酵母编码区及非编码区的统计分析

以酵母全基因组中第一类的2505个编码序列和相对应的非编码序列为统计样本,给出了酵母编码起始区和编码终止区以及非编码区碱基的分布特征,我们发现,真核生物的Yeast和原核生物的E.coli同样,四种碱基在编码区呈3周期分布,非编码区没有3周期特性,在起始密码子前－3位点上碱基A、C、T明显偏置,与Marilyn Kozak的结果相比较看出,这一伴点与进化无关。＋4位点碱基T、G的使用和有椎生物不同,有可能与进化有关。     

豌豆cop1cDNA的克隆,序列分析及其在大肠杆菌中的表达

以拟南芥ｃｏｐ１ｃＤＮＡ为探针,从豌豆ＣＤＮＡ文库中克隆到了豌豆ｃｏｐ１ｃＤＮＡ。序列分析表明,它全长为２８６３ｂｐ,其中包括６０４ｂｐ５‘非编码区,２４３ｂｐ３’非编码区和２０１６ｂｐ编码区,编码６７２个氨基酸。在大肠杆菌中实现了豌豆ｃｏｐ１基因的高效表达。对拟南芥、豌豆和番茄３种植物ｃｏｐ１的序列同源性比较表明,ｃｏｐ１可能是一种进化上很保守的蛋白质。     

蝎α-毒素的分子进化:加速突变与功能趋异

蝎α-毒素为一类空间结构高度相似而药理学功能趋异的蛋白质家族.cDNA序列分析表明蝎α-毒素5′非翻译区和信号肽编码区序列的保守性显著高于成熟毒素编码区,3′非翻译区在药理学组内高度保守.而且,成熟毒素编码区密码子第1,2和3位核苷酸突变率相似.非翻译区内每个位点的核苷酸替代数(K)小于成熟毒素编码区内每个同义位点的核苷酸替代数(Ks),而且成熟毒素编码区内每个非同义位点的核苷酸替代数(Ka)接近或大于Ks值.上述数据表明,蝎α-毒素成熟肽编码区内的突变为加速进化方式.这一结论得到进化树结果的支持.此外,研究还表明稳定3D结构的15个保守性残基靠近分子内部,这可能作为蝎α-毒素结构性限制因素在进化过程中维持CSαβ结构的恒定;4个热点突变区分布于分子表面的潜在功能区,表明正性Darwin选择驱动了蝎α-毒素的加速进化.研究结果合理地解释了蝎α-毒素保守性3D结构与趋异的药理学功能之间的关系.     

蝎α—毒素的分子进化：加速突变与功能趋异

蝎α－毒素为一类空间结构高度相似而药理学功能趋异的蛋白质家族。cDNA序列分析表明蝎α－毒素5′非翻译区和信号肽编码区序列的保守性显著高于成熟毒素编码区，3′非翻译区在药理学组内高度保守。而且，成熟毒素编码区密码子第1，2和3位核苷酸突变率相似。非翻译区内每个位点的核苷酸替代数（K）小于成熟毒素编码区内每个同义位点的核苷酸替代数（Ks)，而且成熟毒素编码区内每个非同义位的核苷酸替代数（Ka)接近或大于Ks值。上述数据表明，蝎α－毒素成熟肽编码区内的突变为加速进化方式。这一结论进化树结果的支持。此外，研究还表明稳定3D结构的15个保守性残基靠近分子内部，这可能作为蝎α－毒素结构性限制因素在进化过程中维持CSαβ结构的恒定；4个热点突变区分布于分子表面的潜在功能区，表明正性Darwin选择驱动了蝎α－毒素的加速进化。研究结果合理地解释了蝎α－毒素保守性3D结构与趋异的药理学功能之间的关系。     

山羊GDF9基因编码区nsSNPs的生物信息学分析

为筛选山羊GDF9基因的功能性nsSNPs,利用生物信息学技术对该基因编码区nsSNPs进行了有害位点的预测,进一步对有害nsSNPs在GDF9蛋白的位置、进化保守性及其对编码蛋白的稳定性、高级结构的影响等进行了预测分析,同时分析了该蛋白的泛素化修饰位点和磷酸化修饰位点.结果 表明,山羊GDF9基因编码区14个nsSN...     

家猪基因组含有大量保守非编码区

用190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组，除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区，得到大量含有保守非编码区的家猪序列。11．05％的家猪读序含有“猪—人”保守的非编码区序列，3．13％的家猪读序含有“猪—鼠”保守的非编码区片段，1．86％的家猪读序包含“猪—人—鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外，很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。     

小分子非编码RNA 中国科学家谈科学

对小分子非编码RNA的研究将揭示一个全新的由RNA介导的遗传信息表达调控网络(Ribonet),从RNA调控和非编码RNA基因的角度来注释复杂生物基因组的结构与功能,阐明生命遗传和进化的本质,并为重要疾病的研究和治疗提供新的技术和思路。     

核酸序列进化的早期突涨模型

总结了序列编码区的统计特征。1.信息参致(?)X对进化的依赖;2.关联长度的分布;3.子序列参数的特异性;4.编码区长度与进化水平无关;5.重复区长度的冻结现象;6.重复片段具有大的D_f和偏置的GC含量。为了解释这些特征,本文提出假设:生命形成伊始,有一个序列长度的突涨阶段一一序列(编码区)在较短的时间内,通过重复,拼接而迅速变长。当序列达到了一定长度以后,才开始以碱基突变和选择为主的阶段,以及真核以后的内含子插入机制阶段。     

DNA序列在植物系统进化研究中的应用

DNA序列分析已广泛应用于植物系统与进化学研究，根据不同的研究对象和问题选择相对应的DNA序列来进行研究显得十分重要。目前在植物系统与进化学中主要一些DNA的应用，主要是讨论叶绿体基因组（rbcL等）和核基因组（18S，ITS）中的特定DNA序列区段。研究表明，18S,rbcL等编码基因一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨，而ITS极cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。     

编码序列和非编码序列中核苷酸关联性质的比较研究

定义了核苷酸序列的信息关联和１６种碱基关联，并求得了它们的涨落限。从关联长度和关联强度两个方面研究了编码序列和包含编码区和非编码区的全序列的核苷酸关联性质，并用快速付立叶分析的方法研究了关联的周期性。结果表明，编码序列的信息关联的主极大超过涨落限的７￣１０倍（高等生物），全序列则为１５￣１９倍，主极大强度与进化有一定的相关性，原核大于真核。８０％以上的序列的主极大分布在紧邻和次紧邻范围。当α－ｃｕ     

Light-inducible and chloroplast-associated expression of a chimaeric gene introduced into Nicotiana tabacum using a Ti plasmid vector

A chimaeric gene, consisting of the 5'-flanking region of a member of the Pisum sativum gene family encoding ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase linked to the coding region of a bacterial chloramphenicol acetyltransferase gene, has been introduced into the genome of the plant Nicotiana tabacum using a Ti plasmid of Agrobacterium tumefaciens. The expression of the chimaeric gene is light-inducible in chloroplast-containing transformed tissue.     

人核蛋白P68 cDNA基因克隆及全序列测定

靠人合成４个混合聚核苷酸探针，从一个人盘λｇｔ１１ ｃＤＮＡ库筛选到含有ｐ６８ ｃＤＮＡ基因的阳性噬菌斑。经次克隆得到含ｐ６８ ｃＤＮＡ基因的ｐＢＲＢｔ７－ｐ６８质粒。用末端终止法对此ｃＤＮＡ基因进行了全序列测定。分析结构证明得到的ｐ６８ｃＤＮＡ基因含有２２８７３个苷酸，具有一个可阅读框架，共编码６１４个氨基酸。其５＇端非编码区含有１３０个碱基。３＇端非编码区含有３１５个碱基，比已发表的３＇端非     

短柄五加(Acanthopanax brachypus)rbcL基因的结构分析

克隆了含完整短柄五加rbcL基因的3.2kb EcoRI片段,测定了该基因的核苷酸序列.所测核苷酸序列总长度为1924bp,其中编码区1428bp,编码475个氨基酸的蛋白质.测定的基因5’上游区共278bp,包含原核性质-35区(TTGCGC),-10区(TACAAT)及类似真核的TATA box元件(TATATA).5’前导区长194bp,其中SD序列为GGAGG,紧邻起始密码子上游.测定的3’下游区共218bp,含2个相邻的转录后可形成茎环结构的反向重复序列.短柄五加rbcL基因编码区推导的氨基酸序列与烟草、菠菜、豌豆、苜蓿、玉米、水稻、松树、地钱、衣藻和Anacystis的同源性分别为93.5％、94.11％、94.53％、94.74％、89.68％、92.21％、92.21％、92.63％、87.58％和80.84％.本文还对不同植物rbcL基因的启动区及部分5’和3’非编码区进行了比较分析.     

人尿激酶原全长cDNA基因的分离与鉴定

将两对人工合成的寡聚核苷酸，经体外延伸后制备成探针。用此探针，从一种以λgt11为载体的人胎盘cDNA库中，经3次纯化杂交筛选，分离出21个阳性克隆。对其中4个阳性克隆进行了限制性内切酶图谱、Southern印迹法及部分序列分析鉴定。证明了四个克隆子中的3个，除具有完整的人尿激酶原cDNA编码区外，还具有包含起密码子在内的20个氨基酸信号肽部分及5′端、3′端非编码区。这些阳性克隆子可用于人尿激酶原的基因工程研究。     

物资名称多样性与编码唯一性的实现与应用

物资管理过程中因一物多名造成的编码管理混乱至今没有发现有效解决办法.通过分析提出了冗余码编码系统这种新的编码方法,并从编码系统的逻辑结构、编码方案、编码的计算机处理过程及应用等方面进行了论述.这套编码方案使用简单方便,与原有的编码系统容易转换,并且通过这种编码方案设计的编码容易维护而且数据稳定性好,可以有效解决原有的编码系统使用过程中存在的信息管理混乱、统计数据可靠性差等多数问题.     

多边形链式编码方式的改进及其编码方法

由于链式编码以每个区域为单位存储边界,相邻区域的边界被重复存储,所以通过索引机制来检查是否存在多余的多边形,从而避免相邻边界被重复保存。基于多边形拓扑关系的算法,对多边形图形链式编码方式提出了一种改进算法,采用二叉树编码、霍夫曼原理,将链式编码进行了重新编码并转换成可运算的多边形矢量编码,实现了多边形图形的叠置运算功能,同时提高了链式编码方式的数据压缩效率。     

小麦泛素融合降解蛋白基因全长cDNA的克隆及分析

实验利用RT-PCR技术，在小麦矮苏3品种中克隆了1个编码泛素融合降解蛋白基因的cDNA，并且含有完整的5′端，将该基因命名为Tufd1，利用RACE技术克隆了该cDNA的3′端。根据这2段cDNA克隆，设计特异引物，利用RT-PCR扩增出了Tufd1完整的开放读码框(ORF)，其编码区长948bp，编码315个氨基酸的多肽，在NCBI中运行BLAST。分析表明，Tufd1蛋白同拟南芥的UFD1蛋白有74％的同源性，在所编码的多肽链的N-端有UFD1保守结构域，可作为催化蛋白降解的信号。     

小麦液泡质子焦磷酸酶基因EST的克隆与分析

通过RT-PCR的方法在矮苏3小麦的总cDNA中克隆到一个与大麦液泡质子焦磷酸酶基因(VP)高度同源的EST。以该序列为基础,利用生物信息学的方法构建了一个编码小麦VP蛋白的全长EST重叠群,长2764bp,其包含一个长2355bp的完整开放读码框(ORF),编码785个氨基酸多肽。通过Southern杂交,将该VP基因定位在小麦染色体的第7同源群上。     

一种用循环码构造的不等保护能力码

提出了一种用(7,3)和(7,4)循环码构造不等保护能力码的方案,提高了数字通信中重要信息位的抗干扰能力,增加了传输可靠性,给出了编码和译码方法,对其性能进行了分析.     

草鱼肌肉生长抑制素cDNA克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,从草鱼肌肉组织中克隆出MSTN cDNA序列,长度为1764 bp,编码区为1128 bp,共编码375个氨基酸.前体蛋白包括信号肽序列、N端前肽区、蛋白酶水解位点RIRR及C端活性区(含9个保守的Cys残基).多重序列比较表明,草鱼与斑马鱼、黑头软口鲦之间的MSTN序列同源性在94%以上,与其它鱼类之间的序列同源性也较高(78.1%~82.3%),但与鸟类、哺乳类之间的序列同源性则相对较低.系统进化分析显示,不同物种间的MSTN序列同源性基本反映了它们的亲缘关系.