳定传代15次.     

嗜水气单胞菌的分离培养及鉴定

从患腹水病褐牙鲆体内分离致病菌,通过生理生化鉴定方法对该菌进行了鉴定.根据Genbank 上报道的嗜水气单胞菌标准株的16s rDNA序列以及致病性嗜水气单胞菌所含有的气溶素(aer)基因没汁了2对引物,对所分离到的2株疑似菌以及3株标准株进行PCR扩增,均能够扩增出目的条带,经测序后,该菌的16s rDNA的序列、aer序列与标准株同源性分别达到99.8%和95%,与常规细菌鉴定方法所得结果一致,证明该菌为嗜水气单胞菌.     

一株来源于深海热液区嗜热细菌的分离及鉴定

从西南印度洋热液区沉积物样品中分离纯化获得一株中度嗜热产芽孢杆菌,命名为M6.菌株M6为革兰氏阳性菌,短杆状,可成对.菌株M6的生长温度为35～65 ℃(最适生长温度60 ℃),生长pH为6.5～8.5(最适生长pH为7.0～8.0),生长NaCl质量分数为0～4%(最适NaCl质量分数为2%),生长盐度为0～80人工海水(最适盐度为40).16S rRNA基因相似性分析表明,菌株M6属于不产氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus),与Anoxybacillus rupiensis菌株同源性最高,达99%;但16S～23S rDNA 间隔区PCR扩增分析表明,该菌与同属菌株有较大差异.通过以上形态学、生理特征以及分子生物学鉴定,认为菌株M6为不产氧芽孢杆菌属的菌株.另外,菌株M6可分泌胞外高温淀粉酶.菌株M6胞内含有内生质粒,其大小约为10 kb,命名为pAB01.     

东太平洋结核区细菌调查及鉴定

对东太平洋结核区6个站点沉积物样品进行细菌培养和数量统计,发现各个站点间的细菌总量变化幅度较大,站点E2003-01的细菌量最多;细菌量纵向分布规律基本是从表层到深层逐渐递减.对所获得的菌株进一步用RFLP和16S rDNA 基因序列分析,发现所获得的菌株主要来自变形菌门(Proteobacteria)的α、β、γ亚群和放线菌门(Actinobacteria),厚壁菌门(Firmicutes) 等类群.此外还发现了与已知细菌菌种相似性在97%～95%之间的有12株,它们可能是新种;与已知细菌菌种相似性小于或等于95%的有4株,它们可能是新的属种.     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6,对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树,其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.