通过权重共表达网络分析胰腺癌转移的特异基因网络

胰腺癌是一种高度恶性的消化道肿瘤,临床表现不具有特征性,在早期难诊断易转移,发展迅速;胰腺癌转移率高,且转移后难以治愈进而导致死亡率升高。因此相比胰腺癌未转移来说,研究确定预测胰腺癌转移、转移后的新治疗方法及治疗的潜在靶标尤为迫切并具有重要意义。而且近两年兴起的基于基因之间相关关系的共表达网络分析法,为多种复杂疾病的研究提供了新的线索和思路。我们应用TCGA数据库中的大量胰腺癌转录组数据,筛选胰腺癌转移差异表达基因,使用共表达网络分析法(WGCNA)筛选胰腺癌转移后,基因间出现一个52个差异表达基因构建的新共表达网络模块,且挖掘到其中ASIC4,GLDC,MMD2,CTNNA2,FOXC4-AS1,SNHG19和BCAN等11个枢纽基因。我们推测认为它们为胰腺癌转移提供了新的潜在诊断、治疗靶标。同时KEGG富集分析发现,该新基因网络模块内基因富集于炎症介质对色氨酸通道的调节,卵母细胞减数分裂,乙醛酸和二元羧酸盐代谢和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等4条代谢通路。     

基于加权基因共表达网络分析挖掘茯苓抗食管癌作用靶点

该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点,为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点,运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点,接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集,通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因,并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对,确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点,最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分,及17个对应靶点,主要候选药物作用靶点为：CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因,其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示,CDK1、CHAF1A、TP...     

基于非依赖数据采集的呼出气冷凝液蛋白质组加权基因共表达网络分析

呼出气冷凝液（Exhaled Breath Condensate, EBC）是一种呼吸道衬液,其收集过程无创、便捷,常常被作为肺部疾病研究的载体。建立了基于DIA(Data-Independent Acquisition)的EBC蛋白组学方法,共鉴定到2 052个蛋白。通过加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA）筛选出61个关键蛋白,分析发现这些关键蛋白活跃参与多个与人类疾病相关的代谢通路。结果表明,基于DIA的EBC蛋白组学方法,结合WGCNA分析,可以有效地挖掘出EBC中与疾病相关的生物标志物,未来可应用于大规模的临床研究。     

异基因造血干细胞移植后免疫重建的研究进展

异基因造血干细胞移植已广泛应用于临床,是治疗血液系统疾患、实体瘤、基因缺陷及自身免疫性疾病的重要手段。造血干细胞移植后受者的免疫功能受到严重损伤,其免疫功能的恢复依靠固有免疫以及适应性免疫两个方面。免疫重建的研究对于移植感染的防治以及免疫治疗有重要意义。     

高血压病的免疫机制研究进展

高血压是心血管和肾脏疾病导致死亡和残疾的主要原因.目前高血压病在全球流行,但大多数成年人高血压的原因尚不清楚,可能是多因素综合作用的结果,目前越来越多的证据支持炎症和免疫在高血压发生发展中的作用.本文对高血压病免疫机制的研究进展做一综述,为高血压病防治提供新思路.     

2018年肿瘤免疫研究热点回眸

 肿瘤免疫疗法已成为肿瘤治疗的重要手段,是肿瘤研究领域的焦点和热点。肿瘤免疫治疗相关药物相继问世,而2018年度诺贝尔生理学或医学奖授予两位在肿瘤免疫治疗中有突出贡献的免疫学家,更是确立了肿瘤免疫治疗时代的到来。本文概述了2018年肿瘤免疫治疗研究的热点及进展,包括新的肿瘤免疫检查点的发现、T细胞耗竭的深入探究、新的肿瘤免疫抑制细胞亚群的发现以及肿瘤免疫治疗新策略的探索。     

2022年肿瘤免疫研究热点回眸

肿瘤免疫治疗已成为继手术、放疗、化疗之后的第四类肿瘤治疗方法,为当今国际研究的热点领域。在肿瘤免疫治疗新时代,以免疫检查点抑制剂、基因工程化修饰免疫细胞为代表的免疫疗法被认为具有广阔前景。概述了2022年肿瘤免疫治疗领域研究的热点及关键进展,包括嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）在实体瘤治疗中的突破、维持记忆性T细胞生存和功能新机制的发现、改善肿瘤免疫抑制微环境提高免疫治疗疗效的深入探究以及瘤内微生物对抗肿瘤免疫反应的重要影响作用。     

与m6A修饰和免疫基因相关的长链非编码RNA在前列腺癌中的作用

前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因,前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此,研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型,将前列腺癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系;免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异;GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。     

基于生物信息学和机器学习筛选溃疡性结肠炎特征基因及其靶向中药预测

为确定溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在生物标志物,并预测其靶向中药,从GEO数据库下载包含人类UC和健康对照组织(GSE179285、GSE206285和GSE87466)的数据集,合并GSE179285和GSE206285数据集,通过limma R软件包筛选出UC与健康对照组织之间的差异表达基因(DEGs)。采用LASSO回归模型和支持向量机递归特征消除算法筛选出核心生物标志物。GSE87466数据集用作验证队列,受试者工作特征曲线用于评估诊断效能。利用CIBERSORT探讨UC中的免疫浸润特性,并进一步分析潜在生物标志物与不同免疫细胞之间的相关性。最后,在HERB数据库预测核心生物标志物靶向中药。共筛选出157个DEGs,其中102个基因上调,55个基因下调。功能富集分析显示,这些DEGs主要参与IL-17信号通路、TNF信号通路、类风湿关节炎、趋化因子信号通路、体液免疫反应、中性粒细胞趋化和迁移等。LOC389023、OLFM4、AQP8和CWH43被鉴定为UC的潜在生物标志物,且其诊断价值在GSE87466验证数据集中有显著意义。CIBERSO...     

基因免疫研究进展

1990年WolffJA等意外发现小鼠骨骼肌细胞能直接摄取病毒裸露的DNA ,并表达其编码的蛋白质 ,这种表达可持续数月 ,这一发现为开创基因疫苗的研究奠定了基础。 1992年Tang等将带有人生长激素的质粒DNA通过基因枪导入小鼠表皮细胞 ,几周后 88%被接种的小鼠产生了特异性抗体。 1993年Ulmer等发现小鼠肌肉注射编码甲型流感病毒相对保守的核心蛋白的质粒载体后 ,可有效的保护小鼠抵抗另一亚型流感病毒的攻击 ,从而证明了注射不但能在体内表达抗原蛋白 ,并且可以诱导产生具有显著保护作用的免疫应答。从此继全菌弱毒苗和亚单位疫苗后 ,出现了…     

生物信息学在直肠癌相关基因分析中的应用

目的,利用生物信息学方法研究直肠癌相关基因的结构与功能。方法:选择一条在直肠癌和正常组织有差异表达的表达序列标签(EST),利用生物信息学方法,对其进行结构与功能的分析。结果:电子克隆了其全长cDNA序列并预测其编码蛋白为SETprotein。结论:利用生物信息学及网络资源可作为克隆研究基因的新方法。     

拉布拉多犬神经类型相关基因SNP的分析

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与神经类型密切相关的4个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬神经类型的早期鉴定提供分子遗传学鉴定指标。方法依据中国导盲犬大连培训基地成熟的导盲犬神经类型行为学评估标准,选取典型的安静、活泼、胆小型(弱型)三种神经类型的犬各4只为研究对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法和PCR-RFLP分析法对12个样本4个基因的6个SNP位点:COMT(G482A)、MOAB(T199C)、ABCB1(A985T、T3442C、377-378 ins C)、GNB1L(961-962 ins G)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与神经类型的关联度。结果 COMT基因G482A SNP位点的G/A型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼型和安静型中所占比例(P=0.014;P=0.014),A/A型在活泼型犬中所占比例显著高于安静型和胆小型中所占比例(P=0.025;P=0.025);MAOB基因T199C SNP位点的T/C型在安静型犬中所占比例显著高于其在活泼和胆小型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因A985T SNP位点的T/A型在活泼型犬中所占比例显著低于其在安静和胆小犬中所占比例(P=0.014;P=0.014);ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼和安静型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因的377-378 ins C和GNB1L基因的961-962 ins G均没有发现显著性差异(P0.05)。结论 COMT基因G482A SNP位点的G/A型和A/A型,MAOB基因T199C SNP位点的T/C型,ABCB1基因A985T SNP位点的T/A和ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型与拉布拉多犬神经类型具有显著相关性,可做为拉布拉多犬神经类型早期鉴定的分子遗传诊断指标,但尚需大样本确认。     

肿瘤相关基因对大肠肿瘤临床诊断及预后应用的研究

目的 探讨Ｒａｓ,Ｐ５３基因对大肠肿瘤的早期诊断及预后的临床应用价值。方法 用聚合酶链反应－单链构象多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）ＥＢ染色技术对２５例大肠肿瘤原发灶组织进行了Ｋｉ－,Ｎ－ｒａｓ第１处显子和Ｐ５３基因５～８外显子的点突变进行检测。息肉性腺瘤组织中１／２（５０％）发生了Ｋｉ－ｒａｓ点突变。在大肠癌组织中,存在Ｎ－ｒａｓ点突变、Ｋｉ－ｒａｓ点突变、Ｐ５３基因５～８外显子突变,大肠肿瘤组织存在     

烟草烟碱转化相关蛋白质筛选分析研究

为了研究烟草中烟碱转化机理,应用比较蛋白组学方法研究了高烟碱烟草中烟碱转化相关蛋白质表达情况.采用双向电泳联用质谱技术比较了实验组高烟碱转化烟草叶片和对照组野生型烟草叶片的蛋白质差异,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.选取了34个差异蛋白质点,采用MALDI-TOF-TOF-MS进行肽质谱指纹图分析,最终有12个蛋白质点得到了可靠鉴定,其中在实验组中相对下调的蛋白有7个,相对上调的蛋白有5个.通过比对蛋白质组库数据,发现这些差异表达的蛋白质主要是参与碳水化合物代谢、能量代谢等功能,而且亚细胞定位主要是在叶绿体和线粒体,表明这些蛋白表达水平与烟碱转化具有密切关系,为研究高烟碱转化率烟叶的形成机理提供了新的依据.     

顺铂对卵巢癌细胞几种生长和凋亡相关基因表达的影响

顺铂是治疗卵巢癌的一线药物,它与癌细胞内的DNA结合是产生细胞毒性的主要原因.在用基因表达谱芯片筛选顺铂处理IGROV-1细胞产生的差异表达基因基础上,选取其中与细胞生长、凋亡有关的部分重要基因,用实时定量PCR方法进行了差异表达验证.结果表明,顺铂可引起CEACAM1、KLF6、JUN、TP53INP1、MAP2K4...     

精子发生相关基因SPATA功能的研究进展

SPATA基因是一类与精子发生相关的基因.精子发生依赖于一系列相关基因的正常表达与调控,SPATA基因在这个过程中起着一定的作用.本文通过参考大量SPATA基因相关文献,从SPATA基因在细胞增殖、细胞凋亡中的作用以及SPATA基因对多种相关疾病产生的影响和发病机理等多个方面,综述了精子发生过程中该类基因功能的研究进展,对于今后研究精子发生过程中有关特异基因的表达和细胞增殖、凋亡机理提供新思路;为研究精子发生的调控机制提供参考途径和方法;对于了解精子发生过程中产生的各种相关疾病的病因具有重要指导意义.     

鸡冠花提高S180荷瘤鼠免疫功能及抑瘤作用的研究

目的研究鸡冠花对S180荷瘤鼠免疫器官的影响．方法随机将小鼠分为鸡冠花水煎液高、低剂量组，鸡冠花搅碎液高、低剂量组和对照组．每组10只，雌雄各半．用s180建立肿瘤模型，同时喂以鸡冠花制剂．结果鸡冠花液各实验组的荷瘤重均明显低于对照组(P＜0．05)．鸡冠花液各实验组胸腺和脾脏重量均明显高于对照组(P＜0．05)．以高浓度组增重明显．     

体外抑制肿瘤JAK/STAT通路探讨STAT4对肿瘤免疫的影响

利用小RNA技术对肿瘤细胞系Mosec中STAT4蛋白的表达进行干预,结合用干预后的肿瘤细胞培养上清液与脾细胞共培养后流式细胞分析的方法,检测CD4 CD25 Treg细胞被引导情况.得到了抑制肿瘤细胞STAT4后,引导出增高比例的CD4 CD25 Treg细胞的结果.进一步检测培养上清液中细胞因子TGF-β2和IL-10 mRNA的表达,发现肿瘤细胞STAT4蛋白表达被抑制后,IL-10分泌明显增加,而TGF-β2没有明显改变.这一结果暗示着肿瘤细胞是通过STAT4的激活来下调IL-10的表达和CD4 CD25 Treg细胞比例,来削弱对T细胞增殖的抑制效应,进而增强机体对肿瘤免疫的可能性.     

筛选hALR的相互作用蛋白基因

为筛选与人肝再生增强因子(hALR)相互作用蛋白的基因，探讨肝再生增强因子在肝再生过程中的分子生物学机制，将人肝再生增强因子基因的开放读码框片断，重组入载体pGBKT7构建成“诱饵”质粒pGBKT7—hALR，然后用酵母双杂交系统从预转化酵母菌Y187的成人肝细胞cDNA文库中筛选与人肝再生增强因子相互作用蛋白的基因。筛出的阳性克隆基因序列被测出后，经GenBank查询，结果发现它们分别是血清白蛋白、金属硫蛋白、硒蛋白类似物、Na^ ／K^ ATPase和一个未知功能的蛋白的部分序列。这初步克隆了与hALR相互作用的蛋白基因，为进一步探讨ALR在肝再生过程中的作用机制奠定了基础。